SUPERFAMILY 1.75 HMM library and genome assignments server

SUPERFAMILY 2 can be accessed from supfam.org. Please contact us if you experience any problems.

  Home > Genomic domain assignment statistics

SUPERFAMILY Assignments for Genomes and Sequence Collections

We provide assignments for 3242 distinct organisms.

Model Eukaryotes (432) animals (138), fungi (173), plants (66) and protists (55)
Model Prokaryotes (1271) model bacteria (1150) and archaea (121)
Eukaryote strains (58);
Prokaryote strains (1481) 		animals (5), fungi (46), plants (3) and protists (4);
bacterial (1438) and archaeal (43)
Longest transcript per gene (61) eukaryote genomes with splice variants removed
Others (20);
Sequence collections (141) 		incomplete, low coverage or early release genomes;
UniProt, PDB, viral sequences etc
(show info)

Email superfamily@cs.bris.ac.uk to have a genome added and/or analysed.

Jump to [ Top of page · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains · Meta-genomics · Pseudogenes · Other ]

Eukaryotes
(show help)
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Tarsius syrichta 76_1 E 13675 9553 70 41 19982 989 1076 20.2 95 543 317 12993978
Microsporum gypseum  E 8876 4908 55 39 7298 865 635 8.4 88 475 332 6272035
Cyanophora paradoxa  E 32167 10628 33 29 12943 908 569 14.3 93 228 199 6752654
Bigelowiella natans CCMP2755 22 E 21706 11374 52 32 15466 960 635 16.1 94 442 269 10313466
Physcomitrella patens subsp. patens 22 E 38354 18313 48 39 26203 1008 829 26 96 353 289 9873504
Homo sapiens 76_38 E 99458 60672 61 44 115355 1113 1380 103.6 99 373 270 16897644
Pan troglodytes 76_2.1.4 E 19907 13866 70 44 30121 1088 1343 27.7 96 526 330 14844514
Gorilla gorilla 76_3.1 E 27473 19148 70 43 41872 1089 1341 38.4 97 535 331 15184984
Pongo abelii 76_2 E 21414 14520 68 44 30666 1096 1337 28 96 501 322 14994694
Nomascus leucogenys 76_1.0 E 19988 14014 70 43 30589 1091 1328 28 96 541 331 14844707
Papio anubis 76 E 20977 15418 73 44 33684 1092 1344 30.8 97 556 331 14804679
Macaca mulatta 76_1 E 36384 25062 69 44 52167 1100 1347 47.4 98 480 308 15445863
Callithrix jacchus 76_3.2.1 E 43771 31128 71 44 65350 1097 1338 59.6 98 509 316 15946489
Otolemur garnettii 76_3 E 19986 15044 75 46 31222 1081 1331 28.9 97 539 326 14524540
Microcebus murinus 76_1 E 16319 11366 70 41 23447 1031 1199 22.7 96 541 319 14164497
Rattus norvegicus 76_5.0 E 25724 18941 74 46 36627 1102 1338 33.2 97 510 317 14634845
Mus musculus 76_38 E 52998 34563 65 44 68456 1110 1363 61.7 98 449 301 15726021
Dipodomys ordii 76_1 E 15853 11285 71 41 23079 1050 1204 22 95 561 326 14494420
Ictidomys tridecemlineatus 76_2 E 20000 14693 73 45 28276 1076 1305 26.3 96 513 314 14114504
Heterocephalus glaber v1.7-2 E 22561 16037 71 45 31435 1078 1309 29.2 97 479 304 16085000
Cavia porcellus 76_3 E 19774 14499 73 45 28466 1095 1334 26 96 522 324 14334475
Oryctolagus cuniculus 76_2 E 20588 15349 75 45 30255 1075 1305 28.1 96 533 322 14254517
Ochotona princeps 76 E 16006 11228 70 41 22937 1056 1219 21.7 95 552 323 14134437
Tupaia belangeri 76 E 15475 10738 69 40 21210 1014 1153 20.9 95 527 307 13584220
Sus scrofa 76_10.2 E 25882 18173 70 45 33531 1082 1305 31 97 451 290 13754915
Bos taurus 76_3.1 E 22118 16393 74 45 33500 1090 1351 30.7 97 534 325 14674725
Ovis aries 76_3.1 E 22823 16556 73 44 33437 1099 1342 30.4 97 531 325 14994875
Vicugna pacos 76_1 E 11806 8193 69 41 16592 971 1049 17.1 94 538 317 12193575
Tursiops truncatus 76_1 E 16611 11861 71 42 25713 1082 1297 23.8 96 573 336 14804571
Mustela putorius furo 76_1.0 E 20062 14065 70 44 29313 1072 1314 27.3 96 534 332 14584604
Ailuropoda melanoleuca 76_1 E 21136 15553 74 45 32314 1093 1344 29.6 97 539 328 14614758
Canis familiaris 76_3.1 E 25160 18183 72 42 39025 1091 1343 35.8 97 577 337 15085099
Felis catus 76_6.2 E 20259 14847 73 45 29829 1095 1345 27.2 96 528 323 14854642
Equus caballus 76_2 E 22654 16229 72 45 36832 1082 1328 34 97 562 355 14514660
Myotis lucifugus 76_2.0 E 20719 15276 74 44 29505 1079 1319 27.3 96 511 308 14004533
Pteropus vampyrus 76_1 E 17053 12201 72 42 25830 1066 1289 24.2 96 567 333 15304576
Sorex araneus 76_1 E 13192 9364 71 41 17972 975 1056 18.4 95 526 304 12313787
Erinaceus europaeus 76 E 14605 10229 70 41 20151 1008 1119 20 95 541 313 13294078
Procavia capensis 76_1 E 16114 11365 71 41 23581 1040 1214 22.7 96 564 324 14354525
Loxodonta africana 76_3 E 25635 19349 75 46 37914 1093 1332 34.7 97 541 328 14454913
Echinops telfairi 76 E 16575 11426 69 41 22697 1031 1167 22 95 522 307 13864409
Dasypus novemcinctus 76_2 E 26551 19439 73 45 38528 1085 1325 35.5 97 501 311 15075118
Choloepus hoffmanni 76_1 E 12435 8612 69 40 17245 961 1019 17.9 94 530 307 12123609
Macropus eugenii 76_1.0 E 15342 11173 73 42 22544 1031 1138 21.9 95 557 321 13924395
Sarcophilus harrisii 76_7.0 E 22404 16110 72 44 33499 1070 1257 31.3 97 534 327 14094723
Monodelphis domestica 76_5 E 22310 16273 73 46 35980 1087 1300 33.1 97 530 335 14824803
Ornithorhynchus anatinus 76_5 E 23584 15674 66 45 26519 1035 1183 25.6 96 388 265 12484500
Meleagris gallopavo 76_2 E 16494 12076 73 45 24404 1021 1177 23.9 96 532 325 13054286
Gallus gallus 76_4 E 16354 11686 71 44 24444 1055 1234 23.2 96 555 339 13894169
Anas platyrhynchos 76_1.0 E 16353 11269 69 45 22616 1041 1184 21.7 95 498 321 13174152
Taeniopygia guttata 76_3.2.4 E 18204 12628 69 47 24785 1052 1199 23.6 96 449 301 13064209
Ficedula albicollis 76_1.0 E 15983 11221 70 44 23330 1069 1233 21.8 95 544 339 14754237
Pelodiscus sinensis 76_1.0 E 20669 15386 74 46 31140 1055 1244 29.5 97 529 328 13694567
Xenopus laevis  E 33642 25766 77 50 44083 1008 1159 43.7 98 431 279 10713205
Xenopus tropicalis 76_4.2 E 22718 17561 77 47 34966 1072 1241 32.6 97 536 324 14124695
Lepisosteus oculatus 76 E 22483 16969 75 44 36609 1082 1240 33.8 97 597 349 14964901
Gadus morhua 76_1 E 22100 16121 73 48 31476 1065 1174 29.6 97 480 316 14594763
Tetraodon nigroviridis 76_8 E 23118 17836 77 48 37397 1075 1201 34.8 97 546 338 14384903
Takifugu rubripes 76_4 E 47841 39222 82 49 93451 1084 1212 86.2 99 633 377 15636473
Gasterosteus aculeatus 76_1 E 27576 20165 73 49 39910 1078 1213 37 97 492 329 14304910
Oryzias latipes 76_1 E 24674 17826 72 48 35327 1069 1191 33 97 485 323 14054746
Xiphophorus maculatus 76_4.4.2 E 20454 15411 75 46 31607 1094 1232 28.9 97 546 331 14204747
Poecilia formosa 76 E 21104 16292 77 46 35843 1092 1232 32.8 97 591 350 15374892
Oreochromis niloticus 76_1.0 E 26763 21062 79 46 45961 1076 1215 42.7 98 594 348 15055039
Astyanax mexicanus 76 E 23698 17495 74 44 35770 1072 1203 33.4 97 532 318 14615239
Danio rerio 76_9 E 43153 31400 73 46 67350 1088 1236 61.9 98 499 313 15355987
Petromyzon marinus 76_7.0 E 11442 8339 73 50 14727 899 872 16.4 94 403 274 9403053
Anolis carolinensis 76_2.0 E 19177 14148 74 46 32447 1064 1250 30.5 97 529 331 13884646
Latimeria chalumnae 76_1 E 23601 17308 73 45 33273 1075 1236 31 97 518 316 14364924
Ciona savignyi 76_2.0 E 20155 13419 67 53 30631 912 858 33.6 97 481 383 11263872
Ciona intestinalis 76 E 17302 9140 53 45 15488 956 904 16.2 94 333 287 10753295
Strongylocentrotus purpuratus v3.1 E 29129 20293 70 45 40403 1036 973 39 97 499 322 18226332
Helobdella robusta  E 23432 12165 52 35 18915 991 874 19.1 95 375 254 10743579
Capitella sp. I  E 32415 18288 56 43 28833 1146 1096 25.2 96 355 269 14454609
Danaus plexippus OGS1.0 E 16866 8829 52 38 15421 984 873 15.7 94 412 301 11383426
Heliconius melpomene  E 12829 7645 60 41 13574 962 808 14.1 93 453 308 10923201
Bombyx mori  E 21302 9434 44 38 13860 910 736 15.2 93 277 235 9933162
Nasonia vitripennis  E 9254 6892 74 45 12254 947 831 12.9 92 566 344 10442791
Apis mellifera 38.2d E 27755 16426 59 52 30043 973 819 30.9 97 361 315 10063569
Harpegnathos saltator v3.3 E 18564 7895 43 34 13462 995 880 13.5 93 366 296 11163133
Linepithema humile v1.1 E 16177 8076 50 35 13585 989 871 13.7 93 402 283 11013260
Pogonomyrmex barbatus v1.2 E 17187 7989 46 36 13350 998 850 13.4 93 367 280 11033278
Solenopsis invicta v.2.2.3 E 16522 7597 46 35 12128 929 762 13.1 92 348 264 9632979
Acromyrmex echinatior v3.8 E 17278 7250 42 33 13235 995 877 13.3 92 404 315 11253112
Atta cephalotes v1.1 E 18177 8155 45 34 13395 990 848 13.5 93 350 269 10683233
Camponotus floridanus v3.3 E 17064 8093 47 35 14220 991 886 14.3 93 405 302 11583228
Lucilia cuprina E 14452 7294 50 33 14325 967 858 14.8 93 518 337 10943253
Drosophila grimshawi 1.3 E 14986 8609 57 36 15267 970 881 15.7 94 495 313 10213148
Drosophila willistoni 1.3 E 15513 8518 55 36 15024 975 884 15.4 94 487 316 10323159
Drosophila pseudoobscura 2.13 E 16265 8790 54 35 15498 974 878 15.9 94 480 311 10443161
Drosophila persimilis 1.3 E 16878 8798 52 36 14618 967 855 15.1 93 427 293 10083168
Drosophila suzukii E 13583 7989 59 37 16568 958 858 17.3 94 571 362 13163708
Drosophila yakuba 1.3 E 16082 8564 53 36 15072 971 878 15.5 94 469 315 10203139
Drosophila simulans 1.3 E 15415 8042 52 36 13040 950 811 13.7 93 410 287 9652993
Drosophila sechellia 1.3 E 16471 8907 54 36 14972 967 860 15.5 94 434 292 10263172
Drosophila melanogaster 76_5 E 26950 17699 66 35 38800 985 895 39.4 97 658 354 10453570
Drosophila erecta 1.3 E 15048 8345 55 36 14768 972 879 15.2 93 484 314 10153061
Drosophila ananassae 1.3 E 15070 8429 56 36 14844 980 879 15.1 93 489 315 10423116
Drosophila virilis 1.2 E 14491 8266 57 36 14748 973 885 15.2 93 499 314 10163092
Drosophila mojavensis 1.3 E 14595 8119 56 36 14472 970 884 14.9 93 493 316 10283089
Megaselia scalaris 22 E 11463 5102 45 41 7083 767 528 9.2 89 225 206 6051899
Aedes aegypti 55 E 16789 10689 64 42 18961 972 881 19.5 95 457 301 10223313
Culex pipiens quinquefasciatus  E 18883 11412 60 39 19368 980 854 19.8 95 436 282 10703617
Anopheles darlingi 22 E 11430 6297 55 33 11195 908 771 12.3 92 517 313 10202941
Anopheles gambiae 49_3j E 13133 8387 64 42 15113 972 867 15.5 94 474 313 10073103
Tribolium castaneum 3.0 E 16645 8930 54 40 16567 994 911 16.7 94 462 340 12203438
Pediculus humanus corporis  E 10773 6721 62 39 12641 983 875 12.9 92 514 322 10843019
Acyrthosiphon pisum  E 10466 7362 70 46 13549 951 831 14.2 93 514 336 10432924
Rhodnius prolixus 22 E 15441 8172 53 42 13419 1023 899 13.1 92 352 279 10853143
Daphnia pulex  E 30940 12685 41 34 19578 1042 934 18.8 95 325 270 11733598
Sarcoptes scabiei E 10471 5724 55 41 9489 930 746 10.2 90 381 285 8712622
Tetranychus urticae  E 18198 8594 47 39 14047 930 796 15.1 93 356 294 9442966
Ixodes scapularis  E 20486 10159 50 43 15525 985 841 15.8 94 284 248 10403204
Strigamia maritima 22 E 15008 8956 60 41 17237 1009 940 17.1 94 482 332 13823809
Octopus bimaculoides 280 E 38585 16722 43 37 38501 1027 919 37.5 97 341 292 12014238
Crassostrea gigas 22 E 26089 15267 59 41 28659 1000 930 28.7 97 447 312 18775312
Lottia gigantea  E 23851 13143 55 42 22635 1047 987 21.6 95 378 287 12823994
Pristionchus pacificus  E 29639 11691 39 34 16642 901 675 18.5 95 287 248 10173301
Meloidogyne incognita  E 20359 9366 46 35 14191 827 609 17.2 94 354 270 8322778
Meloidogyne hapla  E 13072 5216 40 32 7324 798 553 9.2 89 310 246 6312093
Onchocerca volvulus 22 E 12994 6170 47 37 10647 903 718 11.8 92 389 307 9072757
Brugia malayi WS250 E 17153 8738 51 39 15321 902 703 17 94 381 290 8923032
Caenorhabditis japonica  E 25870 10981 42 37 16701 1053 826 15.9 94 325 283 11953582
Caenorhabditis brenneri  E 30705 13957 45 34 21945 931 757 23.6 96 396 296 10273355
Caenorhabditis remanei  E 31476 13851 44 33 21348 996 806 21.4 95 400 299 11183536
Caenorhabditis elegans 76_235 E 30250 16476 54 40 29666 944 788 31.4 97 448 326 9793358
Caenorhabditis briggsae 2 E 21997 10333 47 36 16605 946 764 17.6 94 398 305 10373164
Trichinella spiralis 22 E 16380 6120 37 35 10554 873 666 12.1 92 318 296 9962760
Adineta vaga E 49300 29119 59 47 46612 1053 913 44.3 98 384 305 13945209
Hymenolepis microstoma  E 10142 5540 55 34 9388 841 598 11.2 91 489 304 7682429
Echinococcus multilocularis  E 10490 5838 56 33 9809 875 644 11.2 91 499 300 7392471
Echinococcus granulosus  E 10241 5513 54 33 9399 868 645 10.8 91 495 305 7352427
Taenia solium  E 12353 6384 52 33 9785 867 631 11.3 91 410 264 7032510
Schistosoma mansoni  E 13191 7056 53 33 11383 900 673 12.6 92 447 278 8472828
Thelohanellus kitauei E 15020 4868 32 33 6402 687 349 9.3 89 239 240 4071410
Acropora digitifera v1.0 E 23514 13814 59 42 24685 946 740 26.1 96 419 302 16264815
Nematostella vectensis 1.0 E 27273 15983 59 47 25640 1087 1040 23.6 96 330 265 14814286
Hydra vulgaris E 17002 10366 61 40 16656 999 819 16.7 94 421 277 12313674
Trichoplax adhaerens  E 11520 8049 70 50 13900 969 841 14.3 93 453 325 10342998
Saccoglossus kowalevskii v3.0 E 45358 23665 52 38 55500 1061 1042 52.3 98 487 354 16635691
Oikopleura dioica E 18020 9095 50 36 14370 899 710 16 94 388 279 9523096
Mnemiopsis leidyi E 16058 9111 57 37 15415 919 683 16.8 94 461 304 12173471
Amphimedon queenslandica E 30327 17746 59 44 29766 1052 907 28.3 96 392 292 14514678
Thellungiella halophila v173 E 29284 18789 64 45 26936 963 811 28 96 410 287 9333177
Brassica rapa Chiifu-401 1.2 E 41019 24868 61 44 35611 964 810 36.9 97 390 286 12374016
Capsella rubella v183 E 28447 18221 64 45 26223 956 809 27.4 96 417 290 9503204
Arabidopsis lyrata  E 32670 18324 56 44 25968 968 816 26.8 96 360 281 10193395
Arabidopsis thaliana 10 E 35381 22134 63 45 32197 988 828 32.6 97 409 292 9713391
Carica papaya  E 27950 12654 45 40 16946 937 743 18.1 94 295 260 8653093
Theobroma cacao B97-61/B2 v1 E 46143 24090 52 46 35581 983 826 36.2 97 384 335 11533867
Gossypium raimondii v221 E 77267 50418 65 44 72637 991 826 73.3 99 426 284 10504363
Citrus clementina v165 E 35976 24115 67 47 34752 964 822 36 97 416 293 9493532
Citrus sinensis v154 E 46147 30817 67 46 44221 951 789 46.5 98 414 285 9433848
Medicago truncatula  E 62319 32276 52 43 47289 1009 828 46.9 98 352 296 11434138
Phaseolus vulgaris v186 E 30721 20005 65 45 28970 966 814 30 97 434 299 9403266
Glycine max v109 E 55787 36697 66 46 51734 972 823 53.2 98 407 286 10783997
Fragaria vesca  E 34809 17236 50 38 25569 962 783 26.6 96 386 299 13804426
Malus domestica v196 E 63517 35948 57 41 51044 967 774 52.8 98 372 273 17256435
Prunus persica v139 E 28702 17475 61 45 24895 953 798 26.1 96 403 296 9303224
Populus trichocarpa v156 E 45033 26591 59 44 37760 974 814 38.8 97 383 286 9943703
Manihot esculenta v147 E 34151 21616 63 45 30061 961 816 31.3 97 390 278 9273378
Solanum lycopersicum v.2.3 E 34727 18730 54 43 25836 996 826 25.9 96 344 276 10103473
Solanum tuberosum  E 56218 27976 50 42 37103 940 758 39.5 97 301 253 9113680
Actinidia chinensis Hongyang  E 39040 20028 51 40 28961 945 720 30.6 97 357 279 15754588
Vitis vinifera  E 26346 15429 59 45 22173 967 796 22.9 96 378 292 10513594
Aquilegia coerulea v195 E 41063 26825 65 45 39229 984 816 39.9 97 435 302 9893670
Eucalyptus grandis v201 E 46315 29451 64 50 42674 970 812 44 98 392 305 9953760
Cucumis sativus v122 E 30364 19414 64 45 27348 960 819 28.5 96 405 285 9123231
Linum usitatissimum v200 E 43484 26434 61 44 37684 955 797 39.5 97 399 289 12794378
Mimulus guttatus v140 E 28282 18398 65 47 25750 962 803 26.8 96 391 284 9243162
Triticum urartu 22 E 33424 18246 55 43 26044 946 766 27.5 96 363 287 11483856
Triticum aestivum 22 E 98779 57084 58 47 73412 995 804 73.8 99 289 233 9994833
Aegilops tauschii 22 E 33849 20395 60 44 29326 940 730 31.2 97 401 293 11954037
Brachypodium distachyon  E 31029 19828 64 44 28160 972 821 29 97 426 293 9783340
Oryza barthii 22 E 41672 21411 51 41 33435 958 788 34.9 97 404 325 11614299
Oryza meridionalis 22 E 39932 21385 54 41 33179 940 763 35.3 97 425 325 11634074
Oryza glumaepatula 22 E 46893 23894 51 40 36746 948 781 38.8 97 412 322 11814228
Oryza glaberrima E 31044 16088 52 41 22409 941 760 23.8 96 362 289 9183111
Oryza punctata 22 E 41060 22875 56 42 35041 956 785 36.7 97 433 323 11664173
Oryza nivara 22 E 48361 24630 51 40 38301 957 786 40 98 420 329 11914377
Oryza brachyantha 22 E 32037 15710 49 41 22255 963 792 23.1 96 353 292 10173439
Oryza sativa ssp. japonica 5.0 E 67393 33278 49 39 52253 978 811 53.4 98 445 352 10924087
Oryza sativa v193 E 66338 32867 50 39 51632 974 808 53 98 446 352 10844045
Phyllostachys heterocyclavar. pubescens E 31987 18735 59 41 26884 933 727 28.8 97 403 283 13304279
Panicum virgatum v202 E 70071 39257 56 43 52694 985 805 53.5 98 340 263 9904281
Setaria italica v164 E 40599 22288 55 43 31535 983 805 32.1 97 377 294 9843516
Zea mays subsp. mays  E 53764 31014 58 43 41454 963 799 43 98 344 254 11644261
Zea mays v181 E 63540 34145 54 41 45617 985 806 46.3 98 332 254 12974576
Sorghum bicolor  E 34496 19353 56 40 27504 960 778 28.6 97 408 288 10883695
Musa balbisiana E 39914 22578 57 41 32796 951 739 34.5 97 404 290 14944868
Musa acuminata 22 E 36519 20635 57 44 28458 971 787 29.3 97 345 266 10093647
Pinus taeda E 34059 25205 74 57 34226 859 605 39.8 97 318 244 12414264
Picea abies E 26437 14609 55 45 19036 809 574 23.5 96 306 247 6972715
Selaginella moellendorffii  E 34697 21319 61 46 29628 967 800 30.6 97 391 294 9983356
Physcomitrella patens E 35938 14093 39 31 19897 996 832 20 95 362 282 9653181
Coccomyxa subellipsoidea sp. C-169 v2 E 9629 5668 59 42 8236 891 688 9.2 89 426 305 7762269
Asterochloris sp. Cgr/DA1pho v1.0 E 7159 4948 69 45 7136 880 667 8.1 88 464 301 7072027
Chlorella variabilis sp. NC64A  E 9791 6410 65 40 8984 910 649 9.9 90 455 281 8142477
Chlorella vulgaris  E 9994 5788 58 42 8249 898 683 9.2 89 402 295 7682300
Volvox carteri f. nagariensis  E 15544 7384 48 25 10499 947 672 11.1 91 557 294 8212808
Volvox carteri v199 E 15285 6919 45 26 9996 935 665 10.7 91 523 302 8132717
Chlamydomonas reinhardtii 4.0 E 16706 7652 46 26 10686 942 659 11.3 91 496 284 8222696
Ostreococcus sp. RCC809  E 7773 4709 61 44 6487 839 581 7.7 87 383 279 6121898
Ostreococcus lucimarinus CCE9901  E 7651 4814 63 45 6729 839 582 8 88 397 286 6221913
Ostreococcus tauri  E 7725 4488 58 43 6339 842 562 7.5 87 387 286 6611921
Bathycoccus prasinos  E 7919 4827 61 35 7065 889 581 7.9 87 522 303 6842140
Micromonas sp. RCC299  E 9815 5829 59 38 8252 898 627 9.2 89 451 289 7422335
Micromonas pusilla CCMP1545 v3.0 E 10672 6004 56 36 8691 892 622 9.7 90 450 291 8032444
Amborella trichopoda 22 E 27313 12509 46 39 17060 961 808 17.8 94 314 270 8963042
Proterospongia sp. ATCC 50818  E 11590 7279 63 35 13111 924 655 14.2 93 628 347 11573278
Monosiga brevicollis  E 9196 6032 66 38 10583 900 654 11.8 91 598 349 10462776
Capsaspora owczarzaki ATCC 30864  E 8381 5686 68 38 9926 927 745 10.7 91 623 348 9892763
Sphaeroforma arctica JP610  E 18730 7414 40 31 9991 903 628 11.1 91 302 235 7412483
Dictyostelium discoideum E 13263 6955 52 33 11119 894 641 12.4 92 533 332 8952645
Dictyostelium purpureum  E 12410 6830 55 36 10688 867 625 12.3 92 482 319 8432520
Entamoeba dispar 1.2 E 8748 4980 57 41 7176 575 299 12.5 92 408 296 4361481
Entamoeba invadens 1.2 E 11549 6735 58 43 11423 577 307 19.8 95 449 329 4371671
Entamoeba histolytica 1 E 8306 4743 57 41 6856 579 302 11.8 92 418 300 4221413
Thecamonas trahens ATCC 50062  E 10627 6719 63 35 11696 875 571 13.4 93 652 364 10523100
Hansenula polymorpha v2.0 E 5177 3439 66 46 4949 778 589 6.4 84 448 311 5531572
Dekkera bruxellensis CBS 2499 v2.0 E 5636 3351 59 42 4860 790 589 6.2 84 439 311 5411609
Pichia membranifaciensv1.0 E 5363 3313 62 40 4830 771 578 6.3 84 481 314 5381566
Candida tanzawaensis NRRL Y-17324  v1.0 E 5895 3499 59 41 5060 792 593 6.4 84 457 312 5231631
Candida dubliniensis CD36  E 5868 3680 63 39 5282 797 606 6.6 85 507 311 5261667
Candida tropicalis MYA-3404  E 6258 3786 60 38 5387 782 587 6.9 85 484 307 5411661
Candida parapsilosis  E 5733 3621 63 39 5170 769 583 6.7 85 510 314 5211623
Candida albicans SC5314 E 6165 3795 62 39 5360 797 585 6.7 85 479 300 5231703
Lodderomyces elongisporus NRRL YB-4239  E 5799 3506 60 37 5019 771 579 6.5 85 509 309 5261659
Babjeviella inositovora NRRL Y-12698 v1.0 E 6403 3706 58 42 5361 804 612 6.7 85 433 313 5481685
Pichia stipitis CBS 6054  E 5839 3738 64 41 5353 795 604 6.7 85 492 315 5361657
Candida guilliermondii ATCC 6260  E 5920 3771 64 42 5339 783 598 6.8 85 466 306 5511657
Hyphopichia burtonii NRRL Y-1933 v1.0 E 6005 3667 61 41 5286 797 610 6.6 85 469 314 5471667
Debaromyces hansenii E 6272 3839 61 40 5491 809 615 6.8 85 479 314 5431672
Wickerhamomyces anomalus E 6423 4035 63 45 5731 816 633 7 86 434 312 5611707
Pichia pastoris GS115  E 5040 3238 64 42 4764 792 587 6 83 476 314 5571573
Hanseniaspora valbyensis NRRL Y-1626 v1.1 E 4800 2725 57 38 3790 703 464 5.4 81 443 297 4101351
Yarrowia lipolytica CLIB122 E 6448 4011 62 40 5760 799 623 7.2 86 487 315 5831719
Candida lusitaniae ATCC 42720  E 5941 3443 58 38 4925 775 585 6.4 84 462 306 5441624
Metschnikowia bicuspidata NRRL YB-4993 v1.0 E 5851 3333 57 40 4814 789 591 6.1 84 437 310 5251585
Vanderwaltozyma polyspora DSM 70294  E 5353 3341 62 38 4827 759 603 6.4 84 504 304 4761570
Candida glabrata CBS138 E 5202 3314 64 39 4840 767 620 6.3 84 507 311 5101579
Kluyveromyces thermotolerans CBS 6340 E 5092 3305 65 41 4762 776 632 6.1 84 491 312 4971566
Lachancea kluyveri  E 5321 3413 64 40 4954 782 642 6.3 84 497 313 5171624
Kluyveromyces waltii E 5214 3239 62 41 4644 763 619 6.1 84 464 305 4921540
Ashbya gossypii ATCC 10895  E 4703 3026 64 41 4417 765 600 5.8 83 491 311 5031537
Zygosaccharomyces rouxii  E 4991 3212 64 41 4681 777 629 6 83 496 315 5131559
Saccharomyces mikatae MIT E 9016 3778 42 36 5243 766 636 6.8 85 325 281 5031655
Saccharomyces paradoxus MIT E 8939 3653 41 36 5267 768 647 6.9 85 345 302 5111649
Saccharomyces cerevisiae 76 E 6692 3654 55 39 5383 777 664 6.9 86 450 318 5361628
Saccharomyces bayanus MIT E 9385 3756 40 36 5237 760 636 6.9 85 320 285 4951657
Kluyveromyces lactis E 5076 3213 63 41 4672 770 625 6.1 84 485 313 5071578
Daldinia eschscholzii EC12 v1.0 E 11173 6451 58 40 9120 901 715 10.1 90 466 322 6672213
Apiospora montagnei NRRL 25634 v1.0 E 16992 8184 48 38 11594 922 745 12.6 92 420 327 7112432
Magnaporthe poae ATCC 64411 22 E 11370 5290 47 33 7433 850 615 8.7 89 433 307 6282066
Magnaporthe grisea 70-15  E 11054 6106 55 38 8868 886 691 10 90 481 331 6742231
Podospora anserina  E 10614 6003 57 37 8715 905 700 9.6 90 497 321 6982252
Sporotrichum thermophile ATCC 42464  E 8806 5012 57 38 7281 870 673 8.4 88 478 319 6522062
Thielavia terrestris NRRL 8126  E 9815 5410 55 38 7804 869 685 9 89 465 319 6612101
Chaetomium globosum CBS 148.51  E 11124 5942 53 36 8874 863 639 10.3 90 493 336 7092300
Neurospora tetrasperma  E 10640 4920 46 32 7148 866 685 8.3 88 461 319 6562082
Neurospora discreta FGSC 8579  E 9948 4819 48 33 6997 868 684 8.1 88 468 320 6392077
Neurospora crassa OR74A  E 9907 5172 52 33 7481 883 694 8.5 88 501 317 6632123
Cryphonectria parasitica  E 11184 6433 58 41 9111 900 702 10.1 90 464 327 6782194
Verticillium albo-atrum VaMs.102  E 10220 5763 56 39 7980 875 621 9.1 89 437 306 6372116
Verticillium dahliae VdLs.17  E 10535 6094 58 39 8548 894 687 9.6 90 473 316 6722201
Acremonium alcalophilumv 1.0 E 9491 4737 50 35 6930 863 671 8 88 450 317 6371993
Glomerella graminicola 22 E 12020 6882 57 40 9866 906 747 10.9 91 465 325 6882296
Fusarium graminearum  E 13321 7179 54 39 10215 921 732 11.1 91 445 325 7242327
Nectria haematococca mpVI  E 15707 9568 61 41 13156 915 742 14.4 93 479 322 7352409
Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici 4286  E 17701 9690 55 41 13194 912 733 14.5 93 407 305 7352455
Fusarium verticillioides 7600  E 14188 7910 56 42 10913 903 736 12.1 92 419 314 7022337
Trichoderma asperellum CBS 433.97 v1.0 E 12586 6886 55 40 9932 906 707 11 91 441 326 7082291
Trichoderma atroviride  E 11100 6786 61 42 9662 895 701 10.8 91 471 324 6882223
Trichoderma citrinoviride v1.0 E 9397 5887 63 41 8491 902 684 9.4 89 488 322 6932153
Trichoderma reesei 1.2 E 9129 5667 62 41 8213 894 692 9.2 89 491 327 6772107
Trichoderma virens Gv29-8  E 11643 7274 62 44 10585 910 710 11.6 91 478 333 7222304
Trichoderma longibrachiatum ATCC 18648 v1.0 E 10792 5568 52 39 7988 885 655 9 89 423 316 6752114
Trichoderma harzianum CBS 226.95 v1.0 E 14095 7813 55 41 11261 918 722 12.3 92 440 328 7432366
Amorphotheca resinae v1.0 E 9642 5330 55 38 7579 878 703 8.6 88 455 314 6362052
Botrytis cinerea B05.10  E 16448 6236 38 34 8667 865 643 10 90 334 302 6442217
Sclerotinia sclerotiorum  E 14522 5852 40 35 8330 874 672 9.5 90 362 312 6532176
Blumeria graminis 22 E 6470 3582 55 35 5188 794 588 6.5 85 484 307 5301691
Paracoccidioides brasiliensis Pb18  E 8741 4243 49 34 6156 847 620 7.3 86 448 313 5981958
Coccidioides posadasii RMSCC 3488  E 9964 4750 48 36 6892 860 654 8 88 415 318 6241965
Coccidioides immitis RS  E 9910 4958 50 37 7178 865 666 8.3 88 435 318 6271987
Ajellomyces dermatitidis SLH14081  E 9555 4757 50 35 6819 873 651 7.8 87 449 315 6242015
Histoplasma capsulatum class NAmI strain WU24  E 9251 4465 48 35 6328 840 601 7.5 87 426 305 5941957
Microsporum canis CBS 113480  E 8765 5049 58 40 7516 868 650 8.7 88 486 334 6412054
Trichophyton equinum CBS 127.97  E 8560 4639 54 38 6797 851 627 8 87 458 324 6131967
Trichophyton verrucosum HKI 0517  E 8023 4538 57 38 6707 824 613 8.1 88 488 330 6021954
Arthroderma benhamiae CBS 112371  E 7980 4522 57 38 6726 826 613 8.1 88 493 332 6151965
Trichophyton tonsurans CBS 112818  E 8521 4735 56 38 6960 857 636 8.1 88 469 325 6191987
Trichophyton rubrum CBS 118892  E 8706 4798 55 39 7040 867 647 8.1 88 463 324 6122007
Uncinocarpus reesii 1704  E 7798 4458 57 39 6572 832 621 7.9 87 478 325 6261948
Aspergillus zonatus v1.0 E 11362 7184 63 44 10670 1040 884 10.3 90 470 329 9312627
Penicillium chrysogenum Wisconsin 54-1255  E 12788 6988 55 39 9986 889 731 11.2 91 449 324 6902223
Penicillium chrysogenum v1.0 E 11396 6823 60 42 9764 903 732 10.8 91 468 327 6962219
Aspergillus acidus v1.0 E 13530 7519 56 42 10966 912 727 12 92 447 336 7392394
Aspergillus fumigatus Af293 E 9887 6055 61 42 8819 885 716 10 90 485 330 6982211
Aspergillus brasiliensis v1.0 E 13000 7699 59 43 11188 909 730 12.3 92 464 334 7372367
Aspergillus nidulans FGSC A4  E 10560 6671 63 43 9710 899 727 10.8 91 487 332 6992279
Aspergillus sydowii v1.0 E 13620 8384 62 44 11964 910 741 13.1 92 464 329 7782431
Aspergillus versicolor v1.0 E 13228 8532 64 45 12357 908 745 13.6 93 480 337 7612455
Aspergillus glaucus E 11277 6435 57 41 9203 887 702 10.4 90 438 316 7052220
Aspergillus carbonarius ITEM 5010  E 10238 6795 66 45 9895 894 727 11.1 91 503 338 7152225
Neosartorya fischeri NRRL 181  E 10407 6526 63 43 9498 902 731 10.5 91 488 332 7012251
Aspergillus terreus NIH2624  E 10406 6643 64 44 9919 891 720 11.1 91 499 344 7832361
Aspergillus tubingensis v1.0 E 12322 7346 60 43 10810 908 730 11.9 92 474 342 7352349
Aspergillus wentii v1.0 E 12442 7516 60 43 10789 909 730 11.9 92 462 327 7392331
Aspergillus oryzae RIB40  E 12063 7445 62 46 10585 871 723 12.2 92 449 333 7072256
Aspergillus niger 22 E 14068 7314 52 40 10668 889 716 12 92 440 339 6852273
Aspergillus niger ATCC 1015  E 8592 5367 62 44 7734 737 521 10.5 90 487 342 5211709
Aspergillus flavus NRRL3357  E 12587 7665 61 45 11216 920 732 12.2 92 459 340 8302499
Aspergillus clavatus NRRL 1  E 9120 5708 63 42 8404 890 716 9.4 89 494 331 6752118
Penicillium marneffei ATCC 18224  E 10638 6895 65 42 10055 895 729 11.2 91 503 328 7042278
Didymella exigua CBS 183.55 v1.0 E 12394 6221 50 37 8784 912 734 9.6 90 423 315 6852243
Leptosphaeria maculans 22 E 12469 5528 44 34 8032 893 694 9 89 418 319 6762242
Setosphaeria turcica v1.0 E 11702 6391 55 39 9242 899 724 10.3 90 455 324 6912289
Cochliobolus miyabeanus ATCC 44560 v1.0 E 12007 6437 54 39 9216 903 736 10.2 90 445 323 6782279
Cochliobolus victoriae FI3 v1.0 E 12894 6665 52 39 9568 904 732 10.6 91 431 323 6922316
Cochliobolus carbonum 26-R-13 v1.0 E 12857 6561 51 39 9468 907 732 10.4 90 428 326 6862307
Cochliobolus heterostrophus  E 9633 6128 64 44 8812 891 724 9.9 90 473 329 6552184
Alternaria brassicicola  E 10688 5572 52 37 7936 860 667 9.2 89 444 311 6812232
Cochliobolus lunatus m118 v2.0 E 12131 6504 54 39 9317 901 726 10.3 90 443 324 6762282
Pyrenophora teres f. teres 22 E 11799 6373 54 38 9317 899 721 10.4 90 463 326 7172320
Pyrenophora tritici-repentis  E 12169 6196 51 37 8937 905 702 9.9 90 449 324 7002253
Stagonospora nodorum  E 16597 7261 44 35 10114 907 709 11.2 91 389 312 7002374
Mycosphaerella graminicola IPO323  E 11395 6017 53 39 8413 886 704 9.5 89 430 316 6592151
Zasmidium cellare ATCC 36951 v1.0 E 16015 9284 58 41 12624 907 734 13.9 93 449 318 7172379
Dothistroma septosporum E 12580 6270 50 38 8679 895 711 9.7 90 407 308 6512149
Septoria musiva v1.0 E 10233 5626 55 39 8006 890 706 9 89 449 319 6632131
Mycosphaerella fijiensis CIRAD86  E 10313 5806 56 41 8106 866 686 9.4 89 434 314 6232026
Aureobasidium pullulans var. subglaciale EXF-2481 v1.0 E 10809 6110 57 40 8672 895 731 9.7 90 452 317 6682158
Tuber melanosporum Mel28 22 E 7496 4194 56 39 6090 841 651 7.2 86 438 304 6221917
Tuber melanosporum Vittad  E 12826 7043 55 47 10379 858 661 12.1 92 370 314 6652129
Schizosaccharomyces cryophilus OY26 22 E 5180 3339 64 45 4980 760 569 6.6 85 451 315 5451552
Schizosaccharomyces octosporus yFS286  E 4925 3275 66 45 4901 760 567 6.4 84 464 316 5461531
Schizosaccharomyces japonicus yFS275  E 4814 3196 66 45 4807 752 549 6.4 84 468 316 5431525
Schizosaccharomyces pombe E 5035 3356 67 45 5024 777 590 6.5 85 470 319 5541561
Malassezia globosa CBS 7966  E 8606 5757 67 42 8344 747 513 11.2 91 483 303 4851492
Sporisorium reilianum 22 E 6673 4152 62 34 6143 865 647 7.1 86 596 322 6121946
Ustilago maydis  E 6522 3970 61 33 5954 828 623 7.2 86 612 329 5951900
Mixia osmundae IAM 14324 v1.0 E 6903 3831 55 36 5708 832 597 6.9 85 499 321 6081872
Cronartium quercuum f. sp. fusiforme G11 v1.0 E 13903 4616 33 29 6369 835 587 7.6 87 330 290 5691897
Puccinia graminis f. sp. tritici CRL 75-36-700-3  E 20566 5574 27 21 7463 799 525 9.3 89 368 280 5511871
Melampsora laricis-populina  E 16694 5182 31 23 6923 829 591 8.4 88 377 282 5541892
Rhodotorula graminis WP1 v1.0 E 7283 4331 59 36 6159 849 624 7.3 86 500 307 5811896
Sporobolomyces roseus IAM 13481  E 5536 3557 64 36 5240 797 603 6.6 85 564 320 5261703
Microbotryum violaceum 22 E 7819 4595 59 34 6642 841 614 7.9 87 537 312 6061942
Wallemia sebi v1.0 E 5284 3365 64 46 4881 796 579 6.1 84 422 306 5271586
Sphaerobolus stellatus v1.0 E 35274 12718 36 32 16398 875 672 18.7 95 308 270 7382551
Piloderma croceum F 1598 v1.0 E 21583 8020 37 33 10932 885 672 12.4 92 331 293 6952386
Serpula lacrymans var. lacrymans S7.9  E 12917 5459 42 38 7595 844 643 9 89 338 305 6101946
Coniophora puteana E 13761 6917 50 36 9512 849 654 11.2 91 437 313 6522096
Hydnomerulius pinastri v2.0 E 13270 6484 49 37 8944 874 662 10.2 90 405 304 6532149
Paxillus rubicundulus Ve08.2h10 v1.0 E 22065 5895 27 28 7951 867 641 9.2 89 263 278 6222014
Pisolithus microcarpus 441 v1.0 E 21064 6566 31 30 8868 857 622 10.3 90 281 273 6322125
Pisolithus tinctorius Marx 270 v1.0 E 22701 6701 30 29 9014 862 638 10.5 90 289 280 6262095
Scleroderma citrinum Foug A v1.0 E 21012 6747 32 30 9054 858 629 10.6 91 298 275 6252118
Coprinopsis cinerea okayama7 130 v3 E 13342 6322 47 32 8840 873 649 10.1 90 462 308 6862175
Pleurotus ostreatus  E 11603 6284 54 37 8663 873 670 9.9 90 444 307 6552110
Amanita thiersii Skay4041 v1.0 E 10354 5532 53 38 7697 870 674 8.8 89 422 300 6522034
Amanita muscaria Koide v1.0 E 18153 6846 38 34 9417 866 631 10.9 91 327 291 6642185
Galerina marginata v1.0 E 21461 8543 40 31 11478 889 684 12.9 92 383 298 6932341
Hebeloma cylindrosporum h7 v2.0 E 15382 6584 43 33 8962 882 662 10.2 90 385 298 6692191
Laccaria bicolor S238N-H82  E 20614 7654 37 29 10387 869 644 12 92 366 282 6232241
Agaricus bisporus var. bisporus  E 10438 5646 54 39 7793 848 652 9.2 89 425 306 6401973
Schizophyllum commune  E 13181 6716 51 34 9088 881 678 10.3 90 445 298 6542122
Stereum hirsutum FP-91666 SS1  v1.0 E 14072 7399 53 36 10216 881 689 11.6 91 457 311 6732244
Heterobasidion annosum  E 12270 5578 45 36 7708 880 675 8.8 89 382 300 6312021
Gloeophyllum trabeumv1.0 E 11846 6322 53 39 8679 888 685 9.8 90 420 305 6672158
Punctularia strigosozonata v1.0 E 11538 6332 55 39 8828 865 662 10.2 90 439 311 6612118
Sebacina vermifera MAFF 305830 v1.0 E 15312 7389 48 37 10619 868 648 12.2 92 409 311 6672284
Fomitiporia mediterranea v1.0 E 11333 6011 53 39 8511 855 665 10 90 427 316 6572090
Tulasnella calospora AL13/4D v1.0 E 19659 8623 44 37 11960 867 628 13.8 93 340 288 6682283
Postia placenta  E 17173 9446 55 36 13067 864 652 15.1 93 458 302 7242483
Wolfiporia cocos MD-104 SS10  v1.0 E 12746 6196 49 36 8522 877 663 9.7 90 408 303 6422093
Fomitopsis pinicolav1.0 E 14724 6942 47 35 9390 888 672 10.6 91 395 296 6472149
Fomitopsis pinicola FP-58527 SS1 v3.0 E 13885 6803 49 36 9217 881 670 10.5 90 404 298 6502133
Phanerochaete chrysosporium RP-78 2.1 E 10048 5970 59 40 8222 834 661 9.9 90 454 305 6291982
Dichomitus squalens E 12290 6287 51 38 8732 866 675 10.1 90 418 309 6522092
Trametes versicolor v1.0 E 14296 7013 49 35 9501 871 678 10.9 91 421 303 6632120
Tremella mesenterica  E 8313 4084 49 32 5807 822 585 7.1 86 465 299 5621787
Spizellomyces punctatus DAOM BR117  E 8804 5463 62 39 8537 896 708 9.5 90 519 324 8652402
Conidiobolus coronatus NRRL28638 v1.0 E 10635 6161 58 47 8249 827 622 10 90 347 283 5931893
Mortierella verticillata NRRL 6337  E 12569 7504 60 37 11326 891 711 12.7 92 518 320 7772439
Phycomyces blakesleeanus  E 14792 6906 47 35 10037 858 681 11.7 91 391 292 7022170
Rhizopus oryzae RA 99-880  E 17459 8318 48 41 12131 834 643 14.5 93 342 297 7272339
Mucor circinelloides  E 10930 6904 63 44 9999 871 698 11.5 91 424 298 7002195
Rhizomucor miehei CAU432  E 10345 6055 59 42 9121 865 685 10.5 91 419 304 7952409
Catenaria anguillulae PL171 v1.0 E 14188 6002 42 30 8337 849 616 9.8 90 411 294 6192149
Allomyces macrogynus ATCC 38327  E 17600 10099 57 34 14532 850 623 17.1 94 510 305 7562692
Cyanidioschyzon merolae strain 10D 22 E 4998 3277 66 40 4745 813 553 5.8 83 503 306 5161656
Cyanidioschyzon merolae E 5014 3300 66 40 4769 821 557 5.8 83 503 305 5211658
Porphyridium purpureum 02_2012 E 8355 4991 60 38 7032 836 588 8.4 88 479 301 6191971
Cryptosporidium hominis E 3934 1810 46 29 2586 503 236 5.1 81 450 280 276969
Cryptosporidium muris E 3934 2123 54 28 3206 560 292 5.7 83 586 309 3361122
Cryptosporidium parvum Iowa II E 3805 2003 53 27 3021 533 272 5.7 82 597 311 3091037
Neospora caninum E 7082 3658 52 19 5772 711 381 8.1 88 853 316 4991725
Toxoplasma gondii VEG E 7846 3362 43 19 5098 690 381 7.4 86 699 310 4581625
Toxoplasma gondii ME49 E 7993 3600 45 19 5483 722 392 7.6 87 744 311 4801700
Toxoplasma gondii GT1 E 8102 3406 42 19 5136 700 384 7.3 86 682 310 4641651
Babesia bovis T2Bo  E 8029 3982 50 30 5734 556 282 10.3 90 487 293 3311057
Theileria parva   E 4079 1948 48 29 2761 568 262 4.9 79 465 287 3121048
Theileria annulata E 3795 1908 50 28 2784 558 263 5 80 534 301 3151031
Plasmodium falciparum 3D7  E 5385 2735 51 22 4219 664 320 6.4 84 762 327 4071405
Plasmodium vivax SaI-1 7.0 E 5432 2549 47 20 3744 660 321 5.7 82 694 302 3861337
Plasmodium knowlesi strain H  E 5185 2529 49 20 3702 658 320 5.6 82 720 301 3831324
Plasmodium yoelii ssp. yoelii 1  E 7861 2624 33 22 3671 642 309 5.7 83 432 280 3701303
Plasmodium chabaudi  E 5124 2629 51 23 3791 658 325 5.8 83 676 297 3781334
Plasmodium berghei ANKA  E 4858 2501 51 22 3665 653 324 5.6 82 692 300 3761324
Paramecium tetraurelia  E 39525 18956 48 31 28398 744 430 38.2 97 455 298 6992725
Tetrahymena thermophila SB210 1  E 24725 11743 47 27 20279 777 439 26.1 96 649 364 7593089
Ichthyophthirius multifiliis strain G5  E 8056 5083 63 47 7691 639 373 12 92 414 311 5661733
Symbiodinium minutum clade B1 v1.2 E 47014 21997 47 26 34743 942 591 36.9 97 569 314 24146738
Perkinsus marinus ATCC 50983  E 23654 11343 48 39 15407 769 496 20 95 321 262 7392673
Leishmania mexicana 2.4 E 8041 4209 52 26 5976 695 397 8.6 88 635 309 4691684
Leishmania major strain Friedlin  E 8408 4431 53 26 6298 702 399 9 89 631 309 4711709
Leishmania infantum JPCM5 2.4 E 8216 4294 52 26 6092 698 394 8.7 89 628 309 4691700
Leishmania braziliensis MHOM/BR/75/M2904 2.4 E 8310 4333 52 26 6119 697 393 8.8 89 623 307 4671719
Trypanosoma vivax  E 11885 4342 37 25 5931 668 370 8.9 89 434 297 4571641
Trypanosoma cruzi strain CL Brener E 10320 4719 46 28 6449 658 352 9.8 90 501 311 4181614
Trypanosoma congolense 2.4 E 13459 4862 36 26 6657 678 373 9.8 90 410 299 4591688
Trypanosoma brucei gambiense v4.1 E 9895 4049 41 28 5729 679 383 8.4 88 454 309 4591620
Trypanosoma brucei TREU927 v4.1 E 9826 4543 46 30 6431 680 386 9.5 89 493 317 4591616
Giardia lamblia 2.3 E 5064 2735 54 29 4240 485 201 8.7 89 621 335 2341020
Guillardia theta CCMP2712 v1.0  E 24840 12293 49 33 17471 946 641 18.5 95 409 271 11073414
Naegleria gruberi  E 15753 9232 59 37 13179 843 569 15.6 94 491 309 8462785
Emiliania huxleyi CCMP1516  E 39125 20062 51 38 26052 963 617 27.1 96 340 252 13314063
Trichomonas vaginalis  E 97883 27111 28 26 33248 661 330 50.3 98 287 271 5062025
Ectocarpus siliculosus E 16533 8641 52 30 12717 912 641 13.9 93 513 298 9503083
Aureococcus anophagefferens  E 11501 8124 71 40 11868 842 579 14.1 93 522 297 9562727
Albugo laibachii 22 E 13804 6173 45 33 10200 818 544 12.5 92 456 336 8252289
Pythium iwayamai DAOM BR242034 22 E 15255 8122 53 35 12072 876 618 13.8 93 445 294 9572878
Pythium arrhenomanes ATCC 12531 22 E 13805 7842 57 38 11634 889 610 13.1 92 446 294 10442963
Pythium ultimum v1.7-2 E 15323 8519 56 39 12672 900 651 14.1 93 432 301 9392839
Pythium aphanidermatum DAOM BR444 22 E 12312 7257 59 38 11220 889 632 12.6 92 489 316 10022892
Pythium irregulare DAOM BR486 22 E 13805 7843 57 35 12003 894 653 13.4 93 497 311 9972922
Pythium vexans DAOM BR484 22 E 11958 7185 60 37 11319 893 655 12.7 92 524 325 10272953
Phytophthora ramorum 1.1 E 15743 9232 59 40 13977 882 664 15.8 94 475 322 10543010
Phytophthora sojae 1.1 E 19027 10343 54 38 16145 879 652 18.4 95 499 347 10663149
Phytophthora infestans T30-4  E 22658 10216 45 35 15000 901 658 16.6 94 392 301 10313066
Phytophthora capsici  E 17414 9375 54 42 13746 967 761 14.2 93 381 296 12903049
Hyaloperonospora arabidopsidis 22 E 14321 5542 39 34 8026 827 569 9.7 90 323 285 7292205
Phaeodactylum tricornutumCCAP 1055/1 E 10402 6099 59 36 8206 858 597 9.6 90 461 285 6282062
Fragilariopsis cylindrus E 27143 12412 46 30 16016 908 593 17.6 94 408 265 7262688
Thalassiosira pseudonana CCMP1335 E 11776 6672 57 32 9040 887 623 10.2 90 496 277 6532268
Acholeplasma laidlawii PG-8A E 1380 963 70 61 1411 470 278 3 67 327 288 258567

