ChuX-like family domain assignments
in
Uniprot 2018_03 genome

Assignment details

Uniprot 2018_03 genome has 508 significant domains in 508 proteins.

     

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W5TDL9	0.0118	0.067	8-80	2hqv A:11-186
W6FJE4	9.16e-19	0.076	2-119	2hqv A:11-186
W8JKQ3	0.00549	0.08	432-466	2hqv A:11-186
W8KKQ5	9.94e-50	0.0002	12-168	2hqv A:11-186
W9UQV0	9.81e-44	0.0025	7-166	2hqv A:11-186
X0NMY7	1.07e-56	0.0013	4-169	2hqv A:11-186
X7R5C3	3.27e-55	0.00045	1-163	2hqv A:11-186
X7YC94	0.0745	0.025	6-69	2hqv A:11-186
X7Z873	0.0302	0.026	6-69	2hqv A:11-186
X7ZQA0	0.0745	0.025	6-69	2hqv A:11-186
Z2E7J0	3.53e-55	0.00045	1-163	2hqv A:11-186

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Add assignments from individual genomes

Genome		Domains	Proteins
ALL		4809	4809
Rhodobacter capsulatus SB 1003		1	1
Rhodospirillum photometricum DSM 122		1	1
Rhodospirillum centenum SW		1	1
Azospirillum lipoferum 4B		1	1
Azospirillum brasilense Sp245		1	1
Genome sequence of Rhizobium sp. strain IRBG74		1	1
Agrobacterium tumefaciens str. C58		1	1
Agrobacterium sp. H13-3		1	1
Agrobacterium vitis S4		1	1
Rhodomicrobium vannielii ATCC 17100		1	1
Hyphomicrobium denitrificans ATCC 51888		2	2
Thiocystis violascens DSM 198		1	1
Edwardsiella ictaluri 93-146		1	1
Edwardsiella tarda EIB202		1	1
Rahnella sp. Y9602		1	1
Yersinia pseudotuberculosis IP 31758		1	1
Yersinia pestis Pestoides F		1	1
Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica 8081		1	1
Pectobacterium wasabiae WPP163		1	1
Pectobacterium sp. SCC3193		1	1
Pectobacterium atrosepticum SCRI1043		1	1
Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1		1	1
Enterobacteriaceae bacterium strain FGI 57		1	1
Shigella dysenteriae Sd197		1	1
Citrobacter koseri ATCC BAA-895		1	1
Hyphomicrobium nitrativorans NL23		1	1
Rhodopseudomonas palustris DX-1		1	1
Rhodopseudomonas palustris TIE-1		1	1
Rhodopseudomonas palustris HaA2		1	1
Rhodopseudomonas palustris BisB5		1	1
Rhodopseudomonas palustris BisB18		1	1
Rhodopseudomonas palustris CGA009		1	1
Bradyrhizobium japonicum USDA 6		1	1
Edwardsiella tarda C07-087		1	1
Edwardsiella tarda FL6-60		1	1
Rahnella aquatilis HX2		1	1
Yersinia pseudotuberculosis PB1/+		1	1
Yersinia pseudotuberculosis YPIII		1	1
Yersinia pseudotuberculosis IP 32953		1	1
Yersinia pestis biovar Microtus str. 91001		1	1
Yersinia pestis A1122		1	1
Yersinia pestis Z176003		1	1
Yersinia pestis D182038		1	1
Yersinia pestis D106004		1	1
Yersinia pestis biovar Medievalis str. Harbin 35		1	1
Yersinia pestis Nepal516		1	1
Yersinia pestis Antiqua		1	1
Yersinia pestis Angola		1	1
Yersinia pestis CO92		1	1
Yersinia pestis KIM10+		1	1
Yersinia enterocolitica subsp. palearctica 105.5R(r)		1	1
Yersinia enterocolitica subsp. palearctica Y11		1	1
Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PCC21		1	1
Shigella dysenteriae 1617		1	1
Escherichia coli E. coli PMV-1		1	1
Escherichia coli JJ1886		1	1
Escherichia coli O7:K1 str. CE10		1	1
Escherichia coli NA114		1	1
Escherichia coli str. 'clone D i2'		1	1
Escherichia coli str. 'clone D i14'		1	1
Escherichia coli UM146		1	1
Escherichia coli 042		1	1
Escherichia coli Xuzhou21		1	1
Escherichia coli IHE3034		1	1
Escherichia coli O83:H1 str. NRG 857C		1	1
Escherichia coli ABU 83972		1	1
Escherichia coli LF82		1	1
Escherichia coli ED1a		1	1
Escherichia coli IAI39		1	1
Escherichia coli UMN026		1	1
Escherichia coli S88		1	1
Escherichia coli SMS-3-5		1	1
Escherichia coli SE15		1	1
Escherichia coli APEC O1		1	1
Escherichia coli UTI89		1	1
Escherichia coli 536		1	1
Escherichia coli O55:H7 str. RM12579		1	1
Escherichia coli O55:H7 str. CB9615		1	1
Escherichia coli CFT073		1	1
Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69		1	1
Escherichia coli O157:H7 str. TW14359		1	1
Escherichia coli O157:H7 str. EC4115		1	1
Escherichia coli O157:H7 str. Sakai		1	1
Escherichia coli O157:H7 str. EDL933		1	1
Combined (meta-genome)		1	1
Dendroctonus ponderosae beetle community (MPB hybrid beetle) (Lodgepole pine) (meta-genome)		1	1
Dendroctonus ponderosae fungus gallery (Hybrid pine) (MPB hybrid gallery) (meta-genome)		1	1
Dump top (Dump top) (meta-genome)		1	1
Fungus garden microbial communities from Atta colombica in Panama, sample from fungus garden bottom (Fungus garden bottom) (meta-genome)		3	3
Fungus garden microbial communities from Atta colombica in Panama, sample from fungus garden top (meta-genome)		1	1
NCBI 2017_08 genome		4098	4098
simHC - Simulated High Complexity Metagenome (meta-genome)		1	1
simLC - Simulated Low Complexity Metagenome (meta-genome)		1	1
simMC - Simulated Medium Complexity Metagenome (meta-genome)		1	1
Soil microbial communities from sample at FACE Site 5 Oak Ridge CO2- (Oak Ridge ambient) (meta-genome)		1	1
STRING v9.0.5 (STRING)		41	41
Uniprot 2018_03 genome		508	508
Global Ocean Sampling Expedition (GOS)		1	1
NCBI plasmid sequences (Plasmids)		4	4
PDB chains (SCOP 1.75) (PDB)		1	1
Protein Data Bank (all PDB sequenc)		7	7
SCOP2 SCOPe CATH ECOD (all domain sequ)		15	15
TargetDB (Targets)		4	4