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains · Meta-genomics · Pseudogenes · Other ]

Prokaryotes
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Pandoraea sp. RB-44 B 4781 3487 73 68 5037 765 676 6.6 85 320 299 4881243
butyrate-producing bacterium SSC/2 B 2767 1775 64 61 2591 596 396 4.3 77 293 281 384861
Geobacillus sp. JF8 B 3586 2301 64 66 3302 739 641 4.5 78 279 289 4621052
Escherichia fergusonii ATCC 35469 B 4314 3002 70 64 4402 846 1059 5.2 81 319 294 5761295
Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' B 4228 3003 71 68 4425 839 1061 5.3 81 310 295 5661252
Salmonella bongori NCTC 12419 B 3863 2830 73 66 4186 814 1006 5.1 81 329 298 5551205
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi C strain RKS4594 B 4639 3040 66 64 4417 833 1028 5.3 81 294 288 5481241
Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 B 4321 2776 64 61 4154 814 935 5.1 80 315 301 5321223
Yersinia pestis Pestoides F B 4068 2830 70 64 4147 810 934 5.1 80 317 293 5291227
Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081 B 4025 2939 73 66 4308 833 958 5.2 81 322 292 5581260
Shigella sonnei Ss046 B 4466 3137 70 66 4439 848 1054 5.2 81 302 282 5591249
Shigella flexneri 5 str. 8401 B 4114 2912 71 67 4150 813 998 5.1 80 299 281 5461200
Shigella dysenteriae Sd197 B 4499 2875 64 64 3995 799 980 5 80 260 261 5201149
Shigella boydii CDC 3083-94 B 4557 2797 61 62 3933 815 1005 4.8 79 271 273 5241186
Pectobacterium wasabiae WPP163 B 4437 3068 69 65 4454 824 922 5.4 81 320 302 5571241
Pectobacterium sp. SCC3193 B 4705 3179 68 65 4595 823 922 5.6 82 311 297 5621260
Pectobacterium atrosepticum SCRI1043 B 4472 3146 70 66 4618 821 926 5.6 82 323 303 5561240
Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1 B 4246 3089 73 67 4513 822 921 5.5 82 329 303 5491230
Erwinia tasmaniensis Et1/99 B 3622 2486 69 63 3613 781 874 4.6 78 317 291 4991106
Erwinia sp. Ejp617 B 3672 2390 65 62 3458 779 853 4.4 77 302 287 4821097
Erwinia billingiae Eb661 B 4917 3547 72 68 5180 809 949 6.4 84 317 300 5471223
Erwinia pyrifoliae Ep1/96 B 3697 2438 66 61 3516 781 854 4.5 78 310 286 4861112
Erwinia amylovora ATCC 49946 B 3565 2343 66 63 3448 793 865 4.3 77 310 295 5031113
Photorhabdus asymbiotica B 4417 2695 61 58 4022 795 851 5.1 80 319 305 5111203
Photorhabdus luminescens subsp. laumondii TTO1 B 4683 2959 63 58 4378 801 859 5.5 82 327 301 5191211
Buchnera aphidicola BCc B 362 331 91 83 545 290 207 1.9 47 330 300 154271
Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina brevipalpis B 617 530 86 77 824 405 321 2 51 329 294 202401
Sodalis glossinidius str. 'morsitans' B 2516 1643 65 61 2369 681 689 3.5 71 287 270 399886
Enterobacter sp. R4-368 B 4827 3373 70 66 4943 821 1013 6 83 309 294 5691266
Enterobacter sp. 638 B 4240 3093 73 67 4502 807 1011 5.6 82 320 293 5451207
Enterobacter asburiae LF7a B 4612 3353 73 68 4895 826 1026 5.9 83 318 296 5711255
Enterobacter cloacae subsp. dissolvens SDM B 4542 3369 74 68 4959 830 1022 6 83 321 295 5681272
Cronobacter turicensis z3032 B 4452 2961 67 65 4321 815 978 5.3 81 302 295 5551238
Cronobacter sakazakii ES15 B 3916 2794 71 66 4109 807 970 5.1 80 318 295 5471205
Klebsiella oxytoca E718 B 6023 4241 70 68 6100 849 1074 7.2 86 303 292 6021376
Klebsiella variicola At-22 B 5057 3850 76 71 5614 833 1058 6.7 85 316 296 5821311
Klebsiella pneumoniae NTUH-K2044 B 5262 3811 72 70 5550 827 1064 6.7 85 308 297 5871332
Enterobacter aerogenes KCTC 2190 B 4912 3551 72 68 5163 844 1055 6.1 84 312 295 5801284
Citrobacter rodentium ICC168 B 4909 3268 67 62 4718 860 1050 5.5 82 312 292 5731307
Citrobacter koseri ATCC BAA-895 B 5006 3200 64 66 4711 827 1049 5.7 82 289 300 5721267
Serratia sp. AS12 B 4952 3650 74 69 5375 829 989 6.5 85 318 299 5811303
Serratia symbiotica str. 'Cinara cedri' B 672 583 87 78 936 420 386 2.2 55 338 303 240438
Serratia sp. ATCC 39006 B 4414 3255 74 70 4790 790 911 6.1 84 320 303 5641250
Serratia plymuthica AS9 B 4952 3650 74 69 5375 829 989 6.5 85 318 299 5811302
Serratia proteamaculans 568 B 4942 3689 75 68 5348 844 995 6.3 84 322 295 5791299
Proteus mirabilis HI4320 B 3662 2484 68 63 3625 786 848 4.6 78 314 290 5141133
Edwardsiella ictaluri 93-146 B 3735 2251 60 62 3318 781 859 4.2 76 283 291 5051105
Edwardsiella tarda EIB202 B 3591 2380 66 65 3539 781 855 4.5 78 301 296 5141142
Candidatus Blochmannia floridanus B 583 518 89 80 813 393 336 2.1 52 335 301 207394
Candidatus Hamiltonella defensa 5AT (Acyrthosiphon pisum) B 2148 1195 56 57 1726 558 487 3.1 68 270 275 309674
Dickeya dadantii Ech703 B 3970 3040 77 71 4522 775 898 5.8 83 334 309 5501214
Dickeya zeae Ech1591 B 4163 3046 73 66 4391 805 900 5.5 82 326 295 5411214
Xenorhabdus bovienii SS-2004 B 4256 2340 55 60 3619 761 796 4.8 79 282 310 4831112
Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 B 4469 2509 56 60 3794 768 802 4.9 80 284 302 4971130
Halyomorpha halys symbiont B 825 681 83 79 1076 468 460 2.3 57 316 302 262494
Pantoea sp. At-9b B 5770 4258 74 70 6182 837 978 7.4 86 317 300 5841319
Pantoea vagans C9-1 B 4590 3217 70 69 4687 810 934 5.8 83 304 298 5451237
Pantoea ananatis LMG 20103 B 4241 3128 74 69 4560 804 937 5.7 82 324 302 5471251
Candidatus Riesia pediculicola USDA B 555 425 77 80 663 322 258 2.1 51 282 296 163316
Rahnella sp. Y9602 B 5111 3627 71 66 5274 824 964 6.4 84 318 297 5591269
Rahnella aquatilis CIP 78.65 = ATCC 33071 B 4866 3549 73 67 5167 827 966 6.2 84 324 298 5581278
Haemophilus parasuis SH0165 B 2021 1401 69 66 2028 625 587 3.2 69 296 282 370790
Haemophilus ducreyi 35000HP B 1717 1069 62 63 1567 561 504 2.8 64 280 281 318668
Haemophilus parainfluenzae T3T1 B 1975 1408 71 66 2066 637 603 3.2 69 313 290 374811
Haemophilus influenzae PittEE B 1612 1213 75 71 1760 581 558 3 67 298 280 335722
Haemophilus somnus 129PT B 1798 1281 71 65 1942 594 573 3.3 69 328 298 348760
Pasteurella multocida subsp. multocida str. 3480 B 2223 1566 70 65 2266 650 635 3.5 71 315 292 387860
Actinobacillus succinogenes 130Z B 2079 1599 77 70 2382 650 655 3.7 73 326 298 414863
Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 5b str. L20 B 2013 1520 76 68 2239 646 629 3.5 71 324 292 392838
Aggregatibacter aphrophilus NJ8700 B 2219 1483 67 65 2163 644 612 3.4 70 297 291 390851
Aggregatibacter actinomycetemcomitans D7S-1 B 2255 1496 66 64 2178 613 589 3.6 72 296 287 382815
Gallibacterium anatis UMN179 B 2500 1707 68 62 2466 668 665 3.7 73 317 286 405900
Xylella fastidiosa M23 B 2201 1371 62 61 2090 631 492 3.3 70 309 305 389824
Xanthomonas axonopodis pv. citri str. 306 B 4427 3006 68 61 4455 782 669 5.7 82 341 309 5491301
Xanthomonas albilineans GPE PC73 B 3208 2179 68 64 3442 703 596 4.9 80 350 328 4881093
Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A B 4988 2782 56 56 3995 737 612 5.4 82 285 287 4961172
Xanthomonas campestris pv. campestris str. B100 B 4466 2923 65 61 4311 770 649 5.6 82 330 308 5431301
Stenotrophomonas maltophilia K279a B 4386 2886 66 60 4286 760 642 5.6 82 327 298 5081219
Pseudoxanthomonas spadix BD-a59 B 3149 2185 69 65 3234 726 598 4.5 78 319 297 4711087
Pseudoxanthomonas suwonensis 11-1 B 3070 2175 71 65 3231 726 615 4.5 78 330 303 4801104
Vibrio sp. Ex25 B 4518 3100 69 63 4628 804 845 5.8 83 320 295 5621314
Vibrio harveyi ATCC BAA-1116 B 6041 3539 59 58 5047 805 846 6.3 84 286 284 5591344
Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 B 4831 3142 65 62 4666 795 854 5.9 83 309 295 5481309
Vibrio splendidus LGP32 B 4432 2992 68 62 4469 777 799 5.8 83 322 295 5341281
Vibrio anguillarum 775 B 3732 2496 67 63 3748 761 770 4.9 80 312 295 5381199
Vibrio furnissii NCTC 11218 B 4455 3182 71 66 4741 804 840 5.9 83 315 291 5501312
Vibrio vulnificus MO6-24/O B 4562 3067 67 63 4593 796 844 5.8 83 316 296 5571292
Vibrio cholerae O395 B 3875 2573 66 63 3883 779 801 5 80 312 296 5501223
Aliivibrio salmonicida LFI1238 B 3911 2467 63 58 3591 736 745 4.9 80 308 284 4911123
Vibrio fischeri MJ11 B 4039 2694 67 61 4022 766 778 5.3 81 323 294 5261208
Photobacterium profundum SS9 B 5489 3589 65 60 5238 800 845 6.5 85 316 290 5821377
Pseudomonas sp. TKP B 6297 4398 70 64 6523 824 793 7.9 87 328 302 5731438
Pseudomonas sp. UW4 B 5423 3974 73 67 5913 827 785 7.1 86 331 304 5801393
Pseudomonas brassicacearum subsp. brassicacearum NFM421 B 6095 4307 71 65 6484 823 794 7.9 87 329 305 5971452
Pseudomonas entomophila L48 B 5134 3627 71 65 5571 811 765 6.9 85 339 313 5761378
Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 B 5619 3759 67 62 5610 814 755 6.9 85 330 307 5691356
Pseudomonas stutzeri A1501 B 4127 2930 71 65 4377 768 730 5.7 82 329 300 5381279
Pseudomonas fulva 12-X B 4461 3200 72 66 4782 775 741 6.2 84 325 299 5371248
Pseudomonas putida F1 B 5249 3724 71 65 5679 815 774 7 86 335 308 5591365
Pseudomonas protegens Pf-5 B 6108 4361 71 66 6604 826 800 8 87 338 310 5981443
Pseudomonas fluorescens SBW25 B 5921 4249 72 66 6358 821 780 7.7 87 333 305 5641399
Pseudomonas mendocina ymp B 4594 3260 71 65 4921 789 756 6.2 84 328 301 5631310
Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14 B 5892 4178 71 65 6253 846 850 7.4 86 330 302 5741447
Pseudomonas sp. VLB120 B 5479 3637 66 63 5487 808 766 6.8 85 317 301 5571343
Cellvibrio japonicus Ueda107 B 3750 2529 67 60 3974 746 644 5.3 81 366 324 5791261
Azotobacter vinelandii DJ B 5050 3333 66 67 4972 801 744 6.2 84 303 309 5411287
Psychrobacter sp. G B 2614 1813 69 64 2696 685 537 3.9 75 328 301 415989
Psychrobacter sp. PRwf-1 B 2385 1713 72 62 2524 658 527 3.8 74 347 301 398929
Psychrobacter arcticus 273-4 B 2120 1512 71 63 2237 643 495 3.5 71 335 298 374875
Psychrobacter cryohalolentis K5 B 2511 1814 72 64 2687 678 533 4 75 341 300 411984
Acinetobacter oleivorans DR1 B 3874 2643 68 65 3842 717 616 5.4 81 310 294 4451042
Acinetobacter calcoaceticus PHEA-2 B 3599 2553 71 66 3670 715 606 5.1 81 312 291 4301041
Acinetobacter baumannii ATCC 17978 B 3367 2474 73 67 3470 701 541 5 80 284 258 4131025
Acinetobacter sp. ADP1 B 3307 2295 69 65 3365 696 594 4.8 79 317 299 4331008
Moraxella catarrhalis RH4 B 1886 1185 63 66 1787 597 454 3 67 282 296 359757
Shewanella piezotolerans WP3 B 4933 3039 62 60 4567 763 737 6 83 308 301 5431267
Shewanella loihica PV-4 B 3859 2765 72 64 4216 764 744 5.5 82 340 304 5441227
Shewanella halifaxensis HAW-EB4 B 4278 2982 70 62 4485 771 753 5.8 83 338 302 5381261
Shewanella sediminis HAW-EB3 B 4497 3237 72 64 4828 761 752 6.3 84 339 300 5511268
Shewanella denitrificans OS217 B 3754 2585 69 61 3901 758 712 5.1 81 340 302 5381213
Shewanella pealeana ATCC 700345 B 4241 2959 70 62 4401 761 748 5.8 83 338 299 5341244
Shewanella oneidensis MR-1 B 4214 2856 68 61 4283 795 752 5.4 81 331 299 5431270
Shewanella baltica OS185 B 4394 2980 68 60 4457 794 775 5.6 82 336 300 5501292
Shewanella woodyi ATCC 51908 B 4880 3318 68 60 4988 805 773 6.2 84 344 303 6051384
Shewanella sp. MR-4 B 3924 2788 71 63 4187 781 775 5.4 81 342 303 5351267
Shewanella amazonensis SB2B B 3645 2684 74 65 4086 757 756 5.4 81 346 306 5421229
Shewanella violacea DSS12 B 4346 2721 63 60 4087 777 735 5.3 81 311 299 5431235
Shewanella frigidimarina NCIMB 400 B 4029 2851 71 64 4295 762 737 5.6 82 336 302 5391244
Shewanella putrefaciens CN-32 B 3972 2755 69 62 4136 778 747 5.3 81 333 297 5301233
Idiomarina loihiensis L2TR B 2628 1921 73 66 2889 685 638 4.2 76 331 299 448992
Colwellia psychrerythraea 34H B 4909 3103 63 63 4721 765 698 6.2 84 308 307 5571294
Pseudoalteromonas sp. SM9913 B 3712 2463 66 63 3772 742 696 5.1 80 316 302 5191175
Pseudoalteromonas atlantica T6c B 4281 3090 72 64 4623 777 731 5.9 83 348 310 5521281
Pseudoalteromonas haloplanktis TAC125 B 3484 2365 68 63 3590 730 681 4.9 80 321 299 5021139
Saccharophagus degradans 2-40 B 4007 2734 68 58 4230 768 629 5.5 82 364 311 5771309
Marinobacter adhaerens HP15 B 4410 2970 67 63 4385 758 667 5.8 83 316 297 5231280
Marinobacter sp. BSs20148 B 3887 2653 68 66 3920 718 642 5.5 82 304 295 5051166
Marinobacter hydrocarbonoclasticus ATCC 49840 B 3784 2596 69 63 3888 744 672 5.2 81 323 298 5071182
Marinobacter aquaeolei VT8 B 4272 2904 68 59 4249 758 665 5.6 82 333 291 5181238
Alteromonas sp. SN2 B 4371 2876 66 61 4325 767 727 5.6 82 327 304 5381272
Alteromonas macleodii str. 'Deep ecotype' B 3965 2607 66 62 3939 749 700 5.3 81 320 302 5071192
Glaciecola sp. 4H-3-7+YE-5 B 4547 3171 70 63 4752 786 738 6 83 342 308 5611301
Glaciecola nitratireducens FR1064 B 3654 2467 68 64 3828 730 687 5.2 81 332 313 5141198
Psychromonas ingrahamii 37 B 3545 2474 70 63 3774 762 704 5 80 332 302 5211163
Psychromonas sp. CNPT3 B 2580 1830 71 63 2711 686 628 4 75 331 293 433974
Teredinibacter turnerae T7901 B 4254 2757 65 61 4460 767 664 5.8 83 351 328 5851334
Ferrimonas balearica DSM 9799 B 3782 2633 70 62 3910 777 729 5 80 335 300 5181174
Coxiella burnetii Dugway 5J108-111 B 2045 1232 60 61 1827 580 432 3.1 68 294 295 338738
Legionella longbeachae NSW150 B 3470 2138 62 55 3107 692 533 4.5 78 337 299 4251036
Legionella pneumophila str. Corby B 3204 1997 62 57 2861 689 540 4.2 76 323 293 4101003
Methylococcus capsulatus str. Bath B 2956 2008 68 61 3053 717 605 4.3 77 332 299 4621047
Methylomonas methanica MC09 B 4494 2942 65 59 4467 786 623 5.7 82 328 298 5421308
Francisella noatunensis subsp. orientalis str. Toba 04 B 1595 1097 69 69 1582 541 384 2.9 66 284 284 303638
Francisella sp. TX077308 B 1976 1344 68 65 1922 584 439 3.3 70 313 298 347737
Francisella philomiragia subsp. philomiragia ATCC 25017 B 1915 1380 72 66 1997 586 438 3.4 71 324 297 346739
Francisella tularensis subsp. tularensis WY96-3418 B 1634 1147 70 67 1695 555 400 3.1 67 309 295 320670
Francisella cf. novicida 3523 B 1854 1279 69 66 1840 580 436 3.2 68 315 300 339728
Francisella novicida U112 B 1719 1228 71 65 1785 578 422 3.1 68 331 301 337711
Thioalkalimicrobium cyclicum ALM1 B 1665 1257 75 63 1913 613 469 3.1 68 361 301 360771
Nitrosococcus watsonii C-113 B 2907 1945 67 62 2898 723 572 4 75 324 303 4301033
Nitrosococcus halophilus Nc4 B 3817 2455 64 61 3632 761 621 4.8 79 309 295 4861191
Nitrosococcus oceani ATCC 19707 B 3017 2032 67 61 3035 723 583 4.2 76 329 299 4401064
Allochromatium vinosum DSM 180 B 3220 2289 71 64 3629 734 592 4.9 80 342 308 5001176
Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 B 2865 2092 73 65 3160 734 600 4.3 77 344 305 4811096
Halorhodospira halophila SL1 B 2407 1796 75 67 2690 694 554 3.9 74 339 302 419980
Thioalkalivibrio sulfidophilus HL-EbGr7 B 3283 2280 69 64 3326 729 581 4.6 78 306 281 4471095
Thioalkalivibrio sp. K90mix B 2855 1955 68 64 2864 693 533 4.1 76 311 288 417990
Halothiobacillus neapolitanus c2 B 2357 1690 72 66 2540 693 514 3.7 73 323 296 423956
Hahella chejuensis KCTC 2396 B 6773 4043 60 58 6095 834 734 7.3 86 313 303 6481551
Chromohalobacter salexigens DSM 3043 B 3298 2423 73 67 3622 740 674 4.9 80 333 305 4851085
Halomonas elongata DSM 2581 B 3473 2553 74 66 3782 753 704 5 80 337 304 4861139
Alcanivorax borkumensis SK2 B 2755 2032 74 66 3027 696 599 4.3 77 330 295 4351033
Kangiella koreensis DSM 16069 B 2632 1829 69 63 2755 691 595 4 75 324 294 443985
Marinomonas posidonica IVIA-Po-181 B 3491 2635 75 69 3902 730 642 5.3 81 329 299 4901109
Marinomonas sp. MWYL1 B 4439 3314 75 67 4942 763 682 6.5 85 335 303 5311230
Marinomonas mediterranea MMB-1 B 4121 2905 70 65 4305 767 648 5.6 82 327 299 5201220
Aeromonas veronii B565 B 4028 2823 70 64 4236 788 818 5.4 81 324 296 5611247
Aeromonas salmonicida subsp. salmonicida A449 B 4436 3012 68 63 4360 807 822 5.4 81 310 286 5501266
Aeromonas hydrophila subsp. hydrophila ATCC 7966 B 4119 3033 74 66 4569 807 846 5.7 82 335 299 5811316
Tolumonas auensis DSM 9187 B 3130 2324 74 67 3489 727 738 4.8 79 327 297 4921069
Dichelobacter nodosus VCS1703A B 1280 946 74 65 1390 529 357 2.6 62 326 288 289616
Acidithiobacillus ferrivorans SS3 B 3093 2028 66 61 2926 660 503 4.4 77 304 283 402953
Acidithiobacillus caldus SM-1 B 3182 1894 60 58 2771 660 473 4.2 76 296 287 391920
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993 B 2826 1909 68 64 2762 651 498 4.2 76 302 286 393910
Candidatus Ruthia magnifica str. Cm (Calyptogena magnifica) B 976 792 81 76 1234 498 357 2.5 60 313 293 285543
Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata) B 595 533 90 82 844 410 377 2.1 51 328 299 214409
gamma proteobacterium HdN1 B 3763 2542 68 58 3899 706 603 5.5 82 363 311 4961190
Candidatus Vesicomyosocius okutanii HA B 937 766 82 77 1186 494 353 2.4 58 309 290 273525
Oceanimonas sp. GK1 B 3221 2369 74 67 3544 749 743 4.7 79 322 293 4951093
Candidatus Carsonella ruddii PV B 182 150 82 79 202 136 58 1.5 33 274 264 45129
Methylomicrobium alcaliphilum B 3980 2605 65 62 4015 779 611 5.2 81 318 300 5261256
Rhodanobacter denitrificans B 3824 2584 68 61 3843 760 621 5.1 80 329 299 4911173
Frateuria aurantia DSM 6220 B 3101 2204 71 65 3248 720 598 4.5 78 334 306 4641040
Spiribacter sp. UAH-SP71 B 1862 1439 77 72 2163 626 490 3.5 71 323 302 370808
Thiocystis violascens DSM 198 B 4330 2849 66 59 4335 762 630 5.7 82 329 293 5271289
Providencia stuartii MRSN 2154 B 4099 2750 67 63 3945 799 870 4.9 80 294 278 5081163
Escherichia blattae DSM 4481 B 3904 2771 71 67 4058 798 961 5.1 80 312 294 5411182
Candidatus Moranella endobia PCIT B 406 359 88 80 598 310 275 1.9 48 340 308 173293
secondary endosymbiont of Ctenarytaina eucalypti B 918 604 66 74 964 429 405 2.2 55 265 300 244444
Enterobacteriaceae bacterium strain FGI 57 B 4323 3226 75 69 4692 831 1033 5.6 82 322 296 5671253
Methylophaga sp. JAM1 B 3022 2037 67 65 3033 690 570 4.4 77 305 293 4341014
Cycloclasticus sp. P1 B 2248 1664 74 69 2539 657 542 3.9 74 319 298 409885
Thiomicrospira crunogena XCL-2 B 2196 1617 74 66 2488 665 513 3.7 73 330 298 422918
Neisseria meningitidis alpha14 B 1872 1262 67 64 1854 621 505 3 67 301 287 349779
Neisseria meningitidis FAM18 B 1917 1299 68 64 1903 620 502 3.1 67 305 288 351779
Neisseria lactamica 020-06 B 1972 1322 67 63 1939 625 500 3.1 68 309 289 350779
Neisseria gonorrhoeae NCCP11945 B 2680 1382 52 59 1957 617 495 3.2 68 239 273 340790
Chromobacterium violaceum ATCC 12472 B 4405 3019 69 64 4478 780 687 5.7 83 317 297 5301240
Laribacter hongkongensis HLHK9 B 3235 2007 62 63 2991 692 587 4.3 77 286 291 432996
Ralstonia pickettii 12D B 5361 3430 64 62 5022 778 659 6.5 85 308 297 4961252
Ralstonia solanacearum CFBP2957 B 5019 3224 64 60 4788 804 655 6 83 322 302 5201307
Ralstonia solanacearum B 15 1 7 6 1 1 0 1 0 188 171 02
Ralstonia eutropha JMP134 B 6446 4795 74 69 6999 794 696 8.8 89 328 305 5391389
Cupriavidus taiwanensis LMG 19424 B 5896 4129 70 66 5967 801 706 7.4 87 322 304 5191352
Cupriavidus metallidurans CH34 B 6474 4380 68 64 6333 791 691 8 88 313 298 5091369
Cupriavidus necator N-1 B 7832 5675 72 70 8063 803 717 10 90 312 300 5311438
Ralstonia eutropha H16 B 6626 4916 74 69 7118 810 717 8.8 89 326 305 5471417
Burkholderia sp. RPE64 B 6498 4507 69 70 6593 809 726 8.1 88 304 307 5291388
Burkholderia sp. CCGE1002 B 6889 4837 70 68 7115 830 772 8.6 88 318 307 5621481
Burkholderia thailandensis E264 B 5632 3921 70 63 5842 826 731 7.1 86 345 311 5481480
Burkholderia pseudomallei 1106a B 7174 4039 56 62 6046 824 739 7.3 86 290 318 5481465
Burkholderia mallei SAVP1 B 5184 3271 63 65 4743 782 688 6.1 84 292 302 5081305
Burkholderia ambifaria AMMD B 6610 4808 73 68 7079 825 754 8.6 88 331 309 5711454
Burkholderia cenocepacia HI2424 B 6919 5034 73 68 7307 825 746 8.9 89 324 305 5561447
Burkholderia multivorans ATCC 17616 B 6111 4345 71 66 6340 818 729 7.8 87 323 301 5351388
Burkholderia vietnamiensis G4 B 7617 4747 62 59 6801 829 729 8.2 88 314 296 5491478
Burkholderia gladioli BSR3 B 7411 5321 72 65 7900 843 750 9.4 89 344 310 5671528
Burkholderia glumae BGR1 B 5773 4001 69 63 5919 804 715 7.4 86 339 309 5391398
Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1 B 2077 1530 74 69 2254 639 500 3.5 72 321 299 380829
Bordetella petrii DSM 12804 B 5027 3687 73 68 5242 752 646 7 86 317 292 4871171
Bordetella avium 197N B 3381 2428 72 66 3544 729 602 4.9 79 325 300 4591046
Bordetella pertussis Tohama I B 3429 2725 79 73 4077 708 590 5.8 83 327 302 4441002
Bordetella parapertussis 12822 B 4185 3261 78 72 4668 752 618 6.2 84 328 303 4711103
Bordetella bronchiseptica RB50 B 4994 3804 76 71 5453 770 640 7.1 86 326 306 4881169
Achromobacter xylosoxidans A8 B 6815 5053 74 69 7327 791 688 9.3 89 328 304 5421321
Achromobacter xylosoxidans B 6388 4509 71 67 6496 790 674 8.2 88 318 300 5401318
Taylorella asinigenitalis MCE3 B 1524 1078 71 65 1657 576 407 2.9 65 328 301 334707
Taylorella equigenitalis MCE9 B 1556 1112 71 65 1716 580 413 3 66 335 303 327711
Pusillimonas sp. T7-7 B 3773 2639 70 67 3851 731 608 5.3 81 315 300 4591055
Rhodoferax ferrireducens T118 B 4417 3194 72 66 4768 767 625 6.2 84 335 303 5201270
Polaromonas sp. JS666 B 5453 3873 71 67 5528 771 628 7.2 86 314 294 5151281
Polaromonas naphthalenivorans CJ2 B 4929 3265 66 60 4694 770 616 6.1 84 320 290 4891263
Acidovorax ebreus TPSY B 3479 2506 72 66 3678 729 603 5 80 325 299 4551099
Acidovorax sp. KKS102 B 4742 3399 72 66 5026 768 632 6.5 85 324 298 5021256
Acidovorax sp. JS42 B 4155 2781 67 61 4000 735 600 5.4 82 322 294 4661152
Acidovorax citrulli AAC00-1 B 4709 3140 67 60 4620 776 615 6 83 337 303 5111252
Acidovorax avenae subsp. avenae ATCC 19860 B 4737 3405 72 64 5086 790 636 6.4 84 347 311 5391303
Verminephrobacter eiseniae EF01-2 B 4947 3627 73 67 5093 726 585 7 86 335 306 4721146
Delftia sp. Cs1-4 B 5861 4246 72 66 6272 803 654 7.8 87 339 308 5441371
Delftia acidovorans SPH-1 B 6040 4215 70 64 6264 800 656 7.8 87 335 306 5401374
Variovorax paradoxus S110 B 6279 4631 74 68 6677 807 666 8.3 88 327 302 5451382
Comamonas testosteroni CNB-2 B 4891 3493 71 66 5049 763 639 6.6 85 321 297 4781255
Alicycliphilus denitrificans K601 B 4696 3412 73 67 4930 738 601 6.7 85 324 300 4791182
Methylibium petroleiphilum PM1 B 4449 2960 67 61 4279 765 608 5.6 82 318 293 4681228
Herminiimonas arsenicoxydans B 3294 2214 67 64 3255 710 584 4.6 78 304 290 4351047
Herbaspirillum seropedicae SmR1 B 4735 3486 74 66 5173 760 658 6.8 85 342 307 5191235
Candidatus Zinderia insecticola CARI B 202 188 93 83 284 172 82 1.7 39 308 275 76162
Leptothrix cholodnii SP-6 B 4363 3224 74 65 4867 791 641 6.2 84 344 305 5251324
Thiomonas arsenitoxydans B 3594 2408 67 63 3547 744 580 4.8 79 316 298 4701110
Thiomonas intermedia K12 B 3172 2280 72 66 3353 731 569 4.6 78 324 296 4611069
Nitrosomonas sp. Is79A3 B 3372 2057 61 57 3066 706 518 4.3 77 312 290 4331060
Nitrosomonas eutropha C91 B 2551 1742 68 64 2557 661 524 3.9 74 310 289 402909
Nitrosomonas europaea ATCC 19718 B 2461 1755 71 64 2601 666 521 3.9 74 325 292 406895
Nitrosospira multiformis ATCC 25196 B 2805 1927 69 63 2910 696 546 4.2 76 327 302 4361014
Aromatoleum aromaticum EbN1 B 4576 2816 62 59 4115 719 616 5.7 83 311 299 4911165
Azoarcus sp. KH32C B 5188 3828 74 67 5846 784 674 7.5 87 341 310 5681419
Azoarcus sp. BH72 B 3989 2909 73 66 4378 767 651 5.7 82 333 302 5151256
Dechloromonas aromatica RCB B 4171 2928 70 64 4544 763 633 6 83 329 300 5061271
Thauera sp. MZ1T B 3978 2765 70 62 4169 772 653 5.4 81 340 302 5181239
Thiobacillus denitrificans ATCC 25259 B 2827 1995 71 65 2959 695 566 4.3 77 317 290 433992
Methylobacillus flagellatus KT B 2753 1968 71 66 2974 685 567 4.3 77 324 298 427966
Methylotenera versatilis 301 B 2764 1995 72 65 3031 703 559 4.3 77 330 298 4341019
Methylotenera mobilis JLW8 B 2338 1723 74 68 2626 662 534 4 75 324 297 415920
Methylovorus sp. MP688 B 2712 1908 70 67 2879 681 575 4.2 76 315 299 435980
Methylovorus glucosetrophus SIP3-4 B 2909 1993 69 64 3044 696 582 4.4 77 321 302 4491016
Candidatus Accumulibacter phosphatis clade IIA str. UW-1 B 4562 3058 67 61 4701 765 613 6.1 84 338 307 5501303
Sideroxydans lithotrophicus ES-1 B 2980 2036 68 64 3082 714 550 4.3 77 307 289 4891057
Gallionella capsiferriformans ES-2 B 2894 1988 69 64 3159 674 521 4.7 79 329 305 4481004
Dechlorosoma suillum PS B 3443 2446 71 65 3792 713 576 5.3 81 332 303 4781115
Pseudogulbenkiania sp. NH8B B 4012 2877 72 68 4284 771 676 5.6 82 315 298 5111183
syncytium symbiont of Diaphorina citri B 372 334 90 78 579 284 192 2 51 365 317 157272
Candidatus Tremblaya princeps PCIT B 121 110 91 88 151 105 47 1.4 30 252 243 3599
beta proteobacterium CB B 2112 1494 71 70 2199 642 489 3.4 71 299 294 372832
Rubrivivax gelatinosus IL144 B 4693 3340 71 65 4980 801 656 6.2 84 332 304 5411335
Burkholderia rhizoxinica HKI 454 B 3870 2106 54 59 3286 686 561 4.8 79 287 312 4111080
Burkholderia phytofirmans PsJN B 7241 5167 71 68 7575 816 765 9.3 89 322 307 5601479
Burkholderia phymatum STM815 B 7496 5288 71 67 7817 828 764 9.4 89 324 310 5811545
Burkholderia xenovorans LB400 B 8702 6136 71 67 8844 825 777 10.7 91 320 306 5831545
Ramlibacter tataouinensis TTB310 B 3879 2865 74 69 4251 738 577 5.8 83 322 299 4771164
Collimonas fungivorans Ter331 B 4432 3204 72 65 4772 781 664 6.1 84 345 311 5071263
Janthinobacterium sp. Marseille B 3697 2624 71 63 3863 724 613 5.3 81 330 293 4471098
Advenella kashmirensis WT001 B 3933 2880 73 73 3818 662 521 5.8 83 258 256 3491002
Helicobacter cetorum MIT 00-7128 B 1731 1009 58 51 1469 513 304 2.9 65 331 291 267630
Helicobacter bizzozeronii CIII-1 B 1971 1112 56 54 1549 524 305 3 66 279 269 265668
Helicobacter hepaticus ATCC 51449 B 1876 1170 62 60 1656 562 339 2.9 66 298 286 300719
Helicobacter mustelae 12198 B 1398 985 70 63 1443 513 322 2.8 64 332 295 267627
Helicobacter felis ATCC 49179 B 1653 1011 61 57 1473 513 304 2.9 65 308 287 269631
Helicobacter cinaedi PAGU611 B 2125 1317 62 59 1828 562 329 3.3 69 299 283 299746
Helicobacter acinonychis str. Sheeba B 1619 951 59 58 1370 503 297 2.7 63 287 283 262589
Helicobacter pylori B38 B 1382 929 67 60 1354 513 300 2.6 62 323 289 262598
Wolinella succinogenes DSM 1740 B 2043 1495 73 66 2210 581 354 3.8 74 323 289 349789
Sulfurimonas autotrophica DSM 16294 B 2158 1512 70 65 2248 603 357 3.7 73 312 291 362827
Sulfurimonas denitrificans DSM 1251 B 2096 1525 73 65 2250 602 355 3.7 73 324 290 361848
uncultured Sulfuricurvum sp. RIFRC-1 B 2359 1696 72 66 2493 616 358 4 75 310 286 373852
Sulfuricurvum kujiense DSM 16994 B 2798 1953 70 64 2867 624 377 4.6 78 310 286 390923
Campylobacter hominis ATCC BAA-381 B 1687 1015 60 60 1478 520 303 2.8 65 285 283 280637
Campylobacter lari RM2100 B 1544 1094 71 64 1576 543 314 2.9 66 316 284 297682
Campylobacter curvus 525.92 B 1934 1269 66 64 1797 551 329 3.3 69 294 286 306720
Campylobacter concisus 13826 B 1989 1203 60 57 1685 544 320 3.1 68 296 280 279705
Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97 B 1731 1158 67 64 1630 548 332 3 66 293 278 287681
Campylobacter sp. 03-427 B 1695 1236 73 65 1748 566 349 3.1 68 319 285 309720
Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40 B 1719 1211 70 65 1719 564 347 3 67 310 284 307715
Arcobacter sp. L B 2848 1939 68 61 2876 648 390 4.4 77 320 285 401959
Arcobacter nitrofigilis DSM 7299 B 3126 2173 70 63 3184 660 410 4.8 79 316 287 411965
Arcobacter butzleri RM4018 B 2259 1599 71 63 2313 607 376 3.8 74 321 284 348820
Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946 B 2265 1592 70 64 2325 599 384 3.9 74 313 287 359823
Sulfurospirillum barnesii SES-3 B 2491 1714 69 63 2497 619 396 4 75 313 288 391867
Nitratiruptor sp. SB155-2 B 1843 1379 75 67 2021 601 363 3.4 70 319 287 337780
Sulfurovum sp. NBC37-1 B 2438 1689 69 62 2467 628 371 3.9 75 315 283 372909
Nitratifractor salsuginis DSM 16511 B 2088 1421 68 63 2054 612 365 3.4 70 303 281 345812
Nautilia profundicola AmH B 1730 1245 72 66 1765 558 328 3.2 68 300 275 294709
Geobacter daltonii FRC-32 B 3798 2693 71 65 4280 711 492 6 83 339 311 5371222
Geobacter sp. M21 B 4080 2835 69 65 4590 733 514 6.3 84 335 311 5611297
Geobacter uraniireducens Rf4 B 4358 3121 72 64 4904 739 499 6.6 85 341 303 5671316
Geobacter lovleyi SZ B 3685 2586 70 64 4053 708 483 5.7 83 331 302 5301185
Geobacter bemidjiensis Bem B 4057 2851 70 66 4612 725 518 6.4 84 332 312 5501283
Geobacter sulfurreducens KN400 B 3322 2424 73 66 3877 718 500 5.4 81 337 305 5241175
Geobacter metallireducens GS-15 B 3566 2581 72 65 4035 719 517 5.6 82 340 306 5341201
Pelobacter propionicus DSM 2379 B 3804 2551 67 62 3921 698 474 5.6 82 326 299 5191155
Pelobacter carbinolicus DSM 2380 B 3304 2309 70 66 3550 697 500 5.1 80 321 305 5021098
Desulfovibrio magneticus RS-1 B 4700 2974 63 59 4694 717 459 6.5 85 327 305 5221302
Desulfovibrio alaskensis G20 B 3258 2311 71 64 3486 678 460 5.1 81 332 301 4871096
Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris DP4 B 3091 2149 70 63 3349 666 446 5 80 338 307 4681078
Desulfovibrio salexigens DSM 2638 B 3807 2672 70 63 4071 700 475 5.8 83 332 299 5111194
Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774 B 2356 1647 70 62 2457 619 410 4 75 339 299 412926
Desulfovibrio africanus str. Walvis Bay B 3725 2498 67 63 3858 704 474 5.5 82 318 300 5161176
Lawsonia intracellularis PHE/MN1-00 B 1340 982 73 62 1438 491 316 2.9 66 354 298 285600
Desulfomicrobium baculatum DSM 4028 B 3436 2464 72 65 3912 695 457 5.6 82 342 309 5111151
Desulfohalobium retbaense DSM 5692 B 2526 1779 70 66 2723 631 419 4.3 77 325 303 440957
Bdellovibrio bacteriovorus HD100 B 3586 2117 59 53 3042 673 421 4.5 78 326 293 4141043
Desulfotalea psychrophila LSv54 B 3234 2048 63 59 3071 666 444 4.6 78 321 299 4761030
Desulfurivibrio alkaliphilus AHT2 B 2620 1897 72 64 2972 631 427 4.7 79 349 308 4461005
Desulfobulbus propionicus DSM 2032 B 3283 2281 69 63 3690 700 481 5.3 81 344 312 5141136
Desulfococcus oleovorans Hxd3 B 3265 2322 71 61 3500 662 426 5.3 81 354 306 4851085
Desulfatibacillum alkenivorans AK-01 B 5252 3600 69 60 5757 738 472 7.8 87 359 315 6171425
Desulfobacterium autotrophicum HRM2 B 4943 3351 68 62 5130 727 504 7.1 86 337 307 5881388
Anaeromyxobacter sp. Fw109-5 B 4466 3113 70 60 4779 753 531 6.3 84 353 306 5601389
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1 B 4473 3041 68 61 4603 761 528 6 83 337 303 5511341
Myxococcus xanthus DK 1622 B 7316 4517 62 54 7284 797 570 9.1 89 380 334 6711749
Myxococcus fulvus HW-1 B 7284 4446 61 55 7070 799 572 8.8 89 362 327 6701740
Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 B 8352 5221 63 55 8267 820 604 10.1 90 373 331 7461903
Sorangium cellulosum 'So ce 56' B 9380 5875 63 52 9286 835 562 11.1 91 401 332 7732072
Haliangium ochraceum DSM 14365 B 6719 4297 64 53 6925 784 533 8.8 89 411 343 6701748
Syntrophus aciditrophicus SB B 3166 1954 62 62 2974 659 428 4.5 78 297 298 4531007
Desulfobacca acetoxidans DSM 11109 B 2866 1910 67 62 2926 640 415 4.6 78 321 300 436965
Syntrophobacter fumaroxidans MPOB B 4064 2770 68 62 4200 716 478 5.9 83 336 304 5181243
Desulfarculus baarsii DSM 2075 B 3277 2335 71 66 3616 680 448 5.3 81 336 310 4851113
Hippea maritima DSM 10411 B 1677 1263 75 70 1853 581 391 3.2 69 312 290 344730
Desulfomonile tiedjei DSM 6799 B 5494 3472 63 61 5519 722 481 7.6 87 326 315 5651373
Desulfovibrio piezophilus B 3353 2313 69 65 3588 677 447 5.3 81 323 305 4921092
Desulfovibrio aespoeensis Aspo-2 B 3304 2292 69 64 3465 682 443 5.1 80 325 299 4791084
Babela massiliensis B 979 611 62 54 896 319 131 2.8 64 333 289 149361
Corallococcus coralloides DSM 2259 B 8033 5081 63 55 8153 815 597 10 90 383 335 7241885
Rickettsia bellii OSU 85-389 B 1475 872 59 58 1214 471 244 2.6 61 276 270 222526
Rickettsia canadensis str. McKiel B 1089 633 58 63 941 431 219 2.2 54 264 288 208445
Rickettsia typhi str. Wilmington B 837 615 73 66 925 420 223 2.2 55 333 300 203434
Rickettsia prowazekii str. BuV67-CWPP B 843 622 74 66 932 422 229 2.2 55 330 297 205442
Rickettsia philipii str. 364D B 1344 750 56 61 1073 462 231 2.3 57 243 264 212495
Rickettsia heilongjiangensis 054 B 1297 739 57 61 1056 454 229 2.3 57 250 268 211490
Rickettsia peacockii str. Rustic B 947 686 72 65 995 436 227 2.3 56 312 281 207458
Rickettsia felis URRWXCal2 B 1512 947 63 58 1318 476 250 2.8 64 292 269 238543
Rickettsia slovaca 13-B B 1112 682 61 62 990 445 229 2.2 55 272 277 208467
Rickettsia parkeri str. Portsmouth B 1318 743 56 60 1063 452 226 2.4 57 249 267 209491
Rickettsia massiliae MTU5 B 980 706 72 63 1026 441 230 2.3 57 326 283 215483
Rickettsia japonica YH B 971 664 68 64 975 438 228 2.2 55 305 285 210465
Rickettsia africae ESF-5 B 1041 701 67 63 1018 452 229 2.3 56 298 278 213481
Rickettsia rhipicephali str. 3-7-female6-CWPP B 1266 729 58 61 1045 451 228 2.3 57 253 268 213486
Rickettsia montanensis str. OSU 85-930 B 1217 739 61 61 1061 449 230 2.4 58 270 273 211483
Candidatus Rickettsia amblyommii str. GAT-30V B 1390 777 56 58 1110 453 231 2.5 59 259 269 214497
Rickettsia australis str. Cutlack B 1261 751 60 62 1074 452 231 2.4 58 256 268 217484
Rickettsia akari str. Hartford B 1257 717 57 62 1026 447 229 2.3 56 247 267 206481
Rickettsia rickettsii str. 'Sheila Smith' B 1343 723 54 61 1037 460 229 2.3 56 237 267 215491
Rickettsia conorii str. Malish 7 B 1374 778 57 60 1098 460 229 2.4 58 248 261 213506
Orientia tsutsugamushi str. Boryong B 1182 655 55 52 935 387 179 2.4 59 292 273 189406
Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel B 1275 776 61 54 1130 437 251 2.6 61 316 280 220483
Wolbachia sp. wRi B 1150 708 62 56 1067 437 250 2.4 59 325 296 223484
Anaplasma phagocytophilum HZ B 1264 643 51 54 955 419 241 2.3 56 264 282 205437
Anaplasma marginale str. Florida B 940 635 68 55 972 442 248 2.2 55 364 298 224467
Anaplasma centrale str. Israel B 923 629 68 56 967 440 249 2.2 54 366 299 224459
Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas B 1105 628 57 58 947 427 249 2.2 55 281 288 216449
Ehrlichia canis str. Jake B 925 627 68 58 945 430 247 2.2 54 341 291 216446
Ehrlichia ruminantium str. Gardel B 950 626 66 57 943 427 241 2.2 55 335 289 215454
Neorickettsia sennetsu str. Miyayama B 932 547 59 64 831 407 220 2 51 268 291 191414
Neorickettsia risticii str. Illinois B 892 549 62 62 827 405 215 2 51 283 285 188414
Candidatus Pelagibacter sp. IMCC9063 B 1447 1035 72 71 1441 504 316 2.9 65 279 278 254599
Mesorhizobium opportunistum WSM2075 B 6508 4601 71 69 6507 776 625 8.4 88 303 294 4961324
Mesorhizobium ciceri biovar biserrulae WSM1271 B 6264 4448 71 68 6298 787 631 8 88 307 294 5001320
Mesorhizobium loti MAFF303099 B 7272 4920 68 65 6895 786 630 8.8 89 299 289 5141386
Mesorhizobium sp. BNC1 B 4543 3222 71 66 4626 733 573 6.3 84 321 298 4831201
Parvibaculum lavamentivorans DS-1 B 3636 2646 73 66 3746 689 524 5.4 82 323 293 4351055
Sinorhizobium fredii NGR234 B 6362 4474 70 66 6448 768 643 8.4 88 311 293 5021366
Sinorhizobium medicae WSM419 B 6213 4378 70 68 6393 771 639 8.3 88 312 302 5351351
Sinorhizobium meliloti AK83 B 6510 4480 69 67 6424 776 637 8.3 88 302 292 5161337
Agrobacterium tumefaciens str. C58 B 5355 3909 73 69 5619 762 640 7.4 86 311 295 4881256
Agrobacterium radiobacter K84 B 6684 5071 76 71 7199 772 647 9.3 89 316 295 5091328
Agrobacterium sp. H13-3 B 5345 3888 73 70 5554 750 626 7.4 86 308 295 4811230
Agrobacterium vitis S4 B 5389 3939 73 66 5726 762 613 7.5 87 332 300 5001311
Genome sequence of Rhizobium sp. strain IRBG74 B 5478 3813 70 69 5458 751 626 7.3 86 297 295 4831217
Rhizobium etli CIAT 652 B 6056 4216 70 67 6043 777 634 7.8 87 304 291 5031317
Rhizobium leguminosarum bv. viciae 3841 B 7143 5196 73 68 7396 781 652 9.5 89 312 294 5351381
Candidatus Liberibacter asiaticus str. psy62 B 1109 731 66 68 1097 441 277 2.5 60 287 295 238501
Brucella microti CCM 4915 B 3282 2206 67 69 3204 690 558 4.6 78 293 300 410996
Brucella pinnipedialis B2/94 B 3324 2198 66 68 3178 689 553 4.6 78 288 296 406999
Brucella canis ATCC 23365 B 3249 2154 66 68 3105 684 555 4.5 78 287 296 403983
Brucella suis ATCC 23445 B 3240 2128 66 68 3055 683 548 4.5 78 285 294 394983
Brucella melitensis ATCC 23457 B 3135 2111 67 69 3054 686 540 4.5 78 288 294 396985
Brucella ovis ATCC 25840 B 2889 2004 69 68 2896 675 529 4.3 77 298 294 392967
Brucella abortus S19 B 3000 2175 72 70 3145 685 545 4.6 78 303 294 401993
Ochrobactrum anthropi ATCC 49188 B 4799 3414 71 66 4827 744 606 6.5 85 314 293 4551168
Bradyrhizobium japonicum USDA 110 B 8317 5694 68 64 8063 806 651 10 90 317 295 5911564
Bradyrhizobium sp. ORS 278 B 6716 4558 68 64 6496 790 632 8.2 88 316 298 5541435
Rhodopseudomonas palustris BisA53 B 4878 3218 66 60 4659 758 581 6.1 84 322 294 4981277
Nitrobacter winogradskyi Nb-255 B 3122 2014 65 60 2907 679 496 4.3 77 305 284 405992
Nitrobacter hamburgensis X14 B 4326 2570 59 56 3695 725 525 5.1 80 306 286 4461131
Oligotropha carboxidovorans OM4 B 3574 2389 67 63 3502 703 516 5 80 312 292 4221048
Bartonella tribocorum CIP 105476 B 2087 1247 60 55 1806 546 361 3.3 70 308 285 312674
Bartonella clarridgeiae 73 B 1323 911 69 67 1380 512 342 2.7 63 309 299 282595
Bartonella henselae str. Houston-1 B 1488 1000 67 63 1496 530 351 2.8 65 314 294 299643
Bartonella grahamii as4aup B 1768 1164 66 60 1710 539 362 3.2 68 323 294 305664
Bartonella quintana str. Toulouse B 1142 864 76 69 1325 508 334 2.6 62 333 303 276585
Bartonella bacilliformis KC583 B 1283 870 68 67 1324 494 333 2.7 63 302 298 270577
Xanthobacter autotrophicus Py2 B 5035 3433 68 62 5017 740 576 6.8 85 325 298 4971251
Azorhizobium caulinodans ORS 571 B 4717 3506 74 67 5060 746 580 6.8 85 340 305 5061261
Starkeya novella DSM 506 B 4431 3213 73 68 4613 720 586 6.4 84 316 297 4601155
Methylobacterium chloromethanicum CM4 B 5516 3443 62 61 5125 755 575 6.8 85 309 302 5051312
Methylobacterium extorquens AM1 B 6205 3487 56 56 5245 756 583 6.9 86 299 299 5081340
Methylobacterium sp. 4-46 B 6692 4315 64 63 6343 787 638 8.1 88 313 307 5481443
Methylobacterium populi BJ001 B 5365 3356 63 61 5028 753 572 6.7 85 310 300 4951302
Methylobacterium nodulans ORS 2060 B 8308 4669 56 59 6741 792 641 8.5 88 284 297 5481430
Methylobacterium radiotolerans JCM 2831 B 6431 4141 64 64 6089 779 609 7.8 87 304 301 5201398
Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039 B 3784 2620 69 65 3832 729 530 5.3 81 319 301 4681138
Methylocella silvestris BL2 B 3818 2610 68 64 3832 746 575 5.1 81 320 298 4701185
Hyphomicrobium sp. MC1 B 4891 2939 60 61 4219 726 551 5.8 83 289 293 4511204
Hyphomicrobium denitrificans ATCC 51888 B 3512 2189 62 61 3171 686 513 4.6 78 302 295 4181047
Rhodomicrobium vannielii ATCC 17100 B 3565 2373 67 62 3390 691 527 4.9 80 317 294 4251067
Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem B 169 125 74 73 170 118 31 1.4 31 258 253 40111
Caulobacter sp. K31 B 5438 3791 70 64 5408 756 597 7.2 86 317 293 5071266
Caulobacter crescentus NA1000 B 3818 2646 69 65 3826 724 566 5.3 81 319 300 4531145
Caulobacter segnis ATCC 21756 B 4139 3000 72 67 4321 700 561 6.2 84 325 302 4531132
Phenylobacterium zucineum HLK1 B 3854 2920 76 68 4281 719 550 6 83 334 301 4711150
Brevundimonas subvibrioides ATCC 15264 B 3327 2179 65 62 3149 712 510 4.4 77 314 298 4291065
Asticcacaulis excentricus CB 48 B 3763 2546 68 62 3680 722 534 5.1 80 334 308 4841123
Ruegeria sp. TM1040 B 3864 2763 72 67 4051 719 562 5.6 82 316 295 4721118
Ruegeria pomeroyi DSS-3 B 4278 3183 74 68 4655 725 568 6.4 84 322 296 4651148
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029 B 4131 2929 71 66 4215 734 584 5.7 83 320 296 4761165
Rhodobacter capsulatus SB 1003 B 3642 2515 69 64 3661 709 536 5.2 81 320 298 4581113
Jannaschia sp. CCS1 B 4283 2998 70 65 4234 733 526 5.8 83 310 289 4561152
Roseobacter litoralis Och 149 B 4537 3171 70 66 4560 728 567 6.3 84 310 293 4681159
Roseobacter denitrificans OCh 114 B 4129 2862 69 66 4115 723 571 5.7 82 312 297 4511138
Paracoccus denitrificans PD1222 B 5077 3571 70 66 5046 752 614 6.7 85 311 293 4831234
Dinoroseobacter shibae DFL 12 B 4192 2890 69 63 4142 740 558 5.6 82 315 290 4641172
Ketogulonicigenium vulgare Y25 B 3213 2322 72 69 3205 660 495 4.9 79 298 283 392949
Ketogulonigenium vulgarum WSH-001 B 3054 2200 72 68 3091 641 474 4.8 79 311 292 375901
Maricaulis maris MCS10 B 3063 2148 70 63 3127 696 500 4.5 78 329 295 4231033
Hyphomonas neptunium ATCC 15444 B 3505 2449 70 65 3459 702 496 4.9 80 318 295 4191068
Hirschia baltica ATCC 49814 B 3187 2232 70 64 3194 697 506 4.6 78 330 300 4401050
Zymomonas mobilis subsp. mobilis NCIMB 11163 B 1884 1355 72 65 1991 603 434 3.3 70 335 304 344792
Novosphingobium sp. PP1Y B 4664 3366 72 66 4787 727 566 6.6 85 332 302 4901189
Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444 B 3937 2805 71 65 3993 707 526 5.6 82 328 301 4591102
Sphingopyxis alaskensis RB2256 B 3195 2279 71 66 3246 693 507 4.7 79 318 292 4291047
Sphingomonas sp. MM-1 B 4361 2989 69 63 4236 720 556 5.9 83 316 290 4501138
Sphingomonas wittichii RW1 B 5345 4041 76 67 5629 723 552 7.8 87 336 299 4741230
Sphingobium sp. SYK-6 B 4062 2741 67 63 3887 701 512 5.5 82 317 295 4421089
Sphingobium japonicum UT26S B 4394 2775 63 62 4000 723 537 5.5 82 302 295 4591122
Sphingobium chlorophenolicum L-1 B 4072 2932 72 67 4179 709 539 5.9 83 330 306 4591108
Erythrobacter litoralis HTCC2594 B 3011 1980 66 62 2807 663 467 4.2 76 309 293 396945
Gluconobacter oxydans 621H B 2664 1792 67 62 2593 635 469 4.1 76 327 301 397918
Granulibacter bethesdensis CGDNIH1 B 2433 1721 71 64 2506 648 476 3.9 74 339 308 396924
Acidiphilium multivorum AIU301 B 3948 2705 69 65 3897 720 532 5.4 82 322 304 4651107
Acidiphilium cryptum JF-5 B 3559 2487 70 65 3636 714 532 5.1 80 332 310 4631074
Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5 B 3849 2488 65 62 3541 692 532 5.1 80 311 299 4431064
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-01 B 3049 2056 67 62 2916 648 509 4.5 78 323 298 401937
Rhodospirillum centenum SW B 4003 2569 64 61 3766 715 576 5.3 81 315 300 4601145
Rhodospirillum rubrum F11 B 3878 2733 70 65 4047 726 566 5.6 82 328 304 5051153
Magnetospirillum magneticum AMB-1 B 4561 2936 64 60 4481 718 534 6.2 84 320 298 5351274
Azospirillum lipoferum 4B B 6093 4103 67 64 6208 781 665 7.9 87 325 307 5751468
Azospirillum sp. B510 B 6309 4515 72 63 6809 765 662 8.9 89 352 310 5741473
Azospirillum brasilense Sp245 B 7527 4526 60 61 6695 782 630 8.6 88 294 300 5661545
Parvularcula bermudensis HTCC2503 B 2685 1769 66 60 2586 654 449 4 75 324 296 389935
Polymorphum gilvum SL003B-26A1 B 4393 3059 70 64 4399 745 594 5.9 83 316 292 4821197
Micavibrio aeruginosavorus ARL-13 B 2432 1390 57 56 2080 592 398 3.5 72 306 299 353805
Candidatus Puniceispirillum marinum IMCC1322 B 2543 1836 72 67 2659 639 460 4.2 76 324 303 380890
Magnetococcus marinus MC-1 B 3716 2450 66 56 4022 698 485 5.8 83 365 313 5091202
Phaeobacter gallaeciensis 2.10 B 3723 2803 75 68 4111 715 560 5.7 83 325 296 4621124
Pseudovibrio sp. FO-BEG1 B 5467 3706 68 64 5333 766 611 7 86 309 293 5091251
Rhodospirillum photometricum DSM 122 B 3281 2188 67 61 3302 667 488 5 80 330 301 4421111
Tistrella mobilis KA081020-065 B 5783 4192 72 67 6157 752 600 8.2 88 333 308 5271330
Gluconacetobacter xylinus NBRC 3288 B 3195 2061 65 61 2985 658 510 4.5 78 318 301 398972
alpha proteobacterium HIMB5 B 1431 1062 74 71 1515 525 339 2.9 65 301 290 265616
alpha proteobacterium HIMB59 B 1493 1153 77 75 1657 508 332 3.3 69 303 296 265614
Candidatus Midichloria mitochondrii IricVA B 1211 650 54 62 953 432 236 2.2 55 233 267 208463
Pelagibacterium halotolerans B2 B 3881 2749 71 67 3872 713 543 5.4 82 301 287 4261071
Methylocystis sp. SC2 B 3666 2353 64 61 3376 715 519 4.7 79 303 287 4471124
Desulfurispirillum indicum S5 B 2571 1833 71 64 2862 648 450 4.4 77 334 300 446964
Bacillus sp. JS B 4239 2657 63 66 3965 764 698 5.2 81 286 301 4881130
Bacillus sp. 1NLA3E B 4410 2875 65 64 4139 764 631 5.4 82 291 287 5071175
Bacillus amyloliquefaciens FZB42 B 3693 2547 69 68 3878 742 669 5.2 81 311 306 4731099
Bacillus atrophaeus 1942 B 4186 2660 64 66 3927 761 692 5.2 81 286 296 4721127
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 B 4175 2747 66 66 4018 781 712 5.1 81 294 293 4911149
Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580 B 4171 2767 66 66 3961 778 685 5.1 80 291 289 5041149
Bacillus halodurans C-125 B 4052 2713 67 65 3919 758 661 5.2 81 293 286 5111128
Bacillus weihenstephanensis KBAB4 B 5653 3483 62 61 4921 786 677 6.3 84 281 280 5031195
Bacillus thuringiensis str. Al Hakam B 4798 3266 68 63 4614 771 673 6 83 304 283 5001171
Bacillus cereus 03BB102 B 5606 3360 60 61 4691 777 678 6 83 270 277 5061174
Bacillus anthracis str. A0248 B 5292 3161 60 62 4382 771 666 5.7 82 268 276 4911135
Bacillus pseudofirmus OF4 B 4335 2600 60 61 3752 747 614 5 80 277 282 5031140
Bacillus clausii KSM-K16 B 4096 2881 70 67 4136 758 638 5.5 82 300 285 4821119
Bacillus cellulosilyticus DSM 2522 B 4266 2655 62 62 3858 756 617 5.1 80 292 289 5171159
Bacillus pumilus SAFR-032 B 3679 2436 66 66 3556 739 636 4.8 79 291 292 4771063
Bacillus megaterium DSM 319 B 5100 3230 63 65 4612 774 674 6 83 272 280 5061172
Bacillus coagulans 2-6 B 2971 1895 64 66 2741 693 578 4 75 274 285 439953
Oceanobacillus iheyensis HTE831 B 3500 2367 68 66 3380 718 589 4.7 79 291 284 4591036
Geobacillus thermoleovorans CCB_US3_UF5 B 3881 2234 58 62 3201 734 631 4.4 77 265 287 4571044
Geobacillus kaustophilus HTA426 B 3539 2251 64 64 3247 736 635 4.4 77 287 289 4711054
Geobacillus sp. GHH01 B 3459 2302 67 67 3303 736 656 4.5 78 291 291 4571026
Geobacillus sp. WCH70 B 3168 1984 63 61 2854 721 598 4 75 293 284 443994
Geobacillus thermodenitrificans NG80-2 B 3445 2257 66 65 3243 730 631 4.4 77 291 290 4491037
Anoxybacillus flavithermus WK1 B 2831 1865 66 64 2720 702 572 3.9 74 295 288 439957
Staphylococcus pseudintermedius HKU10-03 B 2450 1677 68 66 2401 657 528 3.7 73 294 284 391850
Staphylococcus saprophyticus subsp. saprophyticus ATCC 15305 B 2513 1783 71 68 2518 632 517 4 75 285 274 385829
Staphylococcus lugdunensis HKU09-01 B 2489 1734 70 67 2533 646 511 3.9 74 301 288 394835
Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 B 2684 1715 64 62 2428 641 512 3.8 74 287 278 388843
Staphylococcus epidermidis RP62A B 2522 1618 64 64 2402 643 515 3.7 73 288 286 391830
Staphylococcus carnosus subsp. carnosus TM300 B 2461 1756 71 67 2489 662 530 3.8 73 297 280 386865
Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1 B 2780 1817 65 63 2705 664 548 4.1 75 294 284 399877
Staphylococcus aureus B 1981 1512 76 66 2375 567 482 4.2 76 360 313 387747
Listeria welshimeri serovar 6b str. SLCC5334 B 2774 1945 70 66 2840 672 556 4.2 76 298 281 408917
Listeria innocua Clip11262 B 3043 2106 69 64 3048 681 564 4.5 78 300 278 419955
Listeria seeligeri serovar 1/2b str. SLCC3954 B 2710 1938 72 67 2866 671 554 4.3 77 305 285 414927
Listeria monocytogenes serotype 4b str. CLIP 80459 B 2766 2044 74 67 2994 674 565 4.4 77 311 284 417937
Listeria ivanovii subsp. ivanovii PAM 55 B 2650 1952 74 68 2871 667 553 4.3 77 308 284 410916
Lysinibacillus sphaericus C3-41 B 4771 2899 61 61 4042 750 576 5.4 81 269 269 4811145
Exiguobacterium sp. MH3 B 3203 2147 67 65 3042 688 524 4.4 77 289 279 429953
Exiguobacterium sp. AT1b B 3020 2052 68 65 2962 698 529 4.2 76 296 284 434960
Exiguobacterium sibiricum 255-15 B 3015 2064 68 65 2955 690 529 4.3 77 294 279 424952
Macrococcus caseolyticus JCSC5402 B 2053 1492 73 67 2184 610 480 3.6 72 313 288 384780
Brevibacillus brevis NBRC 100599 B 5947 3860 65 63 5808 784 641 7.4 87 307 300 5871331
Paenibacillus sp. JDR-2 B 6213 4558 73 64 6774 791 655 8.6 88 339 298 5931348
Paenibacillus terrae HPL-003 B 5525 3781 68 65 5482 765 635 7.2 86 308 292 5461286
Paenibacillus mucilaginosus 3016 B 7057 4859 69 64 7332 794 667 9.2 89 328 306 6401472
Paenibacillus polymyxa M1 B 5364 3625 68 63 5448 763 635 7.1 86 323 303 5511297
Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 B 3084 2036 66 64 2929 669 504 4.4 77 303 294 427928
Lactococcus garvieae ATCC 49156 B 1947 1319 68 64 1879 538 401 3.5 71 290 276 309694
Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363 B 2434 1638 67 64 2262 568 450 4 75 284 272 330760
Streptococcus sp. I-P16 B 1896 1326 70 64 1915 566 427 3.4 70 312 287 329742
Streptococcus sp. I-G2 B 1834 1279 70 64 1862 551 411 3.4 70 315 287 325719
Streptococcus intermedius JTH08 B 1702 1267 74 66 1856 528 397 3.5 72 325 290 332693
Streptococcus gallolyticus UCN34 B 2223 1604 72 66 2272 590 429 3.9 74 305 279 349773
Streptococcus pseudopneumoniae IS7493 B 2236 1412 63 62 2004 565 432 3.5 72 278 273 339739
Streptococcus pasteurianus ATCC 43144 B 1869 1410 75 69 2012 562 417 3.6 72 305 281 330721
Streptococcus equi subsp. equi 4047 B 2000 1354 68 62 1932 539 394 3.6 72 302 278 335698
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis GGS_124 B 2094 1450 69 66 2059 566 422 3.6 73 291 276 340721
Streptococcus infantarius subsp. infantarius CJ18 B 1906 1356 71 68 1927 572 416 3.4 70 283 271 333735
Streptococcus macedonicus ACA-DC 198 B 1994 1401 70 67 2024 563 406 3.6 72 291 276 320711
Streptococcus mitis B6 B 2003 1393 70 62 1980 560 424 3.5 72 310 278 333726
Streptococcus uberis 0140J B 1762 1327 75 70 1927 560 410 3.4 71 304 285 328708
Streptococcus parauberis KCTC 11537 B 1868 1400 75 68 1989 550 409 3.6 72 300 273 325708
Streptococcus parasanguinis ATCC 15912 B 2022 1393 69 62 1979 566 422 3.5 71 314 285 329744
Streptococcus pyogenes str. Manfredo B 1745 1190 68 65 1712 545 394 3.1 68 293 279 311672
Streptococcus pneumoniae P1031 B 2073 1374 66 66 1967 558 436 3.5 72 282 279 337735
Streptococcus agalactiae A909 B 1996 1426 71 65 2024 568 414 3.6 72 305 279 330737
Streptococcus mutans NN2025 B 1893 1383 73 68 1988 564 406 3.5 72 303 284 336736
Streptococcus thermophilus LMD-9 B 1711 1121 66 67 1622 528 397 3.1 67 278 284 307651
Streptococcus suis P1/7 B 1824 1330 73 67 1897 561 426 3.4 70 311 285 323719
Streptococcus sanguinis SK36 B 2270 1547 68 62 2204 598 454 3.7 73 310 282 361798
Streptococcus salivarius 57.I B 1996 1362 68 63 1993 558 424 3.6 72 314 288 330727
Streptococcus oralis Uo5 B 1905 1285 67 63 1872 566 429 3.3 70 307 286 338728
Streptococcus gordonii str. Challis substr. CH1 B 2051 1395 68 62 2020 570 435 3.5 72 313 285 352750
Lactobacillus casei ATCC 334 B 2764 1781 64 62 2501 587 427 4.3 77 289 279 342771
Lactobacillus kefiranofaciens ZW3 B 2162 1327 61 59 1918 521 348 3.7 73 289 279 300666
Lactobacillus crispatus ST1 B 2021 1328 66 62 1902 514 334 3.7 73 297 279 287659
Lactobacillus rhamnosus Lc 705 B 2957 1907 64 62 2675 593 437 4.5 78 291 280 349813
Lactobacillus johnsonii FI9785 B 1735 1177 68 63 1698 498 327 3.4 71 302 283 272608
Lactobacillus sanfranciscensis TMW 1.1304 B 1284 902 70 67 1302 441 310 3 66 291 276 245515
Lactobacillus salivarius CECT 5713 B 1552 1139 73 64 1708 452 354 3.8 74 353 307 299590
Lactobacillus ruminis ATCC 27782 B 1862 1235 66 65 1788 541 386 3.3 70 292 285 298677
Lactobacillus fermentum IFO 3956 B 1843 1360 74 67 1912 542 396 3.5 72 304 278 290681
Lactobacillus amylovorus GRL1118 B 1920 1286 67 64 1838 520 351 3.5 72 294 281 287645
Lactobacillus sakei subsp. sakei 23K B 1871 1286 69 65 1826 544 411 3.4 70 291 273 303677
Lactobacillus reuteri DSM 20016 B 1900 1337 70 66 1885 550 389 3.4 71 298 280 308693
Lactobacillus gasseri ATCC 33323 B 1755 1167 66 61 1693 499 336 3.4 71 317 290 269612
Lactobacillus plantarum JDM1 B 2947 2055 70 64 2868 606 448 4.7 79 303 279 356829
Lactobacillus helveticus DPC 4571 B 1610 1085 67 61 1589 494 329 3.2 69 317 289 277594
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC BAA-365 B 1708 1107 65 66 1598 506 325 3.2 68 278 282 275605
Lactobacillus buchneri NRRL B-30929 B 2392 1617 68 64 2272 563 412 4 75 303 288 312734
Lactobacillus buchneri B 2377 1646 69 65 2317 567 416 4.1 76 309 291 318746
Lactobacillus brevis ATCC 367 B 2218 1514 68 64 2093 556 406 3.8 73 293 276 301705
Lactobacillus acidophilus 30SC B 2059 1327 64 62 1909 527 347 3.6 72 291 281 293658
Pediococcus claussenii ATCC BAA-344 B 1881 1319 70 65 1876 540 384 3.5 71 302 281 298675
Pediococcus pentosaceus ATCC 25745 B 1752 1225 70 65 1788 530 392 3.4 70 305 285 306663
Enterococcus sp. 7L76 B 2291 1496 65 62 2147 568 451 3.8 74 285 271 323751
Enterococcus hirae ATCC 9790 B 2755 1617 59 58 2289 586 473 3.9 74 275 273 347789
Enterococcus faecium Aus0004 B 2932 1845 63 59 2616 586 491 4.5 78 292 273 356819
Enterococcus faecalis 62 B 3075 1957 64 60 2824 634 539 4.5 78 295 277 398881
Melissococcus plutonius DAT561 B 1671 1177 70 67 1759 522 411 3.4 70 307 293 311658
Oenococcus oeni PSU-1 B 1691 1189 70 70 1688 499 329 3.4 70 289 287 271617
Leuconostoc sp. C2 B 1855 1332 72 69 1889 543 382 3.5 71 296 285 306677
Leuconostoc kimchii IMSNU 11154 B 2129 1448 68 66 2049 553 388 3.7 73 290 283 316712
Leuconostoc citreum KM20 B 1820 1306 72 68 1887 532 368 3.5 72 307 290 304675
Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293 B 2003 1411 70 68 2018 551 379 3.7 73 303 290 314697
Leuconostoc gasicomitatum LMG 18811 B 1912 1327 69 67 1912 532 362 3.6 72 296 287 315673
Aerococcus urinae ACS-120-V-Col10a B 1726 1271 74 66 1885 519 360 3.6 72 318 287 307662
Carnobacterium sp. 17-4 B 2474 1827 74 69 2662 619 491 4.3 77 304 285 372829
Carnobacterium sp. WN1359 B 2275 1633 72 68 2366 593 441 4 75 300 284 356768
Clostridium sp. BNL1100 B 3920 2574 66 61 4038 704 486 5.7 83 343 317 5281153
Clostridium novyi NT B 2315 1565 68 62 2371 642 425 3.7 73 317 292 414881
Clostridium ljungdahlii DSM 13528 B 4184 2816 67 62 4107 713 498 5.8 83 310 285 4951100
Clostridium kluyveri DSM 555 B 3913 2494 64 61 3619 688 471 5.3 81 289 276 4861073
Clostridium beijerinckii NCIMB 8052 B 5020 3573 71 64 5316 730 544 7.3 86 315 286 5671259
Clostridium tetani E88 B 2439 1667 68 60 2505 618 439 4.1 75 334 294 416875
Clostridium perfringens ATCC 13124 B 2876 1875 65 62 2845 662 462 4.3 77 313 295 449961
Clostridium cellulovorans 743B B 4254 2883 68 63 4544 723 502 6.3 84 339 315 5511243
Clostridium botulinum A str. ATCC 3502 B 3590 2337 65 62 3389 709 499 4.8 79 293 279 4831065
Clostridium acetobutylicum ATCC 824 B 3778 2548 67 63 3700 706 513 5.2 81 310 290 5011093
Alkaliphilus oremlandii OhILAs B 2836 1934 68 62 2875 641 436 4.5 78 309 282 426944
Alkaliphilus metalliredigens QYMF B 4625 2806 61 58 4159 727 539 5.7 83 294 282 5121166
Symbiobacterium thermophilum IAM 14863 B 3337 2268 68 64 3238 692 505 4.7 79 310 291 4491029
Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen B 2504 1734 69 62 2622 625 407 4.2 76 323 290 428914
Syntrophothermus lipocalidus DSM 12680 B 2313 1605 69 66 2377 621 434 3.8 74 297 284 389849
Veillonella parvula DSM 2008 B 1844 1286 70 63 1902 581 410 3.3 69 335 301 344752
Selenomonas sputigena ATCC 35185 B 2255 1542 68 60 2197 637 442 3.4 71 335 296 397854
Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica TAM6421 B 3512 2119 60 56 3021 664 482 4.5 78 307 285 4521002
Acidaminococcus intestini RyC-MR95 B 2401 1488 62 61 2194 568 401 3.9 74 297 292 360757
Acidaminococcus fermentans DSM 20731 B 2026 1414 70 63 2147 573 404 3.7 73 332 298 370767
Desulfitobacterium hafniense Y51 B 5060 3503 69 62 5055 728 532 6.9 86 319 287 5201187
Desulfitobacterium dehalogenans ATCC 51507 B 4011 2639 66 62 3855 707 510 5.5 82 302 284 4791094
Desulfotomaculum reducens MI-1 B 3276 2188 67 62 3225 671 485 4.8 79 305 281 4791041
Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771 B 4068 2456 60 57 3659 702 478 5.2 81 300 281 5111094
Desulfotomaculum kuznetsovii DSM 6115 B 3398 2197 65 61 3225 665 463 4.8 79 298 282 4591017
Desulfotomaculum carboxydivorans CO-1-SRB B 2657 1800 68 64 2711 662 499 4.1 76 302 287 447955
Desulfotomaculum ruminis DSM 2154 B 3796 2470 65 62 3654 701 514 5.2 81 292 277 4971114
Pelotomaculum thermopropionicum SI B 2919 1965 67 64 2874 652 462 4.4 77 297 283 444971
Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C B 2157 1468 68 63 2180 619 415 3.5 72 309 285 400831
Thermincola potens JR B 2949 1972 67 62 2934 667 465 4.4 77 305 285 444983
Syntrophobotulus glycolicus DSM 8271 B 3251 2151 66 61 3096 671 450 4.6 78 304 281 460973
Heliobacterium modesticaldum Ice1 B 2999 1792 60 61 2711 670 472 4 75 294 298 464972
Finegoldia magna ATCC 29328 B 1812 1198 66 57 1757 546 324 3.2 69 329 283 309694
Anaerococcus prevotii DSM 20548 B 1806 1269 70 63 1877 566 350 3.3 70 326 293 337712
Eubacterium eligens ATCC 27750 B 2765 1733 63 58 2497 645 404 3.9 74 310 285 401904
Eubacterium limosum KIST612 B 4571 2661 58 58 3931 680 449 5.8 83 284 284 4781055
Butyrivibrio proteoclasticus B316 B 3811 2357 62 55 3414 634 400 5.4 81 343 304 4631027
Butyrivibrio fibrisolvens B 2892 1840 64 61 2526 607 369 4.2 76 276 265 385887
Clostridium lentocellum DSM 5427 B 4182 2667 64 58 3888 701 480 5.5 82 319 290 5121141
Ethanoligenens harbinense YUAN-3 B 2701 1812 67 61 2617 625 409 4.2 76 314 287 399904
Ruminococcus sp. B 3240 1927 59 60 2685 616 386 4.4 77 261 262 374914
Ruminococcus bromii B 1811 1160 64 58 1700 521 311 3.3 69 304 277 318682
Ruminococcus albus 7 B 3872 2220 57 51 3227 624 397 5.2 81 323 288 4641024
Thermaerobacter marianensis DSM 12885 B 2327 1677 72 63 2473 660 475 3.7 73 343 302 408970
butyrate-producing bacterium SS3/4 B 2977 1765 59 57 2518 596 399 4.2 76 287 278 375840
butyrate-producing bacterium SM4/1 B 1667 871 52 56 1125 384 189 2.9 66 213 226 172499
Thermoanaerobacter mathranii subsp. mathranii str. A3 B 2159 1552 72 68 2340 641 477 3.7 73 307 289 432883
Thermoanaerobacter pseudethanolicus ATCC 33223 B 2239 1605 72 68 2385 649 485 3.7 73 304 287 422873
Thermoanaerobacter sp. X514 B 2345 1690 72 68 2504 664 489 3.8 73 302 286 435906
Thermoanaerobacter italicus Ab9 B 2270 1613 71 67 2412 649 481 3.7 73 308 289 433893
Thermoanaerobacter wiegelii Rt8.B1 B 2522 1805 72 67 2713 672 507 4 75 310 290 452939
Thermoanaerobacter brockii subsp. finnii Ako-1 B 2209 1573 71 68 2349 648 488 3.6 72 304 289 423869
Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 B 2620 1703 65 66 2456 646 466 3.8 74 275 278 406889
Tepidanaerobacter acetatoxydans Re1 B 2524 1734 69 64 2592 647 450 4 75 311 288 422894
Moorella thermoacetica ATCC 39073 B 2463 1763 72 66 2581 652 460 4 75 306 281 425909
Ammonifex degensii KC4 B 2080 1368 66 62 2017 600 409 3.4 70 301 282 367769
Caldicellulosiruptor obsidiansis OB47 B 2188 1548 71 64 2309 624 444 3.7 73 328 295 384845
Caldicellulosiruptor kronotskyensis 2002 B 2466 1733 70 64 2604 649 461 4 75 334 302 412892
Caldicellulosiruptor hydrothermalis 108 B 2546 1778 70 64 2610 647 458 4 75 321 293 413885
Caldicellulosiruptor owensensis OL B 2147 1514 71 64 2260 623 446 3.6 72 326 296 388842
Caldicellulosiruptor lactoaceticus 6A B 2318 1543 67 61 2282 623 443 3.7 73 319 292 393833
Caldicellulosiruptor kristjanssonii 177R1B B 2482 1644 66 61 2402 641 447 3.7 73 316 289 404856
Caldicellulosiruptor saccharolyticus DSM 8903 B 2682 1839 69 63 2701 644 462 4.2 76 316 289 416888
Caldicellulosiruptor bescii DSM 6725 B 2666 1724 65 60 2539 651 455 3.9 74 312 292 409892
Thermosediminibacter oceani DSM 16646 B 2197 1496 68 65 2251 640 448 3.5 72 299 285 411850
Thermoanaerobacterium xylanolyticum LX-11 B 2345 1655 71 66 2510 654 484 3.8 74 314 293 439899
Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum DSM 571 B 2601 1782 69 65 2675 676 492 4 75 304 287 454938
Coprothermobacter proteolyticus DSM 5265 B 1482 1042 70 69 1521 539 309 2.8 65 297 290 289640
Thermodesulfobium narugense DSM 14796 B 1807 1358 75 70 2011 588 363 3.4 71 320 298 358784
Mahella australiensis 50-1 BON B 2870 2007 70 64 2940 645 443 4.6 78 325 298 428906
Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF B 2906 1938 67 62 2851 670 470 4.3 76 315 291 435975
Halothermothrix orenii H 168 B 2342 1676 72 66 2498 635 467 3.9 75 317 293 417891
Halanaerobium hydrogeniformans B 2295 1745 76 69 2657 640 475 4.2 76 328 299 423915
Halanaerobium praevalens DSM 2228 B 2068 1557 75 68 2363 627 442 3.8 73 328 296 423846
Acetohalobium arabaticum DSM 5501 B 2282 1566 69 64 2368 632 458 3.7 73 309 288 425870
Megasphaera elsdenii DSM 20460 B 2219 1581 71 65 2334 603 429 3.9 74 320 292 402823
Megamonas hypermegale B 2109 1393 66 69 1824 521 330 3.5 71 217 228 269671
Erysipelothrix rhusiopathiae str. Fujisawa B 1697 1182 70 63 1748 522 322 3.3 70 314 283 295640
Clostridiales genomosp. BVAB3 str. UPII9-5 B 1567 1035 66 58 1534 475 276 3.2 69 343 303 281613
Clostridium clariflavum DSM 19732 B 3892 2420 62 56 3698 696 485 5.3 81 332 299 5481127
Eubacterium siraeum B 2343 1368 58 55 2000 542 317 3.7 73 306 286 334751
Clostridium cellulolyticum H10 B 3390 2256 67 61 3607 678 478 5.3 81 345 318 5061079
Clostridium thermocellum ATCC 27405 B 3173 2073 65 59 3212 670 471 4.8 79 334 300 5191078
Faecalibacterium prausnitzii B 2741 1600 58 57 2319 588 367 3.9 75 290 282 356810
Sulfobacillus acidophilus DSM 10332 B 3471 2313 67 65 3237 683 474 4.7 79 296 291 422992
Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 B 4721 2595 55 54 3639 647 405 5.6 82 270 263 440982
Desulfosporosinus acidiphilus SJ4 B 4505 2870 64 61 4292 724 528 5.9 83 299 287 5171179
Desulfosporosinus orientis DSM 765 B 5242 3576 68 64 5422 735 538 7.4 86 312 294 5461250
Dehalobacter sp. DCA B 2978 1878 63 60 2731 624 434 4.4 77 293 279 420936
Dehalobacter sp. CF B 2980 1882 63 60 2736 626 434 4.4 77 295 280 423933
Acetobacterium woodii DSM 1030 B 3473 2527 73 64 3755 676 449 5.6 82 330 291 4951082
Clostridium difficile 630 B 3758 2500 67 61 3745 690 493 5.4 82 310 284 4661042
Clostridium sticklandii DSM 519 B 2573 1824 71 65 2691 655 455 4.1 76 314 287 451957
Filifactor alocis ATCC 35896 B 1641 1050 64 56 1585 514 319 3.1 68 319 282 305636
Clostridium saccharolyticum WM1 B 4154 2898 70 62 4210 710 500 5.9 83 324 287 4871113
Clostridium phytofermentans ISDg B 3902 2784 71 62 4082 695 482 5.9 83 338 292 4921133
[Ruminococcus] obeum B 3145 1976 63 58 2849 603 405 4.7 79 302 279 396895
[Ruminococcus] torques B 2788 1798 64 60 2648 593 402 4.5 78 305 286 405861
Eubacterium rectale M104/1 B 3206 1829 57 55 2604 622 389 4.2 76 290 281 392905
Eubacterium rectale ATCC 33656 B 3621 2027 56 55 2888 649 409 4.4 78 286 281 415968
Coprococcus sp. ART55/1 B 2122 1381 65 58 1982 526 315 3.8 73 308 275 301739
Roseburia hominis A2-183 B 3362 2125 63 58 3074 637 417 4.8 79 314 288 426975
Roseburia intestinalis B 3461 2092 60 58 3048 640 405 4.8 79 303 289 436989
Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-Japan B 1491 968 65 58 1438 505 298 2.8 65 318 284 284604
Thermoanaerobacter tengcongensis MB4 B 2588 1772 68 65 2631 646 491 4.1 75 301 287 420908
Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 B 2555 1814 71 67 2546 603 461 4.2 76 287 273 360803
Weissella koreensis KACC 15510 B 1357 950 70 66 1410 471 297 3 67 300 282 261545
Kyrpidia tusciae DSM 2912 B 3150 2154 68 65 3103 698 500 4.4 78 303 288 4431014
Bacillus selenitireducens MLS10 B 3255 2266 70 65 3368 726 587 4.6 78 317 296 4831066
Solibacillus silvestris StLB046 B 3823 2523 66 65 3547 714 571 5 80 285 279 4531039
Geobacillus thermoglucosidasius C56-YS93 B 3759 2471 66 65 3507 750 643 4.7 79 286 285 4761095
Halobacillus halophilus DSM 2266 B 4126 2517 61 63 3584 727 596 4.9 80 276 284 4811072
Mycoplasma leachii 99/014/6 B 905 550 61 52 801 330 181 2.4 59 332 285 167356
Mycoplasma mycoides subsp. capri LC str. 95010 B 924 595 64 49 859 334 183 2.6 61 376 286 171371
Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343 B 812 514 63 50 755 323 173 2.3 57 365 286 164344
Mycoplasma haemocanis str. Illinois B 1156 276 24 28 406 219 91 1.9 46 242 283 96216
Mycoplasma wenyonii str. Massachusetts B 652 278 43 41 402 205 77 2 49 285 277 86207
Mycoplasma suis KI3806 B 794 256 32 35 372 204 81 1.8 45 259 280 89208
Mycoplasma crocodyli MP145 B 689 470 68 54 695 311 164 2.2 55 370 291 154330
Mycoplasma conjunctivae HRC/581 B 692 420 61 47 625 282 125 2.2 55 371 285 148302
Mycoplasma haemofelis Ohio2 B 1524 281 18 22 414 218 91 1.9 47 232 282 101218
Mycoplasma bovis HB0801 B 814 520 64 53 745 299 152 2.5 60 350 289 151333
Mycoplasma penetrans HF-2 B 1037 598 58 43 843 336 173 2.5 60 386 288 167388
Mycoplasma putrefaciens KS1 B 650 455 70 57 687 318 170 2.2 54 356 290 160329
Mycoplasma mobile 163K B 633 438 69 55 660 309 148 2.1 53 370 295 156329
Mycoplasma fermentans M64 B 1049 561 53 46 791 316 165 2.5 60 314 272 159358
Mycoplasma arthritidis 158L3-1 B 631 389 62 46 578 281 128 2.1 51 383 284 138297
Mycoplasma agalactiae PG2 B 742 472 64 52 685 295 150 2.3 57 344 284 148324
Mycoplasma synoviae 53 B 659 436 66 52 635 294 136 2.2 54 358 282 145311
Mycoplasma pulmonis UAB CTIP B 782 501 64 49 725 318 150 2.3 56 371 284 151343
Mycoplasma pneumoniae 309 B 707 447 63 50 645 290 148 2.2 55 342 272 140314
Mycoplasma hyorhinis GDL-1 B 647 430 66 56 643 299 141 2.2 53 347 293 144316
Mycoplasma hyopneumoniae 168 B 693 437 63 48 639 282 125 2.3 56 379 289 141302
Mycoplasma hominis ATCC 23114 B 523 361 69 54 550 261 123 2.1 53 373 292 136275
Mycoplasma genitalium G37 B 475 367 77 60 543 278 137 2 49 369 287 131288
Mycoplasma gallisepticum str. F B 756 478 63 47 695 312 140 2.2 55 382 284 144340
Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 27815 B 609 389 64 49 578 281 122 2.1 51 376 286 140300
Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699 B 646 395 61 44 590 281 122 2.1 52 404 290 142299
Candidatus Phytoplasma mali B 479 325 68 62 505 236 111 2.1 53 318 292 127236
Aster yellows witches'-broom phytoplasma AYWB B 693 399 58 60 587 243 124 2.4 59 255 268 134249
Onion yellows phytoplasma OY-M B 749 489 65 61 694 250 130 2.8 64 276 256 136257
Mesoplasma florum L1 B 680 490 72 58 736 315 165 2.3 57 360 291 164340
Mycobacterium massiliense str. GO 06 B 2626 2290 87 76 3420 576 458 5.9 83 375 327 391884
Mycobacterium abscessus ATCC 19977 B 4942 3322 67 63 4713 669 491 7 86 317 298 4361111
Mycobacterium sp. JLS B 5739 4197 73 66 5846 705 532 8.3 88 325 294 4921274
Mycobacterium intracellulare ATCC 13950 B 5144 3696 72 69 5276 664 491 7.9 87 319 305 4361110
Mycobacterium avium 104 B 5120 3539 69 66 4983 659 490 7.6 87 315 301 4291101
Mycobacterium vanbaalenii PYR-1 B 5979 4196 70 63 5922 722 535 8.2 88 330 297 5221303
Mycobacterium canettii CIPT 140010059 B 3861 2764 72 61 3946 666 498 5.9 83 345 294 4411087
Mycobacterium africanum GM041182 B 3830 2716 71 62 3843 661 491 5.8 83 332 290 4291080
Mycobacterium tuberculosis KZN 1435 B 4059 2834 70 61 3985 670 497 5.9 83 331 288 4411110
Mycobacterium tuberculosis B 3994 2814 70 61 3984 669 498 6 83 335 290 4441106
Mycobacterium bovis BCG str. Pasteur 1173P2 B 3949 2782 70 62 3974 665 496 6 83 334 292 4501099
Mycobacterium rhodesiae NBB3 B 6147 4355 71 67 6075 704 514 8.6 88 320 300 4761258
Mycobacterium ulcerans Agy99 B 4241 2831 67 60 4097 656 493 6.2 84 332 299 4271071
Mycobacterium gilvum PYR-GCK B 5579 3904 70 63 5492 710 517 7.7 87 328 295 5011249
Mycobacterium chubuense NBB4 B 5843 4033 69 63 5722 712 529 8 88 328 301 5091266
Mycobacterium marinum M B 5452 3933 72 62 5809 695 531 8.4 88 365 312 5011266
Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 B 6717 4792 71 68 6727 725 553 9.3 89 315 302 5001281
Mycobacterium leprae Br4923 B 1604 1128 70 67 1715 535 381 3.2 69 336 318 311700
Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1 B 4705 3173 67 65 4568 700 497 6.5 85 313 303 4651165
Corynebacterium resistens DSM 45100 B 2171 1458 67 59 2101 576 370 3.6 73 350 308 331808
Corynebacterium aurimucosum ATCC 700975 B 2551 1658 65 59 2343 597 404 3.9 75 324 292 347851
Corynebacterium kroppenstedtii DSM 44385 B 2018 1378 68 61 2000 569 386 3.5 72 350 313 343822
Corynebacterium efficiens YS-314 B 2994 1919 64 58 2712 628 425 4.3 77 325 295 382943
Corynebacterium ulcerans 0102 B 2349 1475 63 58 2110 590 387 3.6 72 320 297 339800
Corynebacterium urealyticum DSM 7109 B 2021 1359 67 59 1952 561 371 3.5 71 350 306 320779
Corynebacterium jeikeium K411 B 2120 1438 68 60 2085 570 376 3.7 73 347 305 337799
Corynebacterium variabile DSM 44702 B 3039 2030 67 61 2898 609 410 4.8 79 329 301 373917
Corynebacterium pseudotuberculosis 316 B 2106 1358 64 62 1960 569 380 3.4 71 313 301 332774
Corynebacterium glutamicum R B 3077 2028 66 62 2880 623 430 4.6 78 313 296 379938
Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 B 2272 1456 64 60 2109 596 394 3.5 72 320 298 341809
Nocardia cyriacigeorgica GUH-2 B 5475 3689 67 62 5362 695 499 7.7 87 327 301 4861221
Nocardia farcinica IFM 10152 B 5934 3915 66 62 5616 708 516 7.9 87 318 299 4921243
Rhodococcus jostii RHA1 B 9145 6126 67 66 8912 749 585 11.9 92 316 310 5391478
Rhodococcus equi 103S B 4512 3348 74 69 4862 686 513 7.1 86 336 311 4671164
Rhodococcus opacus B4 B 8197 5773 70 68 8408 733 570 11.5 91 324 311 5361430
Rhodococcus erythropolis PR4 B 6437 4512 70 66 6426 728 546 8.8 89 325 304 5021289
Gordonia sp. KTR9 B 5154 3545 69 63 5103 693 489 7.4 86 341 311 4661192
Gordonia polyisoprenivorans VH2 B 5110 3622 71 64 5234 710 509 7.4 86 340 309 4811236
Gordonia bronchialis DSM 43247 B 4696 3199 68 62 4546 697 484 6.5 85 325 297 4611183
Tsukamurella paurometabola DSM 20162 B 4242 2950 70 64 4172 681 487 6.1 84 321 294 4531081
Segniliparus rotundus DSM 44985 B 3006 1832 61 59 2637 605 430 4.4 77 315 307 370882
Streptomyces coelicolor A3(2) B 8152 5502 67 61 7923 776 600 10.2 90 326 297 6461606
Streptomyces sp. PAMC26508 B 7073 4593 65 62 6644 760 564 8.7 89 317 304 6141523
Streptomyces flavogriseus ATCC 33331 B 6572 4561 69 63 6586 758 567 8.7 88 335 305 6121513
Streptomyces sp. SirexAA-E B 6357 4479 70 64 6464 752 560 8.6 88 337 304 6011448
Streptomyces griseus subsp. griseus NBRC 13350 B 7136 4925 69 62 7350 763 564 9.6 90 351 316 6181543
Streptomyces bingchenggensis BCW-1 B 10022 7068 71 65 10733 780 610 13.8 93 343 316 6841807
Streptomyces violaceusniger Tu 4113 B 8985 6240 69 64 9745 775 598 12.6 92 353 323 6361670
Streptomyces avermitilis MA-4680 B 7676 5230 68 61 7727 774 574 10 90 341 306 6161605
Streptomyces cattleya NRRL 8057 = DSM 46488 B 7569 4841 64 62 7129 774 561 9.2 89 313 302 5851508
Streptomyces scabiei 87.22 B 8746 5873 67 62 8505 786 596 10.8 91 334 306 6771692
Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis 5008 B 9107 6134 67 64 8874 786 608 11.3 91 315 300 6491685
Tropheryma whipplei TW08/27 B 783 577 74 68 896 391 233 2.3 56 332 308 206433
Leifsonia xyli subsp. xyli str. CTCB07 B 2028 1385 68 65 1958 554 351 3.5 72 297 284 300733
Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis NCPPB 382 B 3078 2178 71 65 3032 614 395 4.9 80 327 300 385924
Microbacterium testaceum StLB037 B 3676 2587 70 65 3628 659 437 5.5 82 330 304 4221013
Arthrobacter sp. Rue61a B 4575 3309 72 66 4650 688 487 6.8 85 330 300 4541171
Arthrobacter sp. FB24 B 4523 3206 71 65 4567 701 507 6.5 85 333 305 4801170
Renibacterium salmoninarum ATCC 33209 B 3507 2507 71 68 3333 612 415 5.4 82 270 256 386969
Kocuria rhizophila DC2201 B 2357 1681 71 64 2426 599 405 4.1 75 337 305 365876
Micrococcus luteus NCTC 2665 B 2236 1548 69 63 2236 580 384 3.9 74 331 302 346841
Rothia mucilaginosa DY-18 B 1904 1133 60 48 1644 549 338 3 67 383 309 309742
Rothia dentocariosa ATCC 17931 B 2217 1329 60 55 1873 564 351 3.3 70 321 294 315769
Beutenbergia cavernae DSM 12333 B 4197 3184 76 66 4453 675 451 6.6 85 342 296 4531083
Brachybacterium faecium DSM 4810 B 3068 2245 73 65 3182 619 434 5.1 81 349 312 404976
Jonesia denitrificans DSM 20603 B 2511 1707 68 63 2470 635 405 3.9 74 327 303 377880
Kytococcus sedentarius DSM 20547 B 2554 1758 69 62 2477 603 362 4.1 76 322 291 365887
Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894 B 3443 2303 67 59 3269 648 440 5 80 336 297 4251021
Isoptericola variabilis 225 B 2881 2097 73 64 3003 636 440 4.7 79 343 303 403989
Sanguibacter keddieii DSM 10542 B 3710 2640 71 61 3704 670 448 5.5 82 343 296 4361060
Cellulomonas flavigena DSM 20109 B 3678 2520 69 61 3614 663 458 5.5 82 336 298 4661112
Cellulomonas fimi ATCC 484 B 3761 2695 72 63 3856 697 479 5.5 82 339 300 4771155
[Cellvibrio] gilvus ATCC 13127 B 3164 2182 69 61 3178 671 432 4.7 79 338 300 4571042
Intrasporangium calvum DSM 43043 B 3563 2529 71 64 3617 689 476 5.2 81 337 301 4591123
Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii CIRM-BIA1 B 2326 1592 68 63 2284 591 384 3.9 74 324 300 348853
Nocardioides sp. JS614 B 4909 3470 71 64 4932 732 487 6.7 85 326 294 4791254
Kribbella flavida DSM 17836 B 6943 5124 74 65 7174 747 549 9.6 90 325 289 5871392
Thermobifida fusca YX B 3087 2163 70 64 3132 657 465 4.8 79 332 304 440992
Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111 B 5497 3831 70 62 5421 726 513 7.5 87 334 299 5391274
Thermomonospora curvata DSM 43183 B 4890 3309 68 62 4675 726 505 6.4 84 321 296 5041227
Streptosporangium roseum DSM 43021 B 8975 6384 71 64 9102 786 603 11.6 91 329 298 6561640
Frankia symbiont of Datisca glomerata B 4215 2856 68 61 4067 669 432 6.1 84 329 298 4531175
Frankia sp. EAN1pec B 7191 5033 70 61 7081 722 494 9.8 90 347 301 5451470
Frankia alni ACN14a B 6700 4277 64 61 6065 708 503 8.6 88 322 305 5311420
Acidothermus cellulolyticus 11B B 2157 1607 75 68 2370 638 417 3.7 73 338 309 402915
Nakamurella multipartita DSM 44233 B 5240 3514 67 59 4981 737 501 6.8 85 335 297 5161294
Geodermatophilus obscurus DSM 43160 B 4810 3255 68 64 4600 725 517 6.3 84 311 294 4881256
Kineococcus radiotolerans SRS30216 B 4681 3164 68 63 4478 687 467 6.5 85 318 296 4531148
Saccharopolyspora erythraea NRRL 2338 B 7197 5040 70 66 7334 759 575 9.7 90 322 302 5611447
Saccharomonospora viridis DSM 43017 B 3828 2669 70 65 3840 689 491 5.6 82 325 302 4591093
Thermobispora bispora DSM 43833 B 3546 2535 71 65 3591 679 498 5.3 81 328 297 4531068
Amycolatopsis mediterranei U32 B 9228 6733 73 66 9797 795 614 12.3 92 329 299 6801692
Pseudonocardia dioxanivorans CB1190 B 6797 4885 72 66 6858 739 534 9.3 89 320 294 5211376
Actinosynnema mirum DSM 43827 B 6916 4739 69 62 7117 781 549 9.1 89 346 311 6311519
Salinispora arenicola CNS-205 B 4917 3394 69 63 4946 726 484 6.8 85 337 309 5091267
Salinispora tropica CNB-440 B 4536 3195 70 64 4549 687 471 6.6 85 335 302 4931217
Micromonospora sp. L5 B 6150 4226 69 62 6157 751 527 8.2 88 338 306 6051436
Micromonospora aurantiaca ATCC 27029 B 6222 4230 68 61 6134 746 523 8.2 88 337 304 5921412
Verrucosispora maris AB-18-032 B 6009 4054 67 62 5862 739 517 7.9 87 328 302 5901398
Catenulispora acidiphila DSM 44928 B 8913 6183 69 61 8988 785 581 11.4 91 346 304 6641714
Stackebrandtia nassauensis DSM 44728 B 6379 4412 69 62 6233 737 498 8.5 88 324 290 5231333
Arcanobacterium haemolyticum DSM 20595 B 1731 1190 69 61 1682 530 306 3.2 68 331 294 289681
Mobiluncus curtisii ATCC 43063 B 1909 1228 64 57 1748 538 324 3.2 69 336 298 294719
Bifidobacterium longum subsp. longum JDM301 B 1958 1384 71 61 1995 520 328 3.8 74 360 311 307730
Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl-04 B 1567 1122 72 63 1625 491 303 3.3 70 354 310 279657
Bifidobacterium dentium Bd1 B 2127 1486 70 61 2122 520 323 4.1 75 355 311 300737
Bifidobacterium breve ACS-071-V-Sch8b B 1826 1323 72 64 1917 518 315 3.7 73 352 312 307716
Bifidobacterium bifidum S17 B 1783 1206 68 59 1771 523 308 3.4 70 348 305 309729
Bifidobacterium adolescentis ATCC 15703 B 1632 1172 72 62 1713 496 307 3.5 71 369 317 292683
Gardnerella vaginalis 409-05 B 1263 838 66 57 1253 444 255 2.8 65 362 313 240552
Rubrobacter xylanophilus DSM 9941 B 3140 2346 75 71 3338 666 458 5 80 314 298 410976
Conexibacter woesei DSM 14684 B 5914 4476 76 66 6222 738 479 8.4 88 336 292 5261300
Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331 B 1964 1454 74 68 2077 598 363 3.5 71 325 297 341800
Cryptobacterium curtum DSM 15641 B 1357 1005 74 64 1514 497 310 3 67 347 301 290633
Slackia heliotrinireducens DSM 20476 B 2766 1855 67 58 2618 593 351 4.4 77 327 285 365856
Atopobium parvulum DSM 20469 B 1353 995 74 66 1505 487 282 3.1 68 339 303 290616
Eggerthella sp. YY7918 B 2680 1870 70 61 2790 561 354 5 80 341 297 373829
Eggerthella lenta DSM 2243 B 3070 2066 67 58 3015 597 364 5.1 80 342 294 373879
Olsenella uli DSM 7084 B 1739 1282 74 65 1887 524 313 3.6 72 341 299 306698
Coriobacterium glomerans PW2 B 1768 1304 74 65 1926 500 324 3.9 74 347 304 305673
Modestobacter marinus B 5444 3666 67 63 5111 733 505 7 86 310 291 4881278
Blastococcus saxobsidens DD2 B 4817 3160 66 62 4400 699 486 6.3 84 304 289 4651188
Kitasatospora setae KM-6054 B 7566 5137 68 60 7322 758 543 9.7 90 336 298 5991525
Propionibacterium propionicum F0230a B 2938 1954 67 62 2782 618 393 4.5 78 321 299 378877
Propionibacterium acnes SK137 B 2352 1585 67 64 2257 589 395 3.8 74 313 298 360849
Microlunatus phosphovorus NM-1 B 5338 3704 69 62 5120 720 486 7.1 86 322 287 4811284
Actinoplanes sp. N902-109 B 8212 5528 67 63 8522 781 550 10.9 91 336 313 7001668
Actinoplanes sp. SE50/110 B 8247 5340 65 59 7885 794 544 9.9 90 329 301 6801696
Actinoplanes missouriensis 431 B 8124 5520 68 62 7977 786 550 10.1 90 325 297 6681653
Arthrobacter phenanthrenivorans Sphe3 B 4131 2941 71 65 4100 680 486 6 83 322 296 4351105
Arthrobacter chlorophenolicus A6 B 4590 3014 66 62 4237 697 479 6.1 84 321 301 4641151
Arthrobacter aurescens TC1 B 4588 3247 71 64 4569 692 481 6.6 85 332 301 4521159
Arthrobacter arilaitensis Re117 B 3436 2312 67 63 3253 643 438 5.1 80 315 294 423959
Actinomyces sp. F0330 B 3019 1899 63 56 2602 594 374 4.4 77 322 285 344915
Chlamydophila pecorum E58 B 988 619 63 57 947 399 208 2.4 58 342 309 213449
Chlamydia muridarum Nigg B 911 589 65 56 905 390 204 2.3 57 355 309 201431
Chlamydophila pneumoniae TW-183 B 1113 636 57 53 957 404 212 2.4 58 331 308 208452
Chlamydophila caviae GPIC B 1005 625 62 55 947 406 211 2.3 57 349 307 211453
Chlamydophila felis Fe/C-56 B 1013 639 63 55 960 406 216 2.4 58 351 306 213456
Chlamydophila abortus S26/3 B 932 613 66 56 931 404 208 2.3 57 358 307 205450
Chlamydia psittaci 01DC11 B 975 628 64 55 947 408 208 2.3 57 358 305 207455
Chlamydia trachomatis B/Jali20/OT B 875 582 67 58 895 391 202 2.3 56 351 307 202434
Candidatus Protochlamydia amoebophila UWE25 B 2031 1147 56 53 1748 538 292 3.2 69 325 306 314693
Waddlia chondrophila WSU 86-1044 B 1956 1152 59 52 1687 551 334 3.1 67 341 303 309705
Parachlamydia acanthamoebae UV-7 B 2782 1477 53 48 2139 593 347 3.6 72 329 298 346827
Simkania negevensis Z B 2512 1290 51 48 1820 535 298 3.4 71 317 298 290710
Borrelia recurrentis A1 B 990 618 62 56 932 392 186 2.4 58 334 297 200433
Borrelia duttonii Ly B 1305 722 55 51 1042 400 189 2.6 62 323 297 198446
Borrelia crocidurae str. Achema B 1470 819 56 54 1124 396 187 2.8 65 278 271 193447
Borrelia turicatae 91E135 B 818 585 72 61 893 380 176 2.4 57 351 299 188423
Borrelia hermsii DAH B 877 614 70 61 924 381 183 2.4 59 345 299 188429
Spirochaeta caldaria DSM 7334 B 2789 2002 72 62 2971 636 409 4.7 79 352 302 4481015
Treponema azotonutricium ZAS-9 B 3474 2225 64 59 3293 633 370 5.2 81 335 307 4411015
Treponema primitia ZAS-2 B 3523 2303 65 58 3354 650 391 5.2 81 344 303 4321030
Treponema brennaborense DSM 12168 B 2531 1758 69 59 2576 601 347 4.3 77 360 305 424907
Treponema paraluiscuniculi Cuniculi A B 1010 649 64 58 1012 429 193 2.4 58 346 312 227482
Treponema succinifaciens DSM 2489 B 2608 1529 59 52 2218 577 317 3.8 74 323 289 377839
Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 B 2001 1284 64 57 1982 427 194 4.6 78 348 308 221487
Treponema denticola ATCC 35405 B 2767 1559 56 54 2241 580 297 3.9 74 313 300 335816
Spirochaeta africana DSM 8902 B 2782 1911 69 58 2904 638 386 4.6 78 367 311 4361030
Spirochaeta thermophila DSM 6192 B 2203 1587 72 63 2380 608 392 3.9 74 351 308 411891
Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis str. L550 B 2945 1855 63 55 2626 618 374 4.2 76 326 286 370935
Leptospira interrogans serovar Lai str. IPAV B 3711 2158 58 53 3073 655 388 4.7 79 316 287 4151057
Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Paris)' B 3725 2376 64 56 3432 675 392 5.1 80 328 290 4231121
Brachyspira murdochii DSM 12563 B 2809 1759 63 55 2485 612 364 4.1 75 330 291 362849
Brachyspira intermedia PWS/A B 2872 1813 63 57 2579 624 370 4.1 76 323 290 372883
Brachyspira pilosicoli 95/1000 B 2299 1509 66 58 2174 594 349 3.7 73 332 295 359810
Brachyspira hyodysenteriae WA1 B 2642 1740 66 58 2489 613 349 4.1 75 331 290 366852
Turneriella parva DSM 21527 B 4139 2491 60 53 3486 702 393 5 80 324 284 4401119
Borrelia garinii PBi B 925 584 63 58 898 388 180 2.3 57 325 297 198429
Borrelia bissettii DN127 B 1463 644 44 46 958 393 177 2.4 59 278 291 196437
Borrelia afzelii PKo B 1253 630 50 51 949 395 182 2.4 58 285 291 200447
Borrelia burgdorferi B31 B 1390 643 46 46 950 388 175 2.4 59 292 291 189438
Spirochaeta smaragdinae DSM 11293 B 4219 3082 73 66 4556 690 437 6.6 85 340 305 5251156
Sphaerochaeta pleomorpha str. Grapes B 3159 2276 72 65 3327 607 379 5.5 82 339 308 415926
Sphaerochaeta globus str. Buddy B 3017 2118 70 63 3070 590 361 5.2 81 334 300 398890
Sphaerochaeta coccoides DSM 17374 B 1822 1362 75 65 2019 526 332 3.8 74 363 318 333708
Candidatus Koribacter versatilis Ellin345 B 4777 3150 66 58 4722 745 537 6.3 84 352 307 5491371
Acidobacterium capsulatum ATCC 51196 B 3377 2234 66 61 3422 694 480 4.9 80 352 322 4721105
Terriglobus saanensis SP1PR4 B 4180 2902 69 60 4290 716 483 6 83 364 314 4651172
Terriglobus roseus DSM 18391 B 4245 2856 67 60 4325 707 477 6.1 84 360 320 4781189
Candidatus Solibacter usitatus Ellin6076 B 7826 5274 67 57 8080 799 592 10.1 90 383 326 7301756
Candidatus Chloracidobacterium thermophilum B B 3053 2087 68 61 3177 666 443 4.8 79 360 320 4401067
Granulicella tundricola MP5ACTX9 B 4542 2910 64 58 4364 720 497 6.1 84 348 315 5041257
Granulicella mallensis MP5ACTX8 B 4815 3247 67 59 4943 735 522 6.7 85 376 331 5311284
Bacteroides salanitronis DSM 18170 B 3641 2112 58 53 3122 600 414 5.2 81 340 313 411951
Bacteroides helcogenes P 36-108 B 3244 2165 67 59 3270 622 417 5.3 81 365 323 437999
Bacteroides vulgatus ATCC 8482 B 4066 2582 64 57 3933 622 446 6.3 84 374 334 4561047
Bacteroides uniformis B 11 6 55 39 7 6 0 1.2 14 285 204 17
Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 B 4816 3156 66 56 4861 648 474 7.5 87 389 335 5051179
Bacteroides fragilis YCH46 B 4625 2701 58 55 4047 658 449 6.2 84 344 322 4841122
Porphyromonas asaccharolytica DSM 20707 B 1699 1156 68 56 1705 525 308 3.2 69 372 309 289696
Porphyromonas gingivalis ATCC 33277 B 2089 1210 58 56 1816 532 347 3.4 71 323 310 321717
Parabacteroides distasonis ATCC 8503 B 3849 2603 68 58 3879 648 446 6 83 375 321 4691068
Paludibacter propionicigenes WB4 B 3020 2056 68 61 3107 631 430 4.9 80 353 316 437998
Odoribacter splanchnicus DSM 20712 B 3497 2212 63 53 3268 637 418 5.1 81 362 305 414960
Prevotella melaninogenica ATCC 25845 B 2296 1464 64 55 2120 562 356 3.8 73 367 315 342802
Prevotella intermedia 17 B 2266 1306 58 53 1882 542 329 3.5 71 321 298 317738
Prevotella denticola F0289 B 2386 1423 60 56 2093 549 339 3.8 74 342 318 343794
Prevotella ruminicola 23 B 2763 1926 70 58 2870 590 386 4.9 79 386 324 402937
Salinibacter ruber M8 B 3257 2058 63 59 3158 665 422 4.7 79 340 318 4181065
Rhodothermus marinus DSM 4252 B 2863 2060 72 64 3095 699 520 4.4 77 358 319 4641064
Chitinophaga pinensis DSM 2588 B 7192 4702 65 57 7321 774 523 9.5 89 373 323 6261529
Pedobacter heparinus DSM 2366 B 4252 2986 70 60 4483 676 480 6.6 85 375 321 4801143
Sphingobacterium sp. 21 B 5169 3546 69 61 5199 710 511 7.3 86 353 312 5031205
Haliscomenobacter hydrossis DSM 1100 B 6752 4231 63 52 6270 756 531 8.3 88 382 319 6391565
Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406 B 3785 2277 60 52 3467 689 423 5 80 351 302 4591098
Dyadobacter fermentans DSM 18053 B 5719 3854 67 59 5767 742 494 7.8 87 364 318 5411351
Spirosoma linguale DSM 74 B 6938 4432 64 57 6634 756 520 8.8 89 354 318 5791492
Leadbetterella byssophila DSM 17132 B 3465 2380 69 61 3481 660 459 5.3 81 349 309 4451026
Marivirga tractuosa DSM 4126 B 3757 2377 63 55 3683 667 430 5.5 82 356 312 4641137
Gramella forsetii KT0803 B 3584 2267 63 60 3321 664 424 5 80 319 301 4341028
Flavobacterium indicum GPTSA100-9 B 2671 1724 65 57 2528 628 395 4 75 335 298 397893
Flavobacterium psychrophilum JIP02/86 B 2446 1608 66 58 2321 617 362 3.8 73 333 296 365831
Flavobacterium branchiophilum FL-15 B 2872 1797 63 55 2602 640 391 4.1 75 342 302 404917
Flavobacterium columnare ATCC 49512 B 2642 1669 63 56 2415 634 391 3.8 74 339 299 392865
Flavobacterium johnsoniae UW101 B 5017 3264 65 57 4814 723 492 6.7 85 353 309 5101254
Capnocytophaga canimorsus Cc5 B 2404 1371 57 55 2004 590 359 3.4 71 315 302 348791
Capnocytophaga ochracea DSM 7271 B 2171 1367 63 57 2026 569 352 3.6 72 345 313 344766
Robiginitalea biformata HTCC2501 B 3205 2120 66 61 3125 657 432 4.8 79 336 309 4311024
Zunongwangia profunda SM-A87 B 4653 2885 62 59 4237 696 475 6.1 84 319 304 4621135
Croceibacter atlanticus HTCC2559 B 2701 1802 67 59 2647 624 386 4.2 76 336 298 385897
Riemerella anatipestifer ATCC 11845 = DSM 15868 B 1972 1262 64 59 1811 574 355 3.2 68 326 298 321720
Maribacter sp. HTCC2170 B 3411 2310 68 62 3386 663 443 5.1 80 343 313 4761066
Cellulophaga algicola DSM 14237 B 4163 2578 62 56 3834 689 449 5.6 82 342 308 4711145
Cellulophaga lytica DSM 7489 B 3284 2190 67 59 3225 652 423 4.9 80 347 305 4311016
Weeksella virosa DSM 16922 B 2049 1369 67 61 1977 584 365 3.4 70 327 298 335787
Krokinobacter sp. 4H-3-7-5 B 2978 1997 67 59 2939 634 403 4.6 78 341 301 405976
Flavobacteriaceae bacterium 3519-10 B 2534 1617 64 59 2334 614 397 3.8 74 329 304 367862
Candidatus Sulcia muelleri DMIN B 226 199 88 83 330 187 106 1.8 43 338 317 102174
Candidatus Sulcia muelleri SMDSEM B 242 218 90 82 363 197 103 1.8 46 343 314 112187
Blattabacterium sp. (Nauphoeta cinerea) B 586 497 85 78 790 375 225 2.1 53 336 308 205381
Blattabacterium sp. (Blattella germanica) str. Bge B 590 499 85 78 814 385 233 2.1 53 343 316 215386
Fluviicola taffensis DSM 16823 B 4033 2297 57 48 3383 660 395 5.1 80 345 291 4261082
Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2 B 1334 771 58 51 1275 400 197 3.2 69 364 322 224507
Saprospira grandis str. Lewin B 4251 1917 45 45 2786 644 361 4.3 77 294 293 382988
Niastella koreensis GR20-10 B 7174 4638 65 56 7037 778 533 9 89 367 319 6161532
Flexibacter litoralis DSM 6794 B 3878 2154 56 48 3194 664 395 4.8 79 349 304 4211075
Candidatus Cardinium hertigii B 903 525 58 57 792 339 166 2.3 57 299 294 161361
Belliella baltica DSM 15883 B 3680 2319 63 58 3390 670 460 5.1 80 327 301 4311078
Cyclobacterium marinum DSM 745 B 5000 3223 64 58 4721 715 470 6.6 85 357 320 4941253
Fibrella aestuarina B 5627 3536 63 56 5295 739 516 7.2 86 363 320 5301350
Runella slithyformis DSM 19594 B 5774 3693 64 58 5422 738 504 7.3 86 348 316 5461359
Tannerella forsythia ATCC 43037 B 3001 1680 56 55 2513 582 363 4.3 77 328 325 359869
Candidatus Azobacteroides pseudotrichonymphae genomovar. CFP2 B 852 651 76 72 1039 433 269 2.4 58 336 316 248466
Bacteroides sp. CF50 B 2306 1622 70 61 2401 583 366 4.1 76 357 308 378861
Alistipes finegoldii DSM 17242 B 3110 1860 60 54 2728 564 369 4.8 79 345 310 385862
Pedobacter saltans DSM 12145 B 3792 2608 69 61 3926 683 465 5.7 83 362 321 4911104
Solitalea canadensis DSM 3403 B 4310 2776 64 56 4119 712 490 5.8 83 350 306 4961164
Owenweeksia hongkongensis DSM 17368 B 3485 2190 63 55 3303 663 403 5 80 349 304 4261039
Lacinutrix sp. 5H-3-7-4 B 2967 1954 66 58 2877 646 398 4.5 78 339 297 418967
Aequorivita sublithincola DSM 14238 B 3140 2017 64 58 2932 638 385 4.6 78 332 298 412993
Zobellia galactanivorans B 4732 3044 64 60 4550 708 466 6.4 84 351 325 5161208
Muricauda ruestringensis DSM 13258 B 3432 2295 67 61 3425 666 452 5.1 81 336 305 4771080
Polaribacter sp. MED152 B 2635 1818 69 60 2667 626 396 4.3 77 348 304 408922
Ornithobacterium rhinotracheale DSM 15997 B 2267 1296 57 56 1900 572 363 3.3 70 313 306 330733
Fibrobacter succinogenes subsp. succinogenes S85 B 3085 1829 59 49 2653 598 348 4.4 77 376 313 417956
Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC 25586 B 1983 1350 68 61 1951 568 365 3.4 71 321 288 345753
Leptotrichia buccalis C-1013-b B 2220 1415 64 58 2006 568 379 3.5 72 309 283 329751
Sebaldella termitidis ATCC 33386 B 4150 2491 60 54 3499 672 478 5.2 81 309 276 419945
Streptobacillus moniliformis DSM 12112 B 1442 947 66 60 1463 466 279 3.1 68 338 308 268572
Ilyobacter polytropus DSM 2926 B 2880 2009 70 66 2978 650 477 4.6 78 306 290 438941
Opitutus terrae PB90-1 B 4612 3114 68 60 4959 733 476 6.8 85 380 336 5761369
Coraliomargarita akajimensis DSM 45221 B 3120 2017 65 57 3020 666 421 4.5 78 359 318 4481013
Methylacidiphilum infernorum V4 B 2472 1386 56 62 2049 584 382 3.5 71 279 310 351796
Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835 B 2138 1426 67 59 2112 572 371 3.7 73 361 319 360792
Gemmatimonas aurantiaca T-27 B 3935 2709 69 60 4042 735 473 5.5 82 361 312 4821221
Rhodopirellula baltica SH 1 B 7325 3305 45 47 4942 707 431 7 86 315 327 5981399
Pirellula staleyi DSM 6068 B 4717 2868 61 51 4181 719 437 5.8 83 375 315 5291268
Isosphaera pallida ATCC 43644 B 3722 2443 66 54 3809 671 431 5.7 82 416 339 4911240
Planctomyces brasiliensis DSM 5305 B 4750 2919 61 54 4244 687 429 6.2 84 360 315 5121247
Planctomyces limnophilus DSM 3776 B 4258 2493 59 51 3669 674 433 5.4 82 360 317 4851164
Elusimicrobium minutum Pei191 B 1529 1029 67 59 1500 512 288 2.9 66 323 285 284632
uncultured Termite group 1 bacterium phylotype Rs-D17 B 776 615 79 72 937 426 263 2.2 55 325 295 225433
Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589 B 1730 1316 76 70 1966 593 378 3.3 70 327 299 364780
Aminobacterium colombiense DSM 12261 B 1876 1331 71 66 1972 553 359 3.6 72 318 297 344711
Fretibacterium fastidiosum B 1431 901 63 60 1247 447 236 2.8 64 301 285 216529
Thermovirga lienii DSM 17291 B 1875 1363 73 67 2047 587 382 3.5 71 323 300 359763
Anaerobaculum mobile DSM 13181 B 2017 1476 73 67 2142 622 400 3.4 71 325 297 365799
Synechocystis sp. PCC 6803 B 3575 2323 65 60 3416 709 504 4.8 79 318 292 4521110
Synechococcus sp. PCC 7502 B 3318 2096 63 62 3126 685 452 4.6 78 300 293 4181039
Synechococcus sp. PCC 6312 B 3545 2135 60 59 3074 696 465 4.4 77 296 289 4251041
Synechococcus sp. CC9311 B 2892 1617 56 61 2264 636 418 3.6 72 261 287 343872
Synechococcus elongatus PCC 7942 B 2662 1786 67 64 2588 677 470 3.8 74 304 292 405955
Thermosynechococcus sp. NK55 B 2231 1565 70 65 2314 647 439 3.6 72 319 297 391903
Thermosynechococcus elongatus BP-1 B 2476 1669 67 64 2465 661 443 3.7 73 313 297 402938
Microcystis aeruginosa NIES-843 B 6312 2914 46 52 4098 714 499 5.7 83 250 279 4831150
Cyanothece sp. PCC 8802 B 4444 2774 62 61 4065 755 526 5.4 81 305 296 5081241
Gloeobacter violaceus PCC 7421 B 4430 2902 66 62 4184 733 490 5.7 82 312 295 4971205
Nostoc sp. PCC 7107 B 5237 3233 62 60 5005 775 541 6.5 85 325 314 5591375
Nostoc punctiforme PCC 73102 B 6689 4165 62 59 6706 804 586 8.3 88 348 328 6111598
Nostoc sp. PCC 7120 B 6129 3639 59 57 5592 784 552 7.1 86 321 309 5711457
Nostoc sp. PCC 7524 B 5449 3358 62 57 5200 785 547 6.6 85 336 312 5831414
Prochlorococcus marinus str. MIT 9515 B 1905 1163 61 67 1638 554 349 3 66 263 290 289679
Trichodesmium erythraeum IMS101 B 4451 2775 62 58 4360 704 494 6.2 84 347 323 5361279
Acaryochloris marina MBIC11017 B 8383 4347 52 55 6445 786 560 8.2 88 276 295 5691505
Leptolyngbya sp. PCC 7376 B 4228 2657 63 57 4060 723 491 5.6 82 334 301 4711225
Pseudanabaena sp. PCC 7367 B 3854 2447 63 58 3696 712 468 5.2 81 328 301 4491176
Microcoleus sp. PCC 7113 B 6441 3875 60 58 6210 795 557 7.8 87 336 322 5841620
Geitlerinema sp. PCC 7407 B 3815 2464 65 60 3902 725 519 5.4 81 341 318 4761229
Gloeocapsa sp. PCC 7428 B 5011 3349 67 64 5104 776 561 6.6 85 323 310 5451362
cyanobacterium UCYN-A B 1199 847 71 66 1264 470 299 2.7 63 323 302 257553
Halothece sp. PCC 7418 B 3708 2427 65 61 3571 720 500 5 80 319 295 4781125
Rivularia sp. PCC 7116 B 6644 4091 62 58 6410 798 564 8 88 342 321 6291579
Calothrix sp. PCC 7507 B 5950 3612 61 59 5316 781 560 6.8 85 312 303 5721415
Anabaena variabilis ATCC 29413 B 5710 3594 63 59 5547 783 564 7.1 86 339 317 5781458
'Nostoc azollae' 0708 B 3651 1915 52 60 2833 687 461 4.1 76 258 294 430999
Anabaena sp. 90 B 4511 2676 59 58 3896 726 507 5.4 81 312 304 5151203
Chlorobaculum parvum NCIB 8327 B 2043 1481 72 67 2175 629 432 3.5 71 324 299 369837
Chlorobium tepidum TLS B 2245 1420 63 66 2053 608 408 3.4 70 281 293 352801
Chlorobium chlorochromatii CaD3 B 1999 1404 70 56 2068 601 385 3.4 71 378 302 357781
Chlorobium phaeobacteroides DSM 266 B 2650 1787 67 61 2633 639 418 4.1 76 331 300 403904
Chlorobium phaeovibrioides DSM 265 B 1753 1316 75 67 1952 597 384 3.3 69 340 303 359774
Chlorobium limicola DSM 245 B 2434 1678 69 64 2475 641 430 3.9 74 325 300 392890
Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1 B 2707 1809 67 62 2663 632 413 4.2 76 317 295 387917
Chlorobium luteolum DSM 273 B 2083 1495 72 65 2223 606 403 3.7 73 336 305 368821
Prosthecochloris aestuarii DSM 271 B 2327 1615 69 64 2329 630 420 3.7 73 323 298 383863
Chloroherpeton thalassium ATCC 35110 B 2710 1908 70 63 2923 685 449 4.3 77 350 314 4241014
Dehalococcoides ethenogenes 195 B 1580 1050 66 66 1542 502 286 3.1 67 278 277 281607
Dehalococcoides sp. BAV1 B 1371 989 72 69 1449 504 292 2.9 65 292 278 274600
Dehalogenimonas lykanthroporepellens BL-DC-9 B 1659 1141 69 65 1703 545 314 3.1 68 295 280 310679
Roseiflexus sp. RS-1 B 4517 3127 69 60 4631 719 500 6.4 84 363 315 5451285
Roseiflexus castenholzii DSM 13941 B 4330 3106 72 62 4589 722 497 6.4 84 361 313 5361277
Chloroflexus sp. MS-G B 3777 2692 71 64 4041 713 496 5.7 82 349 313 5111204
Chloroflexus sp. Y-400-fl B 4159 2778 67 62 4254 727 493 5.9 83 343 321 5341236
Chloroflexus aggregans DSM 9485 B 3731 2646 71 63 4082 717 501 5.7 82 361 321 5231196
Chloroflexus aurantiacus J-10-fl B 3853 2787 72 64 4284 726 496 5.9 83 365 322 5341245
Herpetosiphon aurantiacus DSM 785 B 5279 3595 68 60 5690 767 522 7.4 87 374 330 6271461
Thermomicrobium roseum DSM 5159 B 2854 1895 66 66 2712 662 458 4.1 76 304 304 384945
Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 B 3485 2499 72 67 3563 688 466 5.2 81 327 304 4241051
Anaerolinea thermophila UNI-1 B 3166 2183 69 62 3277 670 432 4.9 80 343 310 4491059
Caldilinea aerophila DSM 14535 = NBRC 104270 B 4119 3015 73 64 4477 712 504 6.3 84 363 318 5341232
Deinococcus gobiensis I-0 B 4326 2614 60 60 3642 712 518 5.1 80 286 282 4571104
Deinococcus deserti VCD115 B 3459 2472 71 68 3559 683 516 5.2 81 313 297 4351064
Deinococcus maricopensis DSM 21211 B 3264 2289 70 67 3365 680 503 4.9 80 316 302 4461032
Deinococcus geothermalis DSM 11300 B 3054 2144 70 66 3077 683 519 4.5 78 317 296 432997
Deinococcus proteolyticus MRP B 2656 1768 67 62 2537 656 465 3.9 74 314 292 398926
Deinococcus radiodurans R1 B 3167 2139 68 63 2957 683 514 4.3 77 310 287 4211030
Truepera radiovictrix DSM 17093 B 2945 2134 72 68 3019 657 500 4.6 78 322 300 421965
Thermus sp. CCB_US3_UF1 B 2279 1682 74 70 2421 641 558 3.8 74 312 294 401855
Thermus scotoductus SA-01 B 2458 1763 72 69 2499 631 570 4 75 299 288 399873
Thermus thermophilus HB27 B 2210 1645 74 70 2335 634 579 3.7 73 303 285 395841
Meiothermus silvanus DSM 9946 B 3505 2411 69 65 3428 690 566 5 80 310 292 4361017
Meiothermus ruber DSM 1279 B 3014 2123 70 67 2987 672 545 4.4 78 309 293 432968
Oceanithermus profundus DSM 14977 B 2373 1665 70 65 2392 641 507 3.7 73 316 293 387856
Marinithermus hydrothermalis DSM 14884 B 2205 1630 74 70 2366 632 519 3.7 73 314 296 391832
Aquifex aeolicus VF5 B 1526 1169 77 71 1730 577 399 3 67 315 290 318717
Hydrogenobaculum sp. SN B 1575 1114 71 67 1633 551 331 3 66 304 287 301672
Hydrogenobaculum sp. HO B 1579 1120 71 67 1641 551 332 3 66 305 286 302675
Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1 B 1629 1157 71 68 1708 558 339 3.1 67 303 288 322705
Hydrogenobacter thermophilus TK-6 B 1893 1340 71 68 1937 586 393 3.3 70 294 284 332759
Thermocrinis albus DSM 14484 B 1593 1189 75 71 1726 583 388 3 66 301 285 311724
Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1 B 1721 1242 72 68 1854 587 378 3.2 68 305 289 331755
Sulfurihydrogenibium azorense Az-Fu1 B 1723 1237 72 69 1841 578 373 3.2 69 299 287 333740
Persephonella marina EX-H1 B 2051 1418 69 65 2084 626 401 3.3 70 304 286 361823
Thermovibrio ammonificans HB-1 B 1813 1220 67 63 1779 569 377 3.1 68 305 287 328737
Desulfurobacterium thermolithotrophum DSM 11699 B 1509 1129 75 68 1668 547 360 3 67 317 290 322685
Thermotoga sp. RQ2 B 1819 1422 78 71 2072 597 495 3.5 71 324 297 378775
Thermotoga naphthophila RKU-10 B 1768 1376 78 72 2010 590 484 3.4 71 318 295 371761
Thermotoga petrophila RKU-1 B 1785 1395 78 72 2046 589 489 3.5 71 322 297 380761
Thermotoga neapolitana DSM 4359 B 1937 1450 75 70 2107 596 487 3.5 72 313 294 368780
Thermotoga maritima MSB8 B 1858 1414 76 71 2057 596 487 3.5 71 315 294 379765
Thermosipho melanesiensis BI429 B 1879 1334 71 65 1909 584 391 3.3 69 310 286 339751
Thermosipho africanus TCF52B B 1954 1401 72 67 2015 595 394 3.4 70 309 288 347753
Fervidobacterium pennivorans DSM 9078 B 1947 1446 74 66 2093 595 407 3.5 72 336 299 355785
Fervidobacterium nodosum Rt17-B1 B 1750 1301 74 65 1891 581 388 3.3 69 334 293 348742
Petrotoga mobilis SJ95 B 1898 1421 75 69 2086 602 400 3.5 71 338 310 375762
Kosmotoga olearia TBF 19.5.1 B 2118 1547 73 67 2198 568 383 3.9 74 318 291 345765
Dictyoglomus turgidum DSM 6724 B 1742 1356 78 72 1982 555 381 3.6 72 328 304 348737
Dictyoglomus thermophilum H-6-12 B 1912 1429 75 71 2068 576 393 3.6 72 318 301 347769
Thermodesulfovibrio yellowstonii DSM 11347 B 2028 1485 73 68 2219 596 407 3.7 73 309 289 381805
Candidatus Nitrospira defluvii B 4266 2545 60 60 3920 720 483 5.4 82 302 301 4761146
Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798 B 2832 2100 74 69 3062 647 433 4.7 79 331 308 415928
Deferribacter desulfuricans SSM1 B 2374 1699 72 64 2555 638 428 4 75 326 292 419919
Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 B 2964 2146 72 65 3218 657 437 4.9 80 327 294 4541003
Calditerrivibrio nitroreducens DSM 19672 B 2100 1530 73 67 2338 622 428 3.8 73 328 300 403853
Ilumatobacter coccineus B 4291 3115 73 62 4414 703 436 6.3 84 348 297 4871172
Candidatus Cloacamonas acidaminovorans B 1815 1184 65 57 1800 554 323 3.2 69 358 311 349730
Melioribacter roseus P3M B 2840 2122 75 67 3280 698 497 4.7 79 355 317 5001118
Ignavibacterium album JCM 16511 B 3195 2196 69 61 3317 693 447 4.8 79 352 310 4841125
Phycisphaera mikurensis NBRC 102666 B 3282 2065 63 56 2937 642 374 4.6 78 349 311 4041025
Thermodesulfatator indicus DSM 15286 B 2195 1572 72 67 2342 637 416 3.7 73 317 295 398882
Thermodesulfobacterium sp. OPB45 B 1596 1187 74 68 1758 582 356 3 67 318 292 344735
Flexistipes sinusarabici DSM 4947 B 2261 1589 70 64 2366 599 404 3.9 75 319 292 390833
Marinitoga piezophila KA3 B 2046 1463 72 64 2129 591 378 3.6 72 335 299 363800
Mesotoga prima MesG1.Ag.4.2 B 2574 1813 70 65 2567 588 380 4.4 77 324 301 375826
Thermotoga lettingae TMO B 2040 1601 78 71 2289 604 422 3.8 74 328 298 370786
Thermotoga thermarum DSM 5069 B 1945 1450 75 70 2105 598 443 3.5 72 318 297 365769
Caldisericum exile AZM16c01 B 1581 1108 70 66 1633 531 291 3.1 67 305 285 315653
Leptospirillum ferrooxidans C2-3 B 2417 1589 66 64 2400 604 349 4 75 308 300 355845
Candidatus Methylomirabilis oxyfera B 3065 1843 60 64 2733 662 450 4.1 76 270 288 421958
candidate division WWE3 bacterium RAAC2_WWE3_1 B 871 526 60 54 761 323 130 2.4 58 308 273 163362
candidate division SR1 bacterium RAAC1_SR1_1 B 1059 553 52 44 822 349 125 2.4 58 336 284 170402
Candidatus Saccharibacteria bacterium RAAC3_TM7_1 B 920 576 63 61 822 338 154 2.4 59 278 269 174392
Candidatus Saccharimonas aalborgensis B 1034 602 58 55 868 353 152 2.5 59 294 277 176417
Bacteriovorax marinus SJ B 3231 1976 61 53 2775 651 391 4.3 77 328 287 401971
Methanobacterium sp. AL-21 A 2493 1604 64 62 2328 551 334 4.2 76 287 277 327801
Methanocaldococcus sp. FS406-22 A 1816 1197 66 62 1624 509 320 3.2 69 283 264 254645
Methanocaldococcus fervens AG86 A 1581 1084 69 65 1473 498 324 3 66 281 265 240616
Methanocaldococcus vulcanius M7 A 1742 1139 65 62 1573 505 320 3.1 68 285 269 266642
methanocaldococcus infernus ME A 1441 1049 73 68 1426 484 309 2.9 66 283 265 246602
Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 A 1771 1177 66 62 1614 499 322 3.2 69 284 264 267646
Methanotorris igneus Kol 5 A 1772 1218 69 64 1658 511 321 3.2 69 286 268 271654
Methanococcus aeolicus Nankai-3 A 1490 1071 72 66 1478 481 289 3.1 67 295 269 243619
Methanococcus maripaludis C5 A 1822 1218 67 62 1643 509 318 3.2 69 282 263 246653
Methanococcus voltae A3 A 1717 1123 65 60 1520 487 282 3.1 68 299 276 236631
Methanococcus vannielii SB A 1678 1184 71 65 1626 516 327 3.2 68 292 267 259662
Methanosarcina acetivorans C2A A 4540 2728 60 56 4040 645 379 6.3 84 312 290 4041094
Methanosarcina mazei Go1 A 3368 2130 63 58 3007 618 360 4.9 79 303 276 359953
Methanosarcina barkeri str. Fusaro A 3625 2350 65 60 3472 619 366 5.6 82 311 289 3881023
Methanococcoides burtonii DSM 6242 A 2273 1470 65 59 2095 557 313 3.8 73 302 274 307776
Methanohalophilus mahii DSM 5219 A 1987 1378 69 63 1980 556 322 3.6 72 297 272 309763
Methanohalobium evestigatum Z-7303 A 2254 1439 64 59 2087 577 327 3.6 72 296 274 308789
Methanosaeta harundinacea 6Ac A 2371 1579 67 59 2196 580 318 3.8 74 310 275 335821
Methanosaeta thermophila PT A 1696 1182 70 64 1663 512 297 3.2 69 303 279 283669
Methanosaeta concilii GP6 A 2850 1764 62 57 2441 584 320 4.2 76 295 274 346831
Methanospirillum hungatei JF-1 A 3131 2090 67 59 3168 591 298 5.4 81 324 285 357959
Methanocorpusculum labreanum Z A 1741 1199 69 63 1653 525 263 3.1 68 300 275 285671
Methanoculleus bourgensis MS2 A 2618 1641 63 61 2376 582 316 4.1 76 292 282 358852
Methanoculleus marisnigri JR1 A 2490 1636 66 63 2312 598 316 3.9 74 289 276 341834
Methanoregula boonei 6A8 A 2452 1619 66 62 2402 584 303 4.1 76 297 280 330852
Methanosphaerula palustris E1-9c A 2655 1788 67 66 2880 594 305 4.8 79 308 300 370907
Methanocella arvoryzae MRE50 A 3089 1910 62 58 2672 588 331 4.5 78 290 272 355882
Methanocella conradii HZ254 A 2455 1553 63 61 2148 539 305 4 75 285 272 308758
Methanocella paludicola SANAE A 3004 1902 63 61 2718 574 308 4.7 79 285 276 346850
Methanothermobacter marburgensis str. Marburg A 1757 1210 69 65 1709 524 330 3.3 69 282 265 290694
Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H A 1873 1249 67 62 1748 523 336 3.3 70 281 262 296715
Methanosphaera stadtmanae DSM 3091 A 1535 1044 68 60 1501 475 280 3.2 68 322 284 258620
Methanobrevibacter sp. AbM4 A 1671 1140 68 62 1579 502 295 3.1 68 301 273 264646
Methanobrevibacter ruminantium M1 A 2217 1356 61 55 2033 511 306 4 75 344 308 279744
Methanobrevibacter smithii ATCC 35061 A 1793 1129 63 58 1621 500 289 3.2 69 310 286 272656
Complete genome sequence of Methanobacterium sp. Mb1 A 2021 1357 67 64 1905 529 328 3.6 72 278 267 300741
Methanothermus fervidus DSM 2088 A 1283 957 75 68 1336 465 292 2.9 65 299 275 240578
Methanopyrus kandleri AV19 A 1687 1061 63 56 1438 473 258 3 67 297 267 231605
Archaeoglobus profundus DSM 5631 A 1823 1141 63 63 1597 521 312 3.1 67 263 265 301650
Archaeoglobus veneficus SNP6 A 2090 1402 67 64 1910 546 336 3.5 71 270 259 300739
Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 A 2420 1668 69 65 2280 569 375 4 75 277 263 314797
Ferroglobus placidus DSM 10642 A 2480 1629 66 62 2154 567 356 3.8 74 268 254 318785
Halobacterium salinarum R1 A 2749 1622 59 57 2229 553 293 4 75 282 273 308762
Halobacterium sp. NRC-1 A 2622 1596 61 59 2192 549 290 4 75 281 272 305757
Haloarcula hispanica ATCC 33960 A 3859 2326 60 59 3323 641 359 5.2 81 289 284 381972
Haloarcula marismortui ATCC 43049 A 4243 2428 57 57 3493 639 355 5.5 82 284 283 3781019
Haloquadratum walsbyi DSM 16790 A 2643 1595 60 56 2218 570 292 3.9 74 298 276 314792
Natronomonas pharaonis DSM 2160 A 2820 1716 61 59 2503 588 325 4.3 77 292 281 335840
Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239 A 3560 2042 57 55 2864 603 328 4.7 79 290 280 336896
Halorhabdus utahensis DSM 12940 A 2998 1820 61 56 2625 597 324 4.4 77 304 281 358894
Halomicrobium mukohataei DSM 12286 A 3349 1993 60 59 2812 610 336 4.6 78 286 282 361898
Haloterrigena turkmenica DSM 5511 A 5113 3039 59 60 4305 639 369 6.7 85 288 291 3931052
Natrialba magadii ATCC 43099 A 4212 2406 57 56 3369 617 348 5.5 82 292 288 364977
Haloferax mediterranei ATCC 33500 A 3863 2291 59 58 3203 643 368 5 80 285 279 372948
Haloferax volcanii DS2 A 4015 2410 60 59 3357 638 370 5.3 81 283 279 362948
Halalkalicoccus jeotgali B3 A 3873 2257 58 60 3096 628 356 4.9 80 267 275 346915
Halogeometricum borinquense DSM 11551 A 3898 2281 59 57 3197 639 361 5 80 290 283 384971
Thermoplasma volcanium GSS1 A 1501 1095 73 68 1479 486 288 3 67 300 280 233570
Thermoplasma acidophilum DSM 1728 A 1484 1095 74 69 1503 487 285 3.1 68 306 287 244570
Picrophilus torridus DSM 9790 A 1537 1128 73 68 1528 491 284 3.1 68 307 285 241596
Pyrococcus sp. ST04 A 1748 1248 71 65 1715 515 386 3.3 70 297 272 270654
Pyrococcus yayanosii CH1 A 1865 1209 65 63 1641 495 356 3.3 70 275 265 253639
Pyrococcus horikoshii OT3 A 1950 1247 64 62 1697 503 377 3.4 70 281 271 250656
Pyrococcus abyssi GE5 A 1780 1299 73 66 1757 508 389 3.5 71 303 273 253662
Pyrococcus furiosus COM1 A 2064 1415 69 66 1924 534 402 3.6 72 277 267 277691
Thermococcus sp. 4557 A 2133 1350 63 59 1830 523 353 3.5 71 286 268 271685
Thermococcus onnurineus NA1 A 1975 1301 66 62 1738 509 359 3.4 71 281 263 253675
Thermococcus kodakarensis KOD1 A 2306 1459 63 60 1974 536 389 3.7 73 277 263 285713
Thermococcus gammatolerans EJ3 A 2156 1388 64 59 1879 526 373 3.6 72 295 270 260712
Thermococcus sibiricus MM 739 A 2035 1331 65 64 1794 509 365 3.5 72 273 266 265678
Thermococcus barophilus MP A 2265 1464 65 62 1964 517 375 3.8 74 279 266 270705
Aciduliprofundum sp. MAR08-339 A 1525 1046 69 65 1509 507 284 3 66 296 280 272614
Aciduliprofundum boonei T469 A 1544 1072 69 64 1545 504 293 3.1 67 303 282 272629
Methanosalsum zhilinae DSM 4017 A 1976 1349 68 62 1937 560 336 3.5 71 310 280 315757
Methanoplanus petrolearius DSM 11571 A 2785 1709 61 57 2433 576 305 4.2 76 297 278 332835
Thermoplasmatales archaeon BRNA1 A 1523 1006 66 61 1395 469 236 3 66 291 269 241582
Salinarchaeum sp. Harcht-Bsk1 A 3013 1917 64 59 2756 601 320 4.6 78 303 282 350892
Halopiger xanaduensis SH-6 A 4221 2488 59 58 3505 628 362 5.6 82 292 288 363969
Natrinema sp. J7-2 A 4302 2126 49 54 2916 618 339 4.7 79 251 275 346905
Methanothermococcus okinawensis IH1 A 1595 1091 68 64 1493 496 306 3 67 287 267 244640
Aeropyrum pernix K1 A 1700 1134 67 62 1462 469 250 3.1 68 289 269 206614
Staphylothermus hellenicus DSM 12710 A 1599 1018 64 60 1336 442 216 3 67 286 272 197568
Staphylothermus marinus F1 A 1573 1008 64 60 1339 446 217 3 67 289 272 201581
Ignicoccus hospitalis KIN4/I A 1434 936 65 62 1220 431 221 2.8 65 278 263 185546
Desulfurococcus fermentans DSM 16532 A 1421 934 66 63 1236 428 211 2.9 65 285 271 186535
Desulfurococcus kamchatkensis 1221n A 1471 919 62 62 1230 427 210 2.9 65 272 271 191535
Desulfurococcus mucosus DSM 2162 A 1345 904 67 63 1185 415 197 2.9 65 292 272 178510
Thermosphaera aggregans DSM 11486 A 1387 891 64 61 1165 416 205 2.8 64 286 270 174512
Ignisphaera aggregans DSM 17230 A 1930 1183 61 58 1502 458 244 3.3 70 278 265 201616
Hyperthermus butylicus DSM 5456 A 1603 1078 67 62 1379 455 222 3 67 281 258 186591
Sulfolobus tokodaii str. 7 A 2826 1697 60 60 2215 524 310 4.2 76 269 266 260729
Sulfolobus islandicus Y.N.15.51 A 2900 1777 61 62 2338 530 326 4.4 77 271 273 258723
Sulfolobus solfataricus P2 A 2978 1852 62 60 2407 533 328 4.5 78 282 273 255725
Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 A 2224 1485 67 65 1971 519 306 3.8 74 284 276 242675
Metallosphaera cuprina Ar-4 A 2029 1286 63 66 1718 489 279 3.5 72 265 274 232644
Metallosphaera sedula DSM 5348 A 2256 1503 67 64 2002 513 297 3.9 74 284 274 256690
Acidianus hospitalis W1 A 2329 1442 62 61 1897 503 284 3.8 73 266 262 245680
Pyrobaculum sp. 1860 A 2824 1552 55 55 1988 498 272 4 75 260 260 236681
Pyrobaculum calidifontis JCM 11548 A 2149 1371 64 60 1785 496 269 3.6 72 282 267 231658
Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514 A 2299 1427 62 61 1838 493 275 3.7 73 266 260 233657
Pyrobaculum oguniense TE7 A 2835 1569 55 57 2020 506 281 4 75 252 259 244696
Thermoproteus neutrophilus V24Sta A 1966 1231 63 61 1589 468 249 3.4 71 269 262 213605
Pyrobaculum aerophilum str. IM2 A 2602 1469 56 57 1883 503 276 3.7 73 252 257 238680
Pyrobaculum islandicum DSM 4184 A 1978 1283 65 64 1660 464 249 3.6 72 267 264 221617
Caldivirga maquilingensis IC-167 A 1963 1346 69 64 1777 493 270 3.6 72 306 285 232633
Thermoproteus uzoniensis 768-20 A 2186 1389 64 63 1805 489 277 3.7 73 268 267 234660
Thermoproteus tenax Kra 1 A 2049 1324 65 65 1740 480 268 3.6 72 270 270 229638
Vulcanisaeta moutnovskia 768-28 A 2320 1438 62 61 1906 495 269 3.9 74 288 281 250645
Vulcanisaeta distributa DSM 14429 A 2493 1513 61 59 1984 507 277 3.9 74 284 278 252678
Thermofilum sp. 1910b A 1896 1214 64 61 1579 460 214 3.4 71 276 264 214613
Thermofilum pendens Hrk 5 A 1878 1213 65 59 1568 449 211 3.5 71 290 267 203586
Acidilobus saccharovorans 345-15 A 1499 1022 68 65 1345 440 221 3.1 67 300 284 205547
Fervidicoccus fontis Kam940 A 1385 914 66 64 1216 411 213 3 66 275 267 184512
Pyrolobus fumarii 1A A 1967 1182 60 57 1531 462 236 3.3 70 273 261 207619
Thermogladius cellulolyticus 1633 A 1413 952 67 63 1254 423 209 3 66 290 271 181531
Candidatus Nitrosopumilus sp. AR2 A 1974 1155 59 59 1555 502 242 3.1 68 248 248 224629
Nitrosopumilus maritimus SCM1 A 1796 1167 65 62 1637 502 249 3.3 69 275 261 234637
Cenarchaeum symbiosum A A 2014 1035 51 54 1613 480 237 3.4 70 308 326 258631
Candidatus Caldiarchaeum subterraneum A 1730 1253 72 67 1661 486 259 3.4 71 295 272 222628
Nanoarchaeum equitans Kin4-M A 540 348 64 56 466 228 82 2 51 280 241 90258
Candidatus Korarchaeum cryptofilum OPF8 A 1603 1130 70 64 1495 451 238 3.3 70 296 268 207585
halophilic archaeon DL31 A 3476 2012 58 56 2761 579 317 4.8 79 289 281 328833

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Prokaryote strains · Meta-genomics · Pseudogenes · Other ]

Eukaryote strains/versions
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Xenopus (Silurana) tropicalis v7.1 (annotation v7.2) E 38731 28559 74 47 52224 1175 1408 44.4 98 478 306 17465396
Drosophila melanogaster FlyBase 5.12 E 22307 14598 65 37 30012 985 895 30.5 97 608 345 10423448
Anopheles gambiae VectorBase AgamP3.6  E 14324 9414 66 40 17297 981 879 17.6 94 527 320 10323227
Ascaris suum Victoria/Ghent  E 18449 8414 46 38 13322 953 776 14 93 328 276 9833136
Caenorhabditis elegans WormBase WS218  E 24761 13167 53 39 22808 944 787 24.2 96 440 320 9763270
Theobroma cacao Matina 1-6 v0.9 E 34996 19649 56 44 28934 960 814 30.1 97 413 322 10733712
Hordeum vulgare 22 E 62236 35699 57 42 48165 946 759 50.9 98 352 259 8483964
Oryza sativa ssp. Indica E 49710 23194 47 39 34371 1074 950 32 97 377 312 18194927
Candida albicans WO-1  E 5931 3626 61 39 5170 791 591 6.5 85 478 307 5131648
Saccharomyces cerevisiae UC5 E 5599 3045 54 39 4399 741 608 5.9 83 422 303 4721451
Saccharomyces cerevisiae PW5 E 5523 3041 55 40 4388 741 613 5.9 83 423 307 4761459
Saccharomyces cerevisiae FL100 E 3909 1961 50 41 2650 614 461 4.3 77 331 271 3111033
Saccharomyces cerevisiae CLIB382 E 937 312 33 39 384 219 102 1.8 43 177 207 49242
Saccharomyces cerevisiae CLIB324 E 3733 1865 50 42 2500 618 437 4 75 320 269 2981010
Saccharomyces cerevisiae CBS7960 E 5333 2840 53 40 3955 711 578 5.6 82 388 289 4281373
Saccharomyces cerevisiae YJM269 E 5396 2935 54 40 4133 731 597 5.7 82 401 293 4481388
Saccharomyces cerevisiae T7 E 6293 3501 56 39 5091 769 653 6.6 85 446 309 5191589
Saccharomyces cerevisiae FostersB E 6240 3186 51 41 4252 730 601 5.8 83 332 265 4031420
Saccharomyces cerevisiae FostersO E 6239 3101 50 41 4092 721 581 5.7 82 312 257 3851427
Saccharomyces cerevisiae VL3 E 6322 3289 52 41 4516 741 612 6.1 84 354 278 4411500
Saccharomyces cerevisiae Vin13 E 6321 3312 52 41 4469 740 596 6 83 348 271 4411495
Saccharomyces cerevisiae LalvinQA23 E 6293 3285 52 41 4481 732 608 6.1 84 350 274 4311484
Saccharomyces cerevisiae AWRI796 E 6295 3229 51 41 4351 739 589 5.9 83 331 267 4241487
Saccharomyces cerevisiae Sigma1278b E 6419 3539 55 39 5191 770 652 6.7 85 445 313 5231601
Saccharomyces cerevisiae W303 E 6440 3513 55 39 5112 768 656 6.7 85 431 309 5141596
Saccharomyces cerevisiae JAY291 E 6143 3412 56 39 4965 765 649 6.5 85 442 309 5211574
Saccharomyces cerevisiae AWRI1631 E 4747 2468 52 39 3412 683 532 5 80 376 285 3901237
Saccharomyces cerevisiae YPS163 E 3152 1521 48 41 1979 546 370 3.6 72 308 264 226846
Saccharomyces cerevisiae M22 E 2548 1159 45 41 1511 485 318 3.1 68 281 257 197687
Saccharomyces cerevisiae T73 E 3324 1594 48 41 2105 543 388 3.9 74 316 269 257887
Saccharomyces cerevisiae CLIB215 E 5051 2674 53 39 3666 700 562 5.2 81 381 282 4121298
Saccharomyces cerevisiae Y10 E 2656 1254 47 41 1633 509 329 3.2 69 296 255 207755
Saccharomyces cerevisiae YJM789  E 5863 3613 62 40 5279 776 662 6.8 85 484 313 5241621
Saccharomyces cerevisiae YJM789 E 6378 3532 55 39 5179 769 655 6.7 85 446 313 5201597
Saccharomyces cerevisiae RM11-1a E 6284 3473 55 39 5038 763 643 6.6 85 434 306 5091585
Saccharomyces cerevisiae RM11-1a  E 5381 3372 63 41 4896 754 640 6.5 85 474 307 5011549
Saccharomyces cerevisiae SGD E 6717 3668 55 39 5404 778 666 6.9 86 450 319 5361632
Paracoccidioides brasiliensis Pb01  E 9136 4288 47 33 6243 853 615 7.3 86 442 315 5991990
Paracoccidioides brasiliensis Pb03  E 7876 4220 54 35 6151 848 613 7.3 86 477 315 6171962
Coccidioides posadasii str. Silveira  E 10228 4771 47 36 6895 860 656 8 88 409 317 6091967
Coccidioides immitis RMSCC 3703  E 10463 4666 45 36 6361 833 588 7.6 87 351 285 5601945
Coccidioides immitis RMSCC 2394  E 10408 4766 46 36 6875 858 658 8 88 403 316 6211975
Coccidioides immitis H538.4  E 10593 4647 44 36 6428 841 609 7.6 87 356 293 5761926
Ajellomyces dermatitidis ER-3  E 9522 4746 50 35 6802 870 653 7.8 87 449 314 6092002
Histoplasma capsulatum H143 E 9532 4475 47 35 6309 847 597 7.4 87 405 300 5981953
Histoplasma capsulatum H88 E 9428 4584 49 35 6672 864 640 7.7 87 445 318 6231998
Histoplasma capsulatum G186AR E 9233 4628 50 35 6727 864 647 7.8 87 452 317 6171999
Aspergillus fumigatus A1163  E 9929 6090 61 41 8803 893 713 9.9 90 484 327 6732187
Schizosaccharomyces pombe 972h-  E 5025 3342 67 45 5006 771 586 6.5 85 470 319 5501553
Cryptococcus neoformans var. grubii H99  E 6967 4109 59 36 5899 828 588 7.1 86 512 313 5641808
Cryptococcus neoformans B-3501A  E 6578 4184 64 37 6030 827 593 7.3 86 542 316 5621836
Cryptococcus neoformans JEC21  E 5882 3730 63 38 5401 783 541 6.9 86 535 317 5171683
Batrachochytrium dendrobatidis JEL423  E 8818 4550 52 33 6696 806 590 8.3 88 470 304 6531944
Batrachochytrium dendrobatidis JAM81  E 8732 4667 53 36 6808 865 643 7.9 87 450 306 6681942
Neospora caninum Nc-Liverpool 6.2 E 7082 3658 52 19 5772 711 381 8.1 88 853 316 4991725
Plasmodium falciparum HB3  E 5462 2666 49 22 4061 645 304 6.3 84 693 319 3841365
Plasmodium falciparum Dd2  E 5139 2010 39 21 3083 567 252 5.4 82 592 321 3071102
Trypanosoma brucei Lister 427 v4.1 E 8529 4276 50 30 6118 677 385 9 89 529 316 4551612

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Meta-genomics · Pseudogenes · Other ]

Prokaryote strains
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Desulfobacula toluolica Tol2 B 4375 3054 70 62 4783 693 457 6.9 86 345 309 5621265
Helicobacter cinaedi ATCC BAA-847 B 2321 1373 59 57 1897 563 325 3.4 70 291 281 295757
Mycobacterium smegmatis JS623 B 6939 4592 66 63 6460 719 543 9 89 311 298 5221322
Desulfocapsa sulfexigens DSM 10523 B 3532 2458 70 64 3870 686 468 5.6 82 339 309 5201156
Clostridium botulinum B str. Eklund 17B B 3475 2211 64 61 3292 698 485 4.7 79 301 287 4831060
Escherichia coli E24377A B 4991 3231 65 64 4725 857 1077 5.5 82 298 293 5851293
Escherichia coli E. coli PMV-1 B 4707 3249 69 65 4774 851 1079 5.6 82 314 295 5841301
Escherichia coli JJ1886 B 5049 3369 67 64 4876 854 1080 5.7 82 304 291 5851311
Escherichia coli LY180 B 4463 3104 70 65 4565 850 1083 5.4 81 314 293 5841290
Escherichia coli APEC O78 B 4588 3186 69 66 4654 850 1078 5.5 82 305 291 5791285
Escherichia coli O7:K1 str. CE10 B 5080 3423 67 64 4915 859 1094 5.7 83 304 289 5911315
Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2050 B 5182 3358 65 62 4873 863 1087 5.6 82 302 289 5881330
Escherichia coli O104:H4 str. 2009EL-2071 B 5125 3330 65 62 4831 862 1088 5.6 82 303 288 5871320
Escherichia coli O104:H4 str. 2011C-3493 B 5149 3342 65 62 4850 863 1093 5.6 82 304 289 5881325
Escherichia coli NA114 B 4873 3196 66 64 4665 846 1061 5.5 82 298 293 5771298
Escherichia coli P12b B 4379 3064 70 66 4459 824 1031 5.4 82 308 289 5721268
Escherichia coli str. 'clone D i2' B 4918 3218 65 65 4747 842 1068 5.6 82 304 301 5811314
Escherichia coli str. 'clone D i14' B 4918 3218 65 65 4747 842 1068 5.6 82 304 301 5811314
Escherichia coli UM146 B 4783 3273 68 66 4797 857 1091 5.6 82 307 294 5871310
Escherichia coli 042 B 4920 3268 66 62 4786 854 1073 5.6 82 312 293 5771307
Escherichia coli Xuzhou21 B 5179 3391 65 61 4886 870 1088 5.6 82 306 285 5771334
Escherichia coli IHE3034 B 4753 3182 67 64 4676 849 1088 5.5 82 308 296 5841282
Escherichia coli UMNK88 B 5607 3383 60 60 4871 867 1102 5.6 82 288 286 5831336
Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C B 4582 3220 70 66 4719 853 1089 5.5 82 313 294 5901297
Escherichia coli ABU 83972 B 4795 3314 69 66 4862 850 1076 5.7 83 313 297 5841316
Escherichia coli KO11FL B 4653 3166 68 63 4637 861 1093 5.4 81 314 292 5871307
Escherichia coli KO11FL B 4653 3166 68 63 4637 861 1093 5.4 81 314 292 5871307
Escherichia coli LF82 B 4376 3135 72 66 4624 850 1084 5.4 82 320 296 5851277
Escherichia coli ED1a B 4911 3193 65 63 4654 839 1065 5.5 82 304 293 5771272
Escherichia coli IAI39 B 4725 3345 71 66 4797 847 1077 5.7 82 312 290 5841289
Escherichia coli UMN026 B 5010 3393 68 63 4930 864 1092 5.7 82 312 291 5911338
Escherichia coli 55989 B 4755 3211 68 63 4695 849 1075 5.5 82 313 293 5841304
Escherichia coli S88 B 4823 3273 68 64 4773 853 1085 5.6 82 311 294 5891306
Escherichia coli IAI1 B 4345 3074 71 66 4533 848 1073 5.3 81 316 296 5841284
Escherichia coli W B 4727 3182 67 63 4649 863 1096 5.4 81 310 291 5871305
Escherichia coli W B 4727 3182 67 63 4649 863 1096 5.4 81 310 291 5871305
Escherichia coli DH1 B 4259 3073 72 67 4495 841 1067 5.3 81 314 292 5721271
Escherichia coli DH1 B 4259 3073 72 67 4495 841 1067 5.3 81 314 292 5721271
Escherichia coli ATCC 8739 B 4199 3056 73 66 4496 845 1069 5.3 81 324 296 5721260
Escherichia coli BL21(DE3) B 4192 3008 72 67 4443 837 1059 5.3 81 315 296 5671255
Escherichia coli BL21(DE3) B 4192 3008 72 67 4443 837 1059 5.3 81 315 296 5671255
Escherichia coli SMS-3-5 B 4912 3321 68 65 4856 858 1084 5.7 82 308 295 5811312
Escherichia coli SE15 B 4486 3210 72 67 4695 850 1080 5.5 82 317 295 5841298
Escherichia coli SE11 B 4996 3267 65 62 4775 864 1098 5.5 82 304 290 5891323
Escherichia coli APEC O1 B 4853 3274 67 62 4795 812 1028 5.9 83 327 299 5821291
Escherichia coli O103:H2 str. 12009 B 5117 3364 66 61 4821 864 1091 5.6 82 305 285 5771305
Escherichia coli UTI89 B 5162 3294 64 63 4835 857 1095 5.6 82 302 296 5921326
Escherichia coli 536 B 4619 3241 70 67 4772 845 1074 5.6 82 312 296 5801295
Escherichia coli HS B 4374 2988 68 66 4400 838 1066 5.3 81 305 296 5761251
Escherichia coli ETEC H10407 B 4872 3283 67 63 4781 854 1082 5.6 82 312 290 5831306
Escherichia coli O55:H7 str. RM12579 B 5128 3365 66 62 4882 863 1091 5.7 82 304 286 5781327
Escherichia coli O55:H7 str. CB9615 B 5117 3360 66 61 4886 861 1091 5.7 82 307 288 5791334
Escherichia coli O26:H11 str. 11368 B 5515 3442 62 59 4935 870 1093 5.7 82 298 284 5941320
Escherichia coli CFT073 B 5364 3351 62 63 4865 838 1063 5.8 83 292 294 5651319
Escherichia coli O111:H- str. 11128 B 5403 3414 63 60 4880 881 1097 5.5 82 298 283 5931323
Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 B 4647 3160 68 64 4583 852 1083 5.4 81 309 290 5741277
Escherichia coli O157:H7 str. TW14359 B 5363 3418 64 60 4907 864 1088 5.7 82 298 282 5731324
Escherichia coli O157:H7 str. EC4115 B 5477 3347 61 60 4813 864 1084 5.6 82 288 284 5711315
Escherichia coli O157:H7 str. Sakai B 5292 3410 64 61 4897 869 1091 5.6 82 302 283 5741328
Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 B 5385 3467 64 60 4975 867 1092 5.7 83 303 284 5731343
Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 B 3543 2697 76 70 4017 791 1019 5.1 80 325 299 5401165
Escherichia coli BW2952 B 4079 2973 73 68 4371 840 1074 5.2 81 318 294 5691248
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 B 4141 3010 73 68 4434 841 1073 5.3 81 317 296 5731254
Escherichia coli str. K-12 substr. W3110 B 4213 3071 73 67 4499 842 1073 5.3 81 317 293 5741264
Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B B 4124 2995 73 67 4376 826 1042 5.3 81 315 292 5551224
Escherichia coli B str. REL606 B 4200 3021 72 67 4461 840 1059 5.3 81 317 296 5721252
Salmonella bongori N268-08 B 4770 2985 63 62 4368 832 1021 5.2 81 290 290 5671260
Salmonella enterica subsp. arizonae serovar 62:z4,z23:-- str. RSK2980 B 4467 2916 65 64 4242 829 1028 5.1 80 297 290 5511239
Salmonella enterica subsp. enterica serovar 4,[5],12:i:- str. 08-1736 B 4489 3137 70 66 4561 842 1052 5.4 82 309 290 5571265
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Javiana str. CFSAN001992 B 4392 3041 69 66 4398 826 1041 5.3 81 305 288 5381237
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633 B 4665 3092 66 65 4488 845 1044 5.3 81 297 290 5531261
Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Cubana str. CFSAN002050 B 4979 3276 66 62 4745 850 1051 5.6 82 303 287 5621294
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. P125109 B 4206 3060 73 67 4485 829 1040 5.4 82 317 293 5561240
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Choleraesuis str. SC-B67 B 4606 3104 67 65 4471 839 1040 5.3 81 297 284 5531263
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. USMARC-S3124.1 B 4828 3134 65 64 4573 840 1047 5.4 82 294 290 5541269
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254 B 4798 3159 66 64 4602 842 1051 5.5 82 301 291 5561270
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853 B 4633 3011 65 64 4386 832 1032 5.3 81 293 289 5411233
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium var. 5- str. CFSAN001921 B 4801 3252 68 64 4719 845 1055 5.6 82 305 290 5671288
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 B 4786 3239 68 64 4668 849 1060 5.5 82 302 286 5591274
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 798 B 4422 3168 72 65 4589 844 1040 5.4 82 315 288 5551281
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 B 4551 3188 70 65 4622 847 1051 5.5 82 311 289 5591271
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. ST4/74 B 4842 3231 67 64 4676 852 1061 5.5 82 303 289 5621289
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 B 4862 3301 68 64 4752 852 1062 5.6 82 303 286 5601289
Salmonella enterica The genome of  subsp. enterica serovar Typhimurium str. DT2 B 4375 3125 71 66 4540 842 1049 5.4 81 314 290 5581264
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. D23580 B 4446 3133 70 65 4568 843 1052 5.4 82 315 292 5581265
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 B 4655 3218 69 64 4661 851 1061 5.5 82 312 289 5621274
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. 14028S B 5416 3204 59 63 4642 849 1054 5.5 82 271 289 5611274
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 B 4556 3197 70 65 4634 845 1056 5.5 82 312 289 5571267
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium Definitive Type 104 B 4597 3208 70 64 4638 849 1050 5.5 82 311 288 5611277
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. P-stx-12 B 4924 3080 63 63 4406 830 1030 5.3 81 282 282 5441246
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. Ty21a B 4494 3034 68 64 4344 833 1034 5.2 81 296 283 5411238
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. CT18 B 4653 3048 66 62 4377 841 1024 5.2 81 300 285 5431243
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. Ty2 B 4352 2973 68 65 4289 833 1027 5.1 81 303 287 5421227
Salmonella enterica serovar Bovismorbificans genomics B 4675 3093 66 66 4472 838 1047 5.3 81 290 288 5431264
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bareilly str. CFSAN000189 B 4441 3134 71 66 4576 838 1052 5.5 82 311 291 5521261
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. 24249 B 4342 3054 70 66 4470 831 1038 5.4 81 315 293 5541247
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483 B 4632 3066 66 65 4473 829 1032 5.4 81 298 292 5451242
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Weltevreden str. 2007-60-3289-1 B 4839 3183 66 64 4617 844 1049 5.5 82 296 289 5531292
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi B str. SPB7 B 5591 3143 56 63 4559 832 1051 5.5 82 259 290 5501267
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. AKU_12601 B 4079 2888 71 66 4190 819 1031 5.1 80 310 289 5391209
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150 B 4096 2904 71 67 4208 820 1035 5.1 81 307 289 5401213
Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Heidelberg str. CFSAN002069 B 4609 3180 69 65 4623 844 1055 5.5 82 307 289 5571275
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. B182 B 4326 3103 72 66 4511 834 1043 5.4 82 314 289 5541259
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. 41578 B 4712 3201 68 64 4637 844 1056 5.5 82 304 287 5611274
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476 B 4795 3159 66 64 4583 843 1054 5.4 82 298 289 5581270
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Pullorum str. S06004 B 4052 2770 68 66 3986 814 984 4.9 80 292 282 5081184
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum/pullorum str. CDC1983-67 B 4331 2903 67 67 4232 826 1022 5.1 80 288 289 5461214
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum/pullorum str. RKS5078 B 4325 2885 67 67 4211 824 1019 5.1 80 286 288 5441207
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Thompson str. RM6836 B 4357 3093 71 66 4508 837 1048 5.4 81 312 292 5521254
Salmonella enterica subsp. enterica serovar Gallinarum str. 287/91 B 3965 2890 73 68 4232 821 1022 5.2 81 312 291 5431199
Yersinia pseudotuberculosis PB1/+ B 4237 2769 65 63 4129 816 940 5.1 80 313 301 5361230
Yersinia pseudotuberculosis YPIII B 4192 2708 65 62 4052 807 928 5 80 311 300 5271211
Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 B 4035 2775 69 63 4165 818 940 5.1 80 329 303 5381219
Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001 B 4136 2796 68 64 4126 812 918 5.1 80 314 297 5241218
Yersinia pestis A1122 B 4247 2843 67 64 4153 810 918 5.1 80 304 291 5191211
Yersinia pestis Z176003 B 3697 2729 74 65 4050 778 894 5.2 81 342 300 5221179
Yersinia pestis D182038 B 3777 2809 74 65 4123 771 889 5.3 81 336 294 5171196
Yersinia pestis D106004 B 3781 2805 74 65 4157 777 897 5.4 81 340 299 5251192
Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35 B 4434 2754 62 64 4015 804 903 5 80 282 289 5081199
Yersinia pestis Nepal516 B 4091 2849 70 64 4183 808 919 5.2 81 316 292 5201227
Yersinia pestis Antiqua B 4361 3043 70 65 4448 814 929 5.5 82 312 289 5311250
Yersinia pestis Angola B 4040 2704 67 66 3957 799 909 5 80 296 292 5131165
Yersinia pestis CO92 B 3979 2817 71 65 4148 814 920 5.1 80 322 295 5231198
Yersinia pestis KIM10+ B 4161 2783 67 64 4105 801 906 5.1 80 311 298 5191218
Yersinia enterocolitica subsp. palearctica 105.5R(r) B 4022 2818 70 65 4103 829 962 4.9 80 313 291 5431235
Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Y11 B 4459 2869 64 63 4146 826 965 5 80 290 286 5411254
Shigella sonnei 53G B 5410 3407 63 63 4795 861 1069 5.6 82 276 275 5751308
Shigella flexneri 2002017 B 4703 3029 64 63 4244 826 1013 5.1 81 279 276 5481225
Shigella flexneri 2a str. 2457T B 4057 2831 70 67 4009 804 997 5 80 292 279 5471171
Shigella flexneri 2a str. 301 B 4334 2966 68 66 4180 819 1007 5.1 80 290 278 5451193
Shigella dysenteriae 1617 B 6409 3122 49 61 4272 802 987 5.3 81 202 253 5291270
Shigella boydii Sb227 B 4278 2901 68 65 4106 818 1019 5 80 290 277 5391199
Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PCC21 B 4259 3045 71 66 4445 822 921 5.4 82 325 300 5481223
Erwinia pyrifoliae DSM 12163 B 4014 2438 61 60 3502 779 857 4.5 78 288 285 4841111
Erwinia amylovora CFBP1430 B 3704 2336 63 63 3435 784 864 4.4 77 293 294 4981116
Buchnera aphidicola str. Ak (Acyrthosiphon kondoi) B 569 501 88 81 815 396 347 2.1 51 328 301 219381
Buchnera aphidicola (Cinara tujafilina) B 360 326 91 82 539 293 206 1.8 46 320 291 160271
Buchnera aphidicola str. Bp (Baizongia pistaciae) B 507 450 89 81 725 367 309 2 49 329 301 194353
Buchnera aphidicola str. Ua (Uroleucon ambrosiae) B 538 475 88 81 774 377 330 2.1 51 332 304 207365
Buchnera aphidicola str. LL01 (Acyrthosiphon pisum) B 577 482 84 82 773 385 339 2 50 300 294 207364
Buchnera aphidicola str. TLW03 (Acyrthosiphon pisum) B 573 479 84 81 764 381 326 2 50 300 292 198359
Buchnera aphidicola str. JF99 (Acyrthosiphon pisum) B 590 495 84 81 800 389 340 2.1 51 308 298 211373
Buchnera aphidicola str. JF98 (Acyrthosiphon pisum) B 477 383 80 81 574 316 260 1.8 45 254 255 145297
Buchnera aphidicola str. Tuc7 (Acyrthosiphon pisum) B 553 490 89 81 801 394 347 2 51 330 302 216376
Buchnera aphidicola str. 5A (Acyrthosiphon pisum) B 555 492 89 81 805 392 347 2.1 51 330 303 216375
Buchnera aphidicola str. APS (Acyrthosiphon pisum) B 574 508 89 81 822 397 351 2.1 52 328 302 216385
Buchnera aphidicola str. Sg (Schizaphis graminum) B 546 483 88 80 772 380 331 2 51 326 296 201368
Wigglesworthia glossinidia endosymbiont of Glossina morsitans morsitans (Yale colony) B 618 535 87 78 836 411 324 2 51 327 295 210404
Enterobacter cloacae SCF1 B 4399 3275 74 68 4804 826 1036 5.8 83 323 295 5781269
Enterobacter cloacae EcWSU1 B 4619 3303 72 67 4842 812 1020 6 83 316 297 5611273
Enterobacter cloacae subsp. cloacae ENHKU01 B 4338 3180 73 67 4651 820 1020 5.7 82 320 294 5521230
Enterobacter cloacae subsp. cloacae NCTC 9394 B 3721 2661 72 68 3815 758 902 5 80 297 284 4871103
Enterobacter cloacae subsp. cloacae ATCC 13047 B 5518 3641 66 64 5250 837 1031 6.3 84 296 287 5741320
Cronobacter sakazakii CMCC 45402 B 4313 2879 67 65 4221 810 967 5.2 81 303 294 5531224
Cronobacter sakazakii SP291 B 4182 2898 69 65 4240 813 978 5.2 81 309 292 5541227
Cronobacter sakazakii ATCC BAA-894 B 4422 2901 66 63 4244 813 966 5.2 81 303 292 5461234
Klebsiella oxytoca KCTC 1686 B 5488 4090 75 70 5926 842 1071 7 86 316 296 5931339
Klebsiella pneumoniae JM45 B 5141 3608 70 69 5247 814 1022 6.4 84 300 293 5681261
Klebsiella pneumoniae CG43 B 4791 3611 75 72 5279 820 1054 6.4 84 312 296 5691269
Klebsiella pneumoniae KCTC 2242 B 5152 3783 73 70 5521 822 1056 6.7 85 306 293 5811292
Klebsiella pneumoniae 342 B 5766 4036 70 69 5856 840 1064 7 86 298 295 5931337
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae 1084 B 4962 3659 74 71 5390 818 1045 6.6 85 313 300 5841303
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 B 5779 3852 67 67 5540 832 1048 6.7 85 287 289 5751323
Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae MGH 78578 B 5184 3783 73 68 5507 823 1054 6.7 85 312 293 5751298
Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis SB3432 B 5265 3813 72 68 5395 820 1016 6.6 85 295 278 5681327
Enterobacter aerogenes EA1509E B 5499 3688 67 66 5361 855 1060 6.3 84 298 295 5911346
Serratia sp. AS13 B 4951 3646 74 69 5371 829 989 6.5 85 318 299 5811303
Serratia plymuthica S13 B 4991 3710 74 70 5450 832 997 6.6 85 315 298 5731294
Serratia plymuthica 4Rx13 B 4695 3647 78 70 5375 825 986 6.5 85 330 299 5721298
Serratia marcescens FGI94 B 4361 3208 74 69 4718 822 975 5.7 83 319 298 5591248
Serratia marcescens WW4 B 4809 3573 74 69 5210 829 982 6.3 84 316 294 5691277
Serratia liquefaciens ATCC 27592 B 4894 3575 73 70 5208 831 975 6.3 84 309 295 5591270
Proteus mirabilis BB2000 B 3455 2367 69 64 3471 773 844 4.5 78 313 290 4941102
Edwardsiella tarda C07-087 B 3405 2386 70 65 3550 789 868 4.5 78 319 296 5171137
Edwardsiella tarda FL6-60 B 3256 2338 72 67 3485 783 865 4.5 78 319 296 5151132
Candidatus Blochmannia chromaiodes str. 640 B 609 537 88 80 844 405 351 2.1 52 331 300 217405
Candidatus Blochmannia vafer str. BVAF B 587 519 88 80 810 390 330 2.1 52 334 301 206395
Candidatus Blochmannia pennsylvanicus str. BPEN B 610 537 88 80 843 405 349 2.1 52 331 300 217406
Dickeya dadantii Ech586 B 4144 3081 74 68 4531 804 908 5.6 82 330 304 5531221
Dickeya dadantii 3937 B 4549 3142 69 66 4553 810 908 5.6 82 311 298 5511236
Pantoea ananatis LMG 5342 B 4645 3182 69 68 4624 809 940 5.7 83 301 299 5441234
Pantoea ananatis PA13 B 4372 3189 73 69 4630 810 934 5.7 83 317 298 5441224
Pantoea ananatis AJ13355 B 4038 3118 77 69 4543 803 932 5.7 82 337 301 5411228
Rahnella aquatilis HX2 B 5082 3659 72 67 5295 830 964 6.4 84 318 295 5651284
Haemophilus parasuis ZJ0906 B 2211 1454 66 64 2103 626 583 3.4 70 285 275 368791
Haemophilus influenzae KR494 B 1742 1292 74 70 1916 603 590 3.2 69 307 289 364763
Haemophilus influenzae F3047 B 1786 1298 73 65 1911 597 570 3.2 69 316 282 355752
Haemophilus influenzae F3031 B 1770 1284 73 65 1895 598 565 3.2 68 314 283 358751
Haemophilus influenzae 10810 B 1903 1331 70 66 1951 607 597 3.2 69 302 285 363767
Haemophilus influenzae PittGG B 1661 1174 71 68 1703 581 543 2.9 66 284 275 330700
Haemophilus influenzae 86-028NP B 1792 1282 72 66 1881 597 583 3.2 68 308 286 357752
Haemophilus influenzae R2866 B 1795 1311 73 67 1926 601 588 3.2 69 313 287 360757
Haemophilus influenzae R2846 B 1636 1273 78 70 1869 596 583 3.1 68 319 289 358750
Haemophilus influenzae Rd KW20 B 1610 1251 78 71 1853 599 595 3.1 68 316 289 356738
Haemophilus somnus 2336 B 1980 1373 69 62 2082 611 584 3.4 71 332 299 358781
Pasteurella multocida 36950 B 2098 1536 73 67 2228 650 628 3.4 71 321 295 385839
Pasteurella multocida subsp. multocida str. HN06 B 2265 1564 69 65 2270 659 635 3.4 71 308 292 388857
Pasteurella multocida subsp. multocida str. Pm70 B 2012 1518 75 68 2226 652 632 3.4 71 332 297 385843
Mannheimia haemolytica USMARC_2286 B 2698 1727 64 63 2486 662 623 3.8 73 289 283 403885
Mannheimia haemolytica M42548 B 2803 1786 64 62 2564 668 637 3.8 74 287 282 412900
Mannheimia haemolytica D174 B 2687 1692 63 62 2447 665 630 3.7 73 285 283 409888
Mannheimia haemolytica D171 B 2339 1590 68 65 2314 654 619 3.5 72 299 288 391861
Mannheimia haemolytica D153 B 2641 1700 64 63 2461 666 631 3.7 73 290 284 408883
Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-183 B 2731 1758 64 63 2524 666 636 3.8 74 287 282 406895
Mannheimia haemolytica USDA-ARS-USMARC-185 B 2537 1709 67 65 2471 661 632 3.7 73 295 286 409891
Actinobacillus suis H91-0380 B 2248 1657 74 67 2433 652 645 3.7 73 324 295 411889
Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 3 str. JL03 B 2036 1502 74 68 2177 635 627 3.4 71 314 289 382814
Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 7 str. AP76 B 2142 1587 74 67 2327 650 640 3.6 72 320 289 396854
Aggregatibacter actinomycetemcomitans ANH9381 B 2058 1466 71 69 2127 620 585 3.4 71 297 286 378811
Aggregatibacter actinomycetemcomitans D11S-1 B 2280 1494 66 65 2153 624 591 3.5 71 281 279 379818
Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa GB514 B 2216 1324 60 63 1994 613 469 3.3 69 283 296 368797
Xylella fastidiosa M12 B 2104 1331 63 63 2020 626 487 3.2 69 303 303 384813
Xylella fastidiosa Temecula1 B 2036 1351 66 63 2061 629 490 3.3 69 321 305 388815
Xylella fastidiosa 9a5c B 2832 1479 52 58 2210 636 492 3.5 71 267 299 391848
Xanthomonas citri subsp. citri Aw12879 B 4760 3036 64 60 4497 775 665 5.8 83 325 308 5461292
Xanthomonas campestris pv. vesicatoria str. 85-10 B 4726 3096 66 60 4573 777 672 5.9 83 333 304 5471330
Xanthomonas axonopodis pv. citrumelo F1 B 4181 2846 68 63 4300 775 658 5.5 82 338 313 5391269
Xanthomonas axonopodis Xac29-1 B 4403 2953 67 62 4361 775 665 5.6 82 329 305 5411282
Xanthomonas oryzae pv. oryzicola BLS256 B 4474 2654 59 58 3916 745 629 5.3 81 306 299 5081212
Xanthomonas oryzae pv. oryzae MAFF 311018 B 4372 2698 62 56 3878 741 621 5.2 81 316 289 4971175
Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC 10331 B 4065 2540 62 57 3671 733 611 5 80 320 293 4901189
Xanthomonas campestris pv. raphani 756C B 4516 2819 62 63 4203 769 652 5.5 82 310 311 5321248
Xanthomonas campestris pv. campestris str. 8004 B 4271 2909 68 62 4301 771 654 5.6 82 340 309 5381267
Xanthomonas campestris pv. campestris str. ATCC 33913 B 4179 2905 70 63 4295 770 655 5.6 82 343 308 5381265
Stenotrophomonas maltophilia D457 B 4101 2796 68 62 4203 760 642 5.5 82 332 300 5171218
Stenotrophomonas maltophilia JV3 B 4063 2757 68 61 4140 758 635 5.5 82 332 301 5071202
Stenotrophomonas maltophilia R551-3 B 4039 2807 69 62 4202 756 633 5.6 82 337 303 5011194
Vibrio sp. EJY3 B 4786 3371 70 65 5022 798 872 6.3 84 322 298 5761319
Vibrio parahaemolyticus BB22OP B 4447 3017 68 63 4514 787 837 5.7 83 319 295 5471283
Vibrio alginolyticus NBRC 15630 = ATCC 17749 B 4698 3184 68 64 4733 800 836 5.9 83 313 294 5541304
Vibrio anguillarum Listonella anguillarum M3 B 3678 2486 68 63 3752 758 764 4.9 80 319 298 5381195
Vibrio nigripulchritudo VibrioScope B 5574 3979 71 65 5908 831 864 7.1 86 330 300 5931404
Vibrio vulnificus CMCP6 B 4433 3106 70 62 4636 786 847 5.9 83 331 295 5551289
Vibrio vulnificus YJ016 B 5023 3181 63 61 4739 798 851 5.9 83 309 297 5661320
Vibrio cholerae LMA3984-4 B 3153 2266 72 67 3389 741 758 4.6 78 312 290 5081121
Vibrio cholerae M66-2 B 3614 2502 69 65 3793 769 792 4.9 80 318 299 5421200
Vibrio cholerae O395 B 3875 2573 66 63 3883 779 801 5 80 312 296 5501223
Vibrio cholerae IEC224 B 3664 2559 70 65 3845 770 796 5 80 319 295 5411202
Vibrio cholerae O1 str. 2010EL-1786 B 3845 2573 67 64 3873 775 795 5 80 310 296 5471212
Vibrio cholerae MJ-1236 B 3772 2594 69 63 3908 777 798 5 80 323 297 5471221
Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 B 3504 2505 71 65 3763 765 791 4.9 80 326 296 5291184
Vibrio fischeri ES114 B 3815 2653 70 63 3940 762 776 5.2 81 325 293 5231192
Pseudomonas denitrificans ATCC 13867 B 5056 3684 73 66 5496 803 780 6.8 85 327 297 5541304
Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A B 5172 3610 70 64 5348 807 754 6.6 85 329 303 5681343
Pseudomonas syringae pv. syringae B728a B 5089 3653 72 66 5648 814 762 6.9 86 349 321 5551364
Pseudomonas stutzeri CCUG 29243 B 4300 2986 69 65 4455 773 740 5.8 83 321 298 5351249
Pseudomonas stutzeri DSM 10701 B 3815 2688 70 66 4020 756 726 5.3 81 319 298 5131177
Pseudomonas stutzeri DSM 4166 B 4301 2995 70 65 4499 768 732 5.9 83 321 298 5371257
Pseudomonas stutzeri RCH2 B 4264 2951 69 65 4452 768 746 5.8 83 321 299 5401254
Pseudomonas stutzeri ATCC 17588 = LMG 11199 B 4217 2892 69 65 4324 767 729 5.6 82 316 300 5311237
Pseudomonas monteilii SB3101 B 5360 3693 69 65 5584 811 763 6.9 85 319 302 5581347
Pseudomonas monteilii SB3078 B 5436 3713 68 65 5600 812 764 6.9 86 318 302 5581350
Pseudomonas putida H8234 B 6357 4099 64 63 6145 811 771 7.6 87 311 304 5731391
Pseudomonas putida HB3267 B 5386 3709 69 65 5618 814 771 6.9 86 320 302 5631358
Pseudomonas putida NBRC 14164 B 5449 3922 72 66 5905 816 760 7.2 86 333 306 5671376
Pseudomonas putida DOT-T1E B 5721 3902 68 65 5861 811 764 7.2 86 318 301 5581390
Pseudomonas putida S16 B 5218 3689 71 66 5554 812 756 6.8 85 324 302 5641364
Pseudomonas putida BIRD-1 B 4960 3602 73 66 5446 803 766 6.8 85 334 304 5551327
Pseudomonas putida W619 B 5182 3649 70 65 5505 810 775 6.8 85 329 305 5691364
Pseudomonas putida ND6 B 6391 3882 61 63 5858 823 782 7.1 86 295 304 5731397
Pseudomonas putida KT2440 B 5350 3759 70 64 5658 813 762 7 86 333 305 5581378
Pseudomonas putida GB-1 B 5408 3837 71 65 5787 816 765 7.1 86 334 306 5561358
Pseudomonas protegens CHA0 B 6115 4317 71 66 6489 825 794 7.9 87 332 308 5991459
Pseudomonas poae RE*1-1-14 B 4796 3402 71 65 5163 795 744 6.5 85 337 309 5471323
Pseudomonas fluorescens F113 B 5862 4282 73 65 6375 832 783 7.7 87 337 301 5931453
Pseudomonas fluorescens A506 B 5334 3760 70 65 5602 813 769 6.9 85 330 302 5501351
Pseudomonas fluorescens R124 B 5536 3814 69 64 5738 832 781 6.9 86 325 304 5811401
Pseudomonas fluorescens Pf0-1 B 5722 4087 71 66 6201 831 789 7.5 87 336 308 5901437
Pseudomonas resinovorans NBRC 106553 B 5875 4195 71 66 6292 814 778 7.7 87 325 300 5721407
Pseudomonas mendocina NK-01 B 4958 3507 71 65 5233 790 775 6.6 85 323 298 5591319
Pseudomonas aeruginosa SCV20265 B 6299 4236 67 64 6301 849 845 7.4 87 315 300 5771444
Pseudomonas aeruginosa MTB-1 B 6078 4178 69 64 6228 846 846 7.4 86 324 301 5721441
Pseudomonas aeruginosa LES431 B 5964 4162 70 65 6219 853 846 7.3 86 322 301 5791439
Pseudomonas aeruginosa RP73 B 5762 4088 71 66 6098 843 843 7.2 86 323 301 5741421
Pseudomonas aeruginosa B136-33 B 5828 4155 71 66 6204 844 849 7.4 86 324 302 5721427
Pseudomonas aeruginosa PA1R B 5612 4016 72 65 5973 829 833 7.2 86 330 302 5681388
Pseudomonas aeruginosa PA1 B 5799 4159 72 66 6196 836 839 7.4 87 330 302 5731410
Pseudomonas aeruginosa DK2 B 5883 4117 70 65 6123 840 843 7.3 86 320 298 5701427
Pseudomonas aeruginosa NCGM2.S1 B 6268 4237 68 64 6290 847 847 7.4 87 317 299 5771441
Pseudomonas aeruginosa M18 B 5684 4113 72 66 6151 846 843 7.3 86 329 302 5741430
Pseudomonas aeruginosa LESB58 B 5925 4157 70 65 6229 850 848 7.3 86 328 302 5821438
Pseudomonas aeruginosa PA7 B 6286 4170 66 63 6209 843 843 7.4 86 312 298 5781454
Pseudomonas aeruginosa PAO1 B 5572 4088 73 67 6123 842 854 7.3 86 334 303 5731419
Azotobacter vinelandii CA6 B 5006 3303 66 67 4926 800 741 6.2 84 303 309 5401280
Azotobacter vinelandii CA B 5048 3332 66 67 4969 801 744 6.2 84 303 309 5401286
Acinetobacter genomosp. 13TU  RUH2624 B 3631 2464 68 64 3605 719 616 5 80 310 291 4391034
Acinetobacter sp.  SH024 B 3689 2522 68 64 3651 713 617 5.1 80 308 288 4371043
Acinetobacter calcoaceticus ruh2202 B 3566 2503 70 65 3639 712 613 5.1 80 314 292 4341028
Acinetobacter baumannii ZW85-1 B 3584 2487 69 65 3625 711 623 5.1 80 314 295 4471044
Acinetobacter baumannii TYTH-1 B 3678 2477 67 64 3622 705 602 5.1 81 310 294 4351019
Acinetobacter baumannii BJAB0868 B 3819 2523 66 63 3676 722 620 5.1 80 304 292 4531047
Acinetobacter baumannii BJAB0715 B 3908 2531 65 62 3644 718 616 5.1 80 301 289 4441042
Acinetobacter baumannii BJAB07104 B 3861 2530 66 63 3675 718 614 5.1 80 303 291 4481045
Acinetobacter baumannii TCDC-AB0715 B 3956 2557 65 61 3707 717 612 5.2 81 307 291 4521046
Acinetobacter baumannii D1279779 B 3396 2349 69 66 3449 708 610 4.9 79 310 296 4441019
Acinetobacter baumannii MDR-TJ B 3936 2582 66 62 3739 719 617 5.2 81 306 291 4521055
Acinetobacter baumannii 1656-2 B 3824 2515 66 63 3641 717 609 5.1 80 303 290 4431038
Acinetobacter baumannii  ATCC 19606 B 3766 2483 66 63 3629 719 614 5 80 306 295 4441047
Acinetobacter baumannii AB307-0294 B 3451 2388 69 65 3478 708 605 4.9 80 312 294 4351022
Acinetobacter baumannii AYE B 3712 2543 69 64 3676 713 614 5.2 81 313 291 4401033
Acinetobacter baumannii SDF B 2975 1888 63 59 2725 662 556 4.1 76 306 285 394885
Acinetobacter baumannii MDR-ZJ06 B 3887 2499 64 63 3631 712 612 5.1 80 302 294 4441038
Acinetobacter baumannii AB0057 B 3801 2483 65 63 3588 715 612 5 80 303 291 4341033
Acinetobacter baumannii ACICU B 3759 2507 67 63 3640 718 616 5.1 80 307 291 4501043
Acinetobacter radioresistens  SH164 B 2874 1945 68 65 2881 673 571 4.3 77 310 298 411930
Acinetobacter junii  SH205 B 3186 2113 66 61 3058 702 590 4.4 77 304 281 4181014
Acinetobacter johnsonii  SH046 B 3363 2197 65 62 3154 694 572 4.5 78 299 283 412980
Acinetobacter lwoffii  SH145 B 3134 2031 65 62 2945 674 558 4.4 77 299 287 412956
Shewanella sp. W3-18-1 B 4044 2748 68 61 4100 785 746 5.2 81 330 296 5291247
Shewanella sp. ANA-3 B 4360 3001 69 60 4529 788 774 5.7 83 343 301 5491307
Shewanella baltica BA175 B 4344 2925 67 61 4384 799 768 5.5 82 332 299 5511296
Shewanella baltica OS678 B 4534 3005 66 60 4486 796 770 5.6 82 330 299 5501296
Shewanella baltica OS117 B 4668 3099 66 60 4551 788 764 5.8 83 323 293 5381284
Shewanella baltica OS223 B 4436 2935 66 60 4403 792 771 5.6 82 334 302 5531291
Shewanella baltica OS195 B 4688 3098 66 59 4581 802 770 5.7 82 330 295 5511311
Shewanella baltica OS155 B 4489 3170 71 62 4620 786 764 5.9 83 330 292 5421290
Shewanella sp. MR-7 B 4014 2795 70 62 4198 786 775 5.3 81 340 302 5391284
Shewanella putrefaciens 200 B 4176 2751 66 61 4111 776 743 5.3 81 322 296 5301226
Idiomarina loihiensis GSL 199 B 2649 1923 73 66 2891 684 637 4.2 76 329 298 446993
Alteromonas macleodii str. 'Ionian Sea UM4b' B 3868 2648 68 63 4008 746 708 5.4 81 329 304 5241217
Alteromonas macleodii str. 'Ionian Sea UM7' B 4330 2829 65 61 4302 757 724 5.7 82 329 307 5431267
Alteromonas macleodii str. 'Ionian Sea U8' B 3795 2644 70 65 4081 753 721 5.4 82 332 311 5341230
Alteromonas macleodii str. 'Ionian Sea U7' B 3856 2650 69 64 4084 754 717 5.4 82 331 310 5331230
Alteromonas macleodii str. 'Ionian Sea U4' B 4084 2700 66 63 4156 750 711 5.5 82 327 310 5341231
Alteromonas macleodii str. 'Aegean Sea MED64' B 3815 2659 70 64 4035 742 713 5.4 82 335 305 5271204
Alteromonas macleodii str. 'English Channel 615' B 3560 2364 66 63 3450 701 642 4.9 80 303 289 4431106
Alteromonas macleodii AltDE1 B 4321 2832 66 61 4308 757 724 5.7 82 330 307 5441264
Alteromonas macleodii str. 'English Channel 673' B 3888 2738 70 63 4169 755 725 5.5 82 345 309 5371244
Alteromonas macleodii str. 'Balearic Sea AD45' B 3966 2743 69 63 4196 751 722 5.6 82 341 312 5391246
Alteromonas macleodii str. 'Black Sea 11' B 3772 2655 70 64 4094 746 716 5.5 82 344 312 5431223
Alteromonas macleodii ATCC 27126 B 3872 2766 71 64 4187 753 732 5.6 82 346 311 5411247
Coxiella burnetii CbuK_Q154 B 1940 1158 60 63 1719 567 428 3 67 279 294 331706
Coxiella burnetii CbuG_Q212 B 1864 1114 60 63 1663 570 426 2.9 66 278 295 324686
Coxiella burnetii RSA 331 B 1975 1104 56 60 1647 562 421 2.9 66 270 292 319683
Coxiella burnetii RSA 493 B 1852 1129 61 63 1683 565 424 3 66 284 293 327691
Legionella pneumophila str. Paris B 3166 2059 65 57 2953 691 550 4.3 77 333 293 4191015
Legionella pneumophila str. Lens B 2934 1930 66 57 2754 684 544 4 75 336 293 401974
Legionella pneumophila subsp. pneumophila LPE509 B 3331 2007 60 57 2906 683 543 4.3 76 310 295 411987
Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Thunder Bay B 2998 1991 66 58 2870 681 547 4.2 76 337 296 415980
Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 B 2943 1941 66 58 2809 675 549 4.2 76 340 299 415974
Legionella pneumophila subsp. pneumophila B 3059 1992 65 58 2876 686 546 4.2 76 331 296 414988
Legionella pneumophila subsp. pneumophila B 3221 2081 65 57 2961 697 551 4.2 76 327 290 4251018
Legionella pneumophila subsp. pneumophila ATCC 43290 B 2926 1928 66 58 2763 675 546 4.1 76 340 298 410972
Legionella pneumophila 2300/99 Alcoy B 3190 1994 63 57 2856 690 541 4.1 76 321 293 4091004
Francisella noatunensis subsp. orientalis LADL--07-285A B 1624 1084 67 68 1561 530 380 2.9 66 279 286 301621
Francisella tularensis subsp. mediasiatica FSC147 B 1406 1016 72 67 1494 548 387 2.7 63 322 301 311634
Francisella tularensis subsp. holarctica F92 B 1842 1250 68 66 1725 554 396 3.1 68 274 266 312678
Francisella tularensis subsp. holarctica FTNF002-00 B 1581 1102 70 67 1625 549 386 3 66 303 292 309650
Francisella tularensis subsp. holarctica OSU18 B 1555 1071 69 67 1580 542 389 2.9 66 302 295 305650
Francisella tularensis subsp. holarctica LVS B 1754 1211 69 66 1754 559 400 3.1 68 296 281 315687
Francisella tularensis subsp. holarctica FSC200 B 1438 1021 71 67 1489 539 385 2.8 64 312 296 303638
Francisella tularensis subsp. tularensis TIGB03 B 1624 1130 70 66 1641 552 397 3 66 309 293 316660
Francisella tularensis subsp. tularensis TI0902 B 1544 1068 69 66 1560 552 397 2.8 65 312 296 316660
Francisella tularensis subsp. tularensis NE061598 B 1836 1174 64 64 1672 557 401 3 67 282 281 319674
Francisella tularensis subsp. tularensis FSC198 B 1605 1102 69 64 1594 549 397 2.9 66 310 289 315658
Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 B 1556 1096 70 65 1588 551 396 2.9 65 315 289 315657
Francisella cf. novicida Fx1 B 1818 1247 69 65 1798 577 428 3.1 68 315 299 331715
Thioalkalivibrio nitratireducens DSM 14787 B 3778 2389 63 60 3437 717 556 4.8 79 294 278 4691124
Alcanivorax dieselolei B5 B 4417 3169 72 64 4629 759 665 6.1 84 331 296 5191206
Aeromonas hydrophila ML09-119 B 4434 3121 70 65 4657 811 844 5.7 83 320 295 5801310
Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 B 3147 1919 61 62 2775 654 500 4.2 76 283 288 401925
Simiduia agarivorans SA1 = DSM 21679 B 3820 2665 70 63 4047 752 659 5.4 81 339 306 5441242
Mannheimia succiniciproducens MBEL55E B 2370 1616 68 69 2396 651 656 3.7 73 291 295 409862
Bibersteinia trehalosi USDA-ARS-USMARC-192 B 2250 1621 72 66 2379 650 635 3.7 73 319 293 407857
Glaciecola psychrophila 170 B 5618 3309 59 62 4733 775 719 6.1 84 267 280 5271343
Thalassolituus oleivorans MIL-1 B 3662 2359 64 58 3516 741 609 4.7 79 321 288 4741130
Candidatus Portiera aleyrodidarum TV B 269 246 91 86 407 223 152 1.8 45 327 306 124207
Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-QVLC B 246 220 89 83 363 209 136 1.7 42 327 304 113187
Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-Q-AWRs B 280 225 80 83 366 208 135 1.8 43 285 296 111190
Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-B-HRs whitefly B from Isarael B 273 221 81 84 359 206 133 1.7 43 287 297 110188
Candidatus Portiera aleyrodidarum BT-B-HRs B 273 221 81 84 359 206 133 1.7 43 287 297 110188
Candidatus Carsonella ruddii PC isolate NHV B 182 154 85 81 206 136 60 1.5 34 276 265 45130
Candidatus Carsonella ruddii HT isolate Thao2000 B 180 146 81 80 202 133 54 1.5 34 274 269 48126
Candidatus Carsonella ruddii CS isolate Thao2000 B 190 157 83 81 207 136 57 1.5 34 269 263 43131
Candidatus Carsonella ruddii CE isolate Thao2000 B 190 157 83 81 207 136 60 1.5 34 268 263 43131
Candidatus Carsonella ruddii DC B 207 167 81 81 223 142 63 1.6 36 267 268 48137
Candidatus Carsonella ruddii HC isolate Thao2000 B 192 158 82 80 213 137 60 1.6 36 273 267 47133
Spiribacter salinus M19-40 B 1684 1321 78 72 1975 608 496 3.2 69 326 300 348774
Thioflavicoccus mobilis 8321 B 3562 2411 68 62 3556 747 602 4.8 79 321 292 4881158
Morganella morganii subsp. morganii KT B 3526 2432 69 64 3560 775 852 4.6 78 311 290 4901099
Candidatus Moranella endobia PCVAL B 411 361 88 80 600 311 275 1.9 48 336 306 173294
secondary endosymbiont of Heteropsylla cubana Thao2000 B 576 495 86 79 776 359 323 2.2 54 318 291 192370
Raoultella ornithinolytica B6 B 4909 3805 78 73 5520 811 1043 6.8 85 318 298 5821271
Methylophaga sp. JAM7 B 2691 1779 66 63 2645 672 546 3.9 75 311 294 412945
Cycloclasticus zancles 7-ME B 2584 1837 71 67 2762 662 548 4.2 76 313 295 415913
Neisseria meningitidis WUE 2594 B 1941 1267 65 63 1855 614 497 3 67 295 285 343763
Neisseria meningitidis G2136 B 1928 1305 68 65 1901 621 499 3.1 67 294 282 348775
Neisseria meningitidis M04-240196 B 1947 1283 66 62 1885 617 506 3.1 67 301 285 347766
Neisseria meningitidis M01-240149 B 1936 1285 66 63 1885 621 507 3 67 301 287 349771
Neisseria meningitidis NZ-05/33 B 1948 1282 66 63 1877 618 509 3 67 300 286 347772
Neisseria meningitidis M01-240355 B 1971 1299 66 62 1899 620 507 3.1 67 301 284 348770
Neisseria meningitidis 8013 B 1913 1270 66 63 1869 617 503 3 67 301 287 350768
Neisseria meningitidis 053442 B 2020 1278 63 63 1876 618 502 3 67 284 284 351771
Neisseria meningitidis Z2491 B 1909 1269 66 64 1861 620 505 3 67 300 287 348766
Neisseria meningitidis H44/76 B 1961 1289 66 63 1894 620 511 3.1 67 297 285 349770
Neisseria meningitidis alpha710 B 2017 1299 64 62 1900 619 502 3.1 67 295 285 349781
Neisseria meningitidis MC58 B 1953 1305 67 64 1929 616 509 3.1 68 302 288 348768
Neisseria gonorrhoeae TCDC-NG08107 B 2196 1330 61 61 1901 611 487 3.1 68 276 279 339778
Neisseria gonorrhoeae FA 1090 B 2002 1230 61 62 1786 606 473 2.9 66 281 283 332744
Ralstonia pickettii 12J B 4952 3376 68 64 4981 782 662 6.4 84 315 298 5101252
Ralstonia solanacearum FQY_4 B 5139 3336 65 61 4922 807 654 6.1 84 321 302 5141312
Ralstonia solanacearum Po82 B 5016 3219 64 59 4755 795 658 6 83 327 301 5151337
Ralstonia solanacearum PSI07 B 4997 3354 67 62 4971 800 662 6.2 84 330 303 5071314
Ralstonia solanacearum CMR15 B 5023 3218 64 60 4774 788 649 6.1 83 323 303 5161281
Ralstonia solanacearum GMI1000 B 5111 3457 68 61 5075 803 659 6.3 84 330 299 5141332
Burkholderia sp. YI23 B 7804 5748 74 69 8368 838 763 10 90 327 307 5731527
Burkholderia sp. CCGE1003 B 5988 4404 74 69 6498 800 742 8.1 88 334 312 5501430
Burkholderia sp. CCGE1001 B 5965 4276 72 68 6298 793 732 7.9 87 329 311 5391391
Burkholderia sp. KJ006 B 6024 4006 67 66 5921 810 720 7.3 86 307 306 5401406
Burkholderia thailandensis MSMB121 B 5758 4051 70 65 6004 816 731 7.4 86 334 310 5441433
Burkholderia pseudomallei MSHR305 B 6105 4222 69 64 6264 830 741 7.5 87 337 312 5501454
Burkholderia pseudomallei NCTC 13179 B 6085 4200 69 64 6217 823 742 7.6 87 335 312 5481466
Burkholderia pseudomallei BPC006 B 7158 4033 56 62 6025 825 731 7.3 86 289 316 5451475
Burkholderia pseudomallei 1026b B 6070 4071 67 64 6063 824 734 7.4 86 329 315 5491446
Burkholderia pseudomallei MSHR346 B 4202 2470 59 64 3639 751 631 4.8 79 284 307 4641144
Burkholderia pseudomallei 668 B 7116 4041 57 62 6018 823 737 7.3 86 290 315 5421468
Burkholderia pseudomallei 1710b B 6344 4037 64 53 6042 825 737 7.3 86 385 319 5511515
Burkholderia pseudomallei K96243 B 5727 4065 71 65 6091 835 741 7.3 86 348 318 5531454
Burkholderia mallei NCTC 10229 B 5509 3531 64 65 5103 794 708 6.4 84 298 301 5141339
Burkholderia mallei NCTC 10247 B 5415 3388 63 65 4892 784 705 6.2 84 291 301 5031278
Burkholderia mallei ATCC 23344 B 5022 3404 68 65 4940 783 705 6.3 84 312 301 5081282
Burkholderia lata B 7716 5626 73 67 8101 826 755 9.8 90 326 302 5611474
Burkholderia ambifaria MC40-6 B 6697 4791 72 66 7006 831 748 8.4 88 327 304 5641461
Burkholderia cenocepacia MC0-3 B 7008 5163 74 69 7560 827 744 9.1 89 327 304 5711459
Burkholderia cenocepacia AU 1054 B 6477 4755 73 69 6922 822 737 8.4 88 325 304 5591435
Burkholderia cenocepacia J2315 B 7116 5131 72 67 7466 830 747 9 89 323 302 5701456
Burkholderia multivorans ATCC 17616 B 6111 4345 71 66 6340 818 729 7.8 87 323 301 5351388
Burkholderia cepacia GG4 B 5825 4262 73 68 6149 795 719 7.7 87 319 298 5191342
Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1 B 1508 1042 69 71 1508 564 408 2.7 63 268 274 301657
Bordetella pertussis CS B 3456 2744 79 73 4089 708 591 5.8 83 326 302 4431001
Bordetella parapertussis 18323 B 3377 2697 80 74 4050 707 585 5.7 83 325 302 441994
Bordetella parapertussis Bpp5 B 4184 3159 76 70 4505 743 614 6.1 84 321 299 4611082
Bordetella bronchiseptica MO149 B 4622 3665 79 73 5267 759 632 6.9 86 334 306 4841146
Bordetella bronchiseptica 253 B 4781 3705 77 72 5315 760 634 7 86 329 306 4901157
Achromobacter xylosoxidans NBRC 15126 = ATCC 27061 B 6065 4390 72 68 6349 788 675 8.1 88 324 303 5391310
Taylorella asinigenitalis 14/45 B 1415 1046 74 66 1621 568 409 2.9 65 337 302 332695
Taylorella equigenitalis 14/56 B 1475 1093 74 66 1689 576 416 2.9 66 343 305 324710
Taylorella equigenitalis ATCC 35865 B 1542 1101 71 64 1699 578 415 2.9 66 340 306 323703
Variovorax paradoxus B4 B 6753 5000 74 69 7184 821 678 8.8 89 324 300 5661423
Variovorax paradoxus EPS B 5952 4305 72 66 6258 814 656 7.7 87 335 305 5481374
Alicycliphilus denitrificans BC B 4542 3242 71 67 4706 734 603 6.4 84 321 301 4771162
Nitrosomonas sp. AL212 B 2983 1884 63 60 2830 689 528 4.1 76 311 297 416968
Candidatus Nasuia deltocephalinicola str. NAS-ALF B 137 114 83 76 148 107 32 1.4 28 250 228 31104
Candidatus Tremblaya phenacola PAVE B 175 161 92 82 226 138 64 1.6 39 291 261 52139
Candidatus Tremblaya princeps PCVAL B 116 110 95 89 152 107 49 1.4 30 257 242 35100
Candidatus Kinetoplastibacterium oncopeltii TCC290E B 694 607 87 78 969 440 321 2.2 55 338 301 240458
Candidatus Kinetoplastibacterium galatii TCC219 B 727 633 87 78 1001 447 327 2.2 55 336 301 248472
Candidatus Kinetoplastibacterium desouzaii TCC079E B 742 638 86 78 1016 446 330 2.3 56 335 302 245479
Kinetoplastibacterium blastocrithidii Candidatus  (ex Strigomonas culicis) B 715 627 88 78 992 440 321 2.3 56 334 298 247462
Kinetoplastibacterium blastocrithidii Candidatus  TCC012E B 724 630 87 78 995 446 326 2.2 55 333 298 247469
Candidatus Kinetoplastibacterium crithidii (ex Angomonas deanei ATCC 30255) B 734 632 86 78 999 436 317 2.3 56 328 299 240468
Candidatus Kinetoplastibacterium crithidii TCC036E B 728 630 87 78 1003 443 319 2.3 56 336 303 244473
Burkholderia phenoliruptrix BR3459a B 6496 4742 73 68 6905 797 742 8.7 88 328 306 5401441
Pandoraea pnomenusa 3kgm B 4800 3480 72 68 5030 763 680 6.6 85 322 300 4881243
Candidatus Symbiobacter mobilis Comamonadaceae bacterium CR B 2626 1698 65 59 2813 619 440 4.5 78 346 316 414935
Sulfuricella denitrificans skB26 B 3073 2171 71 66 3300 707 557 4.7 79 315 292 4591061
Helicobacter cetorum MIT 99-5656 B 1689 1006 60 53 1445 505 298 2.9 65 321 284 265607
Helicobacter pylori BM012S B 1573 981 62 56 1415 512 303 2.8 64 316 286 265608
Helicobacter pylori BM012A B 1571 979 62 56 1413 511 303 2.8 64 317 286 265605
Helicobacter pylori SouthAfrica20 B 1702 998 59 57 1411 511 300 2.8 64 284 275 258612
Helicobacter pylori UM298 B 1553 927 60 57 1342 502 301 2.7 63 306 291 261593
Helicobacter pylori UM066 B 1580 936 59 56 1348 501 292 2.7 63 306 290 257587
Helicobacter pylori UM037 B 1637 949 58 55 1362 509 303 2.7 63 304 288 262603
Helicobacter pylori UM299 B 1576 932 59 57 1348 501 301 2.7 63 304 291 261592
Helicobacter pylori UM032 B 1415 818 58 56 1156 462 268 2.5 60 290 282 219532
Helicobacter pylori OK310 B 1493 956 64 57 1374 507 300 2.7 63 322 288 262606
Helicobacter pylori OK113 B 1520 962 63 57 1386 508 300 2.7 63 320 286 265604
Helicobacter pylori Rif2 B 1591 967 61 56 1385 513 305 2.7 63 309 287 264606
Helicobacter pylori Rif1 B 1595 970 61 56 1388 513 305 2.7 63 309 286 264607
Helicobacter pylori HUP-B14 B 1501 944 63 58 1361 511 303 2.7 62 314 288 262599
Helicobacter pylori PeCan18 B 1495 936 63 56 1355 509 304 2.7 62 322 290 261600
Helicobacter pylori Shi169 B 1525 954 63 58 1381 511 301 2.7 63 312 289 263603
Helicobacter pylori Shi112 B 1564 964 62 56 1390 512 304 2.7 63 316 288 266602
Helicobacter pylori Shi417 B 1548 960 62 57 1384 510 302 2.7 63 318 292 262604
Helicobacter pylori XZ274 B 1438 857 60 57 1226 487 275 2.5 60 296 285 235561
Helicobacter pylori Aklavik86 B 1387 903 65 59 1317 497 295 2.6 62 322 291 258582
Helicobacter pylori Aklavik117 B 1538 956 62 56 1377 511 304 2.7 63 320 289 263600
Helicobacter pylori SNT49 B 1519 936 62 57 1350 505 299 2.7 63 312 289 261595
Helicobacter pylori Puno135 B 1573 968 62 57 1392 514 308 2.7 63 313 290 264605
Helicobacter pylori Puno120 B 1540 945 61 57 1360 510 303 2.7 62 310 290 261602
Helicobacter pylori ELS37 B 1576 961 61 57 1379 510 302 2.7 63 311 288 262605
Helicobacter pylori Gambia94/24 B 1605 951 59 56 1375 506 301 2.7 63 309 290 264602
Helicobacter pylori SouthAfrica7 B 1572 960 61 56 1381 510 304 2.7 63 312 287 264606
Helicobacter pylori India7 B 1600 952 60 55 1372 507 304 2.7 63 310 289 258601
Helicobacter pylori Lithuania75 B 1565 941 60 57 1359 512 300 2.7 62 307 290 266597
Helicobacter pylori 2017 B 1593 955 60 58 1371 505 298 2.7 63 294 284 259605
Helicobacter pylori 2018 B 1603 962 60 58 1377 506 298 2.7 63 294 283 258604
Helicobacter pylori 908 B 1595 955 60 58 1372 504 295 2.7 63 293 283 259603
Helicobacter pylori F57 B 1520 972 64 57 1389 508 299 2.7 63 321 287 261606
Helicobacter pylori F30 B 1483 972 66 58 1391 509 300 2.7 63 322 285 262608
Helicobacter pylori F16 B 1500 967 64 58 1384 509 302 2.7 63 318 285 260601
Helicobacter pylori Sat464 B 1508 946 63 58 1360 511 301 2.7 62 311 289 263598
Helicobacter pylori Cuz20 B 1564 971 62 57 1397 515 303 2.7 63 311 288 268609
Helicobacter pylori PeCan4 B 1563 954 61 57 1380 508 301 2.7 63 310 290 263600
Helicobacter pylori SJM180 B 1581 951 60 56 1372 510 308 2.7 63 312 290 262602
Helicobacter pylori B8 B 1707 973 57 54 1397 507 301 2.8 64 299 286 259603
Helicobacter pylori 52 B 1405 921 66 58 1332 499 290 2.7 63 327 287 258588
Helicobacter pylori v225d B 1549 938 61 57 1347 508 303 2.7 62 302 287 260593
Helicobacter pylori 83 B 1609 973 60 56 1389 509 301 2.7 63 306 284 266605
Helicobacter pylori 35A B 1470 921 63 58 1337 504 304 2.7 62 313 292 262593
Helicobacter pylori P12 B 1578 963 61 55 1383 511 303 2.7 63 318 287 265607
Helicobacter pylori G27 B 1504 956 64 58 1372 510 302 2.7 63 318 289 262601
Helicobacter pylori Shi470 B 1566 941 60 57 1362 509 301 2.7 63 304 290 261598
Helicobacter pylori HPAG1 B 1539 967 63 57 1388 512 301 2.7 63 318 287 264606
Helicobacter pylori 51 B 1415 922 65 58 1334 503 298 2.7 62 324 289 262586
Helicobacter pylori F32 B 1490 956 64 57 1374 509 304 2.7 63 321 287 265609
Helicobacter pylori J99 B 1488 958 64 56 1381 509 304 2.7 63 332 291 262606
Helicobacter pylori 26695 B 1469 949 65 57 1366 510 304 2.7 63 329 290 265601
Helicobacter pylori 26695 B 1469 949 65 57 1366 510 304 2.7 63 329 290 265601
Campylobacter jejuni Waterborne C.jejuni Outbreak B 1698 1189 70 64 1682 552 347 3 67 308 282 300707
Campylobacter jejuni RM1221 B 1838 1172 64 61 1656 565 344 2.9 66 293 282 299718
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 00-2544 B 1763 1204 68 63 1697 565 345 3 67 302 280 304726
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 00-2538 B 1713 1180 69 64 1665 561 345 3 66 303 281 301712
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 00-2426 B 1686 1171 69 65 1655 559 344 3 66 300 281 300708
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 00-2425 B 1714 1186 69 64 1677 562 347 3 66 306 284 302712
Campylobacter jejuni subsp. jejuni PT14 B 1607 1163 72 66 1652 555 344 3 66 313 286 300708
Campylobacter jejuni subsp. jejuni ICDCCJ07001 B 1534 1112 72 65 1565 516 331 3 67 316 281 284669
Campylobacter jejuni subsp. jejuni S3 B 1783 1180 66 63 1670 567 346 2.9 66 294 282 297715
Campylobacter jejuni subsp. jejuni M1 B 1622 1169 72 66 1656 547 343 3 67 310 282 297703
Campylobacter jejuni subsp. jejuni IA3902 B 1666 1178 71 65 1674 556 343 3 67 309 285 305707
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81116 B 1626 1170 72 65 1664 550 349 3 67 313 285 302705
Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176 B 1758 1185 67 63 1673 552 343 3 67 301 282 296707
Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168-BN148 B 1621 1169 72 66 1660 552 346 3 67 313 285 301701
Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168 = ATCC 700819 B 1576 1154 73 66 1645 551 346 3 67 318 287 301698
Campylobacter coli 76339 B 1556 1148 74 66 1622 551 345 2.9 66 316 285 295693
Campylobacter coli 15-537360 B 1621 1172 72 66 1647 554 352 3 66 313 285 298698
Campylobacter coli CVM N29710 B 1694 1195 71 65 1675 565 350 3 66 307 283 297715
Arcobacter butzleri 7h1h B 2199 1537 70 63 2211 602 366 3.7 73 317 284 345809
Arcobacter butzleri ED-1 B 2158 1567 73 63 2251 595 364 3.8 74 324 283 346811
Geobacter sp. M18 B 4434 3062 69 63 4946 738 505 6.7 85 343 311 5611358
Geobacter sulfurreducens PCA B 3430 2475 72 65 3961 721 501 5.5 82 336 304 5311191
Desulfovibrio hydrothermalis AM13 = DSM 14728 B 7095 4540 64 63 6948 686 449 10.1 90 308 302 4861122
Desulfovibrio vulgaris RCH1 B 3221 2168 67 62 3357 670 447 5 80 331 304 4701078
Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F' B 3180 2260 71 63 3502 678 445 5.2 81 349 308 4701130
Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough B 3535 2163 61 61 3345 672 448 5 80 307 304 4701086
Desulfovibrio gigas DSM 1382 = ATCC 19364 B 3343 2275 68 63 3553 670 433 5.3 81 331 305 4831118
Desulfovibrio desulfuricans ND132 B 3454 2420 70 65 3696 687 471 5.4 81 328 302 4881119
Lawsonia intracellularis N343 B 1368 1001 73 62 1460 507 316 2.9 65 347 294 285617
Bdellovibrio exovorus JSS B 2618 1622 62 57 2323 617 377 3.8 73 313 286 353870
Bdellovibrio bacteriovorus str. Tiberius B 3738 2180 58 53 3113 677 410 4.6 78 320 290 4151040
Anaeromyxobacter sp. K B 4457 3079 69 61 4664 758 532 6.2 84 342 303 5561343
Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C B 4346 3025 70 61 4590 749 530 6.1 84 349 304 5401339
Myxococcus stipitatus DSM 14675 B 8043 5099 63 55 8340 823 594 10.1 90 391 342 7251855
Sorangium cellulosum So0157-2 B 10400 6153 59 54 9723 840 582 11.6 91 354 326 7662078
Rickettsia bellii RML369-C B 1429 899 63 57 1261 471 245 2.7 63 302 272 227539
Rickettsia canadensis str. CA410 B 1016 632 62 64 939 432 220 2.2 54 280 289 206446
Rickettsia typhi str. B9991CWPP B 839 618 74 66 927 421 223 2.2 55 332 298 203435
Rickettsia typhi str. TH1527 B 838 618 74 66 927 422 223 2.2 54 332 297 203436
Rickettsia prowazekii str. Breinl B 920 632 69 65 939 422 228 2.2 55 305 291 203447
Rickettsia prowazekii str. NMRC Madrid E B 938 646 69 65 943 421 224 2.2 55 298 282 199452
Rickettsia prowazekii str. RpGvF24 B 834 614 74 66 923 421 229 2.2 54 331 297 205436
Rickettsia prowazekii str. GvV257 B 829 612 74 67 920 420 229 2.2 54 329 297 204435
Rickettsia prowazekii str. Dachau B 839 617 74 67 921 420 226 2.2 54 325 295 201438
Rickettsia prowazekii str. Katsinyian B 844 621 74 66 931 422 228 2.2 55 329 296 205442
Rickettsia prowazekii str. Chernikova B 845 622 74 66 932 422 228 2.2 55 330 296 205442
Rickettsia prowazekii Rp22 B 950 621 65 65 929 422 228 2.2 55 298 296 204441
Rickettsia prowazekii str. Madrid E B 843 623 74 66 930 420 227 2.2 55 333 296 203442
Rickettsia slovaca str. D-CWPP B 1347 753 56 60 1071 455 230 2.4 58 244 264 211493
Rickettsia massiliae str. AZT80 B 1207 713 59 62 1032 451 225 2.3 56 259 271 214482
Rickettsia rickettsii str. Arizona B 1343 739 55 61 1060 461 231 2.3 57 238 264 215491
Rickettsia rickettsii str. Brazil B 1332 744 56 61 1065 462 231 2.3 57 240 263 217495
Rickettsia rickettsii str. Hauke B 1340 738 55 61 1059 461 231 2.3 56 239 264 215490
Rickettsia rickettsii str. Colombia B 1350 743 55 61 1065 462 231 2.3 57 238 264 218494
Rickettsia rickettsii  str. Hlp#2 B 1308 734 56 61 1052 460 230 2.3 56 244 266 211492
Rickettsia rickettsii str. Hino B 1335 739 55 61 1059 461 231 2.3 56 240 264 215492
Rickettsia rickettsii str. Iowa B 1382 725 52 60 1043 456 231 2.3 56 233 268 213490
Orientia tsutsugamushi str. Ikeda B 1967 963 49 48 1285 398 184 3.2 69 254 248 189430
Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster B 1195 666 56 57 1005 438 249 2.3 56 283 291 221480
Wolbachia endosymbiont of Onchocerca ochengi str. Adamawa_Cameroon B 647 498 77 70 779 391 231 2 50 327 298 195388
Wolbachia endosymbiont strain TRS of Brugia malayi B 805 542 67 66 849 409 239 2.1 52 299 295 211419
Wolbachia endosymbiont of Drosophila simulans wHa B 1009 682 68 60 1038 442 249 2.3 57 333 296 228488
Wolbachia endosymbiont of Drosophila simulans wNo B 1040 695 67 59 1043 439 250 2.4 58 336 295 224485
Anaplasma phagocytophilum str. Dog2 B 1258 665 53 53 973 417 242 2.3 57 278 278 203440
Anaplasma phagocytophilum str. HZ2 B 1247 670 54 53 979 419 242 2.3 57 282 277 204441
Anaplasma phagocytophilum str. JM B 1256 666 53 52 974 417 242 2.3 57 281 278 203440
Anaplasma marginale str. Dawn B 794 521 66 62 787 382 210 2.1 51 309 293 183395
Anaplasma marginale str. Gypsy Plains B 858 571 67 64 861 421 228 2 51 301 290 204429
Anaplasma marginale str. St. Maries B 948 636 67 55 975 443 248 2.2 55 360 297 227468
Ehrlichia muris AS145 B 904 623 69 62 932 419 236 2.2 55 320 287 207446
Ehrlichia ruminantium str. Welgevonden B 958 630 66 57 949 431 241 2.2 55 332 289 216457
Ehrlichia ruminantium str. Welgevonden B 958 630 66 57 949 431 241 2.2 55 332 289 216457
Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1062 B 1354 1037 77 72 1477 516 336 2.9 65 308 291 257602
Mesorhizobium australicum WSM2073 B 5792 4148 72 69 5879 756 615 7.8 87 308 295 4751277
Sinorhizobium fredii USDA 257 B 6743 4424 66 65 6406 780 639 8.2 88 295 291 5151377
Sinorhizobium fredii HH103 B 6784 4505 66 64 6480 781 648 8.3 88 304 290 5131395
Sinorhizobium meliloti 2011 B 4942 3624 73 69 5225 754 605 6.9 86 313 295 4851238
Sinorhizobium meliloti GR4 B 6662 4632 70 67 6685 783 658 8.5 88 304 294 5221369
Sinorhizobium meliloti Rm41 B 6844 4809 70 69 6886 775 654 8.9 89 300 293 5221359
Sinorhizobium meliloti SM11 B 7092 4705 66 66 6715 780 643 8.6 88 291 290 5251388
Sinorhizobium meliloti BL225C B 6354 4526 71 68 6536 776 651 8.4 88 309 296 5261351
Sinorhizobium meliloti 1021 B 6218 4522 73 69 6511 774 649 8.4 88 309 293 5191352
Rhizobium etli CFN 42 B 5963 4340 73 67 6209 760 636 8.2 88 312 289 4981329
Rhizobium etli bv. mimosae str. Mim1 B 6792 4860 72 68 6900 780 645 8.8 89 303 290 5071354
Rhizobium tropici CIAT 899 B 6287 4506 72 68 6433 767 642 8.4 88 306 292 5021319
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304 B 6415 4693 73 69 6697 765 630 8.8 89 309 292 5021320
Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325 B 7001 5049 72 69 7214 780 649 9.2 89 302 291 5151357
Liberibacter crescens BT-1 B 1378 950 69 67 1414 521 343 2.7 63 305 297 287616
Candidatus Liberibacter solanacearum CLso-ZC1 B 1192 740 62 65 1116 445 281 2.5 60 282 293 239502
Candidatus Liberibacter americanus str. Sao Paulo B 983 703 72 68 1066 446 282 2.4 58 314 298 232492
Candidatus Liberibacter asiaticus str. gxpsy B 1141 739 65 66 1110 445 276 2.5 60 291 296 238505
Brucella ceti TE10759-12 B 2611 2104 81 73 3042 678 544 4.5 78 325 294 406974
Brucella ceti TE28753-12 B 2376 1877 79 73 2613 631 475 4.1 76 297 275 355888
Brucella canis HSK A52141 B 3280 2237 68 70 3228 688 554 4.7 79 287 292 4101013
Brucella suis VBI22 B 3270 2147 66 68 3104 687 553 4.5 78 285 297 402984
Brucella suis 1330 B 3271 2143 66 68 3105 687 553 4.5 78 285 297 404985
Brucella suis 1330 B 3271 2143 66 68 3105 687 553 4.5 78 285 297 404985
Brucella melitensis NI B 3229 2276 70 70 3262 687 555 4.7 79 292 288 4121016
Brucella melitensis M5-90 B 3357 2282 68 69 3272 688 553 4.8 79 282 288 4121018
Brucella melitensis M28 B 3363 2277 68 69 3271 688 555 4.8 79 282 289 4121016
Brucella melitensis bv. 1 str. 16M B 3198 2288 72 70 3278 688 560 4.8 79 297 290 4101034
Brucella abortus A13334 B 3338 2262 68 70 3257 688 551 4.7 79 282 290 4081020
Brucella melitensis biovar Abortus 2308 B 3034 2077 68 69 2999 678 536 4.4 77 290 294 390954
Brucella abortus bv. 1 str. 9-941 B 3084 2073 67 69 3017 682 539 4.4 77 288 296 397966
Bradyrhizobium sp. S23321 B 6892 4710 68 67 6714 770 634 8.7 89 306 299 5461370
Bradyrhizobium sp. BTAi1 B 7621 5192 68 65 7458 797 650 9.4 89 317 301 5631497
Bradyrhizobium oligotrophicum S58 B 7228 4953 69 65 7301 808 645 9 89 326 309 5691495
Bradyrhizobium japonicum USDA 6 B 8826 5757 65 65 8088 812 652 10 90 294 291 5731516
Rhodopseudomonas palustris DX-1 B 4917 3371 69 65 4908 761 606 6.4 84 316 298 5081271
Rhodopseudomonas palustris TIE-1 B 5246 3530 67 65 5156 768 629 6.7 85 314 301 5231299
Rhodopseudomonas palustris HaA2 B 4683 3355 72 65 4898 765 590 6.4 84 330 301 4971265
Rhodopseudomonas palustris BisB5 B 4397 3047 69 65 4454 736 569 6.1 83 321 301 4711215
Rhodopseudomonas palustris BisB18 B 4886 3317 68 64 4865 763 593 6.4 84 321 301 4951280
Rhodopseudomonas palustris CGA009 B 4820 3453 72 66 5021 756 626 6.6 85 328 301 5071275
Oligotropha carboxidovorans OM5 B 3629 2427 67 63 3557 711 525 5 80 312 292 4261067
Oligotropha carboxidovorans OM5 B 3629 2427 67 63 3557 711 525 5 80 312 292 4261067
Bartonella australis Aust/NH1 B 1264 930 74 66 1397 508 340 2.8 64 332 298 286598
Bartonella vinsonii subsp. berkhoffii str. Winnie B 1434 1007 70 64 1493 525 353 2.8 65 317 291 291631
Bartonella quintana RM-11 B 1203 895 74 69 1359 512 336 2.7 62 318 295 277597
Methylobacterium extorquens DM4 B 5735 3456 60 61 5164 748 583 6.9 86 296 299 4991299
Methylobacterium extorquens PA1 B 4829 3189 66 63 4716 741 573 6.4 84 316 302 4911265
Hyphomicrobium nitrativorans NL23 B 3331 2096 63 61 3005 676 490 4.4 78 302 292 4031022
Hyphomicrobium denitrificans 1NES1 B 3842 2280 59 59 3333 688 497 4.8 79 291 291 4151062
Caulobacter crescentus CB15 B 3737 2596 69 65 3760 719 561 5.2 81 324 300 4461131
Rhodobacter sphaeroides KD131 B 4568 3061 67 65 4393 732 586 6 83 302 295 4801184
Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025 B 4333 2872 66 62 4063 733 589 5.5 82 308 287 4751177
Rhodobacter sphaeroides 2.4.1 B 4280 2930 68 65 4224 736 581 5.7 83 311 294 4751159
Paracoccus aminophilus JCM 7686 B 4528 3242 72 66 4645 723 560 6.4 84 321 296 4731163
Zymomonas mobilis subsp. mobilis ATCC 29191 B 1709 1269 74 68 1869 595 427 3.1 68 330 301 343769
Zymomonas mobilis subsp. mobilis CP4 B 1840 1347 73 67 1987 611 436 3.3 69 337 307 346798
Zymomonas mobilis subsp. mobilis ATCC 10988 B 1803 1315 73 66 1931 603 433 3.2 69 333 303 336780
Zymomonas mobilis subsp. mobilis ZM4 B 1736 1309 75 68 1925 599 432 3.2 69 339 305 340779
Zymomonas mobilis subsp. pomaceae ATCC 29192 B 1748 1292 74 67 1928 599 429 3.2 69 334 304 352786
Gluconobacter oxydans H24 B 3732 2386 64 63 3382 666 514 5.1 80 305 302 4271026
Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5 B 3849 2488 65 62 3541 692 532 5.1 80 311 299 4431064
Acetobacter pasteurianus 386B B 2856 1872 66 63 2707 652 512 4.2 76 317 304 401924
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-12 B 3046 2052 67 62 2912 648 509 4.5 78 323 298 401937
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-01-42C B 2984 2001 67 62 2845 647 506 4.4 77 321 297 398927
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 B 3046 2052 67 62 2912 648 509 4.5 78 323 298 401937
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-26 B 3048 2055 67 62 2914 648 509 4.5 78 323 298 401938
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-22 B 3048 2055 67 62 2914 648 509 4.5 78 323 298 401938
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-07 B 3047 2053 67 62 2913 648 509 4.5 78 323 298 401937
Acetobacter pasteurianus IFO 3283-03 B 3048 2055 67 62 2914 648 509 4.5 78 323 298 401938
Rhodospirillum rubrum ATCC 11170 B 3837 2764 72 65 4090 729 570 5.6 82 337 305 5081170
Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 v2 B 4255 2800 66 61 4277 697 528 6.1 84 317 296 5061173
Micavibrio aeruginosavorus EPB B 2369 1388 59 57 2086 594 407 3.5 72 312 301 357815
Phaeobacter gallaeciensis DSM 17395 B 3875 2824 73 67 4120 714 555 5.8 83 321 296 4591127
Phaeobacter gallaeciensis DSM 26640 B 4359 3043 70 66 4392 729 567 6 83 308 291 4691172
Leisingera methylohalidivorans DSM 14336 B 4530 2975 66 66 4329 730 552 5.9 83 289 289 4611153
Octadecabacter antarcticus 307 B 4492 2922 65 64 4097 717 532 5.7 82 289 282 4311083
Octadecabacter arcticus 238 B 4683 3108 66 60 4283 708 525 6 83 304 277 4431082
Candidatus Endolissoclinum faulkneri L2 B 1498 653 44 67 1060 426 306 2.5 60 210 325 243462
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum sequencing B 4006 2652 66 66 4026 756 678 5.3 81 306 304 4771135
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5033 B 3877 2583 67 66 3911 749 677 5.2 81 305 304 4781127
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum AS43.3 B 3861 2541 66 67 3849 752 670 5.1 80 300 303 4741108
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum YAU B9601-Y2 B 3981 2638 66 65 3990 759 676 5.3 81 309 304 4771129
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5113 B 3656 2516 69 68 3827 744 673 5.1 81 312 307 4741098
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum UCMB5036 B 3636 2524 69 68 3831 747 673 5.1 81 314 306 4701097
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CAU B946 B 3823 2569 67 66 3885 753 676 5.2 81 307 303 4771122
Bacillus amyloliquefaciens LFB112 B 3859 2511 65 67 3792 750 674 5.1 80 296 302 4761107
Bacillus amyloliquefaciens CC178 B 3950 2510 64 67 3839 732 654 5.2 81 292 308 4731088
Bacillus amyloliquefaciens Y2 B 4234 2573 61 65 3845 743 658 5.2 81 282 300 4661112
Bacillus amyloliquefaciens IT-45 B 3860 2541 66 67 3849 752 673 5.1 80 300 303 4791109
Bacillus amyloliquefaciens XH7 B 4190 2519 60 65 3716 750 668 5 80 274 296 4781099
Bacillus amyloliquefaciens LL3 B 4228 2519 60 64 3705 748 670 5 80 274 295 4741092
Bacillus amyloliquefaciens TA208 B 4089 2541 62 65 3735 758 681 4.9 80 281 294 4771105
Bacillus amyloliquefaciens DSM 7 B 3892 2547 65 65 3742 754 671 5 80 296 294 4741110
Bacillus licheniformis 9945A B 4225 2819 67 67 4149 777 699 5.3 81 300 300 5061159
Bacillus subtilis PY79 B 4138 2660 64 67 3887 769 699 5.1 80 283 293 4841122
Bacillus subtilis XF-1 B 3853 2580 67 67 3745 755 683 5 80 291 290 4711104
Bacillus subtilis QB928 B 4031 2668 66 66 3889 763 698 5.1 80 296 294 4781140
Bacillus subtilis BSn5 B 4145 2687 65 66 3925 774 704 5.1 80 287 293 4881136
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BAB-1 B 4003 2667 67 67 3884 765 705 5.1 80 290 291 4821117
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. BSP1 B 3847 2642 69 67 3830 763 688 5 80 294 289 4881121
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. RO-NN-1 B 4101 2619 64 67 3840 760 695 5.1 80 281 294 4791103
Bacillus subtilis subsp. subtilis 6051-HGW B 4187 2751 66 66 4017 780 713 5.2 81 293 292 4911150
Bacillus subtilis subsp. spizizenii TU-B-10 B 4297 2718 63 66 3988 762 697 5.2 81 282 293 4901128
Bacillus subtilis subsp. spizizenii str. W23 B 4062 2656 65 66 3897 763 699 5.1 80 291 295 4851112
Bacillus subtilis subsp. natto BEST195 B 4381 2682 61 65 3784 757 688 5 80 264 278 4781120
Bacillus licheniformis DSM 13 = ATCC 14580 B 4173 2733 65 66 3922 775 684 5.1 80 289 290 5021136
Bacillus infantis NRRL B-14911 B 5066 3098 61 63 4385 765 651 5.7 83 273 281 5181173
Bacillus cereus subsp. cytotoxis NVH 391-98 B 3844 2400 62 62 3368 733 620 4.6 78 281 279 4551037
Bacillus toyonensis BCT-7112 B 4942 3188 65 63 4466 779 670 5.7 83 280 274 5011155
Bacillus thuringiensis HD-771 B 6568 3678 56 57 5057 794 683 6.4 84 268 272 5041199
Bacillus thuringiensis HD-789 B 6462 3596 56 57 5022 791 683 6.3 84 269 274 5111213
Bacillus thuringiensis MC28 B 6722 3820 57 58 5347 797 684 6.7 85 268 274 5301266
Bacillus thuringiensis serovar chinensis CT-43 B 6206 3605 58 59 5012 783 688 6.4 84 269 275 5021202
Bacillus thuringiensis YBT-1518 B 6738 3834 57 59 5265 784 677 6.7 85 264 272 5041196
Bacillus thuringiensis Bt407 B 6402 3591 56 58 5003 785 686 6.4 84 266 276 5071213
Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27 B 5197 3308 64 62 4617 769 674 6 83 285 277 4981151
Bacillus thuringiensis serovar kurstaki str. HD73 B 6194 3569 58 59 4949 782 680 6.3 84 264 272 4981185
Bacillus thuringiensis BMB171 B 5352 3315 62 62 4696 771 668 6.1 84 281 282 5011172
Bacillus thuringiensis serovar finitimus YBT-020 B 5782 3437 59 60 4796 785 678 6.1 84 274 277 5041200
Bacillus thuringiensis serovar thuringiensis str. IS5056 B 6922 3898 56 59 5449 795 698 6.9 85 268 279 5231250
Bacillus cereus FRI-35 B 5435 3378 62 62 4732 778 684 6.1 84 275 276 4951150
Bacillus cereus biovar anthracis str. CI B 5558 3403 61 61 4719 771 676 6.1 84 274 274 5021170
Bacillus cereus AH820 B 5810 3432 59 61 4787 785 680 6.1 84 268 276 5071187
Bacillus cereus AH187 B 5783 3420 59 60 4757 780 674 6.1 84 269 275 5121180
Bacillus cereus B4264 B 5398 3315 61 61 4679 784 675 6 83 279 279 5041173
Bacillus cereus G9842 B 5857 3441 59 60 4820 787 681 6.1 84 272 277 4991195
Bacillus cereus Q1 B 5489 3384 62 61 4713 775 670 6.1 84 278 274 5031172
Bacillus cereus F837/76 B 5468 3312 61 62 4640 778 668 6 83 271 276 5021172
Bacillus cereus NC7401 B 5754 3380 59 60 4711 776 674 6.1 84 268 276 5051154
Bacillus cereus E33L B 5641 3545 63 61 4947 777 682 6.4 84 283 277 5071186
Bacillus cereus ATCC 14579 B 5231 3261 62 62 4545 776 673 5.9 83 277 275 4881148
Bacillus cereus ATCC 10987 B 5844 3389 58 61 4719 773 680 6.1 84 262 275 4981171
Bacillus anthracis str. H9401 B 5791 3427 59 61 4717 780 673 6 83 262 270 5061206
Bacillus anthracis str. CDC 684 B 5902 3445 58 61 4731 781 675 6.1 83 259 269 5041201
Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor' B 5305 3183 60 61 4407 772 669 5.7 82 269 275 4901132
Bacillus anthracis str. Sterne B 4955 3174 64 63 4416 771 666 5.7 83 281 276 4901135
Bacillus anthracis str. Ames B 5039 3136 62 63 4357 769 664 5.7 82 273 276 4891118
Bacillus anthracis str. A2012 B 297 74 25 28 84 49 11 1.7 42 208 232 956
Bacillus megaterium WSH-002 B 5272 3146 60 63 4459 762 648 5.9 83 259 275 4941165
Bacillus megaterium QM B1551 B 5612 3448 61 64 4874 776 683 6.3 84 267 279 5171197
Bacillus coagulans 36D1 B 3290 2162 66 66 3134 711 603 4.4 77 292 292 4561019
Geobacillus sp. C56-T3 B 3315 2212 67 66 3196 730 642 4.4 77 293 292 4571027
Geobacillus sp. Y4.1MC1 B 3669 2433 66 66 3482 749 647 4.6 78 289 287 4741084
Geobacillus sp. Y412MC52 B 3459 2274 66 65 3271 743 653 4.4 77 294 291 4721054
Geobacillus sp. Y412MC61 B 3446 2271 66 65 3270 744 653 4.4 77 294 292 4721050
Staphylococcus aureus subsp. aureus MSHR1132 B 2527 1765 70 65 2551 661 553 3.9 74 306 283 392863
Staphylococcus pseudintermedius ED99 B 2356 1650 70 67 2376 652 526 3.6 73 300 287 391838
Staphylococcus pasteuri SP1 B 2414 1668 69 65 2440 649 515 3.8 73 299 281 378828
Staphylococcus lugdunensis N920143 B 2425 1685 69 67 2447 644 506 3.8 74 299 289 387826
Staphylococcus warneri SG1 B 2429 1688 69 66 2470 647 535 3.8 74 299 282 383829
Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 B 2482 1616 65 65 2395 643 513 3.7 73 286 286 384817
Staphylococcus aureus CA-347 B 2725 1833 67 64 2712 663 550 4.1 76 294 282 401880
Staphylococcus aureus Bmb9393 B 2652 1815 68 63 2699 670 556 4 75 308 285 402884
Staphylococcus aureus M1 B 2727 1816 67 64 2698 665 550 4.1 75 293 283 397876
Staphylococcus aureus 08BA02176 B 2701 1761 65 65 2633 661 550 4 75 289 286 396873
Staphylococcus aureus ST228/18412 B 1983 1513 76 67 2375 567 482 4.2 76 360 313 387747
Staphylococcus aureus ST228/18341 B 1987 1518 76 66 2385 568 483 4.2 76 360 313 389749
Staphylococcus aureus ST228/16125 B 1991 1514 76 66 2376 566 480 4.2 76 360 314 386744
Staphylococcus aureus ST228/16035 B 1987 1518 76 67 2385 568 483 4.2 76 360 313 389749
Staphylococcus aureus ST228/15532 B 1986 1517 76 67 2384 568 483 4.2 76 360 313 389749
Staphylococcus aureus ST228/10497 B 1986 1516 76 67 2383 568 483 4.2 76 360 313 389749
Staphylococcus aureus ST228/10388 B 1985 1517 76 67 2384 568 483 4.2 76 360 313 389749
Staphylococcus aureus 04-02981 B 2648 1783 67 64 2659 662 549 4 75 297 284 397875
Staphylococcus aureus RF122 B 2509 1702 68 65 2451 650 544 3.8 73 293 282 390839
Staphylococcus aureus subsp. aureus Z172 B 2870 1871 65 63 2772 673 557 4.1 76 291 282 408897
Staphylococcus aureus subsp. aureus 6850 B 2429 1731 71 66 2533 656 539 3.9 74 306 284 387846
Staphylococcus aureus subsp. aureus SA957 B 2549 1759 69 66 2518 660 542 3.8 74 297 282 392856
Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 B 2726 1754 64 64 2579 662 549 3.9 74 285 285 392869
Staphylococcus aureus subsp. aureus SA40 B 2465 1734 70 66 2488 657 540 3.8 74 300 282 389848
Staphylococcus aureus subsp. aureus 11819-97 B 2656 1795 68 64 2676 669 556 4 75 299 285 397878
Staphylococcus aureus subsp. aureus M013 B 2591 1777 69 65 2635 658 539 4 75 296 283 392866
Staphylococcus aureus subsp. aureus HO 5096 0412 B 2547 1771 70 66 2540 661 544 3.8 74 300 285 392860
Staphylococcus aureus subsp. aureus VC40 B 2468 1739 70 66 2578 660 547 3.9 74 301 284 388855
Staphylococcus aureus subsp. aureus T0131 B 2711 1809 67 64 2685 669 552 4 75 296 283 398875
Staphylococcus aureus subsp. aureus LGA251 B 2433 1737 71 66 2501 659 544 3.8 74 306 284 391856
Staphylococcus aureus subsp. aureus ECT-R 2 B 2520 1760 70 66 2635 660 548 4 75 302 285 395863
Staphylococcus aureus subsp. aureus JKD6159 B 2576 1760 68 65 2622 659 547 4 75 302 286 391861
Staphylococcus aureus subsp. aureus ED133 B 2652 1780 67 65 2557 660 541 3.9 74 290 281 395866
Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98 B 2689 1770 66 64 2628 660 543 4 75 293 284 391864
Staphylococcus aureus subsp. aureus TW20 B 2806 1863 66 63 2768 673 557 4.1 76 299 284 410896
Staphylococcus aureus subsp. aureus 55/2053 B 2553 1749 69 65 2618 654 540 4 75 301 286 385859
Staphylococcus aureus subsp. aureus TCH60 B 2700 1801 67 65 2684 665 553 4 75 293 284 398882
Staphylococcus aureus subsp. aureus str. JKD6008 B 2679 1794 67 64 2664 669 551 4 75 296 284 398874
Staphylococcus aureus subsp. aureus 71193 B 2622 1743 66 65 2599 655 545 4 75 293 287 392868
Staphylococcus aureus subsp. aureus S0385 B 2710 1801 66 64 2682 661 551 4.1 75 295 284 401873
Staphylococcus aureus subsp. aureus str. Newman B 2614 1773 68 64 2644 659 548 4 75 305 287 397864
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu3 B 2690 1811 67 64 2695 663 549 4.1 75 298 283 398878
Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_TCH1516 B 2692 1723 64 64 2584 642 526 4 75 287 289 392838
Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300_FPR3757 B 2604 1811 70 65 2696 667 548 4 75 306 285 400874
Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9 B 2726 1817 67 63 2703 663 548 4.1 75 298 284 399879
Staphylococcus aureus subsp. aureus MSSA476 B 2590 1756 68 65 2537 666 550 3.8 74 296 284 397865
Staphylococcus aureus subsp. aureus MRSA252 B 2650 1784 67 65 2680 663 553 4 75 297 287 401870
Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 B 2623 1771 68 65 2646 667 552 4 75 299 286 397870
Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 B 2613 1812 69 65 2695 662 548 4.1 75 301 283 400879
Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 B 2728 1823 67 64 2708 664 552 4.1 75 296 282 401881
Staphylococcus aureus subsp. aureus COL B 2615 1748 67 65 2615 666 545 3.9 75 295 286 395862
Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 B 2767 1757 63 64 2606 662 546 3.9 75 282 284 396867
Listeria monocytogenes EGD sequence B 2848 2068 73 68 3017 681 569 4.4 77 302 281 412944
Listeria monocytogenes N53-1 B 3150 2272 72 69 3039 667 512 4.6 78 240 228 366967
Listeria monocytogenes La111 B 3131 2258 72 69 3030 667 515 4.5 78 242 230 363964
Listeria monocytogenes serotype 4b str. LL195 B 2838 2023 71 67 2972 672 559 4.4 77 305 285 415952
Listeria monocytogenes 07PF0776 B 2797 2025 72 68 2965 673 564 4.4 77 302 282 412931
Listeria monocytogenes M7 B 2977 2055 69 66 2985 685 567 4.4 77 295 280 417958
Listeria monocytogenes J1-220 B 2985 2079 70 66 3037 682 568 4.5 78 300 282 418953
Listeria monocytogenes J1816 B 2794 1979 71 68 2886 673 554 4.3 77 294 280 412921
Listeria monocytogenes SLCC2376 B 2755 2016 73 68 2976 676 568 4.4 77 306 284 416931
Listeria monocytogenes SLCC5850 B 2865 2065 72 67 3010 677 568 4.4 78 301 281 410942
Listeria monocytogenes ATCC 19117 B 2868 2062 72 67 3016 674 565 4.5 78 305 283 415948
Listeria monocytogenes L312 B 2821 2048 73 67 2998 672 565 4.5 78 306 284 415941
Listeria monocytogenes SLCC2479 B 2935 2081 71 66 3032 679 569 4.5 78 301 282 413945
Listeria monocytogenes SLCC7179 B 2826 2057 73 68 3005 678 570 4.4 77 303 282 416948
Listeria monocytogenes SLCC2540 B 2907 2084 72 66 3033 679 568 4.5 78 304 282 411947
Listeria monocytogenes SLCC2378 B 2874 2054 71 67 3005 672 564 4.5 78 303 282 413945
Listeria monocytogenes serotype 1/2b str. SLCC2755 B 2940 2097 71 66 3059 679 571 4.5 78 305 282 418951
Listeria monocytogenes serotype 1/2c str. SLCC2372 B 2990 2105 70 66 3065 681 571 4.5 78 300 281 416953
Listeria monocytogenes serotype 7 str. SLCC2482 B 2929 2086 71 66 3039 677 568 4.5 78 302 281 416949
Listeria monocytogenes 08-5578 B 3088 2139 69 65 3112 684 570 4.5 78 299 281 418956
Listeria monocytogenes 08-5923 B 2966 2100 71 66 3058 682 568 4.5 78 300 281 416947
Listeria monocytogenes L99 B 2925 2051 70 66 2991 686 567 4.4 77 301 282 418960
Listeria monocytogenes HCC23 B 2974 2050 69 66 2979 685 567 4.3 77 295 280 417958
Listeria monocytogenes 10403S B 2814 2053 73 67 3005 681 568 4.4 77 306 283 414941
Listeria monocytogenes J0161 B 2955 2088 71 66 3043 680 567 4.5 78 301 282 416947
Listeria monocytogenes Finland 1998 B 2762 2046 74 68 2992 677 568 4.4 77 308 283 412939
Listeria monocytogenes FSL R2-561 B 2910 2087 72 66 3034 680 566 4.5 78 302 280 413944
Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 B 2821 2019 72 67 2957 673 564 4.4 77 303 284 410927
Listeria monocytogenes EGD-e B 2867 2075 72 67 3029 681 569 4.4 78 305 282 416944
Exiguobacterium antarcticum B7 B 2772 1909 69 67 2734 680 518 4 75 289 280 408910
Paenibacillus sp. Y412MC10 B 6238 4553 73 65 6563 775 657 8.5 88 325 289 6051336
Paenibacillus mucilaginosus KNP414 B 7811 4965 64 64 7710 807 689 9.6 90 315 317 6611518
Paenibacillus mucilaginosus K02 B 7354 4978 68 64 7625 813 691 9.4 89 328 312 6631514
Paenibacillus larvae subsp. larvae DSM 25430 B 3928 2321 59 59 3358 719 562 4.7 79 279 277 4561059
Paenibacillus polymyxa CR1 B 5283 3635 69 65 5313 762 623 7 86 312 295 5511272
Paenibacillus polymyxa SC2 B 6032 3613 60 62 5385 764 628 7 86 289 300 5551288
Paenibacillus polymyxa E681 B 4805 3368 70 66 5008 752 619 6.7 85 320 300 5471246
Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius Tc-4-1 B 3208 2042 64 65 2910 656 499 4.4 77 286 290 418941
Lactococcus garvieae Lg2 B 1968 1329 68 64 1887 540 403 3.5 71 289 275 310698
Lactococcus lactis subsp. lactis KLDS 4.0325 B 2593 1624 63 62 2284 564 449 4 75 282 278 333766
Lactococcus lactis subsp. lactis IO-1 B 2224 1555 70 64 2218 568 451 3.9 74 307 283 335767
Lactococcus lactis subsp. lactis CV56 B 2408 1566 65 63 2220 574 453 3.9 74 290 280 331760
Lactococcus lactis subsp. lactis KF147 B 2473 1677 68 65 2380 563 463 4.2 76 298 285 343777
Lactococcus lactis subsp. lactis Il1403 B 2321 1562 67 65 2195 563 449 3.9 74 289 277 329751
Lactococcus lactis subsp. cremoris KW2 B 2268 1594 70 65 2247 570 458 3.9 75 309 284 333760
Lactococcus lactis subsp. cremoris UC509.9 B 2109 1515 72 67 2125 555 447 3.8 74 296 276 326737
Lactococcus lactis subsp. cremoris A76 B 2769 1754 63 63 2381 566 450 4.2 76 262 260 328772
Lactococcus lactis subsp. cremoris NZ9000 B 2510 1676 67 65 2307 569 450 4.1 75 278 269 332765
Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11 B 2501 1593 64 62 2216 565 435 3.9 75 277 271 327735
Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C1050 B 1797 1263 70 65 1834 533 397 3.4 71 307 282 330690
Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C818 B 1754 1243 71 65 1803 532 397 3.4 70 304 281 328687
Streptococcus constellatus subsp. pharyngis C232 B 1756 1245 71 65 1806 532 397 3.4 71 304 281 328687
Streptococcus intermedius B196 B 1814 1299 72 64 1878 542 398 3.5 71 316 284 322698
Streptococcus intermedius C270 B 1778 1264 71 64 1842 537 402 3.4 71 315 286 323700
Streptococcus anginosus C238 B 1970 1385 70 63 1996 541 417 3.7 73 314 282 337706
Streptococcus anginosus C1051 B 1729 1263 73 66 1816 536 410 3.4 70 313 282 321685
Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ATCC BAA-2069 B 2329 1638 70 66 2312 588 427 3.9 75 296 276 348775
Streptococcus gallolyticus subsp. gallolyticus ATCC 43143 B 2246 1609 72 66 2272 584 432 3.9 74 302 277 346766
Streptococcus lutetiensis 033 B 1881 1287 68 66 1851 550 406 3.4 70 288 279 320684
Streptococcus equi subsp. zooepidemicus ATCC 35246 B 2087 1287 62 61 1855 545 391 3.4 71 287 282 330697
Streptococcus equi subsp. zooepidemicus MGCS10565 B 1893 1253 66 63 1813 535 386 3.4 70 295 280 329684
Streptococcus equi subsp. zooepidemicus B 1869 1291 69 63 1878 542 404 3.5 71 316 287 338702
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis 167 B 2222 1537 69 67 2124 559 420 3.8 74 267 258 337742
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis AC-2713 B 2214 1479 67 64 2104 568 417 3.7 73 288 275 344732
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis ATCC 12394 B 2055 1416 69 66 2016 559 416 3.6 72 290 276 341716
Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis RE378 B 1876 1386 74 65 1996 541 418 3.7 73 324 287 342705
Streptococcus oligofermentans AS 1.3089 B 2069 1323 64 60 1878 564 426 3.3 70 292 275 325724
Streptococcus iniae SF1 B 2125 1458 69 65 2047 568 407 3.6 72 295 277 340734
Streptococcus parasanguinis FW213 B 2019 1392 69 63 1994 563 424 3.5 72 316 288 332740
Streptococcus pyogenes HSC5 B 1744 1192 68 65 1716 544 395 3.2 68 294 279 313677
Streptococcus pyogenes A20 B 1828 1209 66 64 1740 547 396 3.2 69 287 278 316676
Streptococcus pyogenes MGAS1882 B 1691 1183 70 66 1717 552 398 3.1 68 299 281 320683
Streptococcus pyogenes MGAS15252 B 1662 1174 71 66 1707 547 397 3.1 68 299 281 320677
Streptococcus pyogenes Alab49 B 1773 1201 68 65 1727 547 395 3.2 68 290 277 310679
Streptococcus pyogenes MGAS10750 B 1978 1276 65 62 1817 562 397 3.2 69 284 275 321707
Streptococcus pyogenes MGAS10270 B 1987 1279 64 62 1816 559 396 3.2 69 282 273 321714
Streptococcus pyogenes MGAS2096 B 1898 1278 67 63 1813 550 389 3.3 70 284 268 318700
Streptococcus pyogenes MGAS9429 B 1877 1214 65 63 1748 552 397 3.2 68 285 279 316685
Streptococcus pyogenes MGAS6180 B 1894 1240 65 63 1779 556 397 3.2 69 290 277 320698
Streptococcus pyogenes NZ131 B 1700 1199 71 65 1731 550 397 3.1 68 301 278 320690
Streptococcus pyogenes MGAS8232 B 1839 1241 67 64 1771 550 396 3.2 69 291 277 312690
Streptococcus pyogenes MGAS10394 B 1886 1243 66 63 1778 546 397 3.3 69 292 278 313695
Streptococcus pyogenes MGAS315 B 1865 1235 66 63 1761 553 396 3.2 69 291 276 312692
Streptococcus pyogenes SSI-1 B 1859 1225 66 63 1753 552 394 3.2 69 287 275 311690
Streptococcus pyogenes M1 476 B 1571 1135 72 65 1665 519 392 3.2 69 326 292 318653
Streptococcus pyogenes MGAS5005 B 1865 1223 66 64 1752 548 395 3.2 69 284 276 316682
Streptococcus pyogenes M1 GAS B 1696 1180 70 64 1710 546 395 3.1 68 304 281 314671
Streptococcus pneumoniae A026 B 1911 1338 70 67 1928 557 431 3.5 71 297 283 337717
Streptococcus pneumoniae ST556 B 2148 1425 66 65 2027 570 435 3.6 72 281 275 339735
Streptococcus pneumoniae SPNA45 B 1921 1313 68 67 1896 565 423 3.4 70 287 281 335724
Streptococcus pneumoniae SPN994039 B 1819 1313 72 68 1902 556 428 3.4 71 299 283 334713
Streptococcus pneumoniae SPN994038 B 1819 1312 72 68 1900 556 428 3.4 71 299 283 333712
Streptococcus pneumoniae SPN034183 B 1819 1310 72 68 1894 555 425 3.4 71 298 282 333712
Streptococcus pneumoniae SPN034156 B 1799 1314 73 69 1900 557 428 3.4 71 299 282 334716
Streptococcus pneumoniae INV104 B 1820 1341 74 67 1940 561 436 3.5 71 313 284 343731
Streptococcus pneumoniae INV200 B 1929 1346 70 66 1945 564 432 3.4 71 299 284 345732
Streptococcus pneumoniae OXC141 B 1823 1314 72 68 1905 554 428 3.4 71 300 284 335715
Streptococcus pneumoniae gamPNI0373 B 2119 1393 66 66 1991 568 440 3.5 71 276 278 341741
Streptococcus pneumoniae AP200 B 2216 1463 66 65 2056 580 440 3.5 72 276 271 343760
Streptococcus pneumoniae ATCC 700669 B 1990 1385 70 64 1994 559 438 3.6 72 306 284 344736
Streptococcus pneumoniae TCH8431/19A B 2275 1442 63 65 2041 573 435 3.6 72 267 273 338742
Streptococcus pneumoniae CGSP14 B 2206 1466 66 64 2085 573 442 3.6 73 289 278 350767
Streptococcus pneumoniae G54 B 2114 1419 67 65 2013 566 436 3.6 72 281 273 340738
Streptococcus pneumoniae JJA B 2123 1378 65 65 1973 575 434 3.4 71 279 279 346745
Streptococcus pneumoniae 70585 B 2202 1423 65 65 2032 573 443 3.5 72 278 278 343752
Streptococcus pneumoniae Hungary19A-6 B 2155 1415 66 64 2016 571 439 3.5 72 287 278 341749
Streptococcus pneumoniae Taiwan19F-14 B 2044 1379 67 66 1977 564 435 3.5 71 285 279 337725
Streptococcus pneumoniae D39 B 1914 1357 71 67 1957 566 438 3.5 71 297 282 340732
Streptococcus pneumoniae 670-6B B 2352 1475 63 63 2086 571 433 3.7 73 271 272 343755
Streptococcus pneumoniae R6 B 1813 1328 73 67 1929 564 437 3.4 71 310 285 342727
Streptococcus pneumoniae TIGR4 B 2105 1398 66 65 2005 571 437 3.5 72 285 280 342742
Streptococcus agalactiae ILRI112 B 2073 1501 72 67 2077 561 410 3.7 73 284 265 332748
Streptococcus agalactiae ILRI005 B 2155 1507 70 66 2091 567 414 3.7 73 285 270 327740
Streptococcus agalactiae 09mas018883 B 2089 1471 70 65 2084 571 414 3.6 73 299 277 336747
Streptococcus agalactiae 2-22 B 1548 1209 78 72 1722 536 385 3.2 69 305 280 314667
Streptococcus agalactiae SA20-06 B 1710 1275 75 70 1815 548 397 3.3 70 294 276 323690
Streptococcus agalactiae GD201008-001 B 1964 1407 72 67 2001 564 411 3.5 72 301 280 330729
Streptococcus agalactiae NEM316 B 2094 1446 69 63 2046 564 415 3.6 72 308 279 333731
Streptococcus agalactiae 2603V/R B 2127 1430 67 64 2032 570 414 3.6 72 292 279 339732
Streptococcus mutans GS-5 B 1878 1373 73 69 1975 563 407 3.5 71 300 282 334735
Streptococcus mutans LJ23 B 1921 1391 72 68 2012 566 414 3.6 72 300 283 339736
Streptococcus mutans UA159 B 1960 1392 71 68 1996 565 413 3.5 72 295 282 334736
Streptococcus thermophilus MN-ZLW-002 B 1910 1246 65 67 1749 537 399 3.3 69 260 267 316686
Streptococcus thermophilus JIM 8232 B 2145 1346 63 65 1874 546 401 3.4 71 254 262 324713
Streptococcus thermophilus ND03 B 1919 1225 64 67 1727 536 401 3.2 69 258 270 314682
Streptococcus thermophilus CNRZ1066 B 1914 1299 68 68 1802 541 399 3.3 70 262 263 308688
Streptococcus thermophilus LMG 18311 B 1888 1291 68 68 1802 538 401 3.3 70 265 263 308691
Streptococcus suis T15 B 2190 1484 68 64 2088 579 435 3.6 72 295 278 337756
Streptococcus suis TL13 B 1939 1358 70 65 1932 565 423 3.4 71 302 281 325719
Streptococcus suis SC070731 B 1933 1410 73 66 2006 571 432 3.5 72 312 281 333745
Streptococcus suis S735 B 1882 1359 72 67 1933 567 430 3.4 71 305 281 330734
Streptococcus suis ST3 B 1952 1332 68 66 1911 566 424 3.4 70 294 283 335721
Streptococcus suis D9 B 2074 1403 68 64 1981 567 426 3.5 71 295 281 325731
Streptococcus suis SS12 B 2079 1394 67 64 1977 566 431 3.5 71 294 281 328738
Streptococcus suis D12 B 2078 1392 67 63 1974 570 424 3.5 71 297 280 330736
Streptococcus suis ST1 B 1987 1366 69 66 1918 553 423 3.5 71 287 275 323707
Streptococcus suis A7 B 1974 1378 70 66 1944 564 431 3.4 71 296 281 321733
Streptococcus suis JS14 B 2066 1414 68 65 2008 571 429 3.5 72 296 280 331746
Streptococcus suis BM407 B 1947 1393 72 65 1980 567 433 3.5 71 310 282 326732
Streptococcus suis SC84 B 1898 1368 72 66 1947 566 431 3.4 71 311 284 324731
Streptococcus suis GZ1 B 1977 1392 70 65 1969 566 426 3.5 71 303 280 325751
Streptococcus suis 98HAH33 B 2185 1485 68 64 2042 571 425 3.6 72 279 265 325779
Streptococcus suis 05ZYH33 B 2186 1492 68 64 2050 568 424 3.6 72 279 263 319763
Streptococcus salivarius CCHSS3 B 2027 1408 69 63 2066 563 423 3.7 73 318 288 338742
Streptococcus salivarius JIM8777 B 1979 1354 68 61 1987 568 427 3.5 71 326 292 337742
Lactobacillus paracasei subsp. paracasei 8700:2 B 2781 1861 67 63 2637 592 437 4.5 78 302 284 356794
Lactobacillus casei LOCK919 B 3103 1938 62 62 2749 595 442 4.6 78 284 283 351796
Lactobacillus casei W56 B 3126 1953 62 61 2723 592 435 4.6 78 283 275 345822
Lactobacillus casei LC2W B 3164 1935 61 62 2722 592 436 4.6 78 275 279 348795
Lactobacillus casei BD-II B 3199 1937 61 61 2718 593 435 4.6 78 276 278 349798
Lactobacillus casei BL23 B 2997 1942 65 62 2719 595 437 4.6 78 290 278 349794
Lactobacillus casei str. Zhang B 2847 1822 64 64 2589 590 435 4.4 77 287 285 345779
Lactobacillus rhamnosus LOCK908 B 2924 1838 63 62 2592 592 441 4.4 77 290 286 346793
Lactobacillus rhamnosus LOCK900 B 2827 1807 64 63 2548 584 440 4.4 77 288 285 344784
Lactobacillus rhamnosus ATCC 8530 B 2886 1835 64 63 2588 589 441 4.4 77 287 285 348790
Lactobacillus rhamnosus GG B 2913 1838 63 61 2581 588 438 4.4 77 292 283 349794
Lactobacillus rhamnosus GG B 2913 1838 63 61 2581 588 438 4.4 77 292 283 349794
Lactobacillus johnsonii N6.2 B 1697 1176 69 63 1689 492 330 3.4 71 320 291 274603
Lactobacillus johnsonii DPC 6026 B 1772 1222 69 62 1754 503 333 3.5 71 323 289 278622
Lactobacillus johnsonii NCC 533 B 1821 1250 69 61 1802 509 335 3.5 72 325 287 282633
Lactobacillus salivarius UCC118 B 2013 1300 65 62 1864 536 394 3.5 71 291 281 299679
Lactobacillus fermentum F-6 B 2006 1445 72 66 2013 548 392 3.7 73 290 268 296693
Lactobacillus fermentum CECT 5716 B 1051 800 76 67 1221 366 265 3.3 70 377 331 234433
Lactobacillus amylovorus GRL 1112 B 2121 1293 61 60 1845 516 348 3.6 72 287 282 285635
Lactobacillus reuteri TD1 B 1945 1318 68 61 1853 542 389 3.4 71 315 282 289679
Lactobacillus reuteri I5007 B 2054 1401 68 64 1957 543 391 3.6 72 294 274 296682
Lactobacillus reuteri JCM 1112 B 1820 1339 74 67 1896 560 395 3.4 70 311 282 311700
Lactobacillus reuteri SD2112 B 2300 1533 67 62 2096 551 397 3.8 74 291 271 308712
Lactobacillus plantarum 16 B 3088 2072 67 62 2887 597 440 4.8 79 299 278 365829
Lactobacillus plantarum ZJ316 B 3276 2092 64 62 2901 598 436 4.9 79 283 276 355831
Lactobacillus plantarum subsp. plantarum ST-III B 3038 2030 67 63 2847 592 439 4.8 79 297 281 360819
Lactobacillus plantarum subsp. plantarum P-8 B 3090 1996 65 62 2787 596 433 4.7 79 288 278 355837
Lactobacillus plantarum WCFS1 B 3063 2120 69 64 2978 613 454 4.9 79 303 282 366844
Lactobacillus helveticus R0052 B 2011 1233 61 61 1753 516 349 3.4 71 279 279 283651
Lactobacillus helveticus H10 B 1978 1269 64 62 1836 512 342 3.6 72 294 283 290648
Lactobacillus helveticus CNRZ32 B 1685 1115 66 66 1609 506 331 3.2 69 287 286 283610
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ND02 B 2018 1318 65 64 1906 528 351 3.6 72 291 284 308665
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus ATCC 11842 B 1529 1039 68 66 1523 500 316 3 67 297 290 273586
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus 2038 B 1792 1265 71 67 1784 509 330 3.5 71 285 271 280635
Lactobacillus brevis KB290 B 2582 1680 65 62 2290 565 412 4.1 75 287 275 308752
Lactobacillus acidophilus La-14 B 1876 1317 70 64 1891 517 348 3.7 73 310 282 281653
Lactobacillus acidophilus NCFM B 1832 1308 71 64 1884 517 347 3.6 73 316 284 282654
Pediococcus pentosaceus SL4 B 1709 1188 70 65 1727 523 390 3.3 70 301 283 302647
Enterococcus mundtii QU 25 B 3221 1880 58 55 2688 601 500 4.5 78 292 274 370835
Enterococcus casseliflavus EC20 B 3114 2216 71 64 3209 631 531 5.1 80 319 286 404906
Enterococcus faecium Aus0085 B 3221 1999 62 59 2808 596 504 4.7 79 282 268 366848
Enterococcus faecium NRRL B-2354 B 2639 1701 64 62 2427 582 486 4.2 76 285 276 350797
Enterococcus faecium DO B 3114 1949 63 60 2743 592 500 4.6 78 281 270 358841
Enterococcus faecalis str. Symbioflor 1 B 2733 1815 66 62 2644 623 531 4.2 76 302 282 393851
Enterococcus faecalis D32 B 2965 1880 63 60 2744 628 531 4.4 77 299 282 401880
Enterococcus faecalis OG1RF B 2579 1747 68 63 2612 619 523 4.2 76 316 292 398843
Enterococcus faecalis V583 B 3264 1942 59 57 2817 629 532 4.5 78 294 281 403878
Melissococcus plutonius ATCC 35311 B 1885 1261 67 65 1817 530 407 3.4 71 281 275 312689
Leuconostoc carnosum JB16 B 1691 1224 72 69 1748 517 362 3.4 70 304 288 290644
Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides J18 B 1937 1390 72 69 1999 551 382 3.6 72 302 291 319689
Leuconostoc gelidum JB7 B 1796 1303 73 70 1882 526 365 3.6 72 303 291 309665
Carnobacterium maltaromaticum LMA28 B 3581 2210 62 58 3197 644 513 5 80 289 274 404936
Clostridium sp. SY8519 B 2613 1812 69 63 2721 625 420 4.4 77 319 291 418928
Clostridium saccharobutylicum DSM 13864 B 4393 2810 64 61 4173 710 518 5.9 83 303 289 5311150
Clostridium autoethanogenum DSM 10061 B 4024 2696 67 63 3942 706 493 5.6 82 302 283 4861094
Clostridium saccharoperbutylacetonicum N1-4(HMT) B 5821 3992 69 64 5894 753 549 7.8 87 316 293 5981317
Clostridium kluyveri NBRC 12016 B 3523 2401 68 62 3521 682 471 5.2 81 311 285 4821059
Clostridium tetani genome 12124569 B 2845 1809 64 60 2657 660 443 4 75 292 275 421935
Clostridium perfringens SM101 B 2619 1709 65 62 2553 637 437 4 75 304 287 412903
Clostridium perfringens str. 13 B 2723 1821 67 63 2752 656 462 4.2 76 314 295 439951
Clostridium pasteurianum BC1 B 4512 2922 65 63 4100 719 508 5.7 82 288 282 4731106
Clostridium botulinum H04402 065 B 3691 2387 65 62 3456 703 496 4.9 80 284 274 4791083
Clostridium botulinum BKT015925 B 2994 1843 62 58 2711 656 429 4.1 76 302 286 429934
Clostridium botulinum F str. 230613 B 3527 2225 63 61 3180 694 473 4.6 78 278 268 4491024
Clostridium botulinum F str. Langeland B 3655 2371 65 61 3445 713 501 4.8 79 294 277 4811074
Clostridium botulinum E3 str. Alaska E43 B 3257 2169 67 62 3215 698 491 4.6 78 308 288 4701041
Clostridium botulinum B1 str. Okra B 3846 2444 64 61 3511 712 508 4.9 80 287 275 4811087
Clostridium botulinum Ba4 str. 657 B 4002 2458 61 60 3517 710 490 5 80 283 275 4841090
Clostridium botulinum A2 str. Kyoto B 3877 2439 63 61 3555 711 498 5 80 290 280 4851082
Clostridium botulinum A3 str. Loch Maree B 3983 2477 62 60 3590 707 495 5.1 80 288 278 4811080
Clostridium botulinum A str. Hall B 3332 2280 68 63 3316 697 490 4.8 79 301 279 4761052
Clostridium botulinum A str. ATCC 19397 B 3550 2337 66 62 3392 705 497 4.8 79 294 278 4811064
Clostridium acetobutylicum DSM 1731 B 3922 2587 66 63 3746 709 513 5.3 81 304 288 5031104
Clostridium acetobutylicum EA 2018 B 3916 2587 66 63 3746 708 513 5.3 81 303 288 5031105
Desulfitobacterium dichloroeliminans LMG P-21439 B 3340 2217 66 61 3211 686 486 4.7 79 309 284 4441020
Desulfitobacterium hafniense DCB-2 B 4883 3308 68 63 4808 739 536 6.5 85 310 287 5101172
Desulfotomaculum gibsoniae DSM 7213 B 4352 2780 64 61 4097 706 491 5.8 83 299 283 4931126
Ruminococcus champanellensis 18P13 B 2106 1335 63 59 2036 559 327 3.6 73 315 293 364795
Clostridium acidurici 9a B 2842 1937 68 63 2848 659 446 4.3 77 298 277 416936
Thermoanaerobacter sp. X513 B 2331 1661 71 68 2477 662 492 3.7 73 303 289 436902
Thermoanaerobacterium saccharolyticum JW/SL-YS485 B 2840 1893 67 64 2814 686 498 4.1 76 299 286 467968
Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum M0795 B 2714 1862 69 65 2759 677 493 4.1 75 303 288 456957
[Eubacterium] cylindroides [Eubacterium] cylindroides T2-87 B 1435 925 64 62 1257 431 244 2.9 66 253 241 213517
Erysipelothrix rhusiopathiae SY1027 B 1775 1213 68 63 1722 510 311 3.4 70 284 262 278650
Eubacterium siraeum V10Sc8a B 2202 1334 61 56 1961 540 320 3.6 72 313 288 333754
Clostridium thermocellum DSM 1313 B 2911 1957 67 61 3068 658 469 4.7 79 338 304 5131054
[Clostridium] stercorarium Clostridiu subsp. stercorarium DSM 8532 B 2546 1814 71 64 2707 636 450 4.3 77 336 302 437893
Faecalibacterium prausnitzii L2-6 B 2748 1639 60 58 2365 573 353 4.1 76 287 281 361812
Sulfobacillus acidophilus TPY B 3754 2372 63 65 3277 679 469 4.8 79 277 285 418992
Desulfosporosinus meridiei DSM 13257 B 4352 2870 66 63 4325 734 522 5.9 83 306 290 5301179
Clostridium difficile BI1 B 3934 2556 65 59 3805 693 494 5.5 82 308 280 4791060
Clostridium difficile R20291 B 3506 2453 70 62 3690 685 491 5.4 81 323 285 4711038
Clostridium difficile CD196 B 3454 2422 70 62 3655 689 495 5.3 81 323 287 4731038
Clostridium saccharolyticum Clostridium cf. saccharolyticum K10 B 3043 1774 58 58 2530 594 384 4.3 77 281 278 374873
Coprococcus catus GD/7 B 2972 1857 62 59 2700 612 387 4.4 77 299 283 394868
Roseburia intestinalis XB6B4 B 3610 2133 59 58 3120 650 408 4.8 79 298 292 4451003
Candidatus Arthromitus sp. SFB-rat-Yit B 1343 927 69 60 1387 501 290 2.8 64 334 291 281587
Candidatus Arthromitus sp. SFB-mouse-Yit B 1415 960 68 59 1436 507 300 2.8 65 328 287 291605
Thermacetogenium phaeum DSM 12270 B 2824 1825 65 62 2619 655 449 4 75 290 278 414921
Halobacteroides halobius DSM 5150 B 2468 1716 70 66 2592 652 482 4 75 312 297 446908
Thermobacillus composti KWC4 B 3858 2693 70 64 3876 712 573 5.4 82 323 294 4771074
Amphibacillus xylanus NBRC 15112 B 2411 1630 68 65 2443 621 493 3.9 75 300 287 396864
Mycoplasma parvum str. Indiana B 581 266 46 44 382 205 80 1.9 46 287 278 88211
Mycoplasma leachii PG50 B 882 546 62 52 796 330 180 2.4 59 338 284 166357
Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. Gladysdale B 1095 671 61 54 924 328 179 2.8 65 314 277 168363
Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1 B 1017 620 61 53 868 324 178 2.7 63 324 284 165357
Candidatus Mycoplasma haemominutum 'Birmingham 1' B 547 236 43 44 351 203 77 1.7 42 289 294 88201
Mycoplasma ovis str. Michigan B 840 254 30 37 370 202 76 1.8 45 232 280 86205
Mycoplasma cynos C142 B 883 495 56 47 725 310 148 2.3 57 343 285 159343
Candidatus Mycoplasma haemolamae str. Purdue B 925 264 29 34 383 207 80 1.9 46 233 278 91210
Mycoplasma suis str. Illinois B 845 273 32 35 392 200 81 2 49 260 279 88208
Mycoplasma haemofelis str. Langford 1 B 1545 287 19 22 422 219 94 1.9 48 235 280 99221
Mycoplasma bovis Hubei-1 B 801 522 65 53 748 299 151 2.5 60 353 287 151336
Mycoplasma bovis PG45 B 765 516 67 54 742 297 150 2.5 60 362 289 150329
Mycoplasma putrefaciens Mput9231 B 667 458 69 56 686 315 167 2.2 54 355 289 158327
Mycoplasma fermentans JER B 797 522 65 52 744 310 164 2.4 58 350 276 158349
Mycoplasma fermentans PG18 B 893 542 61 50 767 315 165 2.4 59 336 277 160366
Mycoplasma agalactiae B 813 505 62 49 724 298 150 2.4 59 362 286 148326
Mycoplasma pneumoniae M129-B7 B 612 423 69 54 622 289 143 2.2 54 353 277 140306
Mycoplasma pneumoniae FH B 629 411 65 54 598 280 142 2.1 53 333 275 136298
Mycoplasma pneumoniae M129 B 648 438 68 52 638 289 144 2.2 55 356 274 142312
Mycoplasma hyorhinis SK76 B 753 495 66 54 708 299 142 2.4 58 333 272 147329
Mycoplasma hyorhinis MCLD B 778 472 61 54 679 299 139 2.3 56 307 275 144324
Mycoplasma hyorhinis HUB-1 B 658 470 71 55 682 297 140 2.3 56 362 278 146323
Mycoplasma hyorhinis DBS 1050 B 737 483 66 55 699 300 142 2.3 57 333 277 146322
Mycoplasma hyopneumoniae 168-L B 683 431 63 48 633 281 125 2.3 56 380 289 141300
Mycoplasma hyopneumoniae 7422 B 677 421 62 47 626 278 127 2.3 56 388 292 141292
Mycoplasma hyopneumoniae 232 B 691 420 61 46 623 276 129 2.3 56 388 296 140299
Mycoplasma hyopneumoniae 7448 B 657 429 65 48 633 280 128 2.3 56 399 293 142301
Mycoplasma hyopneumoniae J B 657 429 65 48 632 279 128 2.3 56 397 292 142300
Mycoplasma genitalium M2321 B 499 354 71 59 524 270 131 1.9 48 342 284 128279
Mycoplasma genitalium M2288 B 506 364 72 60 538 275 136 2 49 342 287 129286
Mycoplasma genitalium M6282 B 484 344 71 60 501 265 126 1.9 47 330 278 119275
Mycoplasma genitalium M6320 B 509 359 71 60 528 272 136 1.9 48 332 284 127283
Mycoplasma gallisepticum NC08_2008.031-4-3P B 739 460 62 46 666 306 135 2.2 54 373 279 143332
Mycoplasma gallisepticum CA06_2006.052-5-2P B 763 463 61 45 670 308 136 2.2 54 380 279 143334
Mycoplasma gallisepticum NC06_2006.080-5-2P B 744 460 62 46 666 306 135 2.2 54 376 279 143332
Mycoplasma gallisepticum WI01_2001.043-13-2P B 746 463 62 46 670 308 136 2.2 54 374 278 143334
Mycoplasma gallisepticum NY01_2001.047-5-1P B 760 466 61 45 672 308 136 2.2 54 377 277 143335
Mycoplasma gallisepticum NC96_1596-4-2P B 771 469 61 44 679 308 136 2.2 55 382 279 143335
Mycoplasma gallisepticum NC95_13295-2-2P B 754 466 62 46 673 308 136 2.2 54 377 278 143334
Mycoplasma gallisepticum VA94_7994-1-7P B 767 472 62 46 679 308 136 2.2 55 373 276 143334
Mycoplasma gallisepticum S6 B 702 443 63 47 637 296 132 2.2 54 371 278 131322
Mycoplasma gallisepticum str. R(high) B 766 464 61 44 673 309 137 2.2 54 388 282 142339
Mycoplasma gallisepticum str. R(low) B 763 464 61 44 674 310 137 2.2 54 390 283 143339
Ureaplasma parvum serovar 3 str. ATCC 700970 B 614 392 64 49 581 280 122 2.1 52 372 284 140299
Candidatus Phytoplasma solani tobfin_28409 B 520 352 68 66 536 249 124 2.2 54 290 281 129246
Candidatus Phytoplasma australiense Strawberry lethal yellows phytoplasma (CPA) str. NZSb11 B 1100 502 46 55 722 252 126 2.9 65 224 271 132257
Candidatus Phytoplasma australiense B 684 410 60 60 605 251 125 2.4 59 274 274 132249
Mesoplasma florum W37 B 733 509 69 57 752 318 168 2.4 58 345 285 163345
Spiroplasma syrphidicola EA-1 B 1006 587 58 50 872 360 191 2.4 59 331 286 183401
Spiroplasma diminutum CUAS-1 B 858 557 65 54 818 343 182 2.4 58 340 282 168379
Spiroplasma chrysopicola DF-1 B 1009 608 60 52 903 363 192 2.5 60 330 287 189402
Spiroplasma taiwanense CT-1 B 1007 557 55 52 819 343 180 2.4 58 296 278 169374
Spiroplasma apis B31 B 997 607 61 51 887 358 187 2.5 60 340 283 174403
Mycobacterium sp. MOTT36Y B 5128 3748 73 68 5378 672 487 8 88 329 306 4481144
Mycobacterium sp. JDM601 B 4346 3019 69 64 4266 653 474 6.5 85 322 296 4301061
Mycobacterium abscessus subsp. bolletii 50594 B 5185 3299 64 60 4610 672 482 6.9 85 309 294 4351113
Mycobacterium liflandii 128FXT B 5064 3351 66 60 4826 674 518 7.2 86 334 300 4701168
Mycobacterium sp. KMS B 5975 4176 70 64 5822 713 528 8.2 88 322 294 4901274
Mycobacterium sp. MCS B 5615 4003 71 65 5597 711 529 7.9 87 325 295 4851263
Mycobacterium yongonense 05-1390 B 5390 3712 69 66 5309 670 496 7.9 87 316 304 4501147
Mycobacterium intracellulare MOTT-64 B 5249 3785 72 69 5376 661 492 8.1 88 318 303 4401112
Mycobacterium indicus pranii MTCC 9506 B 5254 3757 72 68 5357 665 496 8.1 88 319 304 4431128
Mycobacterium intracellulare MOTT-02 B 5149 3725 72 69 5308 666 493 8 87 319 304 4391115
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis MAP4 B 4326 3133 72 66 4486 651 490 6.9 85 334 306 4381094
Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis K-10 B 4350 3196 73 66 4557 654 489 7 86 338 304 4371114
Mycobacterium canettii CIPT 140070017 B 4009 2808 70 61 3964 663 495 6 83 335 291 4441084
Mycobacterium canettii CIPT 140060008 B 3981 2801 70 62 3974 669 498 5.9 83 333 291 4421090
Mycobacterium canettii CIPT 140070008 B 3984 2789 70 62 3962 664 496 6 83 332 292 4371082
Mycobacterium canettii CIPT 140070010 B 3941 2775 70 61 3957 666 493 5.9 83 339 294 4411083
Mycobacterium tuberculosis EAI5/NITR206 B 4019 2757 69 61 3853 665 487 5.8 83 317 284 4301089
Mycobacterium tuberculosis EAI5 B 3902 2685 69 62 3779 666 494 5.7 82 323 291 4331081
Mycobacterium tuberculosis CAS/NITR204 B 3959 2399 61 59 3035 594 393 5.1 80 249 241 319951
Mycobacterium tuberculosis str. Beijing/NITR203 B 4110 2818 69 62 3950 666 496 5.9 83 315 285 4361095
Mycobacterium tuberculosis UT205 B 3794 2688 71 63 3829 663 495 5.8 83 329 295 4391091
Mycobacterium tuberculosis RGTB423 B 3622 2324 64 60 2997 606 414 4.9 80 266 251 326932
Mycobacterium tuberculosis RGTB327 B 3691 2389 65 61 3162 613 427 5.2 81 275 262 362959
Mycobacterium tuberculosis CTRI-2 B 3944 2802 71 61 3956 669 497 5.9 83 335 290 4411098
Mycobacterium tuberculosis str. Erdman = ATCC 35801 B 4245 2794 66 61 3947 666 495 5.9 83 308 287 4371088
Mycobacterium tuberculosis KZN 605 B 4001 2809 70 61 3954 667 496 5.9 83 333 289 4361093
Mycobacterium tuberculosis KZN 4207 B 3996 2816 70 61 3973 669 498 5.9 83 335 290 4411101
Mycobacterium tuberculosis CCDC5180 B 3590 2654 74 63 3809 636 487 6 83 354 299 4371044
Mycobacterium tuberculosis CCDC5079 B 4156 2853 69 61 4018 668 497 6 83 323 288 4431104
Mycobacterium tuberculosis CCDC5079 B 4156 2853 69 61 4018 668 497 6 83 323 288 4431104
Mycobacterium tuberculosis H37Ra B 4034 2834 70 61 4002 669 498 6 83 332 289 4441105
Mycobacterium tuberculosis str. Haarlem/NITR202 B 3680 2219 60 57 2778 576 360 4.8 79 243 231 278911
Mycobacterium tuberculosis str. Haarlem B 4036 2803 69 61 3962 669 496 5.9 83 331 290 4391101
Mycobacterium tuberculosis F11 B 3941 2809 71 61 3973 667 499 6 83 340 292 4401098
Mycobacterium tuberculosis H37Rv B 4018 2825 70 61 3990 669 497 6 83 333 289 4431103
Mycobacterium tuberculosis CDC1551 B 4189 2721 65 60 3875 668 495 5.8 83 317 294 4441096
Mycobacterium bovis AF2122/97 B 3918 2767 71 62 3935 667 497 5.9 83 334 291 4471113
Mycobacterium bovis BCG str. Korea 1168P B 4139 2800 68 61 3990 666 497 6 83 325 292 4481104
Mycobacterium bovis BCG str. Mexico B 3951 2774 70 61 3956 665 496 5.9 83 333 292 4501100
Mycobacterium bovis BCG str. Tokyo 172 B 3944 2788 71 62 3976 666 496 6 83 334 291 4481100
Mycobacterium gilvum Spyr1 B 5349 3750 70 63 5255 716 518 7.3 86 326 295 4911217
Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 B 6717 4792 71 68 6727 725 553 9.3 89 315 302 5001281
Mycobacterium leprae TN B 1605 1129 70 67 1715 535 381 3.2 69 335 318 310698
Mycobacterium kansasii ATCC 12478 B 5866 3962 68 61 5632 706 532 8 87 331 301 5121282
Corynebacterium maris DSM 45190 B 2584 1785 69 64 2535 614 416 4.1 76 323 297 353893
Corynebacterium halotolerans YIM 70093 = DSM 44683 B 2865 1961 68 63 2804 629 429 4.5 78 324 299 380929
Corynebacterium terpenotabidum Y-11 B 2369 1634 69 62 2344 585 398 4 75 343 306 346822
Corynebacterium ulcerans BR-AD22 B 2334 1492 64 58 2122 589 387 3.6 72 326 296 335817
Corynebacterium ulcerans 809 B 2180 1455 67 60 2081 584 385 3.6 72 334 300 333797
Corynebacterium urealyticum DSM 7111 B 1935 1339 69 60 1926 554 368 3.5 71 351 305 324775
Corynebacterium argentoratense DSM 44202 B 1875 1244 66 63 1836 562 367 3.3 69 322 304 324748
Corynebacterium callunae DSM 20147 B 2647 1752 66 61 2485 608 407 4.1 76 318 293 364863
Corynebacterium pseudotuberculosis 258 B 2088 1363 65 62 1965 573 382 3.4 71 315 299 333776
Corynebacterium pseudotuberculosis Cp162 B 1997 1332 67 63 1912 563 373 3.4 71 313 296 322757
Corynebacterium pseudotuberculosis P54B96 B 2084 1354 65 61 1951 567 374 3.4 71 317 298 329778
Corynebacterium pseudotuberculosis 267 B 2148 1373 64 61 1976 570 377 3.5 71 313 299 331779
Corynebacterium pseudotuberculosis 1/06-A B 1963 1306 67 63 1866 556 367 3.4 70 310 292 313746
Corynebacterium pseudotuberculosis 42/02-A B 2051 1359 66 62 1956 566 373 3.5 71 319 296 326772
Corynebacterium pseudotuberculosis 3/99-5 B 2142 1372 64 61 1967 567 375 3.5 71 308 295 325776
Corynebacterium pseudotuberculosis 31 B 2063 1339 65 62 1918 568 372 3.4 70 309 295 324764
Corynebacterium pseudotuberculosis CIP 52.97 B 2060 1340 65 62 1926 568 378 3.4 71 312 296 325767
Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 B 2079 1352 65 61 1944 567 375 3.4 71 316 297 329773
Corynebacterium pseudotuberculosis I19 B 2095 1359 65 61 1963 568 375 3.5 71 317 299 332777
Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 B 2110 1422 67 61 2034 572 381 3.6 72 324 295 333793
Corynebacterium pseudotuberculosis C231 B 2091 1356 65 61 1951 566 375 3.4 71 316 298 328779
Corynebacterium pseudotuberculosis 1002 B 2090 1360 65 61 1960 567 376 3.5 71 317 298 329773
Corynebacterium glutamicum MB001 B 2782 1890 68 63 2680 621 435 4.3 77 319 295 372911
Corynebacterium glutamicum SCgG2 B 3025 2065 68 64 2932 629 434 4.7 79 318 298 381932
Corynebacterium glutamicum SCgG1 B 3023 2065 68 64 2933 629 434 4.7 79 319 298 382933
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 B 3057 1968 64 60 2769 632 436 4.4 77 312 293 377944
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 B 3057 1968 64 60 2769 632 436 4.4 77 312 293 377944
Corynebacterium glutamicum ATCC 13032 B 3057 1968 64 60 2769 632 436 4.4 77 312 293 377944
Corynebacterium diphtheriae BH8 B 2361 1519 64 60 2149 589 390 3.6 73 307 288 336812
Corynebacterium diphtheriae INCA 402 B 2214 1487 67 62 2121 591 390 3.6 72 322 295 339813
Corynebacterium diphtheriae VA01 B 2191 1453 66 61 2089 591 385 3.5 72 321 296 338805
Corynebacterium diphtheriae HC04 B 2275 1486 65 61 2143 591 387 3.6 72 319 297 343813
Corynebacterium diphtheriae HC03 B 2262 1490 66 61 2145 595 390 3.6 72 321 296 345817
Corynebacterium diphtheriae HC02 B 2230 1485 67 61 2137 597 388 3.6 72 323 296 344816
Corynebacterium diphtheriae HC01 B 2247 1459 65 60 2075 588 384 3.5 72 316 293 335800
Corynebacterium diphtheriae 241 B 2245 1455 65 60 2070 588 382 3.5 72 316 293 335799
Corynebacterium diphtheriae CDCE 8392 B 2249 1465 65 61 2112 592 391 3.6 72 315 297 343807
Corynebacterium diphtheriae PW8 B 2322 1489 64 60 2126 590 394 3.6 72 314 292 339815
Corynebacterium diphtheriae C7 (beta) B 2337 1500 64 60 2133 595 396 3.6 72 313 293 340823
Corynebacterium diphtheriae 31A B 2380 1516 64 61 2180 592 389 3.7 73 309 294 345820
Nocardia brasiliensis ATCC 700358 B 8414 5947 71 65 8411 758 559 11.1 91 327 300 5481452
Rhodococcus pyridinivorans SB3094 B 5158 3493 68 66 5097 690 512 7.4 86 316 309 4881175
Rhodococcus erythropolis CCM2595 B 5828 4250 73 67 6134 718 546 8.5 88 333 308 4921262
Streptomyces albus J1074 B 5832 4062 70 64 6000 749 546 8 88 339 310 5581391
Streptomyces rapamycinicus NRRL 5491 B 10002 7231 72 68 11288 781 604 14.5 93 345 324 6401783
Streptomyces davawensis JCM 4913 B 8616 5953 69 62 8567 789 599 10.9 91 332 300 6961689
Streptomyces fulvissimus DSM 40593 B 6925 4765 69 62 6884 770 562 8.9 89 337 305 6281556
Streptomyces venezuelae ATCC 10712 B 7448 5088 68 61 7170 770 568 9.3 89 332 298 6221593
Streptomyces collinus Tu 365 B 7113 4914 69 64 7247 770 572 9.4 89 336 309 5771516
Streptomyces cattleya NRRL 8057 = DSM 46488 B 7470 4878 65 61 7167 772 563 9.3 89 321 301 5841495
Streptomyces hygroscopicus subsp. jinggangensis TL01 B 8877 5990 67 64 8685 785 607 11.1 91 316 301 6471673
Tropheryma whipplei str. Twist B 808 580 72 68 899 392 234 2.3 56 328 309 206442
Leifsonia xyli subsp. cynodontis DSM 46306 B 2470 1559 63 61 2182 570 357 3.8 74 290 282 327789
Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus B 3116 2096 67 63 2942 607 380 4.8 79 314 295 363900
Clavibacter michiganensis subsp. nebraskensis NCPPB 2581 B 2817 1989 71 65 2797 609 397 4.6 78 327 301 389901
Nocardiopsis alba ATCC BAA-2165 B 5508 3468 63 61 4864 725 502 6.7 85 304 294 4971215
Frankia sp. EuI1c B 7083 5267 74 65 7480 726 503 10.3 90 356 310 5491440
Frankia sp. CcI3 B 4499 2945 65 57 4131 675 449 6.1 84 341 298 4511195
Amycolatopsis mediterranei RB B 9224 6729 73 66 9788 794 614 12.3 92 329 299 6761689
Amycolatopsis mediterranei S699 B 9222 6730 73 66 9793 795 614 12.3 92 329 299 6781691
Amycolatopsis mediterranei S699 B 9222 6730 73 66 9793 795 614 12.3 92 329 299 6781691
Amycolatopsis orientalis HCCB10007 B 8113 5732 71 64 8337 786 607 10.6 91 331 301 6261543
Bifidobacterium longum NCC2705 B 1728 1245 72 61 1822 513 319 3.6 72 371 314 308708
Bifidobacterium longum DJO10A B 2001 1365 68 61 1967 514 324 3.8 74 343 306 311720
Bifidobacterium longum subsp. infantis 157F B 1999 1338 67 60 1934 515 322 3.8 73 344 308 308718
Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 = JCM 1222 B 2416 1517 63 57 2120 531 324 4 75 332 300 302755
Bifidobacterium longum subsp. infantis ATCC 15697 = JCM 1222 B 2416 1517 63 57 2120 531 324 4 75 332 300 302755
Bifidobacterium longum subsp. longum KACC 91563 B 1985 1338 67 60 1933 513 320 3.8 73 344 308 308722
Bifidobacterium longum subsp. longum BBMN68 B 1804 1286 71 63 1877 509 323 3.7 73 353 310 307707
Bifidobacterium longum subsp. longum F8 B 1681 1118 67 60 1610 463 283 3.5 71 336 306 262638
Bifidobacterium longum subsp. longum JCM 1217 B 1924 1318 69 60 1922 518 316 3.7 73 355 308 310729
Bifidobacterium thermophilum RBL67 B 1845 1195 65 58 1729 520 310 3.3 70 343 308 286702
Bifidobacterium animalis subsp. animalis ATCC 25527 B 1538 1118 73 63 1619 491 304 3.3 70 357 309 280653
Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bl12 B 1518 1111 73 63 1613 491 303 3.3 70 366 313 278650
Bifidobacterium animalis subsp. lactis B420 B 1561 1116 71 63 1619 490 303 3.3 70 351 310 280655
Bifidobacterium animalis subsp. lactis ATCC 27673 B 1556 1114 72 63 1605 488 298 3.3 70 350 309 276649
Bifidobacterium animalis subsp. lactis BLC1 B 1518 1111 73 63 1613 491 303 3.3 70 366 313 278650
Bifidobacterium animalis subsp. lactis CNCM I-2494 B 1660 1091 66 59 1585 486 297 3.3 69 352 314 274663
Bifidobacterium animalis subsp. lactis Bi-07 B 1597 1111 70 63 1613 489 303 3.3 70 345 311 279654
Bifidobacterium animalis subsp. lactis V9 B 1572 1122 71 63 1625 491 302 3.3 70 354 310 279656
Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140 B 1565 1119 72 63 1620 491 302 3.3 70 353 310 279656
Bifidobacterium animalis subsp. lactis BB-12 B 1642 1092 67 59 1586 484 297 3.3 69 354 314 273658
Bifidobacterium animalis subsp. lactis AD011 B 1527 1104 72 63 1590 484 303 3.3 70 356 309 270644
Bifidobacterium breve UCC2003 B 1854 1367 74 63 1973 521 314 3.8 74 365 312 301717
Bifidobacterium asteroides PRL2011 B 1658 1227 74 64 1819 498 309 3.7 73 378 327 303675
Bifidobacterium bifidum PRL2010 B 1706 1210 71 60 1780 527 308 3.4 70 361 305 314727
Bifidobacterium bifidum BGN4 B 1834 1204 66 59 1780 525 306 3.4 71 342 308 311729
Gardnerella vaginalis HMP9231 B 1317 920 70 60 1370 457 263 3 67 369 316 252574
Gardnerella vaginalis ATCC 14019 B 1365 923 68 59 1366 456 268 3 67 355 309 251577
Saccharothrix espanaensis DSM 44229 B 8427 5716 68 61 8255 790 551 10.4 90 331 298 6291625
Propionibacterium avidum 44067 B 2242 1585 71 65 2280 600 392 3.8 74 329 302 374835
Propionibacterium acnes ATCC 11828 B 2259 1541 68 65 2211 587 391 3.8 73 316 300 362840
Propionibacterium acnes TypeIA2 P.acn31 B 2244 1571 70 65 2243 587 396 3.8 74 322 298 360841
Propionibacterium acnes TypeIA2 P.acn17 B 2263 1585 70 65 2261 586 393 3.9 74 323 299 361848
Propionibacterium acnes TypeIA2 P.acn33 B 2233 1570 70 65 2238 586 394 3.8 74 322 298 358842
Propionibacterium acnes C1 B 2359 1590 67 64 2265 591 393 3.8 74 310 297 365854
Propionibacterium acnes HL096PA1 B 2249 1530 68 64 2182 586 393 3.7 73 321 301 356833
Propionibacterium acnes 6609 B 2348 1600 68 64 2288 591 398 3.9 74 317 299 369857
Propionibacterium acnes 266 B 2345 1563 67 64 2233 587 392 3.8 74 313 300 364841
Propionibacterium acnes KPA171202 B 2297 1593 69 63 2290 593 398 3.9 74 332 303 371867
Propionibacterium acidipropionici ATCC 4875 B 3336 2263 68 63 3178 649 429 4.9 80 322 298 397989
Actinoplanes friuliensis DSM 7358 B 8565 6129 72 64 8841 789 552 11.2 91 328 292 7041667
Actinomyces graevenitzii C83  B 1853 1192 64 57 1742 523 317 3.3 70 348 306 309709
Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 B 2159 1376 64 60 2017 561 348 3.6 72 327 308 334762
Actinomyces viscosus C505 B 2616 1729 66 56 2406 594 375 4.1 75 349 295 335876
Chlamydia pecorum P787 B 925 622 67 57 950 400 209 2.4 58 367 309 214450
Chlamydia pecorum W73 B 925 622 67 57 947 401 209 2.4 58 366 309 213451
Chlamydia pecorum PV3056/3 B 921 621 67 57 947 400 209 2.4 58 367 310 211449
Chlamydophila pneumoniae LPCoLN B 1105 632 57 53 952 404 209 2.4 58 336 309 207454
Chlamydophila pneumoniae J138 B 1069 636 59 54 959 404 212 2.4 58 343 309 209451
Chlamydophila pneumoniae CWL029 B 1033 627 61 54 948 404 212 2.3 57 346 309 209451
Chlamydophila pneumoniae AR39 B 1119 626 56 53 947 404 212 2.3 57 327 310 209451
Chlamydia psittaci 01DC12 B 959 628 65 55 948 406 210 2.3 57 363 307 206454
Chlamydia psittaci WC B 1054 635 60 54 950 407 210 2.3 57 334 301 206456
Chlamydia psittaci M56 B 1049 628 60 54 942 404 203 2.3 57 332 301 206453
Chlamydia psittaci WS/RT/E30 B 1052 629 60 55 942 404 206 2.3 57 324 300 202453
Chlamydia psittaci VS225 B 1116 655 59 54 954 404 207 2.4 58 311 288 198461
Chlamydia psittaci MN B 1041 634 61 55 950 407 208 2.3 57 337 303 206456
Chlamydia psittaci GR9 B 1042 623 60 55 934 402 209 2.3 57 327 301 201450
Chlamydia psittaci 84/55 B 1127 653 58 54 960 407 200 2.4 58 310 289 200463
Chlamydia psittaci 08DC60 B 973 626 64 55 945 409 209 2.3 57 356 305 207455
Chlamydia psittaci 02DC15 B 978 631 65 55 950 409 209 2.3 57 359 305 207456
Chlamydia psittaci C19/98 B 978 631 65 55 950 409 209 2.3 57 358 305 207456
Chlamydia psittaci NJ1 B 1052 631 60 54 946 407 212 2.3 57 333 302 205454
Chlamydia psittaci CP3 B 1124 660 59 55 966 407 208 2.4 58 311 290 198461
Chlamydophila psittaci RD1 B 951 620 65 55 937 407 210 2.3 57 362 307 205453
Chlamydia psittaci Mat116 B 1017 623 61 55 926 404 207 2.3 56 331 297 199453
Chlamydophila psittaci 6BC B 975 631 65 55 950 408 210 2.3 57 360 305 206456
Chlamydophila psittaci 6BC B 975 631 65 55 950 408 210 2.3 57 360 305 206456
Chlamydia trachomatis C/TW-3 B 928 585 63 58 901 392 202 2.3 56 335 306 203437
Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(f) B 941 593 63 58 908 393 204 2.3 57 334 306 201437
Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(i) B 940 593 63 58 908 393 204 2.3 57 334 306 201437
Chlamydia trachomatis IU888 B 884 585 66 58 894 389 203 2.3 56 351 306 200432
Chlamydia trachomatis IU824 B 882 584 66 58 893 389 203 2.3 56 350 306 200431
Chlamydia trachomatis L2b/Canada2 B 900 592 66 58 907 393 204 2.3 57 347 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/Canada1 B 903 591 65 58 907 393 204 2.3 57 346 306 201438
Chlamydia trachomatis L3/404/LN B 895 591 66 58 906 393 204 2.3 57 349 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/Ams5 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/Ams4 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/Ams3 B 898 592 66 58 906 393 204 2.3 57 348 305 200437
Chlamydia trachomatis L2b/Ams2 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/Ams1 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/795 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/CV204 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/LST B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/UCH-2 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2b/8200/07 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L2/25667R B 890 588 66 58 902 393 204 2.3 56 348 306 201436
Chlamydia trachomatis L1/224 B 898 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L1/115 B 897 592 66 58 907 393 204 2.3 57 348 306 201437
Chlamydia trachomatis L1/440/LN B 892 586 66 58 900 393 204 2.3 56 348 307 201435
Chlamydia trachomatis K/SotonK1 B 900 593 66 58 910 393 202 2.3 57 348 306 202438
Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa3 B 902 590 65 58 908 393 202 2.3 57 348 307 203438
Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 B 902 590 65 58 908 393 202 2.3 57 348 307 203438
Chlamydia trachomatis G/SotonG1 B 900 590 66 58 907 393 202 2.3 57 348 307 202438
Chlamydia trachomatis F/SotonF3 B 900 591 66 58 907 393 204 2.3 57 349 306 202436
Chlamydia trachomatis F/SW5 B 883 585 66 58 894 389 203 2.3 56 351 306 200432
Chlamydia trachomatis F/SW4 B 881 583 66 58 891 389 203 2.3 56 351 306 200431
Chlamydia trachomatis E/SotonE8 B 905 588 65 57 900 392 202 2.3 56 347 305 200432
Chlamydia trachomatis E/SotonE4 B 901 590 65 58 906 393 203 2.3 57 348 307 202435
Chlamydia trachomatis E/SW3 B 884 585 66 58 894 389 203 2.3 56 351 306 200432
Chlamydia trachomatis D/SotonD6 B 899 591 66 58 908 393 202 2.3 57 349 306 202438
Chlamydia trachomatis D/SotonD5 B 899 591 66 58 908 393 201 2.3 57 349 306 202438
Chlamydia trachomatis D/SotonD1 B 902 590 65 58 906 393 203 2.3 57 348 307 202435
Chlamydia trachomatis A/5291 B 907 592 65 58 907 393 202 2.3 57 346 305 202438
Chlamydia trachomatis A/363 B 908 592 65 57 907 393 202 2.3 57 346 305 202438
Chlamydia trachomatis RC-J/971 B 925 583 63 58 896 392 202 2.3 56 335 307 201435
Chlamydia trachomatis RC-L2/55 B 927 584 63 58 897 392 203 2.3 56 335 307 201435
Chlamydia trachomatis J/6276tet1 B 956 600 63 57 926 399 203 2.3 57 336 308 203442
Chlamydia trachomatis RC-J/966 B 926 584 63 58 898 392 203 2.3 56 335 307 202436
Chlamydia trachomatis RC-J(s)/122 B 935 591 63 58 909 398 203 2.3 56 336 306 203439
Chlamydia trachomatis RC-F(s)/342 B 951 597 63 58 921 397 204 2.3 57 335 308 202435
Chlamydia trachomatis RC-L2(s)/3 B 919 584 64 58 898 392 202 2.3 56 336 307 201434
Chlamydia trachomatis RC-J/953 B 920 583 63 58 897 392 202 2.3 56 337 307 202436
Chlamydia trachomatis RC-J943 B 926 584 63 58 898 392 203 2.3 56 335 307 202436
Chlamydia trachomatis RC-Fs852 B 954 598 63 58 923 397 204 2.3 57 334 308 202436
Chlamydia trachomatis RC-L2s46 B 925 584 63 58 897 392 202 2.3 56 335 307 201435
Chlamydia trachomatis RC-F69 B 924 583 63 58 896 390 203 2.3 56 336 307 201433
Chlamydia trachomatis L2c B 954 583 61 57 896 392 200 2.3 56 324 304 200436
Chlamydia trachomatis D-LC B 878 583 66 58 897 390 200 2.3 57 356 309 201435
Chlamydia trachomatis D-EC B 878 583 66 58 897 390 200 2.3 57 356 309 201435
Chlamydia trachomatis G/9301 B 921 587 64 58 901 393 202 2.3 56 338 306 202439
Chlamydia trachomatis G/11074 B 919 587 64 58 901 393 202 2.3 56 338 306 202439
Chlamydia trachomatis G/11222 B 927 584 63 58 897 391 202 2.3 56 335 306 201436
Chlamydia trachomatis G/9768 B 920 587 64 58 901 393 202 2.3 56 338 306 202439
Chlamydia trachomatis E/150 B 927 585 63 58 897 391 203 2.3 56 335 307 201434
Chlamydia trachomatis E/11023 B 926 585 63 58 897 391 203 2.3 56 336 307 201433
Chlamydia trachomatis B/TZ1A828/OT B 880 581 66 58 893 388 200 2.3 57 350 307 201431
Chlamydia trachomatis Sweden2 B 875 581 66 58 889 389 203 2.3 56 351 306 200431
Chlamydia trachomatis E/Bour B 904 590 65 58 906 393 203 2.3 57 347 307 202435
Chlamydia trachomatis A2497 B 989 586 59 56 898 392 200 2.3 56 322 307 201437
Chlamydia trachomatis A2497 B 989 586 59 56 898 392 200 2.3 56 322 307 201437
Chlamydia trachomatis L2b/UCH-1/proctitis B 873 579 66 58 891 389 203 2.3 56 351 308 201430
Chlamydia trachomatis 434/Bu B 885 581 66 58 894 390 203 2.3 56 349 308 201432
Chlamydia trachomatis A/HAR-13 B 919 594 65 57 911 393 200 2.3 57 343 305 203438
Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX B 894 587 66 58 903 392 202 2.3 57 349 307 202437
Borrelia miyamotoi LB-2001 B 808 562 70 61 860 370 174 2.3 57 340 298 182409
Treponema pedis str. T A4 B 2778 1520 55 54 2186 571 308 3.8 74 306 304 330797
Treponema pallidum str. Fribourg-Blanc B 1064 646 61 56 1006 427 194 2.4 58 338 311 224479
Treponema pallidum subsp. pertenue str. Gauthier B 1064 647 61 56 1006 427 194 2.4 58 338 310 224480
Treponema pallidum subsp. pertenue str. CDC2 B 1064 648 61 56 1007 427 194 2.4 58 338 310 224480
Treponema pallidum subsp. pertenue str. SamoaD B 1064 646 61 56 1004 428 194 2.3 57 338 311 224481
Treponema pallidum subsp. pallidum str. Mexico A B 974 642 66 57 995 424 194 2.3 57 356 310 220475
Treponema pallidum subsp. pallidum str. Chicago B 980 609 62 58 956 415 189 2.3 57 333 313 215462
Treponema pallidum subsp. pallidum DAL-1 B 1056 646 61 56 1005 428 194 2.3 57 338 311 225480
Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols B 1036 647 62 56 998 427 194 2.3 57 339 306 222478
Spirochaeta thermophila DSM 6578 B 2264 1634 72 63 2442 608 395 4 75 350 305 408887
Leptospira borgpetersenii serovar Hardjo-bovis str. JB197 B 2880 1795 62 55 2531 620 376 4.1 76 327 288 372929
Leptospira interrogans serovar Lai str. 56601 B 3683 2140 58 53 3050 654 388 4.7 79 316 288 4151052
Leptospira interrogans serovar Copenhageni str. Fiocruz L1-130 B 3667 2100 57 53 3016 657 385 4.6 78 314 291 4101053
Leptospira biflexa serovar Patoc strain 'Patoc 1 (Ames)' B 3600 2367 66 57 3422 674 392 5.1 80 338 291 4221120
Brachyspira pilosicoli WesB B 2641 1650 62 57 2323 601 354 3.9 74 318 290 359828
Brachyspira pilosicoli B2904 B 2658 1656 62 57 2297 598 348 3.8 74 305 279 350832
Brachyspira pilosicoli P43/6/78 B 2208 1419 64 59 2018 577 332 3.5 71 315 290 328763
Borrelia valaisiana VS116 B 520 69 13 17 74 30 12 2.5 59 158 201 432
Borrelia garinii NMJW1 B 813 568 70 61 880 379 175 2.3 57 343 299 194415
Borrelia garinii BgVir B 950 583 61 58 899 386 181 2.3 57 316 298 198426
Borrelia afzelii HLJ01 B 892 594 67 60 893 380 172 2.4 57 310 281 191437
Borrelia afzelii PKo B 1253 630 50 51 949 395 182 2.4 58 285 291 200447
Borrelia burgdorferi CA382 B 819 562 69 61 872 375 168 2.3 57 339 300 189412
Borrelia burgdorferi JD1 B 1458 656 45 45 964 388 176 2.5 60 293 291 192440
Borrelia burgdorferi N40 B 1242 635 51 49 950 394 176 2.4 59 305 293 196442
Borrelia burgdorferi ZS7 B 1239 611 49 49 922 386 175 2.4 58 297 297 192427
Bacteroides xylanisolvens XB1A B 4405 2749 62 55 4107 624 439 6.6 85 364 323 4541088
Bacteroides fragilis 638R B 4290 2713 63 56 4063 654 456 6.2 84 367 324 4841103
Bacteroides fragilis NCTC 9343 B 4231 2639 62 56 3977 650 454 6.1 84 363 323 4791096
Porphyromonas gingivalis TDC60 B 2217 1234 56 57 1844 536 347 3.4 71 303 308 320729
Porphyromonas gingivalis W83 B 1909 1215 64 58 1809 532 339 3.4 71 337 307 324715
Prevotella sp. oral taxon 299 str. F0039 B 1960 1249 64 56 1843 519 309 3.6 72 361 317 310713
Prevotella dentalis DSM 3688 B 2544 1625 64 54 2414 558 363 4.3 77 382 325 360849
Salinibacter ruber DSM 13855 B 2833 1970 70 61 3021 662 425 4.6 78 357 316 4111048
Rhodothermus marinus SG0.5JP17-172 B 2838 2026 71 64 3015 695 513 4.3 77 350 315 4471046
Riemerella anatipestifer RA-CH-2 B 2044 1274 62 58 1823 577 354 3.2 68 317 297 321721
Riemerella anatipestifer RA-CH-1 B 2186 1293 59 56 1850 572 355 3.2 69 314 297 322723
Riemerella anatipestifer RA-GD B 1985 1234 62 58 1760 571 352 3.1 68 315 295 314706
Riemerella anatipestifer ATCC 11845 = DSM 15868 B 1972 1262 64 59 1811 574 355 3.2 68 326 298 321720
Candidatus Sulcia muelleri str. Sulcia-ALF B 188 179 95 88 283 170 96 1.7 40 317 293 83156
Candidatus Sulcia muelleri CARI B 246 223 91 83 378 202 106 1.9 47 340 311 117191
Candidatus Sulcia muelleri GWSS B 227 203 89 84 332 187 106 1.8 44 331 311 100176
Blattabacterium sp. (Panesthia angustipennis spadica) Blattabacterium sp. (Panesthia angustipennis spadica) str. BPAA B 575 483 84 77 782 377 226 2.1 52 342 314 207381
Blattabacterium sp. (Blaberus giganteus) B 576 489 85 77 792 378 225 2.1 52 346 315 207379
Blattabacterium sp. (Blatta orientalis) Blattabacterium sp. (Blatta orientalis) str. Tarazona B 579 485 84 77 785 375 228 2.1 52 341 312 204378
Blattabacterium sp. (Periplaneta americana) str. BPLAN B 581 490 84 77 793 380 228 2.1 52 344 312 207381
Blattabacterium sp. (Cryptocercus punctulatus) str. Cpu B 548 456 83 76 746 361 201 2.1 52 340 309 199361
Blattabacterium sp. (Mastotermes darwiniensis) str. MADAR B 541 458 85 78 752 370 211 2 51 341 314 199358
Echinicola vietnamensis DSM 17526 B 4547 2922 64 58 4369 703 494 6.2 84 354 320 4801204
Emticicia oligotrophica DSM 17448 B 4267 2907 68 60 4299 709 487 6.1 84 362 316 4881201
Alistipes shahii WAL 8301 B 2563 1549 60 55 2248 504 324 4.5 78 338 310 316738
Candidatus Uzinura diaspidicola str. ASNER B 227 215 95 89 364 196 122 1.9 46 334 315 111185
Nonlabens dokdonensis DSW-6 B 3618 2072 57 54 3160 651 388 4.9 79 325 307 4361022
Psychroflexus torquis ATCC 700755 B 3526 2148 61 55 3124 648 414 4.8 79 330 300 4181014
Fibrobacter succinogenes subsp. succinogenes S85 B 3085 1829 59 49 2653 598 348 4.4 77 376 313 417956
Fusobacterium nucleatum subsp. vincentii 3_1_36A2 B 2151 1369 64 58 1971 572 365 3.4 71 317 288 346768
Fusobacterium nucleatum subsp. animalis 4_8 B 2124 1349 64 57 1940 569 367 3.4 71 317 283 349755
Fusobacterium nucleatum subsp. polymorphum ATCC 10953 B 11 3 27 12 3 2 0 1.5 33 253 113 03
Singulisphaera acidiphila DSM 18658 B 7251 4397 61 53 6679 768 516 8.7 89 366 320 6651613
Synechocystis sp. PCC 6803 substr. PCC-P B 3168 2146 68 62 3194 696 495 4.6 78 326 297 4441065
Synechocystis sp. PCC 6803 substr. PCC-N B 3168 2145 68 62 3192 696 495 4.6 78 325 297 4441065
Synechocystis sp. PCC 6803 substr. GT-I B 3169 2147 68 62 3197 696 495 4.6 78 326 297 4441065
Synechocystis sp. PCC 6803 B 3575 2323 65 60 3416 709 504 4.8 79 318 292 4521110
Synechococcus sp. JA-2-3B'a(2-13) B 2862 1769 62 60 2543 673 456 3.8 74 302 295 394959
Synechococcus sp. JA-3-3Ab B 2760 1744 63 61 2508 671 439 3.7 73 299 288 382931
Synechococcus sp. CC9902 B 2306 1462 63 63 2045 617 406 3.3 70 289 289 332822
Synechococcus sp. RCC307 B 2533 1525 60 63 2159 628 411 3.4 71 276 290 342844
Synechococcus sp. CC9605 B 2645 1545 58 61 2139 632 410 3.4 70 273 286 334840
Synechococcus sp. WH 8102 B 2519 1593 63 63 2207 628 410 3.5 72 289 286 345865
Synechococcus sp. WH 7803 B 2533 1577 62 62 2201 635 419 3.5 71 289 288 335862
Synechococcus sp. PCC 7002 B 3187 2060 65 60 3004 706 490 4.3 76 311 290 4491058
Synechococcus elongatus PCC 6301 B 2522 1743 69 65 2541 674 465 3.8 73 311 293 403940
Cyanothece sp. PCC 7822 B 6642 3732 56 55 5811 792 564 7.3 86 324 315 6331519
Cyanothece sp. PCC 7425 B 5327 3226 61 59 4800 756 535 6.3 84 308 299 5141323
Cyanothece sp. PCC 7424 B 5710 3273 57 57 4900 776 560 6.3 84 310 306 5571390
Cyanothece sp. ATCC 51142 B 5303 3022 57 58 4477 758 540 5.9 83 297 300 5251310
Cyanothece sp. PCC 8801 B 4367 2764 63 61 4043 755 527 5.4 81 308 296 5031237
Gloeobacter kilaueensis Gloeobacter sp. JS B 4507 2803 62 60 4109 723 503 5.7 82 315 302 4861201
Prochlorococcus marinus str. NATL1A B 2193 1198 55 65 1704 569 365 3 67 246 291 300716
Prochlorococcus marinus str. MIT 9301 B 1906 1164 61 68 1647 569 353 2.9 65 260 288 289695
Prochlorococcus marinus str. AS9601 B 1920 1169 61 67 1661 570 353 2.9 66 263 289 295698
Prochlorococcus marinus subsp. marinus str. CCMP1375 B 1882 1160 62 66 1651 563 368 2.9 66 275 295 296706
Prochlorococcus marinus subsp. pastoris str. CCMP1986 B 1717 1169 68 69 1648 565 358 2.9 66 283 287 292689
Prochlorococcus marinus str. MIT 9215 B 1982 1192 60 67 1685 568 355 3 66 261 289 293698
Prochlorococcus marinus str. MIT 9211 B 1854 1154 62 67 1632 559 362 2.9 66 272 291 282696
Prochlorococcus marinus str. MIT 9313 B 2269 1409 62 63 1989 596 392 3.3 70 289 292 317805
Prochlorococcus marinus str. MIT 9312 B 1810 1180 65 67 1670 567 353 2.9 66 280 289 297696
Prochlorococcus marinus str. MIT 9303 B 2997 1532 51 60 2168 610 394 3.6 72 252 296 345851
Prochlorococcus marinus str. NATL2A B 2162 1185 55 64 1686 570 366 3 66 248 291 298712
Chroococcidiopsis thermalis PCC 7203 B 5752 3744 65 62 5597 781 557 7.2 86 320 306 5671458
Chamaesiphon minutus PCC 6605 B 5945 3406 57 56 4980 751 527 6.6 85 302 295 5231328
Cyanobium gracile PCC 6307 B 3280 2064 63 60 2938 680 443 4.3 77 303 291 4071036
Dactylococcopsis salina PCC 8305 B 3337 2079 62 60 3046 689 470 4.4 77 303 293 459998
Crinalium epipsammum PCC 9333 B 4752 2851 60 58 4382 758 523 5.8 83 319 308 5071306
Oscillatoria nigro-viridis PCC 7112 B 6360 3720 58 56 6153 770 539 8 87 335 321 5701592
Oscillatoria acuminata PCC 6304 B 5796 3484 60 57 5874 765 529 7.7 87 357 339 5881523
Arthrospira platensis NIES-39 B 6630 3197 48 52 4866 737 499 6.6 85 276 300 5481348
Cyanobacterium aponinum PCC 10605 B 3431 2227 65 59 3322 716 485 4.6 78 324 297 4501081
Cyanobacterium stanieri PCC 7202 B 2837 1890 67 63 2840 683 476 4.2 76 319 301 427982
Pleurocapsa minor Pleurocapsa sp. PCC 7327 B 4268 2758 65 62 4094 739 532 5.5 82 315 304 4871222
Stanieria cyanosphaera PCC 7437 B 4781 3000 63 60 4555 751 531 6.1 84 316 304 5391301
Calothrix parietina Calothrix sp. PCC 6303 B 5535 3301 60 56 5003 775 519 6.5 85 331 313 5501388
Cylindrospermum stagnale PCC 7417 B 6229 3594 58 56 5493 783 551 7 86 324 314 5841478
Anabaena cylindrica PCC 7122 B 5838 3428 59 56 5301 776 536 6.8 85 322 309 5911408
Chlorobium phaeobacteroides BS1 B 2469 1637 66 62 2301 628 419 3.7 73 306 286 364848
Dehalococcoides mccartyi GY50 B 1519 1016 67 67 1509 512 293 2.9 66 279 279 278611
Dehalococcoides mccartyi DCMB5 B 1477 1026 69 67 1516 506 291 3 67 289 278 276613
Dehalococcoides mccartyi BTF08 B 1529 1036 68 66 1527 511 289 3 67 286 277 277620
Dehalococcoides sp. GT B 1417 976 69 67 1445 498 285 2.9 66 287 278 268596
Dehalococcoides sp. VS B 1439 1034 72 68 1549 501 291 3.1 68 295 280 275608
Dehalococcoides sp. CBDB1 B 1458 1028 71 69 1544 509 292 3 67 286 280 276615
Deinococcus peraridilitoris DSM 19664 B 4183 2731 65 65 3957 699 521 5.7 82 303 301 4741116
Thermus oshimai JL-2 B 2435 1785 73 69 2555 663 587 3.9 74 307 289 412882
Thermus thermophilus JL-18 B 2402 1746 73 69 2468 646 583 3.8 74 300 283 405856
Thermus thermophilus SG0.5JP17-16 B 2339 1725 74 69 2441 630 575 3.9 74 301 283 394843
Thermus thermophilus HB8 B 2173 1639 75 71 2332 646 582 3.6 72 303 283 393847
Hydrogenobacter thermophilus TK-6 B 1893 1340 71 68 1937 586 393 3.3 70 294 284 332759
Thermotoga maritima MSB8 B 1858 1414 76 71 2057 596 487 3.5 71 315 294 379765
Gordonibacter pamelaeae 7-10-1-b B 2021 1268 63 59 1726 447 236 3.9 74 292 274 218591
Adlercreutzia equolifaciens DSM 19450 B 2281 1577 69 56 2317 542 332 4.3 77 365 297 336778
Chthonomonas calidirosea T49 B 2809 1951 69 61 2933 652 422 4.5 78 363 321 444989
Leptospirillum ferriphilum ML-04 B 2471 1502 61 62 2239 578 338 3.9 74 292 300 347807
Methanococcus maripaludis X1 A 1848 1211 66 63 1634 517 315 3.2 68 275 266 250653
Methanococcus maripaludis C6 A 1826 1186 65 62 1614 510 316 3.2 68 278 265 255645
Methanococcus maripaludis C7 A 1788 1209 68 63 1636 510 317 3.2 69 286 266 247653
Methanococcus maripaludis S2 A 1722 1196 69 65 1623 509 314 3.2 69 285 267 250640
Methanosarcina mazei Tuc01 A 3252 1782 55 59 2527 586 333 4.3 77 252 269 337854
Methanoregula formicica Methanoregula formicicum SMSP A 2816 1695 60 57 2492 579 288 4.3 77 288 275 323841
Methanobacterium sp. SWAN-1 A 2397 1503 63 62 2069 543 339 3.8 74 276 272 304755
Archaeoglobus sulfaticallidus PM70-1 A 2216 1445 65 63 1995 536 334 3.7 73 273 264 296737
Haloarcula hispanica N601 A 3906 2316 59 59 3304 639 359 5.2 81 287 284 381976
Haloquadratum walsbyi C23 A 2652 1598 60 56 2253 566 296 4 75 301 281 319789
Natronomonas moolapensis 8.8.11 A 2749 1704 62 58 2468 592 313 4.2 76 297 277 336834
Halorhabdus tiamatea SARL4B A 3023 1755 58 56 2501 579 312 4.3 77 288 278 349850
Pyrococcus sp. NA2 A 1979 1341 68 64 1817 521 389 3.5 71 287 270 265679
Pyrococcus furiosus DSM 3638 A 2122 1432 67 65 1938 536 404 3.6 72 276 266 276702
Thermococcus sp. AM4 A 2222 1412 64 60 1915 520 371 3.7 73 282 267 279690
Thermococcus sp. CL1 A 2017 1286 64 59 1750 505 352 3.5 71 290 267 261662
Thermococcus litoralis DSM 5473 A 2516 1532 61 60 2051 543 395 3.8 74 265 261 272729
Methanomethylovorans hollandica DSM 15978 A 2556 1583 62 57 2274 603 337 3.8 73 302 279 355843
Methanolobus psychrophilus R15 A 3167 1831 58 57 2652 604 342 4.4 77 275 271 344891
Candidatus Methanomethylophilus alvus Mx1201 A 1651 1106 67 62 1538 469 237 3.3 70 298 274 257619
Candidatus Methanomassiliicoccus intestinalis Issoire-Mx1 A 1820 1223 67 59 1676 505 257 3.3 70 309 269 276657
Ferroplasma acidarmanus fer1 A 1951 1264 65 63 1705 501 282 3.4 71 291 284 248616
Halovivax ruber XH-70 A 3099 1825 59 57 2577 590 312 4.4 77 295 286 344857
Natrinema pellirubrum DSM 15624 A 4199 2371 56 55 3339 604 331 5.5 82 286 281 349919
Natronococcus occultus SP4 A 4154 2489 60 60 3539 614 365 5.8 83 288 290 369955
Natronobacterium gregoryi SP2 A 3656 2096 57 56 2877 606 327 4.7 79 284 278 342889
Aeropyrum camini SY1 = JCM 12091 A 1645 1094 67 62 1417 462 244 3.1 67 288 270 200602
Sulfolobus islandicus LAL14/1 A 2601 1657 64 64 2163 520 321 4.2 76 272 273 243689
Sulfolobus islandicus REY15A A 2644 1670 63 63 2181 524 324 4.2 76 274 272 247710
Sulfolobus islandicus HVE10/4 A 2720 1746 64 63 2280 543 333 4.2 76 280 275 254728
Sulfolobus islandicus Y.G.57.14 A 2902 1742 60 60 2285 523 322 4.4 77 269 271 254716
Sulfolobus islandicus L.S.2.15 A 2737 1751 64 63 2283 533 325 4.3 77 279 273 253720
Sulfolobus islandicus M.16.27 A 2657 1738 65 64 2271 526 328 4.3 77 286 278 250709
Sulfolobus islandicus M.14.25 A 2608 1713 66 64 2245 528 327 4.3 76 284 276 253709
Sulfolobus islandicus M.16.4 A 2735 1745 64 63 2280 527 325 4.3 77 275 274 251709
Sulfolobus islandicus L.D.8.5 A 2948 1766 60 62 2301 531 319 4.3 77 262 270 254717
Sulfolobus solfataricus 98/2 A 2679 1664 62 62 2176 517 322 4.2 76 270 270 245689
Sulfolobus acidocaldarius SUSAZ A 2146 1451 68 68 1930 514 307 3.8 73 275 278 237671
Sulfolobus acidocaldarius Ron12/I A 2317 1500 65 65 1989 520 308 3.8 74 274 277 243682
Sulfolobus acidocaldarius N8 A 2275 1477 65 65 1961 516 305 3.8 74 274 276 243675
Caldisphaera lagunensis DSM 15908 A 1478 1064 72 68 1422 453 245 3.1 68 299 284 204553
Candidatus Nitrosoarchaeum koreensis Candidatus Nitrosopumilus koreensis AR1 A 1890 1101 58 58 1489 486 241 3.1 67 249 249 221612
Candidatus Nitrososphaera gargensis Ga9.2 A 3565 1670 47 52 2183 568 270 3.8 74 215 239 267751

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains · Meta-genomics · Pseudogenes · Other ]

Longest transcript per gene
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Tarsius syrichta 69_1 E 13615 9512 70 41 19910 983 1070 20.3 95 543 317 12973971
Homo sapiens 69_37 E 22803 16105 71 44 35685 1103 1371 32.4 97 548 338 15204634
Pan troglodytes 69_2.1.4 E 18793 13185 70 44 28741 1082 1337 26.6 96 536 332 14724430
Gorilla gorilla 69_3.1 E 21398 14527 68 43 30498 1088 1338 28 96 509 323 14674600
Pongo abelii 69_2 E 20456 13792 67 44 29058 1095 1337 26.5 96 497 321 14944634
Nomascus leucogenys 69_1.0 E 18241 12790 70 43 27784 1084 1326 25.6 96 539 331 14644531
Macaca mulatta 69_1 E 22117 15106 68 44 30798 1094 1342 28.2 96 477 309 14564706
Callithrix jacchus 69_3.2.1 E 21510 15216 71 44 31758 1094 1334 29 97 512 319 14604639
Otolemur garnettii 69_3 E 19515 14688 75 45 30428 1081 1331 28.1 96 540 325 14494510
Microcebus murinus 69_1 E 16319 11366 70 41 23447 1031 1199 22.7 96 541 319 14164497
Rattus norvegicus 69_3.4 E 23275 16728 72 46 31868 1086 1326 29.3 97 484 311 14314545
Mus musculus 69_38 E 23226 16482 71 45 33366 1102 1359 30.3 97 516 328 14914509
Dipodomys ordii 69_1 E 15798 11245 71 41 23008 1050 1204 21.9 95 561 326 14494414
Ictidomys tridecemlineatus 69_2 E 18852 13913 74 46 26576 1076 1304 24.7 96 508 313 14034400
Cavia porcellus 69_3 E 18719 13785 74 45 26869 1095 1333 24.5 96 528 325 14274372
Oryctolagus cuniculus 69_2 E 19248 14297 74 46 27310 1066 1300 25.6 96 517 319 13894291
Ochotona princeps 69 E 15993 11223 70 41 22930 1050 1213 21.8 95 552 323 14114432
Tupaia belangeri 69 E 15458 10730 69 40 21199 1008 1147 21 95 527 307 13564214
Sus scrofa 69_10.2 E 21720 15398 71 46 28310 1080 1304 26.2 96 457 294 13584636
Bos taurus 69_3.1 E 20030 14975 75 46 30430 1090 1350 27.9 96 535 326 14594528
Vicugna pacos 69_1 E 11753 8162 69 41 16544 965 1043 17.1 94 538 317 12173567
Tursiops truncatus 69_1 E 16537 11812 71 42 25624 1076 1291 23.8 96 573 336 14784560
Mustela putorius furo 69_1.0 E 19916 13962 70 44 29062 1072 1314 27.1 96 534 332 14584591
Ailuropoda melanoleuca 69_1 E 19375 14234 73 45 28705 1092 1343 26.3 96 532 324 14514567
Canis familiaris 69_3.1 E 20044 14405 72 43 30027 1091 1339 27.5 96 548 330 14764587
Felis catus 69 E 15048 10419 69 40 21121 1013 1128 20.8 95 545 313 13314329
Equus caballus 69_2 E 20522 14501 71 46 29884 1076 1322 27.8 96 513 332 14374455
Myotis lucifugus 69_2.0 E 19761 14642 74 45 28245 1079 1318 26.2 96 513 310 13944474
Pteropus vampyrus 69_1 E 16990 12159 72 42 25750 1066 1289 24.2 96 567 333 15304572
Sorex araneus 69_1 E 13187 9360 71 41 17966 975 1056 18.4 95 526 304 12313786
Erinaceus europaeus 69 E 14588 10222 70 41 20142 1002 1113 20.1 95 541 313 13274073
Procavia capensis 69_1 E 16044 11318 71 41 23505 1034 1208 22.7 96 564 324 14334513
Loxodonta africana 69_3 E 20322 15340 75 47 28662 1092 1329 26.2 96 512 321 14264466
Echinops telfairi 69 E 16562 11421 69 41 22690 1025 1161 22.1 95 522 307 13844404
Dasypus novemcinctus 69_2 E 14804 10289 70 40 20221 1000 1108 20.2 95 530 303 12944042
Choloepus hoffmanni 69_1 E 12393 8582 69 40 17188 961 1019 17.9 94 530 307 12123606
Macropus eugenii 69_1.0 E 15290 11135 73 42 22471 1031 1138 21.8 95 557 322 13924389
Sarcophilus harrisii 69_7.0 E 18932 13629 72 45 28039 1067 1254 26.3 96 514 323 13904485
Monodelphis domestica 69_5 E 21355 15524 73 46 34270 1087 1300 31.5 97 529 335 14724729
Ornithorhynchus anatinus 69_5 E 21766 14303 66 45 24050 1033 1178 23.3 96 381 262 12374416
Meleagris gallopavo 69_2 E 14190 10357 73 45 20614 1020 1174 20.2 95 531 324 12834045
Gallus gallus 69_2 E 16856 10959 65 44 22249 1050 1205 21.2 95 485 331 13384015
Taeniopygia guttata 69_3.2.4 E 17513 12221 70 47 24075 1051 1199 22.9 96 449 303 13054172
Pelodiscus sinensis 69_1.0 E 18268 13466 74 46 26668 1054 1241 25.3 96 516 323 13534372
Xenopus tropicalis 69_4.2 E 18645 14474 78 47 29048 1064 1233 27.3 96 543 328 13834372
Gadus morhua 69_1 E 20133 14617 73 47 28707 1065 1173 27 96 486 317 14504666
Tetraodon nigroviridis 69_8 E 19715 15058 76 48 29708 1074 1199 27.7 96 506 319 14254700
Takifugu rubripes 69_4 E 18819 14552 77 47 30416 1079 1204 28.2 96 563 342 14394567
Gasterosteus aculeatus 69_1 E 20913 14999 72 47 30737 1078 1209 28.5 96 515 335 14154507
Oryzias latipes 69_1 E 19775 14095 71 47 28675 1063 1180 27 96 504 329 13744401
Xiphophorus maculatus 69_4.4.2 E 20370 15352 75 46 31512 1088 1226 29 97 547 331 14184739
Oreochromis niloticus 69_1.0 E 21549 16899 78 47 36100 1074 1214 33.6 97 570 341 14684623
Danio rerio 69_9 E 26402 19876 75 46 43816 1085 1230 40.4 98 533 327 14845030
Petromyzon marinus 69_7.0 E 10430 7598 73 50 13225 892 863 14.8 93 397 273 9302955
Anolis carolinensis 69_2.0 E 17847 13170 74 47 29849 1058 1232 28.2 96 509 326 13394445
Latimeria chalumnae 69_1 E 19666 14378 73 45 27808 1073 1235 25.9 96 520 319 14134638
Ciona savignyi 69_2.0 E 11675 6833 59 48 12471 896 839 13.9 93 365 301 9842757
Ciona intestinalis 69 E 16669 8646 52 45 14423 950 899 15.2 93 322 280 10683232
Drosophila melanogaster 69_5 E 13987 8404 60 36 15122 983 892 15.4 93 536 321 10193041
Caenorhabditis elegans 69_215 E 20543 10383 51 38 16551 942 786 17.6 94 410 309 9512904
Arabidopsis thaliana 10 E 27411 16735 61 44 24380 986 825 24.7 96 405 295 9503204
Saccharomyces cerevisiae 69_4 E 6692 3654 55 39 5383 777 664 6.9 86 450 318 5361628

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains · Pseudogenes · Other ]

Meta-genomics sequence sets
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 01(G) - 13249 7150 54 54 8290 786 454 10.5 91 166 165 4261615
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP5 from Bath Lake Vista Annex - 51228 27264 53 57 32127 984 706 32.6 97 166 176 8973159
Olavius algarvensis endosymbiont metagenome Gamma3 - 4154 2963 71 67 4145 711 566 5.8 83 290 272 4911173
5_050719P - 74082 42071 57 58 50976 1074 1108 47.5 98 189 194 10943951
2_Base_of_chrolophyll_max - 7628 3112 41 47 3395 633 279 5.4 81 133 152 176967
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP6  from White Creek Site 3 - 55515 27582 50 53 31752 1023 779 31 97 156 168 7753042
Single-cell genome from subgingival tooth surface TM7c - 563 328 58 55 431 200 69 2.2 54 250 234 71220
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 07(S) - 15930 8225 52 52 9503 810 414 11.7 91 164 165 4641709
Soil microbial communities from sample at FACE Site 4 Nevada Test Site Crust CO2- - 315614 151904 48 53 161987 1125 889 144 99 107 118 8993284
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP9 from Dragon Spring, Norris Geyser Basin - 26963 13525 50 56 16237 791 524 20.5 95 178 197 5221883
Soil microbial community from bioreactor at Alameda Naval Air Station, CA, contaminated with Chloroethene, Sample 196 - 60992 34786 57 59 43259 1038 880 41.7 98 189 197 10853932
Mountain Pine Beetle microbial communities from Grand Prairie, Alberta, sample from Hybrid pine (MPB hybrid beetle) - 42426 25466 60 63 31447 982 1093 32 97 185 193 6972692
Methylotrophic community from Lake Washington sediment combined (v2) - 321503 183760 57 57 216369 1231 1210 175.8 99 179 179 18606164
Mouse Gut Community ob1 - 3051 1652 54 51 1832 417 161 4.4 77 166 155 129575
Fungus garden microbial communities from Atta colombica in Panama, sample from fungus garden top - 240966 125485 52 58 138937 1134 1350 122.5 99 119 132 8653809
Human Gut Community Subject 7 - 20523 12370 60 57 15638 852 609 18.4 95 222 211 6702319
Switchgrass field bulk soil microbial communities from University of Illinois Energy Farm, Urbana, IL (Bulk soil sample from field growing switchgr - 52656 20985 40 44 21580 894 396 24.1 96 77 85 3351573
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP10 from Narrow Gauge - 3830 1837 48 57 2419 583 366 4.1 76 193 228 307827
Fossil microbial community from Whale Fall at Santa Cruz Basin of the Pacific Ocean Sample #3 - 38080 20891 55 57 24602 935 809 26.3 96 170 177 6832686
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP1 from Alice Springs, Crater Hills - 13617 7086 52 57 8513 569 315 15 93 191 208 2791068
Olavius algarvensis endosymbiont metagenome Gamma1 - 1872 771 41 49 986 330 196 3 67 191 227 140389
1_050719N - 40360 22970 57 60 28763 946 798 30.4 97 199 209 6822517
1_Upper_euphotic - 11160 4819 43 49 5395 727 349 7.4 87 138 158 2921272
Activated sludge plasmid pool Morges-2009 (Newbler) - 30006 9006 30 33 9340 776 218 12 92 83 92 1571151
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP18 from Washburn Springs #1 - 61410 32340 53 56 37276 969 716 38.5 97 158 169 8282907
Single-cell genome from subgingival tooth surface TM7b - 185 94 51 52 108 72 16 1.5 33 145 149 1473
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 06(P) - 13357 6910 52 51 7963 770 394 10.3 90 167 166 4091558
Soil microbial communities from sample at FACE Site 3 Nevada Test Site Creosote CO2+ - 533334 257391 48 53 272141 1255 992 216.8 100 103 114 10183721
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP19 from Cistern Spring - 26411 12883 49 53 15097 624 384 24.2 96 182 197 3511491
Freshwater propionate enrichment of Brocadia fulgida - 77125 40979 53 57 46679 1045 865 44.7 98 135 144 9203472
Cyphomyrmex longiscapus fungus garden - 190064 102361 54 59 116109 1133 1378 102.5 99 132 145 9433994
7_Oxygen_minimum_layer - 16569 7944 48 55 8971 802 473 11.2 91 143 165 4151586
Mouse Gut Community lean3 - 2793 1530 55 51 1673 422 168 4 75 164 151 102555
Atta cephalotes fungus garden (ACEF) - 73881 39388 53 61 46232 1057 1159 43.7 98 142 163 7062963
Hindgut microbiome of Nasutitermes sp. (Costa Rica), fosmids - 436 279 64 59 423 194 72 2.2 54 310 288 103213
Switchgrass rhizosphere microbial community from Michigan, US, sample from East Lansing bulk soil - 273136 134493 49 54 144295 1153 1047 125.1 99 112 123 9503504
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP15 from Mushroom Spring - 75443 40543 54 56 46816 1064 809 44 98 161 168 10063483
Fossil microbial community from Whale Fall at Santa Cruz Basin of the Pacific Ocean Sample #2 - 42332 22517 53 55 26039 951 751 27.4 96 168 173 7092676
Methylotrophic community from Lake Washington sediment Methylamine enrichment - 54340 33180 61 61 40678 984 808 41.3 98 192 191 7703069
Olavius algarvensis endosymbiont metagenome Delta4 - 3012 1976 66 64 2863 516 286 5.5 82 275 269 358921
Bath Hot Springs, planktonic community - 29490 16816 57 58 20460 884 713 23.1 96 192 196 6122234
Marine anammox bioreactor enriched for Scalindua species - 22386 11898 53 54 14306 889 609 16.1 94 177 181 6792345
Activated sludge plasmid pool Visp-2009 (Newbler) - 23754 8963 38 42 9551 731 342 13.1 92 108 120 2341276
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample  YNP8 from OSP Spring - 31788 15734 49 55 18222 724 445 25.2 96 165 184 4281707
Single-cell genome from subgingival tooth surface TM7a - 3160 1372 43 50 1553 409 148 3.8 74 121 138 128552
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 05(O) - 15984 8284 52 52 9463 799 419 11.8 92 162 162 4631668
Soil microbial communities from sample at FACE Site 3 Nevada Test Site Creosote CO2- - 317798 150941 47 52 157939 1160 857 136.2 99 96 106 7493015
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP7 from Chocolate Pots - 43473 23772 55 57 28632 998 767 28.7 97 183 192 8513220
Anaerobic methane oxidation (AOM) community from Eel River Basin sediment, California - 2332 1234 53 55 1703 361 164 4.7 79 260 271 185496
2_050719S - 50497 27766 55 58 33678 1008 899 33.4 97 184 194 8333094
6_Upper_euphotic - 15967 5810 36 43 6525 766 382 8.5 88 140 166 3261398
Mouse Gut Community lean2 - 2782 1519 55 52 1677 415 143 4 75 163 155 115587
Nymph Lake Bulk Water - 1547 535 35 37 599 212 42 2.8 65 147 155 51277
Hindgut microbiome of Nasutitermes sp. (Costa Rica) - 82789 45576 55 54 56086 861 611 65.1 98 200 197 7913273
Soil microbial communities from Minnesota Farm - 184374 92261 50 52 107150 1142 1038 93.8 99 175 181 15405140
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP3 from Monarch Geyser, Norris Geyser Basin - 20000 9025 45 51 10234 649 337 15.8 94 162 182 3081325
Fossil microbial community from Whale Fall at Santa Cruz Basin of the Pacific Ocean Sample #1 - 41733 23961 57 58 28736 984 839 29.2 97 182 184 8043016
Global Ocean Sampling Expedition (GOS) - 6028191 3962092 66 64 4792105 1585 1863 3023.4 100 200 194 560619433
Methylotrophic community from Lake Washington sediment Methanol enrichment - 77229 43680 57 57 50852 1048 919 48.5 98 175 175 10253503
Olavius algarvensis endosymbiont metagenome Delta1 - 12080 5706 47 53 8162 778 553 10.5 90 257 286 6811727
Bath Hot Springs, filamentous community - 14684 8100 55 57 9907 763 496 13 92 196 202 4721627
Maize rhizosphere soil microbial communities from University of Illinois Energy Farm, Urbana, IL (Soil sample from rhizosphere of corn (Zea mays))< - 112416 47970 43 48 49707 1015 586 49 98 87 97 5692235
Wastewater Terephthalate-degrading communities from Bioreactor - 93104 51386 55 57 62488 1070 914 58.4 98 181 189 12364396
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP14 from OSP Spring - 23885 11488 48 53 13688 780 502 17.5 94 170 188 4801764
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 04(N) - 13240 6928 52 52 7904 755 394 10.5 90 162 161 3941516
Sludge/US, Phrap Assembly - 34254 20341 59 58 26247 931 802 28.2 96 224 220 7863039
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP12 from Calcite Springs, Tower Falls Region - 23122 12042 52 57 14753 791 649 18.7 95 179 194 5131864
Air microbial communities Singapore indoor air filters 2 - 45150 22607 50 54 26724 964 753 27.7 96 168 180 7672869
simMC - Simulated Medium Complexity Metagenome - 107218 62424 58 60 73637 1142 1177 64.5 98 175 179 10444225
3_050719R - 43250 24614 57 58 30138 947 850 31.8 97 196 199 8252975
5_Below_upper_mesopelagic - 13657 6338 46 53 7139 761 396 9.4 89 144 165 3481459
Mouse Gut Community lean1 - 2935 1663 57 54 1820 437 179 4.2 76 162 153 116598
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 10(Z) - 12012 5930 49 50 6794 768 340 8.8 89 159 162 3801453
Soil microbial communities from sample at FACE Site 5 Oak Ridge CO2+ (Oak Ridge elevated CO2) - 340900 160233 47 52 169024 1154 909 146.5 99 103 113 8943262
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP4 from Joseph's Coat Springs - 26022 12870 49 54 15116 650 400 23.3 96 181 198 3721506
Crater Hills - 2681 1039 39 42 1202 361 124 3.3 70 164 177 114497
Endophytic microbiome from Rice - 64087 23969 37 47 26803 1081 1034 24.8 96 121 150 6172552
Methylotrophic community from Lake Washington sediment Methane enrichment - 81076 46092 57 57 53581 1053 914 50.9 98 174 173 10703572
Hot Spring microbial communities from Yellowstone Obsidian Hot Spring, Sample 10594 - 6863 3676 54 56 4310 544 298 7.9 87 180 189 250932
Dump top (Dump top) - 421512 218375 52 56 233823 1198 1098 195.2 99 106 115 10214202
Maize field bulk soil  microbial communities from University of Illinois Energy Farm, Urbana, IL (Bulk soil sample from field growing corn (Zea may - 123847 52930 43 48 54912 1030 635 53.3 98 86 96 6302329
Uranium Contaminated Groundwater FW106 - 12335 7564 61 61 9626 822 701 11.7 91 217 215 5691829
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP11 from Octopus Springs - 44106 22897 52 56 26787 908 604 29.5 97 167 182 6822574
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 03(I) - 13260 6807 51 51 7842 782 403 10 90 162 162 4191553
Sludge/US, Jazz Assembly - 16840 9842 58 57 12980 884 730 14.7 93 233 228 6752302
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP13 from Bechler Spring - 26740 14790 55 59 18046 822 537 22 95 185 198 5161964
Air microbial communities Singapore indoor air filters 1 - 46485 20788 45 45 24802 908 735 27.3 96 180 181 10713127
simLC - Simulated Low Complexity Metagenome - 94595 54573 58 59 63607 1133 1137 56.1 98 170 174 9843929
4_Deep_abyss - 16636 7993 48 54 9042 783 444 11.5 91 148 167 3951601
Miscanthus rhizosphere soil microbial communities from University of Illinois Energy Farm, Urbana, IL (Rhizosphere soil sample of Miscanthus x giga - 80872 33051 41 45 34063 960 476 35.5 97 79 87 4691889
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 09(Y) - 13714 7053 51 51 8065 774 383 10.4 90 164 164 4071519
Soil microbial communities from sample at FACE Site 5 Oak Ridge CO2- (Oak Ridge ambient) - 401143 184606 46 51 194065 1173 934 165.4 99 99 111 8273147
Groundwater dechlorinating community (KB-1) from synthetic mineral medium in Toronto, ON, sample from Site contaminated with chlorinated ethenes - 40766 22019 54 57 26384 992 744 26.6 96 174 183 8392984
Dendroctonus ponderosae fungus gallery (Hybrid pine) (MPB hybrid gallery) - 53181 29830 56 62 35006 1012 1159 34.6 97 146 162 7182836
Methylotrophic community from Lake Washington sediment Formate enrichment - 28700 17474 61 61 20294 919 742 22.1 95 170 171 6482358
Oak Ridge Pristine Groundwater FRC FW301 - 169159 91555 54 55 105458 1196 1076 88.2 99 165 167 13484500
Dump bottom (Dump bottom) - 524534 260944 50 54 277591 1201 1090 231.1 100 106 114 10554237
Macropus eugenii forestomach microbiome from Canberra, Australia, sample  Macropus_eugenii_combined - 78896 36364 46 49 41860 984 786 42.5 98 160 170 8303223
Termite Protist Endosymbiont Community - 39020 14436 37 48 17690 794 514 22.3 96 144 187 4961972
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP17 from Obsidian Pool Prime - 38549 21772 56 59 25677 991 737 25.9 96 167 174 7952857
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 02(H) - 12064 6482 54 54 7468 772 411 9.7 90 159 159 4011503
Sludge/Australian, Phrap Assembly - 30590 18113 59 57 23989 952 870 25.2 96 241 233 9043183
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP20 from Bath Lake Vista Annex - Purple-Sulfur Mats - 56958 29806 52 55 35054 978 778 35.8 97 161 171 9423279
The Salmonella enterica Pan-genome - 141831 93886 66 65 136428 899 1123 151.8 99 297 290 6141650
Fungus garden combined (combined) - 113910 62633 55 62 72158 1089 1345 66.3 98 133 150 8653564
simHC - Simulated High Complexity Metagenome - 150417 85954 57 59 98852 1200 1289 82.4 99 161 166 11574298
4_050719Q - 83790 46643 56 57 56880 1088 1111 52.3 98 192 198 11184245
3_Below_base_of_euphotic - 11063 4758 43 49 5316 686 328 7.7 87 145 165 2621206
Miscanthus field bulk soil microbial communities from University of Illinois Energy Farm, Urbana, IL (Bulk soil sample from field growing Miscanthu - 164158 69193 42 47 71750 1042 642 68.9 99 86 97 7072518
Guerrero Negro salt ponds hypersaline mat 08(T) - 13112 6842 52 53 7827 766 386 10.2 90 161 162 3931521
Soil microbial communities from sample at FACE Site 1 Maryland Estuary CO2- (Maryland Estuary ambient) - 479723 219638 46 51 231794 1233 1034 188 99 100 111 9693565
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP16 from Fairy Spring Red Layer - 54625 28461 52 54 33021 985 747 33.5 97 166 172 8573106
Combined - 220188 119770 54 59 133959 1113 1364 120.4 99 125 136 9944265
Dendroctonus ponderosae beetle community (MPB hybrid beetle) (Lodgepole pine) - 66202 37079 56 60 41046 1054 1129 38.9 97 125 134 6742754
Methylotrophic community from Lake Washington sediment Formaldehyde enrichment - 89729 49733 55 55 57368 1088 936 52.7 98 172 171 10903653
Mouse Gut Community ob2 - 2331 1252 54 50 1392 366 119 3.8 74 165 153 105502
Fungus garden microbial communities from Atta colombica in Panama, sample from fungus garden bottom (Fungus garden bottom) - 199019 105534 53 58 116850 1126 1347 103.8 99 120 132 8343608
Human Gut Community Subject 8 - 25980 15498 60 56 19872 880 629 22.6 96 227 215 7422521
Switchgrass soil  microbial communities from University of Illinois Energy Farm, Urbana, IL (Rhizosphere soil sample from switchgrass (Panicum virg - 79177 32109 41 45 33219 955 467 34.8 97 82 91 4951917
Hot spring microbial community from Yellowstone Hot Springs, sample YNP2  from Nymph Lake 10 - 10262 5339 52 56 6020 543 279 11.1 91 148 158 230956

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains · Meta-genomics · Other ]

Pseudogenes
Genome name Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
Danio rerio 58 (pseudogenes) E 6262 5052 81 62 11862 391 275 30.3 97 320 246 3101107
Rattus norvegicus 58 (pseudogenes) E 6838 5260 77 67 6716 427 320 15.7 94 210 184 183758
Canis familiaris 58 (pseudogenes) E 7097 5754 81 69 7762 539 390 14.4 93 219 186 240942
Pan troglodytes 58 (pseudogenes) E 8810 6746 77 61 10089 618 494 16.3 94 249 197 3221301
Caenorhabditis elegans 57 (pseudogenes) E 561 287 51 48 368 72 25 5.1 80 294 274 27100
Mus musculus 56 (pseudogenes) E 8871 6682 75 62 9688 560 416 17.3 94 244 202 2691131
Anopheles gambiae 55 (pseudogenes) E 893 659 74 60 1063 179 68 5.9 83 313 254 75280
Homo sapiens 58 (pseudogenes) E 8132 6200 76 59 9159 587 472 15.6 94 259 201 2971189
Gallus gallus 58 (pseudogene) E 1716 892 52 50 1523 250 133 6.1 84 239 228 149467
Drosophila melanogaster 58 (pseudogenes) E 195 133 68 48 195 65 17 3 67 291 205 1876

Jump to [ Top of page · Model Eukaryotes · Model Prokaryotes · Eukaryote strains/versions · Prokaryote strains · Meta-genomics · Pseudogenes ]

Other organisms and sequence collections
Genome name Excuse Dom No. of sequences No. with assignment % with assign. % total sequence coverage No. of domains assigned No. of supfam.s No. of fam.s Average Supfam. size % produced by duplication Average sequence length Average length matched No. of domain pairs No. of unique architectures
SCOP2 SCOPe CATH ECOD all domain sequ - 1117618 1049973 94 93 1065417 2017 3837 528.2 100 174 172 3503219
NCBI plasmid sequences Plasmids - 355274 173333 49 48 236426 1219 1347 194 99 278 275 19996702
UniProt  viral sequences Viral - 1013057 621933 61 57 904927 692 450 1307.7 100 281 260 5292444
TargetDB  Targets - 264019 181655 69 57 254528 1727 2920 147.4 99 320 267 339711658
NCBI 2017_08 genome - 366563911 246180338 67 62 363209710 2005 3781 181152 100 318 293 38622270299
NCBI viral sequences Viral - 199716 44235 22 25 58154 1082 855 53.7 98 251 281 9843245
Protein Data Bank all PDB sequenc - 466025 383544 82 84 534492 2018 8926 264.9 100 251 257 27106954
Core Eukaryotic Genes 458 CEGMA - 2748 2459 89 72 3870 273 246 14.2 93 403 322 169467
Protozoadb 2010_08 Protozoadb - 346079 142053 41 28 198928 1018 679 195.4 99 436 293 14427313
PDB chains (SCOP 1.75) PDB - 24178 23785 98 96 30810 2010 3823 15.3 93 232 226 10333066
STRING v9.0.5 STRING - 5214234 3346543 64 53 5153852 1920 3559 2684.3 100 365 300 1378170189
Uniprot 2018_03 genome - 111982257 71693931 64 55 105843068 2019 3826 52423.5 100 337 292 56613369037
Homo sapiens 75_37 old version GRC E 104763 63801 61 44 121125 1112 1380 108.9 99 378 273 16997777
Homo sapiens  NCBI version E 32799 23876 73 44 53888 1107 1374 48.7 98 556 339 15415218
Mus musculus 63_37  (longest transcript per gene) Duplicate E 23041 16391 71 45 33135 1103 1359 30 97 513 327 14884512
Heliconius numata  Incomplete E 12808 4846 38 42 5606 787 501 7.1 86 137 150 3031462
Loa loa v3.3 Request E 15444 6934 45 37 11357 893 702 12.7 92 334 277 8312718
Wuchereria bancrofti v1.0 Request E 19187 8149 42 38 11065 873 647 12.7 92 227 200 7402697
Brugia malayi v1.0 Duplicate E 10856 5651 52 39 9421 874 668 10.8 91 380 283 8062501
Lotus japonicus  Early assembly E 42399 19755 47 41 23960 960 706 25 96 230 205 7253177
Malus x domestica Duplicate E 63541 35959 57 41 51058 967 774 52.8 98 372 273 17266436
Ricinus communis  Early assembly E 31221 16341 52 43 22537 1080 893 20.9 95 334 277 11073655
Nicotiana benthamiana 0.4.4 Early draft E 76379 32028 42 37 44080 982 809 44.9 98 291 255 13415034
Solanum pimpinellifolium A-1.0 Early draft E 34727 18405 53 42 25224 993 814 25.4 96 344 274 9963444
Solanum lycopersicum v2.3 Early assembly E 34727 18730 54 43 25836 996 826 25.9 96 344 276 10103473
Phoenix dactylifera  Early draft E 19414 10899 56 40 14476 856 600 16.9 94 336 238 8802966
Pinus sylvestris  Incomplete E 169 89 53 70 149 33 22 4.5 78 199 266 1036
Picea sitchensis  Incomplete E 4688 2493 53 52 2995 532 344 5.6 82 221 217 222916
Moniliophthora perniciosa FA553  Genome survey E 13560 5762 42 38 6328 694 347 9.1 89 183 165 2641387
Encephalitozoon intestinalis  endoparasite E 1832 1122 61 47 1533 416 155 3.7 73 356 273 199624
Encephalitozoon cuniculi endoparasite E 1996 1124 56 43 1524 418 156 3.6 73 359 273 197628
Guillardia theta nucleomorph E 598 376 63 52 497 206 106 2.4 59 299 247 69229
Vibrio campbellii ATCC BAA-1116 Duplicate of NC B 5428 3406 63 59 4878 802 839 6.1 84 301 285 5581324
Wolbachia endosymbiont of Brugia malayi v1.0 Broad Institute B 805 542 67 66 849 409 239 2.1 52 299 295 211419
Acholeplasma laidlawii PG-8A duplicate B 1380 963 70 61 1411 470 278 3 67 327 288 258567
Mycobacterium tuberculosis H37Rv Duplicate of ex B 4018 2825 70 61 3990 669 497 6 83 333 289 4431103
Please cite: Gough, J., Karplus, K., Hughey, R. and Chothia, C. (2001). "Assignment of Homology to Genome Sequences using a Library of Hidden Markov Models that Represent all Proteins of Known Structure." J. Mol. Biol., 313(4), 903-919.

Please send feedback, comments or questions to superfamily@cs.bris.ac.uk or use the feedback form.

© Copyright 2013 The SUPERFAMILY authors and Julian Gough.